세무조사

같은 세목·같은 연도를 또 세무조사했다면 그 과세처분은 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

금지되는 재조사에 기한 과세처분은 재조사 자료를 쓰지 않았어도 위법합니다. 현장확인 명목이라도 실질이 세무조사면 재조사로 보고, 감사 지적이나 검찰 고발의뢰만으로는 예외가 되지 않습니다. 2026년 대법원은 중복된 조세범칙조사에 따른 통고처분 벌금도 부당이득으로 반환하라고 했습니다. 재조사 허용 사유와 대응 순서를 판례별로 정리했습니다.

같은 세목과 같은 과세기간을 다시 조사했다고 모두 위법은 아닙니다. 법은 명백한 탈루 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우 등 예외를 두고 있습니다. 다만 대법원은 그 예외를 좁게 보고, 금지되는 재조사에 기한 과세처분은 세액이 맞더라도 위법하다고 봅니다. 쟁점은 앞선 조사가 세무조사였는지, 다시 조사할 사유가 조사 개시 당시 있었는지입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 도매업을 하는 개인사업자입니다. 2024. 5. 세무서 직원 3명이 사업장에 나와 6일 동안 2022년 매출 장부와 거래처 입금 내역을 살피고 매출 확인서를 받아 갔지만, 그때는 추가 고지 없이 끝났습니다. 2025. 11. 지방국세청 업무감사에서 그 처리가 지적되자 세무서는 2026. 2. 같은 2022년 귀속 종합소득세와 부가가치세 세무조사를 시작했고, 2026. 7. 약 1억 2,000만원을 고지했습니다. 심판청구를 준비하던 A씨는 첫 방문이 「현장확인」이었다는 세무서 설명이 맞는지, 이번 고지를 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

같은 해를 다시 조사했다는 이유만으로 과세처분이 취소되나요?

금지되는 재조사에 해당하면, 그 조사로 무엇을 찾았는지와 상관없이 과세처분이 위법해집니다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 사안에서 납세자는 양도소득세 신고 때 리모델링 공사비 2억 8,500만원을 필요경비로 넣었고, 2012. 10. 세무조사에서 그 공사비를 인정받았습니다. 그 뒤 국세청 업무감사에서 공사가 실제로 있었는지 검토하라는 시정지시가 나오자, 조사 공무원이 2014. 7. 부동산 현장을 찾아가 양수회사 대표 등에게서 공사가 없었다는 진술서와 장부를 받았고, 세무서는 공사비를 부인해 양도소득세 1억 6,181만여 원을 부과했습니다.

원심은 재조사 자료를 근거로 쓰지 않았고 그 자료 없이도 같은 처분이 가능했다며 적법하다고 보았습니다. 대법원은 금지되는 재조사에 기한 처분은 당초 처분의 오류를 경정하는 데 불과하다는 등 특별한 사정이 없으면 그 자체로 위법하다고 보아 파기환송했습니다. 중복조사 금지 위반을 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자로 본 것입니다.

현장확인이나 소명 요구도 「세무조사」로 보나요?

이름이 아니라 실질로 판단합니다. 대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결에서 세무공무원 5명은 탈세 제보를 받고 「현지확인」 명목으로 옥제품 도매업체 사업장에 9일간 나가 직원들에게서 컴퓨터 하드디스크를 제출받고, 차명계좌로 의심되는 정보를 얻고, 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출 확인서를 받았습니다. 그 뒤 같은 부가가치세에 대해 정식 세무조사를 해 과세했는데, 대법원은 첫 조사가 매출 전반에 포괄적으로 질문조사권을 행사한 세무조사였으므로 두 번째 조사는 금지되는 재조사이고 처분은 위법하다고 했습니다. 판단 기준은 조사의 목적과 경위, 질문의 대상과 방법, 얻은 자료, 조사의 규모와 기간입니다.

단순한 사실 확인은 세무조사로 보지 않습니다. 대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34823 판결은 업무감사 지적 뒤 세무서 직원의 연락을 받은 양도인의 세무대리인이 세무서에 가서 신탁 관계를 설명한 일을 세무조사가 아니라고 본 원심을 유지했습니다. 사업장 현황 확인, 특정 매출 확인, 자발적으로 낸 자료의 수령 정도라면 재조사 금지가 적용되기 어렵습니다.

다른 항목만 다시 조사했다면 재조사가 아닌가요?

대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 사안에서 지방국세청은 2011. 7. 한 회사에 본사 지방이전 감면 항목만 법인세 부분조사를 한 뒤, 2012. 3. 2009~2010 사업연도 법인제세 통합조사를 다시 결정했습니다. 원심은 조사 내용이 다르면 재조사가 아니라고 했지만, 대법원은 특정 항목만 조사했더라도 같은 세목과 과세기간을 다시 조사하면 재조사이고 항목이 겹치지 않아도 같다고 보아 2010 사업연도 법인세 부분을 파기했습니다. 다른 세목을 조사하다 범위가 넓어져 일부 항목만 조사한 경우처럼 처음부터 전부 조사하기 무리였던 사정이 있으면 예외로 보았습니다.

현행법은 그 뒤 부분조사를 법률에 정하면서, 부분조사 후 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것을 재조사 허용 사유로 넣었습니다. 탈세 제보, 명의위장 등을 이유로 한 부분조사는 같은 세목·과세기간에 2회를 넘을 수 없습니다. 지금은 앞선 조사가 법정 부분조사였는지부터 따져야 합니다.

감사 지적이나 검찰 고발의뢰가 있으면 다시 조사할 수 있나요?

그것만으로는 어렵습니다. 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결은 국세청 종합감사에서 분양대행수수료 과다계상 혐의를 지적해 재조사를 지시한 사안에서, 「조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료」에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료가 포함되지 않는다고 보았습니다. 대법원 2018. 6. 19. 선고 2016두1240 판결은 2008년 조사에서 주주명부를 진정한 것으로 보아 주식 증여에는 부과제척기간이 지났다며 증여세를 매기지 않았다가 감사원 처분요구에 따라 2011년 다시 조사해 증여세를 부과한 사안입니다. 대법원은 같은 증여 사실을 다시 조사한 것이고, 새 자료 없이 판단만 달리한 감사원 처분요구는 재조사가 허용되는 「각종 과세자료」가 아니라고 보았습니다.

대법원 2025. 12. 4. 선고 2023두38998 판결은 같은 2011년 귀속 세금에 이미 3차례 조사가 있었는데 검찰 고발의뢰로 지방국세청이 다시 조사해 증액경정한 사안에서, 금지되는 재조사이고 조세범칙행위 혐의를 인정할 명백한 자료 등 예외 사유에도 해당하지 않는다고 본 원심을 수긍했습니다. 반면 대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결은 이사회결의 하나로 5년간 성과상여금이 지급된 경우를 「2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우」로 보면서도, 그 사유를 뒷받침하는 구체적 자료로 재조사를 개시해야 한다고 했습니다.

범칙조사가 중복이었다면 통고처분으로 낸 벌금도 돌려받나요?

돌려받을 수 있습니다. 대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결 사안에서 지방국세청은 2014년 회사의 2011~2013 사업연도 법인세 통합조사를 마친 뒤, 2018. 1. 2014~2016 사업연도 조사를 시작했다가 조세범칙조사로 전환하고 대상을 2010~2016 사업연도로 넓혔습니다. 회사와 사내이사는 각 3억 145만여 원의 통고처분을 받아 모두 냈고, 조세심판원은 2011~2013년분 부과처분을 중복조사 위반으로 취소했습니다.

대법원은 중복세무조사 금지 원칙이 조세범칙조사에도 적용되고, 이를 어긴 범칙조사에 따른 통고처분은 효력이 부정된다고 했습니다. 통고처분은 심판청구 대상도, 재심 대상도 아니어서 어떤 불복도 허용하지 않는 것은 현저히 부당하다고 보고, 2013년 범칙행위에 해당하는 벌금 상당액 3억 1,595만여 원을 부당이득으로 반환하라는 원심을 유지했습니다. 민사법원이 선결문제로 통고처분의 효력을 판단할 수 있다는 점도 밝혔습니다. 반환 청구는 「과세처분이 무효라면 불복기간이 지나도 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?」에서 이어집니다.

중복세무조사 다툼 대응 순서

• 앞선 조사의 실질 정리 - 방문 일수, 질문 대상, 받아 간 자료와 확인서를 날짜순으로 정리합니다.
• 세목·과세기간 대조 - 이번 조사의 세목과 과세기간이 앞선 조사와 겹치는지, 앞선 조사가 법정 부분조사였는지 봅니다.
• 예외 사유 확인 - 사전통지서의 조사 사유가 어느 재조사 허용 사유인지, 그 자료가 조사 개시 당시 있었는지 확인합니다.
• 불복 기한 관리 - 과세전적부심사 30일, 심판청구 90일, 취소소송 90일을 놓치지 않습니다.
• 이미 낸 돈 점검 - 통고처분 벌금 등은 부당이득반환 청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 앞선 조사가 실질적인 세무조사였는지와 재조사 당시 예외 사유를 뒷받침할 자료가 있었는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 중복세무조사를 이유로 한 과세처분 취소소송과 통고처분 벌금 반환 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사로 얻은 자료를 빼고도 세금이 나온다면 처분은 유지되나요?
  유지되지 않습니다. 대법원 2016두55421 판결은 금지되는 재조사에 기한 과세처분은 그 자료를 근거로 삼지 않았거나 자료 없이도 같은 처분이 가능하더라도 그 자체로 위법하다고 보았습니다. 단순히 당초 처분의 오류를 경정한 경우 등은 예외입니다.
• 세무서가 현장확인이라고 했으면 세무조사가 아닌가요?
  명칭이 아니라 실질로 봅니다. 대법원 2014두8360 판결은 현지확인 명목이었어도 사업장에서 9일간 매출 전반을 질문조사하고 자료를 받아 간 것은 세무조사라고 보아, 뒤이은 정식 조사를 금지되는 재조사로 판단했습니다.
• 세무서에 가서 몇 가지 소명한 것도 세무조사인가요?
  보통은 아닙니다. 대법원 2025두34823 판결은 업무감사 지적 뒤 세무대리인이 세무서에 가서 신탁 관계를 설명한 일을 세무조사로 보지 않은 원심을 유지했습니다. 단순 사실 확인이나 자발적 자료 제출은 재조사 금지가 적용되기 어렵습니다.
• 감사원이나 국세청 감사에서 지적되면 다시 조사할 수 있나요?
  지적만으로는 어렵습니다. 대법원 2016두1240 판결은 새 자료 없이 판단만 달리한 감사원 처분요구가 재조사 허용 사유인 각종 과세자료가 아니라고 했고, 2010두6083 판결은 종전 조사 자료는 명백한 탈루 자료가 될 수 없다고 했습니다.
• 검찰이 고발을 의뢰하면 같은 해를 다시 조사해도 되나요?
  그것만으로는 부족합니다. 대법원 2023두38998 판결은 이미 3차례 조사된 같은 연도를 검찰 고발의뢰로 다시 조사한 것을 금지되는 재조사로 보고, 범칙행위 혐의를 인정할 명백한 자료 등 예외에도 해당하지 않는다고 본 원심을 수긍했습니다.
• 부분조사를 받은 뒤 같은 해 다른 항목을 조사받는 것은 위법인가요?
  현행법상 법정 부분조사 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분의 조사는 허용됩니다. 다만 탈세 제보 등을 이유로 한 부분조사는 같은 세목·과세기간에 2회를 넘을 수 없고, 앞선 조사가 부분조사가 아니었다면 대법원 2014두12062 판결 법리가 적용될 수 있습니다.
• 통고처분으로 낸 벌금도 돌려받을 수 있나요?
  중복세무조사 금지를 어긴 범칙조사에 따른 통고처분이라면 가능합니다. 대법원 2025다210837 판결은 그런 통고처분의 효력을 부정하고, 낸 벌금 상당액을 부당이득으로 보아 국가를 상대로 한 민사소송으로 반환받을 수 있다고 했습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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