부가가치세

공사대금 대신 상가를 받았다면 세금계산서는 누가 얼마로 끊어야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

공사대금을 상가로 받는 대물변제는 공사용역과 상가를 맞바꾼 교환거래여서, 건설사는 공사용역 세금계산서를, 시행사는 상가 건물분 세금계산서를 각각 시가로 발급해야 합니다. 상계했다며 끊지 않으면 미발급 가산세 2%와 과소신고가산세가 양쪽에 생길 수 있습니다.

공사대금이나 물품대금을 돈 대신 상가·아파트로 받는 대물변제는 건설 현장에서 흔합니다. 당사자끼리는 빚과 상가를 맞바꿔 끝났다고 생각하지만, 부가가치세법은 이를 서로 다른 두 개의 공급으로 봅니다. 세금계산서를 한쪽만 끊거나 아예 끊지 않으면 양쪽 모두에 가산세와 추징이 생길 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

건설업체 E사는 시행사 F사의 근린상가 신축공사를 마쳤지만 공사대금 11억원(부가가치세 포함)을 받지 못했습니다. 2026. 3. 상가가 사용승인을 받자 두 회사는 2026. 4. 상가 2개 호실을 넘겨 공사대금을 갚기로 합의했고, 2026. 5. 소유권이전등기를 마쳤습니다. F사는 서로 상계했다며 상가 세금계산서를 발급하지 않았고, E사도 매입으로 처리하지 않았습니다. 2026. 9. F사가 세무서로부터 상가 이전 자료에 대한 해명 안내를 받자, E사 대표는 누가 누구에게 얼마로 세금계산서를 끊어야 했는지, 지금 고치면 가산세가 얼마인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대물변제는 왜 두 번의 공급으로 보나요?

금전 외의 대가를 받고 재화나 용역을 공급하면 자기가 공급한 재화나 용역의 시가가 공급가액입니다. 공사를 해 주고 상가를 받는 거래는 공사용역과 상가를 맞바꾼 교환거래가 됩니다.

국세청도 대물변제 거래는 공급자가 자기가 공급한 재화나 용역에 대해 세금계산서를 발급하고, 대물로 변제하는 쪽도 그 재화의 시가를 과세표준으로 세금계산서를 발급해야 한다고 봅니다. E사는 F사에 공사용역 세금계산서를, F사는 E사에 상가 세금계산서를 각각 발급해야 합니다.

서로 갚을 금액이 같다고 차액만 주고받거나 아무것도 발급하지 않으면, 장부상 상계와 별개로 각자의 매출이 신고에서 빠진 것이 됩니다. 반대로 양쪽이 제대로 발급했다면 E사는 상가 건물분 매입세액을, F사는 공사용역 매입세액을 각자 공제받을 수 있어 실제 세 부담은 크지 않은 경우가 많습니다. 결국 문제는 세금 액수보다 가산세입니다.

공급가액은 얼마로 적어야 하나요?

시가는 특수관계 없는 자와 계속 거래한 가격이나 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격입니다. 그런 가격이 없으면 대가로 받은 재화의 가격을, 그것도 없으면 감정가액 등 소득세법·법인세법 시행령이 정한 가격을 씁니다.

상가에는 토지와 건물이 함께 들어 있습니다. 토지 공급은 면세이므로 F사는 건물분만 세금계산서로 발급하고, 토지와 건물 가액 구분이 불분명하거나 기준시가 등으로 안분한 금액과 30% 이상 차이 나면 안분한 금액이 건물 공급가액이 됩니다. 법인이 토지와 건축물을 공급하는 경우에는 계산서 발급 의무도 없습니다.

상가의 공급시기는 언제인가요?

이동이 필요 없는 재화는 이용가능하게 되는 때가 공급시기이고, 부동산은 원칙적으로 소유권이전등기일입니다. 조세심판원은 공사미수금을 신축 건물로 받기로 했으나 구분등기가 되지 않아 이전등기를 못 한 사안에서, 사용승인으로 실제 이용할 수 있게 된 날을 공급시기로 보았습니다.

공급시기를 대물변제 합의일, 사용승인일, 등기일 중 무엇으로 잡느냐에 따라 과세기간이 달라지고, 다른 날로 끊은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 다투어질 수 있습니다. 위 심판 사안에서도 세무서는 합의일을 공급시기로 보아 매입세액을 부인했다가 취소되었습니다. E사 사례는 사용승인 뒤 같은 과세기간 안에 등기까지 마쳤으므로 2026년 제1기에 신고해야 할 거래로 볼 수 있습니다.

다른 사람 명의로 등기하면 누가 공급받은 것인가요?

공사업체가 받은 상가를 곧바로 제3자 명의로 넘기는 경우가 많습니다. 조세심판원은 시행사와 수급인이 미지급 공사비 대신 상가를 넘기기로 합의하고 수급인 뜻에 따라 제3자 앞으로 등기한 사안에서, 합의 때부터 수급인이 상가를 처분할 수 있었으므로 공급받는 자는 수급인이라고 보았습니다.

실제 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급하면 공급가액의 2%가 가산세이고, 받은 쪽은 매입세액을 공제받지 못할 수 있습니다.

세금계산서를 안 끊었다면 가산세는 얼마인가요?

F사가 건물분 7억원의 세금계산서를 확정신고기한까지 발급하지 않았다면 미발급 가산세 2%인 1,400만원이 붙고, 신고에서 빠진 매출세액 7천만원에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 더해집니다. E사도 공사용역 매출을 신고하지 않았다면 같은 구조로 가산세가 생깁니다.

세무서의 해명 안내를 받기 전에 수정신고하면 과소신고가산세가 경과기간에 따라 90%에서 10%까지 줄지만, 안내를 받은 뒤에는 감면을 받지 못합니다. E사는 F사보다 먼저 자기 쪽 신고 누락을 바로잡을 수 있는지 확인해야 합니다.

대물변제 세금계산서 대응 순서

• 거래 확정 - 대물변제 합의서, 사용승인일, 등기일, 실제 인도일을 모아 공급시기를 정합니다.
• 가액 산정 - 상가의 토지·건물 가액과 공사용역 시가를 나누고 안분 기준과 비교합니다.
• 양방향 발급 점검 - 공사용역 세금계산서와 건물분 세금계산서가 모두 발급됐는지, 명의가 맞는지 확인합니다.
• 수정신고·소명 - 해명 안내 전이면 수정신고를, 안내 후라면 공급시기와 명의에 관한 소명서를 냅니다.
• 과세전적부심사·심판청구 - 과세예고통지 후 30일 안에, 고지 후 90일 안에 변호사와 불복을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대물변제 합의 내용과 등기·인도 시점, 상가 가액 산정 방식에 따라 공급시기와 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 대물변제 거래의 부가가치세 소명, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공사대금 대신 상가를 받으면 세금계산서는 누가 끊나요?
  대물변제는 공사용역과 상가를 맞바꾼 교환거래여서 양쪽이 모두 발급합니다. 건설사는 공사용역 세금계산서를, 시행사는 상가 건물분 세금계산서를 각각 상대방에게 발급해야 합니다.
• 서로 금액이 같아 상계했는데도 끊어야 하나요?
  장부상 상계와 별개로 각자 재화나 용역을 공급한 것이어서 세금계산서를 각각 발급해야 합니다. 차액만 주고받거나 발급하지 않으면 매출이 신고에서 빠진 것으로 보아 가산세가 생길 수 있습니다.
• 상가 공급가액은 어떻게 정하나요?
  자기가 공급한 재화의 시가가 기준이고, 토지분은 면세여서 건물분만 세금계산서로 발급합니다. 토지·건물 가액 구분이 불분명하거나 안분 금액과 30% 이상 차이 나면 안분 금액을 씁니다.
• 상가의 공급시기는 합의일인가요, 등기일인가요?
  부동산은 원칙적으로 이용가능하게 되는 소유권이전등기일이 공급시기입니다. 조세심판원은 구분등기가 되지 않아 등기를 못 한 경우 사용승인으로 이용할 수 있게 된 날을 공급시기로 보았습니다.
• 받은 상가를 다른 사람 명의로 등기하면요?
  조세심판원은 수급인 뜻에 따라 제3자 명의로 등기했더라도 합의 때부터 수급인이 처분할 수 있었다면 공급받는 자는 수급인이라고 보았습니다. 제3자 명의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 될 수 있습니다.
• 세금계산서를 안 끊었다면 가산세는 얼마인가요?
  확정신고기한까지 발급하지 않으면 공급가액의 2%가 미발급 가산세이고, 빠진 매출세액에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 더해집니다. 해명 안내 전에 수정신고하면 과소신고가산세가 줄어듭니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 사용승인 뒤에도 공사가 계속되면 건설용역 공급시기는 언제인가요?
• 계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?
• 세무서 해명 안내문을 받고 나서 수정신고하면 가산세 감면을 못 받나요?
• 빚보다 비싼 부동산을 대물변제로 넘겼다면 돌려받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기