세무조사

양도세 조사 결과통지를 받고 수정신고하면 과소신고가산세가 줄어드나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무조사에 착수한 것을 알거나 해명 통지를 받은 뒤 한 수정신고는 과소신고가산세 감면 대상이 아닙니다. 그래도 결정 통지 전에 인정하는 항목을 수정신고하고 납부하면 납부지연가산세가 더 늘지 않습니다. 다툴 항목은 수정신고에서 빼고 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사로 다투는 방법을 검토하십시오.

양도소득세 조사가 끝나면 결과통지와 함께 「결정 통지 전까지 수정신고를 할 수 있다」는 안내를 받습니다. 그러면 수정신고를 하면 가산세가 줄어드는지, 수정신고를 하면 나중에 다툴 수 없게 되는지를 묻는 분이 많습니다. 결론은 과소신고가산세 감면은 없고, 수정신고의 실익은 다른 데 있다는 것입니다.

어떤 경우에 가산세가 줄고 어떤 경우에 줄지 않는지, 수정신고와 과세전적부심사를 어떻게 나누어 쓰는지를 순서대로 설명합니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2024. 6. 아파트를 팔고 예정신고를 했습니다. 2026. 8. 양도소득세 세무조사를 받았고, 2026. 9. 25. 받은 결과통지에는 필요경비로 넣은 인테리어 비용 4천만원이 증빙 부족으로 빠져 양도소득세 1,200만원과 과소신고가산세, 납부지연가산세가 붙는다고 적혀 있었습니다. 조사팀은 결정 통지 전까지 수정신고를 할 수 있다고 안내했습니다. D씨는 지금 수정신고하면 가산세가 감면되는지, 일부 비용은 영수증이 있어 다투고 싶은데 수정신고하면 다툴 길이 막히는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사 결과통지 뒤 수정신고하면 가산세가 감면되나요?

과소신고가산세는 감면되지 않습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 90%에서 10%까지 줄여 주지만, 세무서가 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 제외됩니다. 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 낸 경우가 바로 그 예입니다.

세무서로부터 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고한 경우도 같습니다. 해명 안내문을 받은 뒤라면 조사로 넘어가기 전이라도 감면 대상이 아닙니다. 감면을 받을 수 있는 것은 세무서의 안내나 조사 착수 전에 스스로 잘못을 고친 경우입니다.

과소신고가산세율 자체는 일반적인 과소신고면 10%, 거짓 계약서처럼 부정행위로 과소신고했다면 40%입니다. 조사 결과 부정행위로 분류되었는지는 결과통지의 가산세 종류와 산출근거에서 확인할 수 있습니다.

그런데도 수정신고를 안내하는 이유는 무엇인가요?

결과통지서에는 조사한 세목과 과세기간, 결정·경정 사유, 가산세의 종류·금액·산출근거, 수정신고를 할 수 있다는 사실, 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실이 들어가야 합니다. 수정신고 안내는 법령이 정한 결과통지 항목의 하나이고, 수정신고를 하라는 권유나 압박으로 받아들일 필요는 없습니다.

납부지연가산세 때문입니다. 납부지연가산세는 원래 납부기한 다음 날부터 납부고지일 전날까지(그 전에 냈다면 납부일 전날까지) 1일 10만분의 22로 계산됩니다. 결과통지 후 고지까지 몇 주가 걸리므로, 인정하는 부분을 먼저 수정신고하고 바로 내면 그 기간만큼 가산세가 늘지 않습니다.

국세청은 조사 결과를 설명할 때 결정 통지 전까지 수정신고가 가능하다는 사실을 안내하고, 나중에 부과처분을 할 때 이미 수정신고된 항목이 다시 처분되지 않도록 확인하도록 하고 있습니다. 수정신고와 고지가 겹쳐 같은 세금이 두 번 고지된 것처럼 보이면 그 부분부터 바로잡아 달라고 요청하면 됩니다.

수정신고하면 나중에 다툴 수 없나요?

다툴 수 있습니다. 수정신고한 세액도 법정신고기한이 지난 후 5년 안이라면 경정청구로 바로잡아 달라고 할 수 있습니다. 다만 스스로 수정신고한 내용을 뒤집는 것이므로, 왜 처음 수정신고가 잘못되었는지를 새 증빙으로 설명해야 합니다.

그래서 실무에서는 항목을 나눕니다. 증빙이 없어 인정할 수밖에 없는 항목은 수정신고하고, 영수증이나 계좌 기록으로 다툴 수 있는 항목은 수정신고에서 빼고 과세전적부심사를 청구하는 방식입니다. D씨라면 영수증이 없는 비용만 수정신고하고, 영수증이 있는 비용은 과세전적부심사에서 다투는 방법을 검토할 수 있습니다. 이렇게 나누면 인정하는 부분의 납부지연가산세는 멈추고, 다투는 부분은 고지 전에 한 번 더 판단을 받을 수 있습니다. 반대로 결과통지 내용을 모두 수정신고한 뒤 일부를 다시 다투려 하면, 세무서는 납세자가 스스로 인정한 금액이라는 점을 들어 경정청구를 받아들이지 않을 가능성이 커집니다.

과세전적부심사를 청구하면 가산세가 더 붙나요?

심사를 받는 동안에도 고지 전까지 납부지연가산세 기간은 계속 흐릅니다. 다투는 금액이 작고 증빙이 약하다면 이 점을 함께 따져야 합니다.

다만 과세전적부심사는 청구를 받은 날부터 30일 안에 결과를 통지해야 하고, 그 기간에 통지하지 않으면 지연된 기간에 붙는 납부지연가산세의 50%가 감면됩니다. 청구서를 낸 날과 결과를 받은 날을 기록해 두면 이 감면을 확인하는 데 쓸 수 있습니다.

예정신고를 과소하게 했지만 조사나 해명 안내 없이 스스로 확정신고기한까지 바로잡았다면 과소신고가산세의 50%를 감면받을 수 있다는 점도 기억해 둘 만합니다. 조사 통지 전이라면 이 선택지가 남아 있습니다.

조사 결과통지 후 수정신고 대응 순서

• 결과통지 항목 분류 - 적출 항목마다 금액, 가산세 종류, 산출근거를 표로 옮기고 인정할 항목과 다툴 항목을 나눕니다.
• 인정 항목 수정신고 - 증빙으로 다툴 수 없는 항목만 결정 통지 전에 수정신고하고 바로 납부해 납부지연가산세를 멈춥니다.
• 다툴 항목 증빙 정리 - 영수증, 계좌 이체 내역, 시공업체 확인서를 모아 항목별로 묶습니다.
• 과세전적부심사 청구 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 다툴 항목만 청구하고 접수일을 기록합니다.
• 고지 후 점검 - 고지서에 수정신고 항목이 다시 들어가지 않았는지, 지연 감면이 반영되었는지 확인하고 90일 안에 불복 여부를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 수정신고 범위와 과세전적부심사 실익은 항목별 증빙과 가산세 종류에 따라 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 결과통지 검토와 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조사 중에 수정신고하면 가산세를 깎아 주나요?
  깎아 주지 않습니다. 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고한 경우는 경정할 것을 미리 알고 낸 것으로 보아 과소신고가산세 감면에서 제외됩니다. 감면은 조사나 해명 안내 전에 스스로 고친 경우에만 적용됩니다.
• 해명 안내문을 받고 수정신고해도 감면이 안 되나요?
  과세자료 해명 통지를 받고 수정신고한 경우도 감면 제외 사유로 정해져 있습니다. 해명 단계에서 잘못을 인정하는 것이 조사로 넘어가는 것을 막는 데는 도움이 되지만 과소신고가산세 감면은 기대하기 어렵습니다.
• 그럼 결과통지 뒤 수정신고는 왜 하나요?
  납부지연가산세는 고지일 전에 납부하면 그 납부일 전날까지만 1일 10만분의 22로 계산됩니다. 인정하는 항목을 먼저 수정신고하고 바로 내면 결과통지 뒤 고지까지 걸리는 기간의 가산세가 늘지 않습니다.
• 수정신고하면 나중에 경정청구를 못 하나요?
  수정신고한 세액도 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 다만 스스로 인정한 내용을 뒤집는 것이라 새 증빙과 이유를 갖춰야 하므로, 다툴 항목은 처음부터 수정신고에서 빼는 것이 좋습니다.
• 일부 항목만 수정신고해도 되나요?
  됩니다. 결정·경정 통지 전까지 신고하여야 할 세액에 미치지 못한 부분을 수정신고할 수 있으므로, 인정하는 항목만 수정신고하고 나머지는 결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사로 다투는 방식이 가능합니다.
• 과세전적부심사 결과가 늦으면 가산세는요?
  과세전적부심사는 청구일부터 30일 안에 결과를 알려야 하고, 그 기간에 통지하지 않으면 지연 기간에 붙는 납부지연가산세의 50%가 감면됩니다. 청구일과 결과 수령일을 기록해 두십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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