부가가치세

사업시행자가 지장물 이전비를 공사업체에 바로 주면 세금계산서는 누구에게?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

지장물 이전비 자체는 손실보상금이라 부가가치세가 붙지 않고, 이설공사를 한 업체는 공사를 맡긴 지장물 소유자에게 세금계산서를 발급합니다. 토지보상법은 공익사업에 지장이 되는 물건을 이전비로 보상하도록 하고, 사업시행자가 소유자 동의로 업체에 직접 지급해도 그 성격은 같습니다. 지금은 이설 협약서에서 업체가 누구의 위임으로 공사하는지부터 확인하십시오.

공사대금이 사업시행자 계좌에서 바로 나온다고 해서 사업시행자를 공급받는 자로 적은 세금계산서를 발급해야 하는 것은 아닙니다. 공사업체가 일을 해 준 상대는 시설 소유자입니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 2025년 도시개발 사업지구 안을 지나는 상수도관을 관리 위탁받아 운영하는 회사입니다. 사업시행자가 상수도관 소유자인 지방자치단체에 이설을 요청했고, 소유자는 E사에 이설공사를 맡기면서 비용은 원인자인 사업시행자가 부담하라는 조건을 붙였습니다. 사업시행자와 E사는 이설·보호공사 협약을 맺었고, E사는 공사를 마친 뒤 약 15억원의 공사비를 사업시행자에게 직접 청구했습니다. E사는 세금계산서를 사업시행자와 소유자 중 누구에게 발급해야 하는지, 사업시행자는 받은 세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업시행자가 주는 지장물 이전비에도 부가가치세가 붙나요?

아니요, 공익사업시행자가 지장물 소유자에게 보상할 이전비는 손실보상금이어서 부가가치세 과세대상이 아닙니다. 이전비를 소유자의 동의를 받아 공사업체에 직접 지급해도 손실보상금이라는 성격은 바뀌지 않습니다.

토지보상법은 건축물·공작물 등 토지에 정착한 물건은 이전에 필요한 비용으로 보상하도록 정합니다. 공익사업 때문에 어쩔 수 없이 시설을 옮기는 소유자의 손실을 메워 주는 돈이고, 소유자가 사업시행자에게 재화나 용역을 공급하고 받는 대가가 아닙니다.

부가가치세는 사업자가 하는 재화 또는 용역의 공급에 과세합니다. 소유자와 사업시행자 사이에는 공급이 없으므로 이전비 자체에는 부가가치세가 붙지 않습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사업시행자가 송유관 소유자에게 이설을 요청하고 소유자가 송유관 관리 위탁업체에 이설공사를 맡긴 경우, 사업시행자가 소유자의 동의를 받아 이전비를 업체에 직접 지급하면 그 이전비는 손실보상금이라고 회신했습니다(사전-2018-법령해석부가-0774, 2018. 12. 18.). 업체가 소유자에게 제공한 이설공사용역에는 부가가치세가 과세된다고 함께 밝혔습니다.

국세청은 원래 사업시행자가 소유자에게 이전비를 주고 소유자가 업체에 공사비를 주어야 하지만, 편의상 사업시행자가 업체에 바로 지급한 것으로 보았습니다. 이 회신은 사업시행자가 소유자에게 이설 협의를 요청했고 업체가 소유자의 위임을 받아 공사했다는 사실관계를 전제로 합니다. 업체가 사업시행자와 직접 도급계약을 맺어 사업시행자를 위해 공사한 것이라면 결론이 달라질 수 있습니다.

이설공사 세금계산서는 누구에게 발급하나요?

이설공사를 한 업체는 공사용역을 실제로 공급받은 지장물 소유자에게 세금계산서를 발급합니다. 공사비를 사업시행자가 대신 지급했더라도 공급받는 자는 소유자입니다.

용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 역무를 제공하는 것입니다. 이 사례에서 업체에게 이설을 맡긴 사람은 소유자이므로, 역무를 받은 상대도 소유자입니다. 사업시행자는 공사용역을 공급받은 자가 아니어서, 사업시행자를 공급받는 자로 한 세금계산서를 받아 매입세액을 공제받으면 나중에 부인될 수 있습니다.

2026. 10. 11. 기준으로 달라진 점이 있나요?

없습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제75조 제1항과 「부가가치세법」 제4조·제11조는 회신 당시와 같은 내용입니다. 다만 이설 대상 시설이 국민주택 건설과 관련된 경우 등에는 공사용역 자체가 면세인지 따로 확인해야 합니다.

지장물 이전비 세금계산서 대응 순서

• 법률관계 확인 - 이설 요청 공문, 소유자의 위임 문서, 협약서를 모읍니다. 업체가 누구의 위임으로 공사하는지가 첫 판단 자료입니다.
• 지급 동의 문서화 - 사업시행자가 소유자의 동의를 받아 업체에 직접 지급한다는 내용을 협약서에 적습니다.
• 세금계산서 발급 - 업체는 공급받는 자를 소유자로 한 세금계산서를 발급합니다. 사업시행자 앞으로 발급했다면 수정세금계산서로 바로잡을지 검토합니다.
• 매입세액 정리 - 사업시행자가 잘못 받은 세금계산서로 공제받았다면 수정신고를 검토하고, 과다 납부분은 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 고지 대응 - 세무서가 다른 구조로 보고 고지하면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 협약서 당사자와 위임 관계, 공사비 정산 방식에 따라 공급받는 자가 달라질 수 있으므로 협약서와 공문을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익사업 지장물 보상과 관련한 부가가치세 과세 다툼과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 소유자가 받는 이전비는 소득이나 매출인가요?
  부가가치세에서는 이전비가 손실보상금이어서 소유자의 매출이 아닙니다. 소유자는 이전비에 대해 세금계산서를 발급하지 않습니다. 법인세나 소득세에서 수익으로 잡는지는 세목별로 따로 봅니다.
• 사업시행자가 매입세액을 공제받을 수 있나요?
  이 구조에서 사업시행자는 이설공사용역을 공급받은 자가 아니므로 업체의 공사용역에 대한 매입세액을 공제받기 어렵습니다. 사업시행자 앞으로 세금계산서를 받았다면 정정 방법을 검토하십시오.
• 업체와 사업시행자가 직접 도급계약을 맺으면요?
  업체가 소유자의 위임 없이 사업시행자를 위해 공사하고 대가를 받는다면 공급받는 자가 사업시행자가 될 수 있습니다. 회신은 소유자 위임을 전제로 하므로 계약 구조가 다르면 결론도 달라질 수 있습니다.
• 이전비가 물건값보다 크면 어떻게 보상하나요?
  건축물 등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘거나 이전이 어려운 경우 등에는 이전비 대신 그 물건의 가격으로 보상합니다. 이때도 수용절차에 따른 보상인지 확인해 부가가치세 문제를 따로 봅니다.
• 국가기관이 소유자여도 세금계산서를 발급하나요?
  네. 공급받는 자가 사업자가 아니더라도 세금계산서에는 고유번호나 주민등록번호를 적을 수 있으므로, 국가기관 소유 시설의 이설공사도 소유자인 기관을 공급받는 자로 적어 세금계산서를 발급합니다.
• 이미 사업시행자 앞으로 발급했다면요?
  공급받는 자를 잘못 적은 세금계산서는 수정세금계산서 발급 사유에 해당하는지 검토합니다. 사업시행자가 이미 매입세액을 공제받았다면 수정신고와 함께 정리하는 것이 가산세 부담을 줄이는 방법입니다.
• 지장물 이전비 다툼은 어디서 하나요?
  세무서가 이전비나 공사비를 다른 구조로 보아 부가가치세를 고지하면, 고지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 협약서와 공문이 다툼의 중심 증거입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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