법인세·소득세

영수증을 PDF로 스캔하면 종이 원본을 버려도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.18 갱신

법인의 지출증빙을 스캔했다는 이유만으로 모든 종이 원본의 보관의무가 사라지지는 않습니다. 현금영수증·신용카드 매출전표·전송된 전자세금계산서는 별도 보관하지 않아도 되지만, 다른 증빙은 법정 전자화문서로 공인전자문서센터에 보관하는 등 요건을 갖춰야 합니다.

법인의 지출증빙을 스캔했다는 이유만으로 모든 종이 원본의 보관의무가 사라지지는 않습니다. 국세청은 법정 현금영수증·신용카드전표·전송된 전자세금계산서 등은 별도 보관을 하지 않을 수 있지만, 다른 증빙을 전자화해 보관하는 경우에는 법정 전자화문서와 공인전자문서센터 요건 등을 확인해야 한다고 회신했습니다. 일반 폴더나 클라우드에 이미지 파일을 올린 것과 같은 것으로 취급하지 마십시오.

이런 상담이 많습니다

A씨는 직원 20명 규모 법인의 경리 책임자입니다. 2026. 3. 9. 사무실 이전을 앞두고 2019년부터 모아 둔 영수증과 세금계산서 상자 30개를 모두 PDF로 스캔해 회사 클라우드에 올렸습니다. 이 가운데에는 신용카드 매출전표와 국세청에 전송된 전자세금계산서도 있지만, 종이로 받은 간이영수증과 450만원짜리 수기 세금계산서, 토지 매매계약서 원본도 섞여 있습니다. 회사는 2024 사업연도에 생긴 결손금을 아직 다 공제하지 못했습니다. 문서 보관 업체는 상자당 월 1만 2천원을 요구했습니다. A씨는 스캔을 마친 종이 원본을 한꺼번에 폐기해도 되는지, 따로 남겨야 할 서류는 무엇인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

PDF 파일이 있으면 원본과 같지 않나요?

파일의 형식만으로 법정 보관요건이 충족되는 것은 아닙니다. 세법상 장부·증거서류를 갖춘 것으로 보는 전자화문서에는 관련 법령이 정한 요건이 있습니다. 단순 촬영이나 스캔, 파일명 정리만으로 그 요건이 모두 충족됐다고 볼 수는 없습니다.

2026년 5월 22일 회신의 질의법인은 영수증과 세금계산서 등을 스캔한 전자파일과 종이 원본을 함께 보관하고 있었습니다. 국세청은 증빙 유형에 따라 별도 보관이 불필요한 경우와 법정 전자화·보관을 하는 경우를 구별해 답했습니다.

따라서 문서 종류와 생성·수취 경로를 나누는 것이 먼저입니다. 종이로 받은 세금계산서를 스캔한 파일과 국세청에 전송된 전자세금계산서는 겉모양이 비슷해도 같은 증빙이 아닙니다. ‘전자파일이 있다’는 한 가지 사정으로 모두 묶지 마십시오.

어떤 증빙은 별도 보관하지 않아도 되나요?

법인세법 시행령 제158조 제5항이 정한 현금영수증, 신용카드 매출전표, 국세청장에게 전송된 전자세금계산서와 전자계산서가 해당합니다. 법에서 정한 증빙을 받은 경우 보관한 것으로 보는 규정입니다.

명칭만 세금계산서라고 적힌 파일이나 전송 여부가 확인되지 않은 전자자료가 모두 여기에 들어가는 것은 아닙니다. 공급자가 보낸 파일을 열어 봤다는 사실과 적법한 발급·전송은 다를 수 있습니다. 수취 내역과 전송 상태를 확인해야 합니다.

또한 이 규정은 해당 지출증명서류의 별도 보관에 관한 것입니다. 거래의 실제 내용과 비용의 사업 관련성을 증명할 계약서·검수서·정산자료까지 필요 없어진다는 뜻은 아닙니다. 나중에 가공경비나 비용 귀속을 다투는 경우 다른 자료가 중요할 수 있습니다.

종이 간이영수증을 스캔한 것은 어떻게 하나요?

회신은 그 밖의 지출증명서류를 법정 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관하는 경우 장부·증거서류를 갖춘 것으로 본다고 설명했습니다. 사무실 서버에 이미지를 모아 둔 상태와 구별해야 합니다.

공인센터에 보관해도 예외가 있습니다. 다른 법령이 원본 보존을 요구하는 문서, 등기·등록·명의개서가 필요한 자산의 취득·양도에 관한 서명 계약서 등은 별도 규정을 확인해야 합니다. 소송·인허가 서류에도 재발급 가능 여부 등에 따른 제한이 있습니다.

공인전자문서센터는 일반적인 저장공간의 다른 이름이 아닙니다. 전자문서 관련 법률에 따른 제도이므로 이용 중인 서비스가 해당 지위를 갖췄는지와 보관 대상 문서가 법정 방식으로 전자화됐는지를 확인해야 합니다.

스캔 상태가 흐리거나 뒷면·첨부가 빠져 있으면 내용 자체를 확인하기 어렵습니다. 법적 요건과 함께 페이지 누락, 식별정보, 거래 날짜와 금액을 검사해야 합니다. 문서 검색과 출력이 가능하다는 사정만으로 생성·보관의 법정 요건까지 충족한 것은 아닙니다.

5년이 지나면 모든 자료를 버려도 되나요?

법인세법의 원칙적인 기간만 보고 전체 폐기를 결정하지 않아야 합니다. 해당 결손금을 나중에 공제하려는 경우 증빙 보관에 별도 규정이 있고, 다른 법률이나 진행 중인 분쟁으로 보존이 필요한 문서도 있을 수 있습니다.

보관기간의 시작은 영수증을 받은 날과 항상 같지 않습니다. 원칙은 법인세 신고기한과 연결되므로 사업연도와 신고기한을 확인해야 합니다. 몇 년 전 거래라는 인상만으로 폐기 대상이라고 정하지 마십시오.

세무조사나 소송에서 실제 거래를 설명할 자료가 있다면 법정 최소 기간과 별개로 실익을 검토할 필요도 있습니다. 다만 모든 문서를 영구 보관해야 한다는 뜻은 아닙니다. 문서 유형과 법적 필요를 구분해 관리 기준을 세우는 것이 좋습니다.

폐기의 시기와 목적도 따로 봅니다. 조세를 포탈하기 위한 증거인멸 목적으로 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 장부나 증빙서류를 소각·파기·은닉하면 형사처벌 규정이 적용됩니다. 그 거래를 두고 소송이 진행 중이라면 판결로 거래가 다른 것으로 확정된 때 그 사실을 안 날부터 3개월 안에 후발적 경정청구를 할 여지가 있습니다. 이런 거래의 증빙은 폐기 목록에서 빼 두는 편이 좋습니다.

법인세 대응 순서

먼저 증빙을 법정 전자증빙, 종이 원본, 일반 스캔본과 공인센터 보관 문서로 구분합니다. 이어 거래별로 계약·세금계산서·지급·검수자료를 연결하고, 각각의 보관기한과 원본 필요 여부를 표시하십시오.

폐기 전에 전자자료를 다시 열어 내용과 누락 여부를 확인해야 합니다. 공인센터에 보관했다고 하더라도 회사 내부 목록에서 해당 문서를 찾을 수 없으면 제출에 어려움이 생깁니다. 회신을 적용해 별도 보관을 생략하는 경우에는 어떤 조항과 증빙 상태에 따른 것인지 기록해 두면 좋습니다.

폐기 승인 기록에는 대상 목록과 폐기일, 대신 보관하는 전자자료의 위치와 법정 근거를 함께 남겨 두십시오. 담당자가 바뀌어도 어느 원본을 왜 보관하지 않았는지 확인할 수 있어야 합니다.

세금계산서와 관련된 가산세 한도는 「지급명세서·세금계산서 가산세가 수천만 원 나왔는데 5천만원 한도가 적용되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 스마트폰 사진도 전자화문서인가요?
  사진 파일이라는 이유만으로 법정 전자화문서 요건이 충족되지는 않습니다. 생성과 보관 방식 등을 확인해야 합니다.
• 회사 클라우드에 백업하면 공인센터 보관인가요?
  일반적인 클라우드 저장과 법정 공인전자문서센터 보관은 구별됩니다. 서비스의 법적 지위를 확인해야 합니다. 이용 중인 서비스가 공인전자문서센터 지위를 갖췄는지와 문서가 법정 방식으로 전자화됐는지를 함께 확인하십시오.
• 전자세금계산서면 모든 관련 계약서를 버려도 되나요?
  해당 증빙의 별도 보관과 거래 실체 입증은 다릅니다. 계약과 검수 등 다른 자료의 보존 필요를 확인해야 합니다.
• 거래처가 보낸 PDF도 전자세금계산서인가요?
  파일 형식만으로 판단하지 않습니다. 법정 발급·전송과 수취 내역을 확인해야 합니다. 국세청장에게 전송된 전자세금계산서는 별도 보관하지 않아도 되지만, 전송 여부가 확인되지 않은 PDF 파일까지 같은 증빙으로 볼 수는 없습니다.
• 스캔본만 남았으면 비용을 무조건 부인하나요?
  보관의무 위반과 실제 거래·비용 인정은 관련 사실에 따라 따로 판단해야 합니다. 원본이 없다는 이유만으로 모든 결론을 단정할 수는 없습니다.
• 개인사업자도 같은 조항을 쓰나요?
  이 회신은 법인의 지출증빙 의무를 다룹니다. 개인사업자는 해당 세법과 보관 규정을 별도로 확인해야 합니다. 법인세법 조항을 그대로 옮겨 적용하지 말고, 개인사업자에게 적용되는 보관 규정과 기간을 따로 확인하십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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