세무조사

주식변동조사를 받았는데 조사 대상이 아닌 해의 증여세까지 통지됐다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 조사 도중 대상이 아닌 해나 세목으로 넓히면서 그 사유와 범위를 문서로 알리지 않았다면 절차 위법을 다툴 수 있습니다. 조세심판원은 이를 취소사유로 보지만, 납세자가 확대 사실을 알고 방어할 기회가 있었다면 중대한 하자가 아니라고 본 확정판결도 있습니다. 지금은 사전통지서의 조사 대상 기간과 결과통지서의 사후관리할 사항부터 대조하세요.

조사관이 다른 해 자료를 보자고 했다는 사실만으로 조사가 위법해지지는 않습니다. 조세심판원도 조사 대상 연도의 계산을 확인하려고 앞선 연도 자료를 임의로 제출받은 것은 위법하다고 보지 않았습니다. 다툴 점은 그 자료로 다른 해까지 과세하면서 범위 확대를 문서로 알렸는지입니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2026년 3월 증여세 주식변동조사 사전통지를 받았는데, 조사 대상 기간은 2024년 1년으로 적혀 있었습니다. 조사 중 조사관은 이메일로 2021년에 아버지에게서 비상장주식을 산 경위와 매매대금 흐름을 설명해 달라고 했고, B씨는 의견서를 냈습니다. 결과통지서의 '사후관리할 사항'에는 2021년 주식 저가 양수 관련 과세자료를 관할 세무서에 통보한다고 적혀 있었고, 한 달 뒤 세무서에서 2021년분 증여세 과세예고통지가 왔습니다. 범위 확대 통지는 받은 적이 없었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사 대상이 아닌 해까지 조사하려면 무엇이 필요한가요?

조사 도중 다른 과세기간이나 다른 세목으로 넓히려면 법이 정한 사유가 있어야 하고, 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 알려야 합니다. 2026. 10. 8. 기준 현행 「국세기본법」 시행령이 정한 사유는 두 가지입니다. 다른 과세기간·세목·항목에 대한 구체적인 탈루 증거자료가 확인된 경우, 그리고 조사 대상 기간의 특정 항목에 명백한 탈루 혐의나 세법 적용 착오가 있어 다른 해의 같은 항목에도 같은 문제가 의심되는 경우입니다. 2019. 2. 12. 전에는 조세범칙조사로 전환하는 경우와 기획재정부령이 정하는 경우도 사유였으나 이때 삭제되었습니다.

조사관은 조사에 필요한 최소한의 범위에서만 장부를 요구할 수 있고, 조사 대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부를 요구해서는 안 됩니다.

범위 확대 통지 없이 과세하면 처분이 취소되나요?

조세심판원은 통지 없이 넓힌 조사에 기초한 과세를 취소사유가 되는 중대한 절차 하자로 봅니다. 조세심판관합동회의를 거친 조세심판원 2019. 6. 26. 2018서4063 결정은 조사 대상 연도 밖의 앞선 과세기간에 대한 종합소득세 부과처분을 취소했고, 조세심판원 2017. 11. 16. 2017서3349 결정도 같은 결론을 냈습니다.

법원 판단은 이와 다를 수 있습니다. 수원고등법원 2023. 1. 13. 선고 2021누13113 판결은 확대 통지가 없었던 사실은 인정했습니다. 그러나 납세자가 확대 직후 이를 알았고 세무대리인의 조사일지와 연장신청서에도 확대된 기간이 적혀 있어 방어 기회를 가졌다는 이유로, 이 부분만으로는 처분을 취소할 중대한 하자가 아니라고 보았습니다. 이 판결은 상고가 심리불속행으로 기각되어 확정되었습니다(같은 판결은 다른 사유인 조사 중지기간 중 조사를 이유로 처분을 취소했습니다). 서울고등법원 2017. 11. 15. 선고 2017누43649 판결(확정 여부 미확인)도 통지한 부가가치세 조사에서 세금계산서를 확인하다 드러난 누락을 법인세에 반영한 것은 범위 확대로 보기 어렵고, 설령 확대라도 조사권 남용 사정이 없으면 통지 누락만으로 처분이 위법해지지 않는다고 보았습니다. 결국 법원에서는 납세자가 확대 사실을 언제, 어떻게 알았고 방어할 기회가 있었는지가 판단을 가릅니다.

해명안내와 과세예고통지를 다시 받았다면 하자가 고쳐지나요?

조세심판원은 고쳐지지 않는다고 봅니다. 앞선 결정으로 처분이 취소된 뒤 세무서가 같은 조사자료로 해명안내문과 과세예고통지를 보내고 다시 과세한 사건에서, 조세심판원 2020. 10. 27. 2020서1308 결정은 이 통지들이 범위 확대 통지와 다른 것이어서 하자를 대신할 수 없다며 다시 취소했습니다. 2017서3349 결정도 직권취소 뒤 과세자료 통보로 다시 과세한 것을 결정의 기속력에 반한다고 보았습니다.

질문지 없이 자료만 냈다면 '조사'로 볼 수 있나요?

질문에 답하고 검사를 받아야 하는 상황이었는지가 기준입니다. 대법원은 재조사 금지 사건에서, 사업장 확인이나 납세자가 스스로 낸 자료를 받는 정도는 세무조사로 보기 어렵지만 실질적으로 세액을 정하려고 상당 기간 질문하거나 장부를 검사했다면 세무조사라고 보았습니다. 과세관청은 흔히 공시자료로 해명을 안내했을 뿐이고 의견서는 납세자가 임의로 냈다고 주장합니다. 조사 기간 중 받은 질문지·이메일·자료요구 목록이 이 주장에 대한 반박 자료입니다.

반대로 이런 문서가 없으면 과세관청 주장이 받아들여지기 쉽습니다. 서울행정법원은 조사 대상 연도의 다른 쟁점을 해명받는 과정에서 납세자가 낸 약정서와 공시자료로 앞선 연도 거래를 확인한 사건에서, 현지 조사나 장부 검사, 앞선 연도에 대한 소명 요구가 있었다는 자료가 없고 의견서는 납세자가 임의로 낸 것이라며 범위를 넓힌 별도의 조사가 아니라고 보았습니다. 조사 종결보고서에 파생 과세자료로 앞선 연도 내용이 적힌 것만으로도 별도 조사로 볼 수 없다고 했습니다.

조사 대상으로 뽑힌 이유가 잘못됐다면 다툴 수 있나요?

선정 사유 없이 조사 대상으로 뽑아 모은 자료로 한 과세는 특별한 사정이 없는 한 위법하다는 것이 대법원 판례입니다(구 국세기본법 제81조의5 사건). 정기선정이 아닌 조사는 납세협력의무 불이행, 거래 내용이 사실과 다른 혐의, 구체적인 탈세 제보, 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 같은 사유가 있어야 합니다. 명의신탁 주식 증여세 사건인 대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결은 세무공무원이 개인적 이익을 위해 꾸민 제보로 시작된 조사에서, 제보 내용의 혐의가 인정되지 않는데도 관련 없는 회사로 조사를 넓힌 것을 최소성 원칙 위반으로 보았습니다. 대법원은 객관적 필요성이 없고 권한을 남용한 조사로 모은 자료에 기초한 증여세 부과처분을 취소한 원심을 유지했습니다.

조사범위 확대 다툼 대응 순서

• 통지서 대조 - 사전통지서의 조사 세목·대상 기간과 결과통지서의 경정 내용·사후관리할 사항을 나란히 놓습니다. 대상 밖 연도나 세목이 있으면 확대 통지를 받았는지 확인합니다.
• 조사 기록 보존 - 조사 기간 중 받은 질문지, 이메일, 자료요구 목록, 제출 자료 목록을 날짜순으로 정리합니다. 대상 밖 연도를 묻는 문서가 있으면 실질적 조사였다는 증거가 됩니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다. 확대 통지 누락과 실체 쟁점을 함께 적습니다.
• 고지 후 불복 - 과세전적부심사가 받아들여지지 않으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 합니다.
• 재과세 감시 - 처분이 취소된 뒤 같은 자료로 해명안내나 과세예고통지가 다시 오면, 앞선 결정의 기속력에 반한다는 점을 다시 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 확대 통지가 있었는지, 납세자가 확대 사실을 언제 알았는지에 따라 결론이 달라지므로 통지서와 조사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 증여세·주식변동 세무조사 대응과 과세전적부심사·조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 다른 해 자료를 보여 달라면 거절해도 되나요?
  조사 대상 세목과 기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 요구할 수 없으므로 관련성을 물을 수 있습니다. 다만 조사 대상 연도의 계산을 확인하려고 앞선 연도 자료를 임의로 제출받은 것은 위법하지 않다고 본 결정례가 있습니다. 제출할 때는 무엇을 왜 요구했는지 문서로 받아 두는 편이 낫습니다.
• 범위 확대 통지서에는 무엇이 적혀야 하나요?
  확대하는 사유와 확대되는 범위가 문서로 적혀야 합니다. 어느 과세기간, 어느 세목이나 항목으로 넓히는지가 드러나야 하고, 구두 안내나 조사 일정 변경 통지만으로는 이 요건을 채웠다고 보기 어렵습니다. 통지서를 받았다면 날짜와 함께 보관합니다.
• 다른 세목이 함께 과세된 것도 범위 확대인가요?
  항상 그렇지는 않습니다. 종합소득세 조사에서 필요경비인 인건비를 확인하다가 그 인건비의 원천징수 근로소득세를 매긴 사건에서, 법원은 당초 조사에 부수한 것이어서 범위 확대가 아니라고 보았습니다. 새 세목의 탈루 혐의를 따로 조사했는지가 기준입니다.
• 결과통지서의 '사후관리할 사항'도 다툴 수 있나요?
  그 내용대로 과세할 때는 대개 과세예고통지가 먼저 옵니다. 세무조사에서 확인된 조사대상자 외의 사람에 대한 과세자료로 과세하는 경우와 고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우가 과세예고통지 대상이고, 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이때 확대 통지 누락을 함께 주장합니다.
• 과세예고통지 없이 바로 고지서가 왔다면요?
  과세예고통지를 하지 않아 과세전적부심사 기회를 주지 않은 채 한 과세는, 법이 정한 예외가 없는 한 중대한 절차 하자가 있어 위법하다는 것이 대법원 판례입니다. 고발·통고처분이나 제척기간 만료 3개월 이내 같은 예외가 있었는지 먼저 확인합니다.
• 심판청구에서 이겼는데 같은 내용으로 다시 과세됐다면요?
  심판청구 결정은 관계 행정청을 기속하므로 같은 사유로 같은 처분을 되풀이할 수 없습니다. 조세심판원은 확대 통지 누락으로 취소된 뒤 해명안내와 과세예고통지를 거쳐 다시 한 과세도 하자가 치유되지 않았다며 취소했습니다. 앞선 결정문을 함께 제출합니다.
• 확대 통지를 받았다면 더 다툴 것이 없나요?
  통지가 있어도 확대 사유가 있어야 합니다. 현행 시행령은 다른 기간·세목·항목의 구체적인 탈루 증거자료가 확인된 경우와 조사 대상 기간 특정 항목의 같은 문제가 다른 해에도 의심되는 경우만 사유로 듭니다. 통지서에 적힌 사유가 이 둘에 해당하는지 따져 봅니다.
• 조사 중 받은 이메일은 왜 남겨야 하나요?
  대상 밖 연도에 대해 질문하고 소명을 요구한 기록이 있어야 실질적인 조사였다는 점을 보일 수 있습니다. 대법원은 조사의 목적, 질문의 대상과 방법, 얻은 자료, 기간을 함께 보고 세무조사인지 판단합니다. 공시자료로 해명만 안내했다는 과세관청 주장에 대비하는 자료입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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