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세무서 증액경정에 기한 안에 불복하지 못했는데 경정청구로 다시 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신


네, 세무서 증액경정에 불복기간 안에 다투지 못했더라도 5년의 경정청구 기간 안이면 경정청구를 하고 그 거부처분 소송에서 증액 사유까지 다툴 수 있습니다. 대법원 2021두39997 판결은 다만 불복기간이 지난 증액분은 취소할 수 없고 당초 신고세액을 한도로만 취소를 구할 수 있다고 보았습니다. 지금은 증액 고지서를 받은 날과 당초 신고세액부터 확인하십시오.

기한

신고한 세액을 줄여 달라는 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있습니다. 세무서의 증액경정으로 늘어난 세액은 처분을 안 날부터 3개월 이내에만 경정청구로 다툴 수 있으니, 증액 고지서를 받은 날을 기록해 두십시오.

증액경정에 대한 심판청구 기간 90일을 놓쳤다고 해서 그 과세연도 세금 전체를 다툴 길이 막혔다고 생각할 필요는 없습니다. 5년의 경정청구 기간이 남아 있으면 당초 신고한 세액 범위에서는 다시 다툴 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

자동차부품 제조업을 하는 D사는 2023 사업연도 법인세를 신고하면서 해외 자회사 배당에 대해 외국납부세액공제를 적용해 5억원을 냈습니다. 2024년 말 세무서는 공제 일부가 잘못됐다며 법인세 17억원을 더 고지했지만, D사는 바쁜 사정으로 90일 안에 심판청구를 하지 못했습니다. 몇 달 뒤 D사는 당초 신고에도 공제를 덜 받은 부분이 있었다며 경정청구를 했고, 세무서는 이미 불복기간이 지난 증액경정을 다시 다툴 수는 없다며 거부했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

증액경정에 불복하지 않았어도 경정청구를 할 수 있나요?

네, 할 수 있습니다. 과세표준신고서를 법정신고기한까지 낸 납세자는 그 뒤 세무서의 결정이나 경정에 대해 정해진 불복기간 안에 다투지 않았더라도, 5년의 경정청구 기간 안에서는 경정청구권을 행사하는 데 아무 영향이 없습니다. 대법원 2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결도 이 법리를 다시 확인했습니다.

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 통지해야 하고, 2개월 안에 아무 통지가 없으면 그다음 날부터 이의신청, 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 거부 통지를 받았다면 그 거부처분에 대해 불복 절차를 거쳐 취소소송을 냅니다.

경정거부 취소소송에서 세무서의 증액 사유도 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 대법원은 감액경정청구 거부처분 취소소송도 과세표준과 세액이 객관적으로 얼마인지를 심판 대상으로 하므로, 납세자는 당초 신고를 과다하게 했다는 사유뿐 아니라 세무서가 증액한 사유도 함께 주장할 수 있다고 보았습니다. 증액 사유는 취소소송으로, 과다신고 사유는 경정청구로 나눠 다투게 하는 것은 납세자 권익보호나 소송경제에 맞지 않는다는 이유입니다.

이 사건에서 납세자는 중국 자회사 배당에 간주외국납부세액공제를 적용해 신고했다가 세무서가 그 공제를 부인해 법인세를 증액했습니다. 증액경정에 대한 불복기간이 지난 뒤 낸 경정청구가 거부되자 소송을 냈고, 대법원은 증액경정 사유까지 다툴 수 있다고 본 원심 판단을 유지하며 세무서의 상고를 기각했습니다.

불복기간이 지났다면 얼마까지 돌려받을 수 있나요?

당초 신고한 세액이 한도입니다. 증액경정처분에 대한 불복기간이 지났다면 경정으로 늘어난 세액 부분은 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준과 세액을 한도로 해서만 취소를 구할 수 있다는 것이 위 판결의 단서입니다. 위 예시라면 증액된 17억원은 되돌릴 수 없고, 다툴 수 있는 범위는 처음 신고해 낸 5억원 안입니다.

불복기간이 지난 뒤 다툴 수 있는 범위(예시)
불복기간이 지난 뒤 다툴 수 있는 범위(예시)
당초 신고세액(다툴 수 있음)5억원
증액경정분(불복기간 경과로 다툴 수 없음)17억원

단순 예시 계산

판결 사안은 증액분 경정청구 기간이 90일이던 때의 일입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」은 증액경정으로 늘어난 세액의 경정청구 기간을 처분을 안 날부터 3개월 이내로 정하고 있습니다. 이 기간 안이라면 증액된 세액도 경정청구로 다툴 수 있습니다.

조세심판원 심판청구는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 내야 합니다. 증액 고지를 받았다면 심판청구와 3개월 내 경정청구 가운데 어느 길로 갈지 먼저 정해야 증액분까지 다툴 수 있습니다.

세무서 증액경정 뒤 경정청구 대응 순서

  • 고지서 수령일 확인 - 증액경정 고지서를 받은 날을 확인합니다. 증액분을 다툴 수 있는 90일·3개월 기간이 이날부터 계산됩니다.
  • 불복 수단 선택 - 증액분까지 다투려면 기한 안에 심판청구나 경정청구를 합니다. 기한이 지났다면 당초 신고세액 범위의 경정청구로 방향을 바꿉니다.
  • 다툴 사유 정리 - 당초 과다신고 사유와 세무서 증액 사유를 함께 정리합니다. 경정거부 소송에서는 두 사유를 모두 주장할 수 있습니다.
  • 경정청구서 제출 - 법정신고기한부터 5년 안에 관할 세무서장에게 청구합니다. 청구일부터 2개월이 지나도 통지가 없으면 불복 절차로 넘어갈 수 있습니다.
  • 거부처분 불복과 소송 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 하고, 결정 후 90일 안에 취소소송을 냅니다. 각 단계의 통지일이 다음 기한의 기준입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 증액경정이 여러 번 있었거나 수정신고가 끼어 있으면 당초 신고세액 한도를 어떻게 잡을지는 신고서와 고지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세·종합소득세 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

다툴 대상별 기한(2026. 10. 11. 기준)
다툴 대상수단기한
증액경정분심판청구안 날부터 90일
경정청구안 날부터 3개월
당초 신고세액경정청구법정신고기한 후 5년

출처 - 국세기본법 제45조의2 제1항, 제68조 제1항

실무상 착안점

세무서가 세금을 올려 고지했는데 90일을 넘기면 그 해 세금은 끝났다고 포기하는 경우가 많습니다. 그러나 신고를 기한 안에 했다면 5년의 경정청구 기간은 그대로 살아 있습니다. 이번 판결은 그 경정청구 거부 소송에서 세무서의 증액 사유까지 함께 다툴 수 있다는 점을 확인했습니다.

이런 사건은 기간 계산이 결론을 바꿉니다. 법정신고기한, 증액 고지서를 받은 날, 경정청구서를 낸 날, 거부 통지를 받은 날이 모두 다른 기한의 출발점입니다. 고지서 봉투나 전자송달 열람 기록처럼 수령일을 증명할 자료를 남겨 두지 않으면 기간 다툼에서 밀립니다.

이 기록은 소송에서 어디까지 취소를 구할 수 있는지를 정합니다. 증액분 불복기간 안에 경정청구를 했다면 늘어난 세액까지, 그 기간이 지났다면 당초 신고세액까지가 한도가 됩니다. 같은 사유라도 언제 청구했느냐에 따라 돌려받을 수 있는 금액이 크게 달라집니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 법인세와 종합소득세 경정청구, 경정거부처분 취소소송을 수행해 왔으며, 신고일·고지일·청구일을 먼저 표로 정리해 다툴 수 있는 세액 범위를 확정한 뒤 과다신고 사유와 증액 사유를 함께 주장하는 방식으로 대응합니다.

  • 법인세 경정거부처분 취소소송
  • 종합소득세 경정거부처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.


이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지