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중복 세무조사 뒤 통고처분으로 낸 벌금, 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 조세범칙조사가 중복세무조사금지 원칙을 어겼다면 통고처분은 효력이 없고 이미 낸 벌금 상당액은 부당이득으로 반환을 구할 수 있습니다. 대법원은 통고처분이 행정소송 대상이 아니더라도 국가를 상대로 민사소송을 낼 수 있다고 보았습니다. 지금은 이전 세무조사와 세목·과세기간이 겹치는지부터 확인하십시오.

기한

세무조사 결과 통지서를 받았다면 받은 날부터 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 통고처분이 함께 나왔더라도 소득금액변동통지 부분은 이 기회가 보장됩니다.

통고처분은 행정소송으로 다툴 수 없다고 해서 불복할 길이 없다고 포기할 필요는 없습니다. 조사가 위법했다면 국가를 상대로 한 민사소송으로 반환을 구할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

건강식품 수입업체 A사는 2019년 2015~2017 사업연도 법인세 세무조사를 받고 세금을 냈습니다. 2023년 다시 시작된 법인세 조사는 도중에 조세범칙조사로 바뀌었고, 조사 대상이 앞서 조사를 마친 연도까지 넓어졌습니다. 지방국세청은 A사와 대표이사에게 각각 벌금 상당액 3억원을 내라는 통고처분을 했고, 두 사람은 고발을 피하려고 열흘 만에 전액을 냈습니다. 그 뒤 조세심판원이 겹친 연도의 과세를 중복조사라는 이유로 취소하자, A사는 그 연도에 해당하는 벌금과 과세전적부심사 기회 없이 낸 원천징수세를 돌려 달라고 했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조세범칙조사에도 중복세무조사 금지가 적용되나요?

적용됩니다. 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사는 법이 정한 예외 사유가 없으면 금지되고, 이 원칙은 「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사에도 그대로 적용됩니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」도 세무조사에 조세범칙조사가 포함된다고 명시합니다.

재조사가 허용되는 경우는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우 등으로 한정되어 있습니다. 대법원은 조세범칙조사가 납세자에게 주는 불이익이 크므로 적법절차가 더 엄격하게 지켜져야 한다고 보았습니다.

통고처분으로 낸 벌금 상당액은 어떻게 돌려받나요?

중복세무조사금지 원칙을 어긴 조세범칙조사에 따른 통고처분은 효력이 없고, 그에 따라 낸 벌금 상당액은 소급해 법률상 원인을 잃은 부당이득이 됩니다. 납부자는 국가를 상대로 부당이득반환 소송을 낼 수 있고, 민사법원이 통고처분의 효력을 선결문제로 판단합니다.

중복 범칙조사 통고처분의 반환 경로
  1. 1

    이전 세무조사

    같은 세목·과세기간 조사 완료

  2. 2

    범칙조사 전환·확대

    겹치는 기간까지 다시 조사

  3. 3

    통고처분 납부

    고발을 피하려고 벌금 상당액 납부

  4. 4

    부과처분 불복

    심판청구로 중복조사 부분 취소

  5. 5

    부당이득반환 소송

    국가를 상대로 민사소송, 통고처분 효력은 선결문제

출처 - 대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결

통고처분은 공정력 있는 행정처분이 아니어서 행정쟁송으로 다툴 방법이 없고, 형사 재심 대상도 아닙니다. 대법원은 이런 상태에서 불복 방법을 전혀 허용하지 않는 것은 현저히 부당하다고 보았습니다. 통고대로 이행하면 같은 사건으로 다시 조사받거나 처벌받지 않으므로, 고발을 피하려고 일단 냈다는 사정만으로 반환이 막히지도 않습니다.

부과처분이 조세심판원 결정으로 취소된 연도의 벌금도 같은 이유로 돌려받을 대상이 됩니다. 과세요건이 없으면 조세채무도, 조세포탈죄도 성립하지 않기 때문입니다.

과세전적부심사 전에 나온 소득금액변동통지는 무효인가요?

원칙적으로 무효입니다. 세무조사 결과 통지 뒤 과세전적부심사 청구나 그 결정이 있기 전에 한 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대·명백한 하자가 있습니다. 법인세 포탈로 통고처분을 했더라도 이는 법인세에 대한 예외일 뿐, 소득처분에 따른 소득금액변동통지까지 예외가 되지는 않습니다.

통고처분과 과세전적부심사 예외의 범위
대상통고처분 있음과세전적부심사
포탈한 법인세예예외(청구 불가)
소득금액변동통지아니오기회 보장 필요
기회 없이 한 통지-원칙적 무효

출처 - 국세기본법 제81조의15 제3항 제2호, 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결

현행법도 고발이나 통고처분을 하는 경우를 과세전적부심사의 예외로 두고 있으므로, 어느 세목에 대해 통고처분이 있었는지를 나누어 보아야 합니다. 무효인 소득금액변동통지에 따라 원천징수의무자로서 낸 세금은 부당이득으로 반환을 구할 수 있고, 대법원은 이 사건에서 그 반환을 인정한 원심을 유지했습니다.

중복 세무조사 통고처분 대응 순서

  • 조사 이력 확인 - 이전 세무조사의 세목과 과세기간을 조사 통지서와 결과 통지서로 확인합니다. 겹치는 기간이 있으면 재조사 여부를 따집니다.
  • 범칙조사 전환 경위 확인 - 일반 조사가 언제 조세범칙조사로 바뀌었고 대상이 어디까지 넓어졌는지 확인합니다. 확대된 범위가 이전 조사와 겹치는지가 쟁점입니다.
  • 과세전적부심사 청구 - 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다. 통고처분이 없는 세목은 이 기회가 보장됩니다.
  • 부과처분 불복 - 같은 조사에 따른 부과처분은 심판청구나 행정소송으로 다툽니다. 부과처분 취소 결과가 벌금 반환 소송의 근거가 됩니다.
  • 부당이득반환 청구 - 이미 낸 벌금 상당액과 원천징수세는 국가를 상대로 민사소송으로 반환을 구합니다. 지방소득세 부분은 지방자치단체를 함께 상대로 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사가 허용되는 예외 사유가 있었거나 고발이 이미 이루어져 형사재판이 진행 중이면 조사 기록과 공소장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조세범칙조사 대응과 조세 관련 부당이득반환 소송을 수행합니다.

실무상 착안점

통고처분을 받은 회사들은 벌금을 내면 사건이 끝나고 다시는 다툴 수 없다고 생각해, 고발을 피하려고 서둘러 납부한 뒤 손을 놓습니다. 실제로는 그 전제가 된 조사가 위법하면 이미 낸 벌금 상당액도 돌려받을 길이 열려 있습니다.

다툼의 재료는 조사 이력 문서입니다. 이전 조사의 통지서와 결과 통지서에 적힌 세목과 과세기간, 범칙조사 전환 통지일과 조사 범위 확대 통지, 세무조사 결과 통지일과 소득금액변동통지일의 앞뒤가 모두 남아 있어야 합니다. 날짜 하나로 과세전적부심사 기회가 보장되었는지가 갈립니다.

이 기록은 조세심판이나 행정소송에서 부과처분의 취소 근거가 되고, 그 결과는 다시 국가를 상대로 한 부당이득반환 소송에서 벌금 상당액과 원천징수세 반환의 근거가 됩니다. 부과처분 불복과 민사 반환 청구를 함께 준비해야 시간을 줄일 수 있습니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 조세범칙조사와 통고처분을 둘러싼 분쟁을 수행해 왔으며, 이전 조사와의 중복 여부와 과세전적부심사 기회 보장 여부를 조사 이력으로 먼저 확인한 뒤 부과처분 불복과 부당이득반환 청구를 함께 검토하는 방식으로 대응합니다.

  • 조세범칙조사 절차 대응
  • 조세범처벌법위반 형사 방어
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)

이 상황에서 자주 묻는 것

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출처

2026.10.11 기준으로 조문을 확인했습니다.

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