세무조사

주식변동조사 사전통지를 받았다면 결과통지까지 무엇을 준비하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

주식변동조사 사전통지를 받았다면 연기 사유가 있는지, 조사기간 제한이 없다는 점, 자료 제출 거부 시 과태료·이행강제금을 먼저 확인해야 합니다. 국세기본법은 결과통지 뒤 30일 안에 과세전적부심사나 조기결정을 고를 수 있게 하고, 그 전에 고지하면 무효라는 판례가 있습니다. 지금은 통지서의 조사 세목과 기간, 명의개서 시점부터 확인하세요.

사전통지를 받았다고 해서 명의신탁 약정서나 확인서를 새로 만들어 낼 필요는 없습니다. 조사관이 보는 것은 주금 납입 계좌, 배당금이 들어간 계좌, 주주총회 기록처럼 그때 이미 있던 자료이고, 사후에 만든 문서를 당시 문서처럼 내면 오히려 사실관계 전체의 신빙성을 잃습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 회사를 세우면서 직원 두 사람 이름으로 주식 30%를 올려 두었습니다. 2026년 9월 관할 지방국세청에서 주식변동조사 사전통지를 받았는데, 조사 대상은 증여세였고 조사기간은 40일로 적혀 있었습니다. A씨는 조사를 미룰 수 있는지, 20일 넘게 조사해도 되는지, 결과가 나오면 바로 세금을 내야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식변동조사 사전통지를 받으면 조사를 미룰 수 있나요?

연기신청은 법이 정한 사유가 있을 때만 받아들여집니다. 2026. 8. 11. 개정(법률 제21860호)으로 사유가 법률에 직접 적혔고, 2026. 10. 8. 기준 현행 「국세기본법」은 천재지변으로 생명·신체·재산이나 공급망에 상당한 피해가 생긴 경우, 사업에 현저한 손실이 생기거나 부도·도산 우려가 있는 경우, 화재·질병·장기출장·장부 압수처럼 시행령이 정한 경우를 듭니다. 신청은 성명, 연기받으려는 기간, 사유를 적은 문서로 관할 세무관서에 냅니다.

다만 국세청 「재산제세조사 가이드북」(2024, A유형)은 부과제척기간 만료가 임박하거나 조세채권 확보가 시급하면 연기되지 않거나 연기가 취소될 수 있다고 안내합니다. 오래된 차명주식 조사는 이 경우에 걸리기 쉬우므로, 연기를 전제로 일정을 짜지 않습니다.

주식변동조사도 20일 안에 끝나야 하나요?

아닙니다. 연간 수입금액이나 양도가액이 100억원 미만인 납세자의 조사기간은 원칙적으로 20일 이내이고 연장도 한 번에 20일 이내로 제한되지만, 상속세·증여세 조사, 주식변동 조사, 명의위장이나 차명계좌를 이용한 탈루 혐의 조사에는 이 제한이 적용되지 않습니다. 대신 기간을 늘리면 그 사유와 기간을, 조사를 중지하거나 재개하면 그 사유를 문서로 알려야 합니다. 중지기간은 조사기간에 들어가지 않고, 그동안에는 질문이나 자료 제출 요구를 할 수 없습니다.

조사 중 자료를 내지 않으면 어떤 제재가 있나요?

세무공무원의 질문에 거짓으로 진술하거나 직무집행을 거부·기피하면 5천만원 이하의 과태료 대상이 됩니다. 2025. 9. 15. 이후 시작된 세무조사부터는 장부 등의 제출을 정당한 사유 없이 하지 않을 때 지방국세청장이 30일 이상의 이행기한을 정해 알린 뒤 이행강제금을 매길 수 있습니다. 하루에 1일 평균수입금액의 1천분의 3 범위이고, 평균수입금액이 없으면 하루 500만원 범위입니다. 같은 사유로 과태료와 함께 매기지는 않습니다.

명의신탁 약정서처럼 처음부터 없는 서류는 없다고 설명하면 됩니다. 반면 가지고 있는 주금 납입 계좌 내역을 내지 않는 것은 제출 거부로 볼 수 있습니다. 장부를 세무서에 가져가 일시 보관하는 것은 납세자 동의가 필요하지만, 국세청 「세무조사 가이드북」(2026, B유형)은 조세범칙 혐의가 있는 납세자가 동의하지 않으면 범칙조사로 바꿔 압수·수색을 할 수 있다고 적고 있습니다.

결과통지를 받으면 과세전적부심사와 조기결정 중 무엇을 고르나요?

조사관과 사실관계 판단이 다르면 과세전적부심사를, 결과에 이의가 없으면 조기결정 신청을 고르는 것이 기본입니다. 조사를 마치면 20일 안에 결과를 서면으로 통지하고, 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 청구를 받은 관서는 30일 안에 결과를 알려야 하고, 그 결정이 있을 때까지 세액 결정을 미룹니다. 조기결정은 30일을 기다리지 않고 통지 내용의 전부나 일부대로 바로 결정해 달라는 신청입니다. 납부지연가산세는 고지일 전날까지 날수대로 붙으므로 고지를 앞당기면 그만큼 줄어듭니다.

결과통지 뒤 과세전적부심사를 청구할 기회를 주지 않고 먼저 고지하면, 법이 정한 예외가 없는 한 그 처분은 절차상 하자가 중대·명백해 무효입니다. 법원은 과세예고통지 뒤의 소득금액변동통지와 세무조사결과통지 뒤의 소득금액변동통지에서 모두 같은 결론을 냈습니다.

과세전적부심사를 청구할 수 없는 경우도 있나요?

있습니다. 결과통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하만 남았거나, 조세범 처벌법 위반으로 고발·통고처분을 하는 경우에는 과세전적부심사 없이 바로 고지될 수 있습니다. 이때는 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구로 다퉈야 합니다. 2018. 12. 31. 이전에 증여로 의제된 차명주식은 명의자가 증여세 납세의무자이고 실제소유자는 연대납세의무를 지므로, 명의자와 실제소유자가 받는 통지별로 30일과 90일을 따로 관리합니다.

결과통지서에 조사 대상이 아닌 해가 적혀 있다면요?

결과통지서를 받으면 사전통지서에 없던 과세기간이나 세목의 과세 내용, 또는 그런 과세자료를 다른 세무서에 넘긴다는 문구가 있는지부터 봅니다. 세무공무원은 다른 과세기간·세목에 대한 구체적인 탈루 증거가 확인되는 등 시행령이 정한 경우에만 조사 범위를 넓힐 수 있고, 넓힐 때는 그 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다. 조세심판원은 조사 중 받은 자료로 대상 밖 과세기간의 신고 오류가 의심되었는데도 범위 확대 통지 없이 결과통지와 과세를 한 사안에서 처분을 취소했고(조심 2018서4063, 2019. 6. 26.), 그 뒤 해명안내와 과세예고통지를 거쳐 다시 과세한 것도 범위 확대 통지를 갈음하지 못한다며 취소했습니다(조심 2020서1308, 2020. 10. 27.).

법원 판단은 이와 다를 수 있습니다. 서울고등법원 2017. 11. 15. 선고 2017누43649 판결(확정 여부 미확인)은 통지한 부가가치세 조사에서 세금계산서를 확인하다 드러난 누락을 법인세에 반영한 것은 범위 확대로 보기 어렵고, 설령 확대라도 조사권 남용 사정이 없으면 통지를 빠뜨린 것만으로 처분이 위법하지 않다고 보았습니다. 그래서 조사 중 대상 밖 연도의 자료나 소명을 요구받았다면 그 질문지·이메일과 날짜를 남겨 두고, 결과통지 뒤 30일 안의 과세전적부심사에서 범위 확대 통지가 없었던 사정을 함께 주장합니다.

주식변동조사 사전통지 대응 순서

• 통지서 확인 - 조사 세목, 조사기간, 조사 사유를 확인합니다. 사전통지 없이 시작됐다면 세무조사통지서에 생략 사유가 적혔는지 봅니다.
• 주식 변동 연표 작성 - 설립 이후 연도별 주주명부와 주식등변동상황명세서를 나란히 놓고 명의자별 변동을 정리합니다. 조사 대상 과세기간과 맞지 않는 부분이 있는지 함께 봅니다.
• 있는 자료 정리 - 주금 납입 계좌, 배당금 수령 계좌, 주주총회 의사록처럼 당시 만든 자료를 모읍니다. 없는 자료는 없다고 설명하고 새로 만들지 않습니다.
• 조사 일정 관리 - 연장·중지·재개 통지서를 받을 때마다 날짜를 기록합니다. 위법·부당한 조사라고 보면 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청합니다.
• 결과통지 후 선택 - 결과통지서에 사전통지에 없던 연도나 세목이 있는지 확인하고, 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사와 조기결정 중 하나를 고릅니다. 과세전적부심사가 배제되는 경우라면 고지 후 90일 불복을 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 대상 과세기간과 명의개서 시점, 고발 여부에 따라 선택지가 달라지므로 사전통지서와 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 증여세·주식변동 세무조사 대응과 과세전적부심사·조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사전통지 없이 조사가 시작될 수도 있나요?
  네, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되면 통지 없이 조사를 시작할 수 있습니다. 이때도 세무공무원은 조사를 시작하면서 조사 세목·기간·사유와 사전통지를 하지 않은 사유를 적은 세무조사통지서를 교부해야 합니다. 통지서를 받으면 생략 사유가 구체적으로 적혔는지 확인해 둡니다.
• 연기신청서는 언제 어디에 내나요?
  사전통지서에 적힌 조사 개시일 전에 관할 세무관서의 장에게 냅니다. 신청서에는 성명과 주소, 연기받으려는 기간, 연기 사유를 적고 질병이나 장부 압수 같은 사유를 보여 주는 자료를 붙입니다. 세무관서는 승인 여부와 연기 기간을 조사 개시 전까지 알려야 합니다.
• 조사 중에 변호사가 함께 있을 수 있나요?
  네, 납세자는 세무조사를 받을 때 변호사, 공인회계사, 세무사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있습니다. 조세범칙조사로 바뀐 경우에도 같습니다. 차명주식 조사는 증여세와 형사 문제가 함께 걸릴 수 있으므로 진술 전에 쟁점을 정리해 두는 편이 낫습니다.
• 장부를 가져가겠다고 하면 꼭 동의해야 하나요?
  일시 보관은 납세자 동의를 받아야 하는 절차여서 동의서와 보관증이 있어야 합니다. 동의한 뒤 반환을 요청하면 14일 안에 돌려받을 수 있고, 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례 14일 이내로 연장될 수 있습니다. 다만 조세범칙 혐의가 있으면 범칙조사로 바뀔 수 있다는 점도 고려합니다.
• 조사가 중지되면 조사기간은 어떻게 세나요?
  자료 제출 지연 등으로 조사가 중지되면 그 기간은 조사기간과 연장기간에 들어가지 않습니다. 중지기간에는 세액을 정하기 위한 질문이나 장부 검사, 제출 요구를 할 수 없고, 사유가 없어지면 바로 재개해야 합니다. 중지와 재개는 모두 문서로 통지되므로 통지서 날짜로 남은 기간을 계산합니다.
• 조기결정을 신청한 뒤에도 다툴 수 있나요?
  조기결정은 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대해 신청할 수 있습니다. 스스로 그 내용대로 결정해 달라고 한 부분은 나중에 다투기 어려워질 수 있으므로, 인정하는 세액만 조기결정을 신청하고 다툴 부분은 과세전적부심사나 고지 후 불복으로 남겨 두는 방법이 있습니다.
• 결과통지를 받았는데 30일 안에 고지서가 왔다면요?
  과세전적부심사 청구기간이나 결정 전에 한 과세처분은 법이 정한 예외 사유가 없는 한 절차상 하자가 중대·명백해 무효라는 것이 대법원 판례입니다. 고발·통고처분이나 제척기간 3개월 이하 같은 예외가 있었는지 먼저 확인하고, 예외가 없으면 무효를 주장할 수 있습니다.
• 명의자인 직원에게도 따로 통지가 가나요?
  2018. 12. 31. 이전에 증여로 의제된 분은 명의자가 증여세 납세의무자이므로 결과통지와 고지가 명의자 앞으로 나오고, 실제소유자는 연대납세의무자로 통지를 받을 수 있습니다. 2019. 1. 1. 이후 의제분은 실제소유자가 납세의무자이지만, 2019년 전에 취득하고 명의개서를 하지 않아 그 뒤 의제된 분은 종전 규정을 따릅니다. 통지를 받는 사람마다 기한이 따로 흐르므로 받은 날짜를 공유해야 합니다.
• 결과통지서에 조사하지 않은 해가 들어 있으면요?
  사전통지서의 조사 대상 과세기간과 비교해 범위 확대 통지를 받았는지 확인합니다. 조세심판원은 통지 없이 대상 밖 과세기간을 과세한 처분을 취소했지만, 통지 누락만으로 처분이 위법하지 않다고 본 고등법원 판결도 있습니다. 조사 중 대상 밖 연도의 자료 요구를 받은 기록을 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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