취득세·보유세

종부세 일시적 2주택 특례를 신청하면 세금이 얼마나 줄어드나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

종부세 일시적 2주택 특례를 신청하면 1세대 1주택자로 보아 기본공제 12억원과 고령자·장기보유 세액공제(최대 80%)를 받습니다. 특례가 없으면 기본공제는 9억원이고 세액공제는 없으며, 세액공제는 종전주택분에만 적용됩니다. 지금은 신규주택 취득일과 조정대상지역 여부로 종전주택 처분기간이 2년인지 3년인지부터 확인하십시오.

해마다 다시 신청할 필요는 없습니다. 처음 신청한 다음 해부터는 신청 내용에 변동이 없으면 신청하지 않아도 됩니다.

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A씨는 2012년에 산 아파트에 살다가 이사할 집을 미리 마련하려고 2025년 9월 다른 아파트를 샀습니다. 2026. 6. 1. 과세기준일에 두 채를 갖게 됐고, 살던 집은 2027년 초에 팔 계획입니다. A씨는 올해 종합부동산세에서 일시적 2주택 특례를 신청하면 무엇이 달라지는지, 세금이 얼마나 줄어드는지 물어 왔습니다. A씨는 65세이고 살던 집을 14년째 보유하고 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

일시적 2주택 특례를 받으면 종부세가 어떻게 달라지나요?

특례를 신청하면 2주택이 아니라 1세대 1주택자로 보아 기본공제 12억원과 고령자·장기보유 세액공제(합계 최대 80%)를 적용받습니다. 특례가 없으면 기본공제는 9억원이고 세액공제는 없습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「종합부동산세법」은 1세대 1주택자 공제액을 12억원, 그 밖의 개인을 9억원으로 정하고 있습니다. 세율을 정할 때도 일시적 2주택의 신규주택은 주택 수에서 빠집니다.

• 기본공제 - 특례 적용 시 12억원, 미적용 시 9억원입니다.
• 연령별 세액공제 - 만 60세 이상 65세 미만 20%, 65세 이상 70세 미만 30%, 70세 이상 40%입니다.
• 보유기간별 세액공제 - 5년 이상 10년 미만 20%, 10년 이상 15년 미만 40%, 15년 이상 50%입니다.
• 공제 한도 - 연령별·보유기간별 공제를 합쳐 80%까지입니다.

국세청은 일시적 2주택 특례를 어떻게 안내했나요?

국세청은 2022년 귀속분부터 일시적 2주택자가 특례를 신청하면 1주택자로 보아 기본공제와 최대 80%의 세액공제를 적용하고, 세액공제는 종전주택에만 적용한다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 92번 사례입니다. 2021년 귀속분까지는 일시적 2주택자도 2주택자로 계산했으나 2022. 9. 15. 법 개정으로 특례가 생겼다는 설명입니다.

당시 안내는 기본공제 11억원, 일반 6억원 기준이었습니다. 지금은 1세대 1주택자 12억원, 그 밖의 개인 9억원으로 올랐으므로 현행 금액으로 계산해야 합니다. 이 안내는 과세기준일에 종전주택과 신규주택을 한 채씩 가진 사례를 전제로 하므로, 부속토지나 상속주택이 함께 있으면 계산이 달라질 수 있습니다.

세액공제는 어느 주택에 적용되나요?

고령자·장기보유 세액공제는 종전주택분에만 적용되고, 새로 산 신규주택분 산출세액은 공제 대상에서 빠집니다. 계산은 전체 산출세액에서 신규주택 공시가격 비율만큼의 세액을 빼고 남은 금액에 공제율을 곱합니다. 단순 예시 계산으로, 산출세액이 600만원이고 공시가격 합계 20억원 중 종전주택이 12억원이면 종전주택분은 360만원입니다. A씨처럼 65세에 14년 보유라면 공제율은 30%와 40%를 합한 70%이므로 252만원을 공제합니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있으면 종전주택을 팔아야 하는 기간이 신규주택 취득일부터 2년으로 줄었습니다. 2026. 9. 30. 개정된 「종합부동산세법 시행령」은 과세기준일 현재 신규주택 취득일부터 2년(그 밖의 경우 3년)이 지나지 않아야 특례를 인정합니다. 부칙은 조정대상지역에 종전주택이 있는 1세대 1주택자가 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하는 경우부터 적용하도록 정했습니다. 조정대상지역 공고일 이전에 신규주택을 샀거나 계약금을 낸 사실이 확인되면 3년이 적용됩니다. 부칙 제2조 제2항에 따라 2026. 8. 3. 이전에 조정대상지역 신규주택(취득할 수 있는 권리 포함)을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증명서류로 확인되는 경우에도 종전 규정인 3년이 적용됩니다. A씨처럼 2025년에 신규주택을 산 경우에는 종전 규정에 따라 3년입니다.

종부세 일시적 2주택 특례 대응 순서

• 기간 계산 - 신규주택 취득일과 두 주택의 조정대상지역 여부를 확인해 2년인지 3년인지 정합니다. 과세기준일마다 이 기간이 지났는지 봅니다.
• 특례 신청 - 9월 16일부터 9월 30일까지 일시적 2주택 특례 신청서를 냅니다. 다음 해부터는 변동이 없으면 다시 내지 않아도 됩니다.
• 고지서 검토 - 12월 고지서에서 기본공제 12억원과 세액공제율이 반영됐는지, 신규주택분이 공제에서 빠졌는지 확인합니다.
• 종전주택 양도 - 기간 안에 종전주택 잔금을 마칩니다. 기간을 넘기면 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다.
• 불복 검토 - 특례가 반영되지 않은 고지를 받았다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부속토지·상속주택이 함께 있거나 부부 공동명의인 경우에는 계산과 특례 요건이 달라지므로 등기부와 고지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합부동산세 부과처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특례 신청을 매년 해야 하나요?
  아니요, 처음 신청한 연도의 다음 해부터는 신청 사항에 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 됩니다. 다만 신규주택을 추가로 사거나 소유 지분이 바뀌는 등 변동이 생기면 그해 9월 16일부터 9월 30일까지 다시 신청해야 합니다.
• 신규주택에도 세액공제가 적용되나요?
  아니요, 고령자·장기보유 세액공제는 종전주택분에만 적용됩니다. 전체 산출세액 중 신규주택 공시가격 비율에 해당하는 세액은 공제 대상에서 빠지므로, 신규주택 가격이 높을수록 공제 효과는 줄어듭니다.
• 보유기간은 어느 주택 기준으로 세나요?
  보유기간별 세액공제는 1세대 1주택자로서 해당 주택을 과세기준일 현재 5년 이상 보유한 경우에 적용되며, 일시적 2주택이라면 공제가 적용되는 종전주택의 보유기간으로 판단합니다. 5년 이상 20%, 10년 이상 40%, 15년 이상 50%입니다.
• 일시적 2주택 기간은 언제부터 세나요?
  신규주택을 취득한 날부터 셉니다. 과세기준일인 6월 1일 현재 그 날부터 2년(종전주택·신규주택 모두 조정대상지역이고 2026. 8. 4. 이후 신규주택 취득, 2026. 8. 3. 이전 계약금 지급분 제외) 또는 3년(그 밖의 경우)이 지나지 않았어야 특례가 적용됩니다.
• 세율을 정할 때 신규주택도 주택 수에 들어가나요?
  아니요, 일시적 2주택의 신규주택은 세율 적용 주택 수 계산에서 빠집니다. 다만 현행 세율은 3주택 이상일 때만 높은 세율을 적용하므로, 2주택 단계에서는 세율보다 기본공제와 세액공제 차이가 더 크게 작용합니다.
• 특례가 빠진 고지서를 받으면 어떻게 하나요?
  특례를 신청했는데도 고지서에 반영되지 않았다면 먼저 세무서에 신청 접수 여부를 확인합니다. 바로잡히지 않으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 신청서 접수증과 등기부를 함께 준비해 두어야 합니다.
• 특례를 받고 옛집을 기간 안에 못 팔면요?
  일시적 2주택 특례로 1세대 1주택자 계산을 받은 뒤 요건을 충족하지 못하게 되면, 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징당합니다. 처분기간 마지막 날이 다가오면 매매계약뿐 아니라 잔금과 소유권 이전까지 마쳤는지 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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