법인세·소득세

법인으로 승인받은 종중이 묘소 있는 임야를 팔면 법인세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

원칙적으로 나오지 않습니다, 법인으로 보는 단체인 종중이 처분일 현재 3년 이상 묘역 관리 같은 고유목적사업에 직접 쓴 임야를 팔면 그 수입은 수익사업 소득이 아닙니다. 승인 전에 취득한 임야도 같고, 2005년 이전 취득한 종중 임야는 비사업용 토지에서도 빠집니다. 지금은 판 임야를 실제로 묘역 관리에 썼다는 자료부터 정리하십시오.

종중 재산을 팔았다고 해서 매각 대금 전체에 법인세가 붙는다고 걱정할 필요는 없습니다. 법인으로 보는 단체인 종중은 비영리법인으로 과세되므로, 수익사업에서 생긴 소득만 따집니다.

이런 상담이 많습니다

A종중은 오래전 관할 세무서장의 승인을 받아 법인으로 보는 단체로 고유번호를 받았습니다. 종중은 1970년대부터 선대 묘소가 있는 임야를 소유하며 시제와 벌초, 묘역 관리에 써 왔습니다. 2025년 묘역에서 떨어진 임야 일부를 인근 개발사업자에게 팔기로 하자, 종중 총무는 법인세 신고를 해야 하는지, 얼마를 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

법인으로 보는 종중이 선산 임야를 팔면 법인세가 나오나요?

처분일 현재 3년 이상 계속해 고유목적사업에 직접 사용한 임야라면 그 처분 수입은 수익사업 소득이 아니어서 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 나오지 않습니다. 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전에 취득한 임야도 같습니다.

비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 법이 열거한 수익사업에서 생긴 소득으로 한정되고, 유형자산 처분 수입도 여기에 들어갑니다. 다만 법령이나 정관에 규정된 고유목적사업에 처분일 현재 3년 이상 계속해 직접 사용한 자산의 처분 수입은 제외됩니다.

10년 이상 고유목적사업에 직접 사용했지만 처분일 현재는 쓰고 있지 않은 자산이라면, 처분 수입 가운데 직접 사용한 일수가 보유 일수에서 차지하는 비율만큼 제외합니다. 두 방식에 모두 해당하면 제외되는 금액이 큰 쪽을 적용합니다.

고유목적사업에 직접 사용했다는 것은 어떻게 판단하나요?

정관에 적힌 목적에 실제로 그 땅을 썼는지를 사용 용도, 면적, 기간, 임대 여부로 따집니다. 종중 정관에 조상 묘소 관리와 제사가 목적으로 적혀 있고 해당 임야에 묘소가 있거나 묘역 관리에 쓰였다면 직접 사용으로 볼 수 있습니다.

반대로 묘소와 떨어진 부분을 다른 사람에게 빌려주고 사용료를 받았거나, 수년간 방치해 둔 부분이라면 직접 사용으로 인정받기 어렵습니다. 같은 필지 안에서도 묘역과 그 밖의 부분이 나뉠 수 있으므로, 매각하는 면적이 묘역과 어떤 관계인지 측량도면과 사진으로 정리해 두는 것이 좋습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2015-법령해석법인-0035(2015. 5. 7.)에서, 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 승인 전에 취득해 처분일 현재 3년 이상 계속 정관상 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산을 처분해 생긴 수입은 수익사업 소득에 해당하지 않는다고 회신했습니다. 수백 년 된 선대 묘소가 있는 임야 일부를 판 사안이었습니다.

같은 회신은 고유목적사업에 직접 사용했는지는 부동산의 사용 용도와 면적 등 사용 현황, 임대차 여부 등 여러 사정을 고려해 사실판단할 사항이라고 덧붙였습니다. 회신 당시 인용 조문은 법인세법 제3조 제3항 제5호였고, 지금은 제4조 제3항 제5호로 옮겨졌습니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이라 임대 사실이 있거나 사용 기간이 짧으면 결론이 달라질 수 있습니다.

토지등 양도소득에 대한 법인세는 따로 내나요?

비영리법인도 토지등 양도소득에 대한 법인세 납세의무가 있어, 판 임야가 비사업용 토지이면 양도소득의 10%를 추가로 냅니다. 다만 종중이 소유한 임야로서 2005년 12월 31일 이전에 취득한 것은 법인의 업무와 직접 관련 있는 임야로 보아 비사업용 토지에서 빠집니다.

2006년 이후 취득한 임야라면 산림경영계획 인가 여부, 도시지역 편입 여부 같은 다른 사업용 요건을 따로 따져야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 수익사업을 하지 않는 비영리법인이 토지를 팔면 법인세 신고 대신 양도소득세 방식으로 계산해 예정신고·납부할 수 있게 하고 있으니, 과세 대상이 되는 경우 어느 방식이 유리한지도 비교합니다.

종중 임야 매각 법인세 대응 순서

• 단체 지위 확인 - 법인으로 보는 단체 승인 통지와 고유번호증, 정관을 확인합니다. 승인받지 않은 종중이라면 개인처럼 양도소득세 문제로 따로 검토합니다.
• 사용 현황 정리 - 매각 임야의 묘소 위치, 벌초·시제 기록, 임대 여부를 사진과 회의록으로 정리해 3년 이상 직접 사용을 입증할 자료를 만듭니다.
• 취득 시기 확인 - 등기부와 종중 재산 명부로 취득일을 확인해 2005년 12월 31일 이전 취득인지 봅니다.
• 신고 방식 결정 - 과세 대상 부분이 있으면 법인세 과세표준 및 세액신고서나 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서 가운데 하나로 신고합니다.
• 불복 대비 - 세무서가 직접 사용을 부인해 과세하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직접 사용 여부는 땅마다 사실판단이 갈리므로 정관과 현장 자료를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종중과 비영리법인의 부동산 처분 과세와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법인으로 보는 종중은 어떤 단체인가요?
  조직과 운영 규정을 갖추고 대표자를 선임했으며, 자기 명의로 재산을 독립해 관리하고 수익을 구성원에게 분배하지 않는 단체가 관할 세무서장의 승인을 받은 경우입니다. 세법상 비영리법인으로 과세됩니다.
• 승인 전에 취득한 땅도 고유목적 사용으로 보나요?
  네. 법인으로 보는 단체 승인 전에 취득한 부동산이라도 처분일 현재 3년 이상 계속해 정관상 고유목적사업에 직접 사용했다면 그 처분 수입은 수익사업 소득에서 빠집니다. 사용 기간은 실제 사용 사실로 판단합니다.
• 임야 일부를 임대했다면 어떻게 되나요?
  임대한 부분은 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵습니다. 그 부분의 처분 수입은 유형자산 처분 수입으로 수익사업 소득이 될 수 있고, 임대료 수입 자체도 수익사업 소득으로 따로 신고해야 합니다.
• 오래 묵혀 둔 종중 임야도 비사업용 토지인가요?
  종중이 소유한 임야로서 2005년 12월 31일 이전에 취득한 것은 법인의 업무와 직접 관련 있는 임야로 보아 비사업용 토지에서 빠집니다. 2006년 이후 취득분은 다른 사업용 요건을 따로 따져야 합니다.
• 비사업용 토지면 세금은 얼마나 늘어나나요?
  비영리법인도 토지등 양도소득에 대한 법인세를 내므로, 비사업용 토지를 팔면 토지등 양도소득의 10%를 추가로 냅니다. 미등기 토지는 40%입니다. 각 사업연도 소득 과세와는 따로 계산합니다.
• 양도소득세 방식으로 신고할 수도 있나요?
  수익사업을 하지 않는 비영리법인이 토지·건물을 팔면 법인세 과세표준 신고 대신 양도소득세 계산 방식으로 법인세를 계산해 예정신고·납부할 수 있습니다. 과세 대상 부분이 있을 때 유리한 쪽을 비교합니다.
• 세무서가 직접 사용을 부인하면 어떻게 하나요?
  과세예고 통지를 받았다면 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 검토합니다. 묘소 위치도와 시제 기록, 임대 여부 자료가 직접 사용을 다투는 핵심 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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