세무조사

양도세 세무조사 통지를 받은 부모님이 돌아가셨다면 조사는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

조사 대상자가 사망해도 양도소득세 조사는 끝나지 않고, 국세청은 상속세 조사와 함께 진행하는 것을 원칙으로 합니다. 피상속인의 양도세는 상속인이 상속받은 재산 한도에서 상속분대로 연대해 내고, 추징된 양도세는 상속세 계산에서 공과금으로 뺄 수 있는지 검토됩니다. 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 신고 기한을 먼저 확인하십시오.

양도소득세 세무조사 통지를 받은 분이 조사 도중이나 조사 시작 전에 돌아가시면 가족은 조사가 끝난 것인지부터 묻습니다. 결론부터 말하면 조사는 끝나지 않고, 대개 상속세 조사와 묶여 진행됩니다. 피상속인의 양도소득세는 상속인이 상속받은 재산 한도에서 이어받기 때문입니다.

이 글은 조사 대상자가 사망했을 때 조사가 어떻게 이어지는지, 상속인이 누구의 세금을 얼마까지 책임지는지, 추징된 양도소득세가 상속세 계산에 어떻게 반영되는지를 차례로 설명합니다.

이런 상담이 많습니다

C씨의 아버지는 2026. 3. 보유하던 토지를 15억원에 팔고 예정신고를 마쳤습니다. 2026. 6. 아버지에게 양도소득세 세무조사 사전통지서가 왔는데, 조사가 시작되기 전인 2026. 7. 아버지가 갑자기 돌아가셨습니다. 상속인은 C씨와 동생 두 사람이고, 양도대금 가운데 5억원은 사망 몇 달 전 여러 차례 현금으로 인출된 상태였습니다. C씨는 아버지 조사가 그대로 진행되는지, 세금이 나오면 형제가 어떻게 나누어 내는지, 상속세 신고는 언제 무엇을 기준으로 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사 대상자가 사망하면 양도세 조사는 끝나나요?

끝나지 않습니다. 국세청 기준으로는 조사대상자가 조사 개시 전에 사망했고 상속세 조사가 필요하다면, 선정을 철회할 사유가 없는 한 양도소득세 조사와 상속세 조사를 동시에 진행하는 것이 원칙입니다. 두 조사팀이 착수 시기를 맞춰 함께 시작하거나, 한 팀이 두 조사를 함께 맡는 방식 가운데 하나를 고릅니다.

조사 관할이 세무서와 지방국세청으로 갈리면 지방국세청이 함께 조사하는 것이 원칙입니다. 두 팀이 따로 조사하는 경우에도 피상속인의 양도소득세를 먼저 빨리 확정해 상속세 조사가 지나치게 길어지지 않도록 하라는 것이 국세청 기준입니다. 국세청 실무 기준은 바뀔 수 있습니다.

피상속인에게 한 처분이나 절차는 납세의무를 이어받은 상속인에게도 효력이 있습니다. 아버지에게 온 사전통지와 그동안 제출한 자료가 상속인에 대한 절차로 이어질 수 있다는 뜻이므로, 통지서와 제출 자료 사본을 먼저 찾아 두어야 합니다.

돌아가신 분의 양도세는 누가 얼마까지 내나요?

상속인은 피상속인에게 부과되거나 피상속인이 내야 할 국세를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 집니다. 상속인이 두 명 이상이면 각자 상속분에 따라 나눈 금액을, 상속받은 재산 한도에서 서로 연대해 냅니다. 이때 상속인들은 대표자를 정해 세무서에 신고해야 합니다.

예를 들어 상속인이 두 명이고 상속분이 같다면, 추징된 양도세를 절반씩 나눈 금액을 각자 상속받은 재산 한도에서 내되 서로 연대합니다. 한 사람이 먼저 전액을 냈다면 다른 상속인에게 그 몫을 청구하는 문제는 상속인 사이의 정산으로 남습니다.

상속받은 재산보다 세금이 많을 것 같다면 상속 포기나 한정승인을 검토하게 되는데, 이 선택은 상속개시를 안 날부터 정해진 기간 안에 해야 하므로 조사 결과를 기다리다 기한을 넘기지 않도록 주의해야 합니다. 조사 진행 상황과 예상 추징세액을 일찍 파악하는 것이 이 판단의 전제입니다.

사망한 해의 양도소득은 어떻게 신고하나요?

거주자가 사망하면 상속인은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월이 되는 날까지 사망일이 속하는 과세기간의 피상속인 소득을 신고해야 합니다. 그해에 양도한 자산이 있다면 이 신고에 포함됩니다.

예정신고를 이미 했다면 원칙적으로 그 소득에 대한 확정신고를 따로 하지 않아도 됩니다. 다만 같은 해에 누진세율이 적용되는 자산을 두 번 이상 팔아 예정신고를 여러 번 한 경우처럼 법이 정한 경우에는 합산해 다시 신고해야 하므로, 피상속인의 그해 양도 내역을 모두 확인해야 합니다.

추징된 양도세는 상속세 계산에서 빠지나요?

상속개시일 현재 피상속인이 내야 할 의무가 있던 조세로서 상속인에게 승계된 것은 공과금으로 상속재산 가액에서 뺍니다. 사망 전에 양도해 생긴 양도소득세가 조사로 추징된다면 이 공과금에 해당하는지 검토할 수 있고, 그만큼 상속세 과세가액이 줄어듭니다.

다만 상속세 신고기한까지 양도세 조사 결과가 나오지 않을 수 있습니다. 그런 경우 신고서에는 확인된 금액을 기준으로 적고, 양도세가 확정되면 상속세 조사 과정에서 그 금액을 반영해 달라고 서면으로 요청해 두는 것이 좋습니다.

양도대금은 상속세 조사에서 어떻게 다시 보나요?

피상속인이 재산을 처분해 받은 금액이나 인출한 금액이 재산 종류별로 상속개시일 전 1년 안에 2억원 이상, 2년 안에 5억원 이상인데 용도가 객관적으로 명백하지 않으면 상속받은 것으로 추정될 수 있습니다. C씨 사례처럼 양도대금 일부를 사망 전에 현금으로 인출했다면 그 쓰임이 상속세 조사의 중심 쟁점이 됩니다.

양도세 조사에서 확인된 대금 흐름은 상속세 조사에서 그대로 쓰입니다. 두 조사가 동시에 진행되면 같은 자료가 두 세목에 함께 쓰이므로, 대금의 사용처를 한 번에 정리해 두는 것이 가장 효율적입니다. 사용처는 계좌 이체처럼 기록이 남는 것과 현금처럼 남지 않는 것을 나누어 적고, 현금으로 쓴 부분은 병원비 영수증, 간병 계약서, 가족에게 생활비로 건넨 경위처럼 간접 자료로 보완합니다. 가족에게 건넨 돈이라면 증여로 볼지도 함께 검토되므로, 금액과 시기를 숨기지 말고 사실대로 정리하는 편이 결과적으로 부담이 적습니다.

피상속인 양도세 조사 대응 순서

• 통지와 제출 자료 확보 - 피상속인이 받은 사전통지서, 조사팀 연락처, 이미 제출한 자료 사본을 찾습니다.
• 상속인 대표자 신고 - 상속인 중 대표자를 정해 세무서에 신고하고 조사팀에 사망 사실과 연락 창구를 알립니다.
• 양도 내역과 대금 흐름 정리 - 피상속인의 그해 양도 거래와 대금 입금·인출·사용처를 날짜순 표로 만듭니다.
• 신고 기한 관리 - 상속세와 피상속인 소득세 신고를 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 안에 합니다.
• 결과통지 검토 - 양도세 결과통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사 여부를 정하고, 추징세액을 상속세 공과금으로 반영해 달라고 요청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 추징세액과 상속세 반영 범위는 양도 거래 내용과 대금 사용처, 상속 재산 규모에 따라 달라집니다. 법무법인 윤성은 피상속인 양도소득세 조사와 상속세 신고·조사 대응을 함께 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조사 대상자가 사망하면 세무조사는 취소되나요?
  취소되지 않습니다. 피상속인의 양도소득세 납세의무는 상속인에게 이어지고, 국세청은 상속세 조사가 필요한 경우 두 조사를 함께 진행하는 것을 원칙으로 합니다. 피상속인에게 한 절차의 효력도 상속인에게 미칩니다.
• 형제 중 한 명이 세금을 다 내야 하나요?
  상속인이 여럿이면 각자 상속분에 따라 나눈 금액을 상속받은 재산 한도에서 연대해 냅니다. 연대이므로 세무서는 한 상속인에게 징수할 수 있고, 낸 상속인은 다른 상속인과 내부적으로 정산하게 됩니다.
• 상속받은 재산보다 세금이 많으면 어떻게 하나요?
  상속인은 상속받은 재산의 한도에서만 피상속인의 국세를 냅니다. 상속 포기나 한정승인을 검토한다면 정해진 기한이 있으므로 조사 결과를 기다리지 말고 예상 세액을 먼저 추산해 판단해야 합니다.
• 아버지가 사망한 해의 양도세는 누가 신고하나요?
  상속인이 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 안에 사망일이 속하는 과세기간의 피상속인 소득을 신고합니다. 예정신고를 이미 했다면 원칙적으로 확정신고를 따로 하지 않아도 되지만 여러 건을 판 경우는 다시 확인해야 합니다.
• 추징된 양도세는 상속세에서 빼 주나요?
  상속개시일 현재 피상속인이 납부할 의무가 있던 조세로 상속인에게 승계된 것은 공과금으로 상속재산 가액에서 뺍니다. 조사로 추징된 양도세가 이에 해당하는지 확인하고 상속세 결정에 반영되도록 요청하십시오.
• 사망 전 인출한 양도대금은 어떻게 되나요?
  재산 종류별로 사망 전 1년 안에 2억원, 2년 안에 5억원 이상 처분하거나 인출했는데 용도가 객관적으로 명백하지 않으면 상속받은 것으로 추정될 수 있습니다. 인출금의 사용처를 증빙과 함께 정리해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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