법무법인 윤성

세액감면

중소기업이 아니라며 세액감면이 배제됐는데 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

다툴 수 있습니다. 국세기본법 제55조와 제61조 제1항·제68조 제1항에 따라 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청·심사청구 또는 심판청구를 제기합니다. 중소기업 판정은 조세특례제한법 시행령 제2조의 매출액·자산총액·독립성 기준과 유예기간에서 갈리므로 배제 사유부터 확인합니다.

배제 사유가 규모 기준인지 독립성 기준인지 봅니다

과세관청이 든 배제 사유가 매출액·자산총액 같은 규모 기준인지 출자 관계에 따른 독립성 기준인지를 먼저 확인합니다. 규모 초과에는 유예가 있지만 독립성 기준 미달에는 유예가 없어, 어느 쪽인지에 따라 다툴 지점이 완전히 달라집니다. 고지서와 조사 결과 문서에 적힌 사유를 과세연도별로 옮겨 적어 두면 뒤의 검토가 빨라집니다.

규모를 넘긴 해에는 유예기간부터 셉니다

규모 기준을 넘으면 최초 1회에 한해 그 과세연도와 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 봅니다. 다만 중소기업이 아닌 기업과 합병하거나 독립성 기준에 미달하게 된 경우에는 유예가 적용되지 않습니다. 유예를 이미 한 번 적용받은 이력이 있는지, 기산 연도가 어느 해인지를 과세연도별로 짚어야 합니다.

지분율은 간접 소유와 최다출자자 여부까지 봅니다

자산총액 5천억 원 이상인 법인이 주식의 30% 이상을 직접 또는 간접으로 소유하면서 최다출자자이면 독립성 기준에 미달해 중소기업에서 제외됩니다. 지분율 계산에 간접 소유가 어떻게 반영됐는지와 최다출자자에 해당하는지를 주주명부와 출자 관계로 확인합니다. 출자 관계가 있는 다른 회사의 매출을 합산한 관계기업 판정이 섞여 있는지도 함께 봐야 합니다.

가산세는 따로 다툴 수 있는지 봅니다

감면이 배제되면 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 부과됩니다. 중소기업 여부 판정처럼 해석이 갈리는 쟁점은 정당한 사유를 들어 가산세 감면을 별도로 다툴 수 있습니다. 본세와 가산세는 다투는 근거가 다르므로 하나의 주장으로 묶지 않습니다.

준비 자료와 질문

과세연도별 결산서와 매출·자산총액 자료, 주주명부와 출자 관계 자료, 관계기업에 해당할 수 있는 회사의 매출 자료, 고지서와 조사 결과 문서를 준비합니다. 감면을 신고에 반영하지 못했던 경우에는 법정신고기한부터 5년 이내에 경정청구를 할 수 있고, 심사청구 또는 심판청구 결정을 받은 날부터 90일 이내에는 행정소송을 제기할 수 있는데 중소기업 판정은 과세연도별로 이뤄지므로 대상 연도를 빠짐없이 특정해야 합니다. 같은 판정이 다른 과세연도와 다른 감면·세액공제에 연쇄로 적용되므로 한 연도의 배제가 확정되기 전에 나머지 연도의 경정 가능성을 함께 검토하고, 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

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출처

2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.

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