종합부동산세

임대주택으로 등록했는데 종부세 합산배제가 부인되면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

다툴 수 있습니다. 국세기본법 제55조에 따른 불복은 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 합니다. 종합부동산세법 제8조 제2항과 같은 법 시행령 제3조 제1항이 정한 임대 등록·임대 기간·임대료 증액 상한 가운데 어느 요건이 부인됐는지에 따라 다투는 방법이 다릅니다.

부인된 요건이 무엇인지부터 특정합니다

지자체 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록이 모두 있는지, 임대 개시 시점의 공시가격 기준을 넘지 않았는지, 임대료 증액이 상한 안이었는지는 각각 별도의 요건입니다. 고지서와 함께 온 안내문에 적힌 부인 사유가 이 가운데 어느 것인지를 먼저 대조합니다. 요건마다 확인할 서류와 다툴 지점이 달라 사유를 특정하지 않고는 대응을 정할 수 없습니다.

합산배제 신고 기간을 지났는지 확인합니다

합산배제 신고는 매년 9월 16일부터 30일까지 합니다. 한 번 신고한 뒤 변동이 없으면 다음 해에 다시 하지 않아도 되지만, 기간 안에 신고하지 않으면 그 해 고지에는 합산배제가 반영되지 않습니다. 신고를 하지 않았다는 이유만으로 배제되는지는 다툼이 있어, 요건을 갖춘 사실이 확인되면 고지 뒤 불복으로 적용을 구하게 됩니다.

임대료 증액은 비율과 시기를 함께 봅니다

임대료 증액 상한을 넘겼는지는 갱신 계약서와 인상 계산 근거로 확인합니다. 증액률만 보는 것도 아닙니다. 임대차계약을 맺었거나 임대료를 올린 뒤 1년 안에는 다시 증액을 청구하지 못하므로, 상한 안에서 올렸더라도 직전 증액에서 1년이 지나지 않았으면 요건 위반이 됩니다.

임대 기간은 유형과 등록 이력에 따라 셉니다

임대 의무기간은 임대주택의 유형에 따라 갈립니다. 5년인 유형과 6년인 유형이 있고, 임대 개시 시점과 등록 변경 이력에 따라 기간을 세는 시점도 달라집니다. 의무기간 안에 등록을 말소하거나 매각한 경우가 추징으로 이어지는 대표적인 예이므로, 등록증과 임대차계약 이력을 먼저 맞춰 봐야 합니다.

준비 자료와 질문

임대사업자 등록증과 사업자등록증, 최초 계약서와 갱신 계약서, 임대 개시 시점의 공시가격 자료, 고지서와 안내문, 등록 말소나 매각이 있었다면 그 서류를 준비합니다. 심사청구 또는 심판청구 결정을 받은 날부터 90일 이내에는 행정소송을 제기할 수 있고, 임대주택 요건 부인은 재산세 감면과 양도소득세 중과 배제 판단으로도 이어질 수 있으므로 뒤따르는 처분이 있는지 함께 살핍니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합산배제 신고를 9월에 안 했는데 지금이라도 되나요?
  기간 안에 신고하지 않으면 그 해 고지에는 합산배제가 반영되지 않습니다. 다만 요건을 갖춘 사실이 확인되면 고지 뒤 불복으로 적용을 구할 수 있습니다.
• 임대료를 5% 넘게 올린 적이 있으면 전부 부인되나요?
  임대료 증액 상한 위반은 그 위반이 있는 해의 합산배제 요건에 영향을 줍니다. 위반 이전에 적용받은 부분까지 소급하여 부인되는지는 위반 시점과 계약 내용에 따라 달라지므로 갱신 계약서와 인상 계산 근거를 먼저 확인해야 합니다.
• 합산배제가 부인되면 지난 세금까지 추징되나요?
  요건을 갖추지 못하게 된 경우 그동안 경감받은 세액에 이자상당가산액을 더해 추징합니다. 추징 범위가 어느 연도까지인지를 고지서에서 먼저 확인합니다.

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