세금

계약금과 중도금을 받는 건물 매매의 부가가치세 공급시기는 언제인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

계약금 약정일 다음 날부터 건물을 넘기는 날까지 6개월 이상이고 그 사이 중도금을 받으면 중간지급조건부 공급입니다. 이때는 계약금, 중도금, 잔금을 각각 받기로 한 때가 공급시기여서 그때마다 세금계산서를 발급합니다. 6개월이 안 되면 건물을 넘기는 날 한꺼번에 공급한 것으로 봅니다.

계약금 약정일 다음 날부터 건물을 넘기는 날까지 6개월 이상이고 그 사이 중도금을 받으면 중간지급조건부 공급입니다. 이때는 계약금, 중도금, 잔금을 각각 받기로 한 때가 공급시기여서 그때마다 세금계산서를 발급합니다. 6개월이 안 되면 건물을 넘기는 날 한꺼번에 공급한 것으로 봅니다.

중간지급조건부 공급은 어떤 경우인가요?

두 가지를 모두 갖춰야 합니다. 첫째, 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하거나 이용할 수 있게 하는 날까지 6개월 이상이어야 합니다. 둘째, 그 기간 안에 계약금 외의 대가를 나누어 받아야 합니다.

예를 들어 2026. 3. 10.에 계약금, 6. 10.에 중도금, 10. 10.에 잔금을 받고 그날 건물을 넘긴다고 하겠습니다. 계약금일 다음 날부터 인도일까지 7개월이 지나고 그 사이 중도금을 받으므로 중간지급조건부에 해당합니다. 공급시기는 3. 10., 6. 10., 10. 10. 세 번입니다.

반대로 계약금과 잔금만 있고 중도금이 없으면 기간이 6개월을 넘어도 중간지급조건부가 아닙니다. 잔금을 두 번에 나누더라도 그 지급일이 인도일 이후라면 기간 안에 나누어 받은 것이 아닙니다. 이 경우 건물을 넘기거나 이용할 수 있게 한 날이 공급시기입니다. 대금 전체에 대한 세금계산서를 그날 한 번 발급합니다.

중도금 지급일이 계약서에 특정돼 있지 않아도 중간지급조건부가 되지 않을 수 있습니다. 조세심판원은 시행사가 중도금 날짜를 정하지 않고 상가를 분양한 사안을 판단했습니다. 중도금을 못 내면 잔금으로 돌리기로 한 계약이었습니다. 심판원은 대가의 각 부분을 받을 시기가 계약 때 특정돼야 중간지급조건부라고 보았습니다. 그래서 중도금 일부를 받았는데도 과세한 처분을 취소했습니다.

대금을 늦게 받으면 공급시기도 늦춰지나요?

아니요, 중간지급조건부 공급의 공급시기는 대가의 각 부분을 「받기로 한 때」입니다. 실제로 돈이 들어온 날이 아니라 계약서에 적힌 지급 약정일이 기준입니다. 중도금이 한 달 늦게 들어와도 공급시기는 약정일입니다.

따라서 매수인이 중도금을 연체해도 매도인은 약정일이 속한 과세기간에 신고하고 세금계산서를 발급해야 합니다. 받지 못한 대금의 부가가치세를 먼저 내는 부담이 생깁니다. 지급일을 바꾸기로 합의했다면 변경 계약서를 남겨 두어야 새 날짜를 기준으로 삼을 수 있습니다. 구두 합의만 있으면 세무서가 원래 약정일을 기준으로 볼 가능성이 큽니다. 변경 계약서에는 바뀐 지급일과 금액을 구체적으로 적어야 합니다.

인도 뒤에 받기로 한 대금은 다르게 봅니다. 시행령은 중간지급조건부라도 재화를 인도하거나 이용할 수 있게 한 날 이후에 받기로 한 부분은 그 인도일을 공급시기로 봅니다. 잔금을 건물을 넘긴 뒤 몇 달에 걸쳐 받기로 해도 인도일에 한꺼번에 신고합니다.

잔금 전에 건물을 먼저 쓰게 하면 어떻게 되나요?

잔금일 전에 매수인이 건물을 사용하기 시작하면 그날이 이용가능하게 된 날이 될 수 있습니다. 중간지급조건부 요건의 6개월도 이 날까지로 계산합니다. 그래서 사용 개시가 앞당겨지면 6개월 요건이 깨질 수 있습니다. 이를 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고 시행규칙 문언에 따른 결론입니다. 내부 공사나 점검을 위한 출입만으로는 이용가능하게 된 것이 아니라는 반대 주장이 가능합니다.

예를 들어 앞의 사례에서 매수인이 5. 1.부터 건물을 쓰기 시작했다면 계약금일 다음 날부터 사용 개시일까지는 6개월이 안 됩니다. 그러면 중간지급조건부가 아니라 5. 1.에 대금 전체를 공급한 것으로 볼 여지가 생깁니다. 중도금과 잔금을 받기 전에 전액의 부가가치세를 신고해야 하는 셈입니다.

인도일 이후 받기로 한 대금도 인도일을 공급시기로 봅니다. 사용 개시를 허락하기 전에 공급시기가 어떻게 바뀌는지 계산해 두어야 합니다.

세금계산서를 미리 발급해도 되나요?

네, 공급시기 전에 대가의 전부나 일부를 받고 그 금액에 대해 세금계산서를 발급하면 발급한 때를 공급시기로 봅니다. 계약금을 미리 받으면서 그 금액만큼 세금계산서를 발급하는 경우가 그렇습니다.

공급시기를 놓쳐 늦게 발급하면 가산세가 붙습니다. 발급시기가 지난 뒤 그 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1퍼센트, 그때까지도 발급하지 않으면 2퍼센트입니다. 매수인도 늦게 받은 세금계산서로 매입세액을 공제받는 데 제한이 생길 수 있습니다. 건물 매매는 금액이 커서 가산세만으로도 부담이 상당합니다. 건물 몫 공급가액이 20억원이면 1퍼센트만 해도 2천만원입니다.

분양형 거래에서 계약 해제권이 공급시기에 어떤 영향을 주는지는 「잔금 전 위약금 없이 해제할 수 있는 아파트 분양, 공급시기는 언제인가요?」에서 다뤘습니다.

건물 매매 공급시기 대응 순서

• 기간 계산 - 계약금 약정일 다음 날부터 인도일 또는 사용 개시일까지가 6개월 이상인지 계산합니다.
• 분할 지급 확인 - 그 기간 안에 중도금이 있는지 확인합니다.
• 세금계산서 일정 - 공급시기마다 발급 날짜와 금액을 표로 정리합니다.
• 사용 개시 관리 - 잔금 전 사용을 허락하면 공급시기가 바뀌는지 미리 봅니다.
• 변경 계약 기록 - 지급일을 바꾸면 변경 계약서를 작성합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약서의 지급 약정일과 인도·사용 개시일에 따라 공급시기와 세금계산서 발급 일정이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부동산 거래의 부가가치세 공급시기와 세금계산서 쟁점 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 토지와 건물을 함께 팔면 토지 대금도 나누어 신고하나요?
  토지 공급은 면세이므로 부가가치세 신고와 세금계산서 대상은 건물 몫입니다. 계약금과 중도금도 토지와 건물 비율로 나누어 건물 몫에만 세금계산서를 발급합니다.
• 계약금을 두 번에 나누어 받으면 6개월은 언제부터 세나요?
  6개월은 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 셉니다. 계약금이 나뉘어 있으면 계약서상 계약금의 범위와 지급일을 먼저 확정해야 기산일을 정할 수 있습니다.
• 중간지급조건부 거래에서 매도인이 폐업하면 남은 대금은 어떻게 하나요?
  폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 오면 폐업일을 공급시기로 봅니다. 폐업 뒤 받기로 한 중도금과 잔금도 폐업 확정신고에 포함합니다.
• 중도금을 받지 못해 계약이 해제되면 낸 부가가치세는 어떻게 되나요?
  계약 해제로 공급되지 않게 되면 해제일을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급하고 감액합니다. 이미 낸 세액은 해제일이 속한 과세기간 신고에서 감액해 정리합니다.
• 국가나 지자체에서 선금을 받는 경우도 중간지급조건부인가요?
  네, 국고금 관리법에 따라 경비를 미리 받거나 지방회계법에 따라 선금급을 받는 경우도 해당합니다. 이 경우는 6개월 요건과 관계없이 별도로 인정됩니다.
• 공급시기가 지난 뒤 세금계산서를 받으면 매수인은 공제를 못 받나요?
  공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 받으면 공제받을 수 있습니다. 그 뒤라도 1년 안에 받고 수정신고나 경정청구를 하면 공제되는 경우가 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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