세무조사

세무조사 결과통지를 받고 조기결정을 신청하면 무엇이 달라지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

조기결정은 세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구하지 않고 통지 내용의 전부나 일부를 바로 결정해 달라고 신청하는 절차로, 고지가 앞당겨지는 만큼 납부지연가산세가 줄어듭니다. 인정하는 항목은 국세기본법 시행규칙 별지 제56호의5서식으로 조기결정을 신청하고, 다툴 항목은 과세전적부심사로 나누어 청구하십시오.

조기결정을 신청한다고 세금이 줄어드는 것은 아닙니다. 고지를 앞당겨 고지 전까지 날마다 붙는 납부지연가산세를 줄이고, 다툴 부분과 다투지 않을 부분을 나누어 정리하는 절차입니다.

이런 상담이 많습니다

K씨는 2026년 여름 양도소득세 세무조사를 받고 결과통지서를 받았습니다. 적출 항목은 두 가지였습니다. 하나는 취득가액을 계약서보다 높게 신고한 부분으로, K씨도 착오였다고 인정하는 항목이었습니다. 다른 하나는 리모델링 공사비 일부를 증빙이 부족하다며 필요경비에서 뺀 부분이었는데, K씨는 공사 대금을 계좌로 보낸 기록이 있어 다투고 싶었습니다. 예상 고지세액은 가산세를 합쳐 1억 2천만원 정도였습니다. K씨는 인정하는 부분은 빨리 정리해 가산세를 줄이고 싶고, 공사비 부분은 과세전적부심사로 다투고 싶은데 둘을 함께 할 수 있는지, 결과통지서에 적힌 조기결정신청서 서식은 어디서 구하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조기결정 신청은 무엇이고 언제 하나요?

세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받은 사람은 그 통지를 받은 날부터 30일 안에 통지 내용이 적법한지 심사해 달라는 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 조기결정 신청은 이 과세전적부심사를 청구하지 않고, 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 전부 또는 일부에 대해 과세표준과 세액을 바로 결정하거나 경정해 달라고 요청하는 절차입니다. 신청을 받은 관서는 신청한 내용대로 즉시 결정해야 합니다.

시행령은 과세전적부심사가 청구되면 그 청구 부분은 결정이 날 때까지 과세표준과 세액의 결정을 미루도록 정하면서, 조기결정 신청이 있는 경우는 예외로 둡니다. 아무 신청도 하지 않으면 30일의 청구기간이 지난 뒤에야 고지 절차로 넘어가는 것이 보통입니다. 국세청의 전산 처리 흐름도 결과통지 후 30일이 지나 과세전적부심사 청구기간이 끝난 뒤 부과 통보를 하도록 되어 있습니다. 이 처리 흐름은 추후 변동될 수 있습니다.

결과통지서에는 세무조사 대상 세목과 과세기간, 결정·경정 사유와 근거 법령, 가산세의 종류와 금액과 산출근거, 결정 통지 전까지 수정신고를 할 수 있다는 사실, 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실이 적혀야 합니다. 조기결정 신청서에는 통지번호와 통지받은 날을 적어야 하므로, 결과통지서를 받은 날짜를 반드시 기록해 두십시오. 조사결과 설명회에서 결과통지서를 직접 받았다면 그날이 기산일입니다.

결과가 한꺼번에 오지 않는 경우도 있습니다. 국외자료 수집이나 상호합의가 진행 중이거나, 세법 해석과 사실관계 확정을 위해 재정경제부장관이나 국세청장에게 질의하는 중이라 20일 안에 통지할 수 없는 부분이 있으면, 납세자가 동의하는 경우에 한해 그 부분을 뺀 결과를 먼저 통지합니다. 이때는 조사사무처리규정 별지 제27호 서식 세무조사 부분 결과통지 동의서를 냅니다. 먼저 통지된 부분에 대해서도 30일의 선택지가 따로 진행되므로, 나머지 부분의 쟁점과 연결되는 항목은 조기결정을 서두르지 않는 편이 안전합니다.

조기결정을 하면 가산세가 얼마나 줄어드나요?

납부지연가산세는 내야 할 세금을 법정납부기한까지 내지 않은 경우 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일 전날까지의 기간에 1일 10만분의 22의 이자율을 곱해 계산합니다. 납부고지일 전에 납부하면 그 납부일 전날까지 계산합니다. 조기결정으로 고지일이 앞당겨지면 이 기간이 그만큼 짧아집니다.

단순 예시로 계산해 보면, 추가로 낼 본세가 1억원일 때 하루 납부지연가산세는 2만 2천원입니다. 고지가 30일 빨라지면 약 66만원, 60일 빨라지면 약 132만원이 줄어드는 셈입니다. 과세전적부심사를 청구하면 세무관서가 청구일부터 30일 안에 결정해야 하고, 그 뒤에 고지 절차가 이어지므로 실제로는 몇 주에서 몇 달까지 차이가 날 수 있습니다.

다만 기대 효과를 과장해서는 안 됩니다. 조사는 대개 몇 년 전 과세기간을 대상으로 하므로, 납부지연가산세의 대부분은 법정납부기한 다음 날부터 결과통지까지 이미 쌓여 있습니다. 조기결정으로 줄일 수 있는 것은 결과통지 뒤 고지까지 남은 꼬리 기간의 가산세입니다. 과소신고가산세나 무신고가산세는 조기결정과 관계없이 그대로입니다.

반대로 과세전적부심사를 청구했는데 세무관서가 30일의 결정·통지 기간 안에 결과를 알리지 않으면, 지연된 기간에 붙는 납부지연가산세의 50%를 감면받습니다. 다툴 실익이 있는 항목이라면 가산세 부담 때문에 과세전적부심사를 포기할 필요는 없다는 뜻입니다.

조기결정을 하면 과세전적부심사는 못 하나요?

조기결정을 신청한 부분은 과세전적부심사를 청구하지 않겠다는 의미입니다. 서식 문안에도 신청한 세액에 대해서는 과세전적부심사를 청구하지 않으므로 즉시 결정·고지해 달라는 취지가 들어 있습니다. 그러나 법률은 통지 내용의 일부에 대해서도 조기결정을 신청할 수 있게 하고, 시행령은 과세전적부심사 청구가 있으면 그 청구 부분만 결정을 미루도록 정합니다.

그래서 사례의 K씨처럼 인정하는 취득가액 항목은 조기결정을 신청해 먼저 고지받고, 다툴 공사비 항목은 과세전적부심사를 청구하는 방식이 가능합니다. 이때는 두 서류에 적는 세액이 겹치거나 빠지지 않도록 항목별 세액을 나누어 계산해 두어야 합니다. 조사팀에 항목별 세액 산출 내역을 요청해 받아 두면 정확합니다.

과세전적부심사는 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구하는 것이 원칙이지만, 국세청장의 유권해석 변경이나 새로운 해석이 필요한 사항, 청구금액 5억원 이상인 사항 등은 국세청장에게 청구할 수 있습니다. 청구금액 기준은 2024. 2. 29. 시행령 개정으로 10억원에서 5억원으로 낮아졌습니다. 다툴 항목의 세액 규모에 따라 청구할 곳이 달라질 수 있습니다.

수정신고와 조기결정은 무엇이 다른가요?

결과통지서에는 결정 통지 전까지 수정신고를 할 수 있다는 안내가 들어 있습니다. 수정신고는 납세자가 스스로 세액을 고쳐 신고하고 납부하는 것이어서, 고지를 기다리지 않고 바로 낼 수 있다는 점에서 조기결정과 비슷한 효과가 있습니다. 납부지연가산세는 실제로 낸 날 전날까지만 계산됩니다.

차이도 있습니다. 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 낸 수정신고는 경정할 것을 미리 알고 낸 신고여서 과소신고가산세 감면을 받지 못합니다. 결과통지 뒤 수정신고를 해도 가산세 감면 면에서 유리해지는 것은 없다는 뜻입니다. 또 수정신고는 납세자가 세액을 직접 계산해 신고하는 것이어서 계산이 틀리면 다시 고쳐야 하는 반면, 조기결정은 관서가 통지한 내용대로 결정하므로 계산은 관서 몫입니다.

실무에서는 수정신고로 처리하도록 안내받는 경우가 많습니다. 어느 쪽이든 인정한 항목을 나중에 다투기는 어려워지므로, 인정 범위를 정하기 전에 항목별로 다툴 실익을 먼저 따져 보아야 합니다. 국세청은 수정신고한 사항이 다시 처분되지 않도록 확인하라고 정하고 있으므로, 수정신고를 했다면 고지서와 중복되지 않았는지도 확인하십시오.

조기결정 신청서는 어떤 서식으로 내나요?

조기결정 신청은 국세기본법 시행규칙 별지 제56호의5서식 조기결정 신청서로 합니다. 신청서에는 통지번호, 통지 관서, 통지 연월일, 통지받은 날, 그리고 세목별로 신고 과세표준, 결정 과세표준, 산출세액, 예상 고지액, 신청세액을 적습니다. 신청세액 칸이 따로 있어 일부만 신청할 수 있는 구조입니다. 수수료는 없고, 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 냅니다.

주의할 점이 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 국가법령정보센터에 올라 있는 세무조사 결과통지서 서식(별지 제56호서식) 본문은 조기결정신청서를 "별지 제56호의4서식"으로 안내하고 있습니다. 그러나 시행규칙 조문상 별지 제56호의4서식은 국세청장에게 내는 과세전적부심사청구서이고, 조기결정 신청서는 별지 제56호의5서식입니다. 국세청이 쓰는 서식도 예전 번호인 제56호의4로 되어 있습니다. 서식을 내려받을 때는 번호보다 서식 제목이 「조기결정 신청서」인지 확인하십시오.

과세전적부심사청구서는 세무서장이나 지방국세청장에게 낼 때 별지 제56호의3서식, 국세청장에게 낼 때 별지 제56호의4서식을 씁니다. 일부는 조기결정, 일부는 과세전적부심사로 나누는 경우 두 서식을 함께 준비해야 합니다.

조기결정으로 고지된 세금도 나중에 다툴 수 있나요?

조기결정으로 포기하는 것은 과세전적부심사뿐입니다. 결정·고지가 나오면 그 처분에 대해 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있고, 청구기간은 처분의 통지를 받은 날부터 90일입니다. 결과통지서 서식도 조기결정신청서 제출에 따른 고지에 이의가 있으면 납세고지서를 받은 날부터 90일 이내에 불복청구를 할 수 있다고 안내합니다. 결정이 나면 조사한 사실과 결정 근거가 적힌 결정서의 열람이나 복사를 말로 요구할 수 있다는 안내도 함께 들어 있으므로, 불복을 준비한다면 결정서부터 받아 보십시오. 다만 조기결정을 신청했다는 사정은 그 항목의 사실관계를 인정했다는 정황으로 받아들여질 수 있으므로, 다툴 가능성이 조금이라도 있는 항목은 조기결정 대상에서 빼는 것이 원칙입니다.

조기결정 신청 전에 세무대리인과 함께 확인할 것이 하나 더 있습니다. 결과통지서에 소득처분 명세가 있다면, 법인에서 대표자 상여 등으로 처분된 소득금액은 소득금액변동통지를 받은 날의 다음 달 10일까지 수정신고·납부하도록 별도 기한이 적혀 있습니다. 개인 세목의 조기결정과 법인 쪽 소득처분의 기한이 서로 다르므로, 한쪽만 정리하고 다른 쪽 기한을 놓치지 않도록 일정표를 따로 만드십시오.

결정이나 경정으로 세액이 늘어난 부분에 대해서는 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에 경정청구도 할 수 있습니다. 2025. 1. 1.부터 종전 90일이 3개월로 바뀌었고, 법정신고기한부터 5년 한도 안에서 적용됩니다. 조기결정 뒤 새로운 증빙을 찾았다면 불복과 경정청구 가운데 어느 절차가 맞는지 기한과 함께 검토하십시오.

결과통지 후 30일 대응 순서

• 수령일 기록 - 결과통지서를 받은 날을 적고 30일이 되는 날을 표시합니다.
• 항목별 세액 분리 - 적출 항목마다 본세와 가산세를 나누어 계산하거나 조사팀에 산출 내역을 요청합니다.
• 다툴 항목 선별 - 증빙과 법리로 다툴 실익이 있는 항목과 인정할 항목을 나눕니다.
• 인정 항목 처리 - 인정할 항목은 별지 제56호의5서식으로 조기결정을 신청하거나 수정신고·납부로 정리합니다.
• 다툴 항목 청구 - 다툴 항목은 30일 안에 과세전적부심사청구서를 내고, 청구금액 5억원 이상이면 국세청장 청구를 검토합니다.
• 고지 후 점검 - 고지서가 신청 내용과 같은지, 수정신고분과 중복되지 않았는지 확인하고 불복 기한 90일을 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조기결정이 실제로 얼마나 유리한지는 추가 세액의 크기, 과세기간과 결과통지 사이의 기간, 다툴 항목의 비중에 따라 달라집니다. 결과통지서 서식의 번호 표기 불일치처럼 서식 정보는 바뀔 수 있으므로 제출 전에 현행 서식을 확인해야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 결과통지 이후 과세전적부심사와 조기결정 검토, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조기결정 신청은 결과통지서를 받은 지 30일이 지나도 할 수 있나요?
  조기결정은 과세전적부심사를 청구하지 않는 대신 즉시 결정해 달라는 절차여서, 과세전적부심사 청구기간인 30일 안에 의미가 있습니다. 30일이 지나면 관서가 통상 절차에 따라 결정·고지하므로 조기결정을 따로 신청할 실익이 거의 없습니다.
• 조기결정을 신청하면 언제 고지서가 오나요?
  법률은 신청받은 내용대로 즉시 결정하도록 정하고 있습니다. 구체적인 고지 시점은 관서의 결의와 고지 절차에 따라 다르므로, 신청서를 낼 때 담당자에게 예상 고지 시기를 확인해 두고 납부 자금을 미리 준비하십시오.
• 고지 전에 미리 세금을 내 버리면 안 되나요?
  고지 전에 수정신고와 함께 납부하면 납부지연가산세는 납부일 전날까지만 계산됩니다. 다만 수정신고는 세액을 납세자가 직접 계산해야 하고, 조사 착수를 안 뒤의 수정신고라 과소신고가산세 감면은 없습니다. 계산이 복잡하면 조기결정으로 관서 계산에 맡기는 편이 안전합니다.
• 과세전적부심사 결정이 늦어지면 가산세가 계속 붙나요?
  과세전적부심사는 청구일부터 30일 안에 결정·통지해야 하고, 그 기간 안에 통지하지 않으면 지연된 기간에 부과되는 납부지연가산세의 50%를 감면받습니다. 청구일과 통지일을 기록해 두면 감면 여부를 확인할 수 있습니다.
• 조기결정 신청서를 잘못된 번호 서식으로 내면 어떻게 되나요?
  서식 번호보다 신청 내용이 중요합니다. 조기결정 신청 의사와 대상 세액이 분명하면 관서가 내용에 따라 처리하는 것이 일반적이지만, 국세청장에게 내는 과세전적부심사청구서(제56호의4)를 잘못 쓰면 다른 신청으로 오해받을 수 있습니다. 제목이 「조기결정 신청서」인 별지 제56호의5서식을 쓰십시오.
• 고발이나 통고처분이 예정된 사건도 조기결정을 신청하나요?
  조세범 처벌법 위반으로 고발이나 통고처분을 하는 경우에는 원칙적으로 과세전적부심사를 청구할 수 없으므로 조기결정을 따로 신청할 필요가 없습니다. 다만 고발·통고처분과 관련 없는 세목이나 세액은 과세전적부심사를 청구할 수 있어, 그 부분에 한해 조기결정도 선택지가 됩니다.
• 제척기간이 얼마 남지 않았다고 바로 고지가 왔는데 정상인가요?
  결과통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하이면 과세전적부심사를 청구할 수 없어, 관서는 30일을 기다리지 않고 결정·고지할 수 있습니다. 이 경우에는 고지 후 90일 안에 이의신청이나 심판청구 같은 불복 절차로 다투어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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