세금

세무조사관이 장부를 가져가겠다며 일시 보관 동의서를 내밀면 거부할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세무조사에서 장부를 세무관서에 일시 보관하려면 수시조사 사유가 있어야 하고, 납세자가 임의로 낸 장부를 동의를 받아야만 가져갈 수 있습니다. 동의하지 않으면 보관할 수 없고, 동의했더라도 반환을 요청하면 14일 안에 돌려받습니다. 제출 거부와의 차이, 범칙조사 압수와의 구분까지 조문으로 정리했습니다.

세무조사는 원래 사업장에서 장부를 보며 진행하는 것이 원칙이고, 장부를 세무서로 가져가는 것은 법이 막아 둔 예외입니다. 조사관이 동의서를 내밀었다는 것은 그 장부를 가져가려면 납세자의 동의가 필요하다는 뜻이기도 합니다. 다만 장부 제출 자체를 거부하는 것과 일시 보관에 동의하지 않는 것은 효과가 전혀 다르므로 구별해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 인테리어 시공법인의 대표입니다. 2026. 9. 21. 2022년부터 2024년까지 사업연도에 대한 법인세 정기 세무조사가 시작됐습니다. 조사 사흘째 조사관은 회계 서버 백업 USB와 2022년부터 2025년까지의 계약서철을 세무서로 가져가 검토하겠다며 일시 보관 동의서에 서명해 달라고 했습니다. 2025년 계약서는 진행 중인 공사 때문에 매일 꺼내 봐야 하는 서류였습니다. D씨는 동의하지 않아도 되는지, 동의하면 언제 돌려받는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

일시 보관은 어떤 경우에 할 수 있나요?

세무공무원은 범칙조사를 포함한 세무조사의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없습니다. 예외는 수시조사 사유가 있는 경우입니다. 납세협력의무를 이행하지 않은 경우, 무자료거래나 위장·가공거래 혐의가 있는 경우, 구체적인 탈세 제보가 있는 경우, 신고 내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 세무공무원에게 금품을 제공한 경우입니다.

이 사유가 있어도 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서, 납세자나 소지자·보관자 등 정당한 권한이 있는 사람이 임의로 제출한 장부만, 납세자의 동의를 받아 보관할 수 있습니다. 정기선정 조사라면 일시 보관 사유가 무엇인지 먼저 물어보아야 하는 이유입니다.

동의하지 않으면 불이익이 있나요?

일시 보관 자체는 동의가 요건입니다. 세무공무원은 보관 전에 보관 사유, 동의하지 않으면 보관할 수 없다는 점, 임의로 제출한 장부만 보관할 수 있다는 점, 요청하면 돌려받을 수 있다는 점을 알려야 하고, 동의서를 받고 일시 보관증을 내줘야 합니다.

다만 사업장에서 장부를 보여 주고 제출하는 것까지 거부하면 이야기가 달라집니다. 세법의 질문·조사권에 따른 직무집행을 거부하거나 기피하면 5천만원 이하의 과태료 대상이 되고, 장부 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사 기피가 명백하면 조사기간 연장 사유가 됩니다. 「가져가는 것에는 동의하지 않지만 사업장에서 보여 드리겠다」는 방식이 현실적인 선택이 되는 경우가 많습니다.

일부 장부만 빼 달라고 할 수 있나요?

할 수 있습니다. 납세자는 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 일시 보관에 동의하지 않는 장부를 보관 대상에서 빼 달라고 요청할 수 있고, 세무공무원은 정당한 사유 없이 그 장부를 보관할 수 없습니다. 국세기본법은 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부등의 제출 요구도 금지합니다.

D씨 사안이라면 조사 대상이 2022년부터 2024년까지이므로, 2025년 계약서는 조사범위 밖이라는 이유로 제외를 요청할 수 있습니다. 서버 백업 USB처럼 여러 해 자료가 섞인 매체는 조사 대상 연도 자료만 따로 추려 내거나 사본을 제출하는 방안을 함께 제안하는 것이 좋습니다.

맡긴 장부는 언제 돌려받나요?

반환을 요청한 날부터 14일 안입니다. 조사 목적 달성에 필요하면 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례만 14일 이내에서 보관 기간을 연장할 수 있습니다. 세무조사에 지장이 없다고 판단되면 요청한 장부를 즉시 돌려줘야 하고, 반환 요청이 없더라도 세무조사를 종결할 때까지는 모두 반환해야 합니다.

반환할 때 세무공무원은 사본을 보관할 수 있고, 사본이 원본과 다르지 않다는 확인 서명이나 날인을 요구할 수 있습니다. 2026. 6. 2. 개정으로 전자화문서로 보관하는 경우도 여기에 포함됐습니다. 서명 전에 사본 목록과 원본을 대조하십시오.

범칙조사로 바뀌면 일시 보관과 무엇이 다른가요?

범칙조사에서는 동의가 아니라 영장으로 가져갑니다. 세무공무원은 범칙조사를 위해 필요하면 압수·수색할 수 있지만, 원칙적으로 판사가 발부한 영장이 있어야 합니다. 일시 보관 금지 조문도 범칙조사를 포함하고 있어, 범칙조사라는 이유만으로 동의 없이 장부를 가져갈 수는 없습니다.

거꾸로 일시 보관에 동의해 임의로 낸 장부는 그 뒤 범칙조사나 형사절차의 자료로 쓰일 수 있다고 보아야 합니다. 조사관이 조세범칙조사를 언급하거나 조사 질문이 고의와 관여자 쪽으로 옮겨 가면 제출 범위를 다시 정할 때입니다. 영장에 의한 압수 절차는 「조세범칙조사에서 압수·수색이 들어오면 영장 없이도 자료를 가져갈 수 있나요?」에서 설명했습니다.

장부 일시 보관 대응 순서

• 조사 사유 확인 - 사전통지서나 세무조사통지서로 정기조사인지 수시조사인지, 대상 세목·연도를 확인합니다.
• 보관 사유 질문 - 동의서에 적힌 일시 보관 사유가 수시조사 사유 중 무엇인지 묻습니다.
• 대상 목록 조정 - 조사범위 밖 장부와 업무에 매일 필요한 장부는 제외를 요청하고 사본 제출을 제안합니다.
• 보관증 확보 - 동의한다면 일시 보관증을 받고 목록과 실제 반출 자료를 대조합니다.
• 반환 요청 - 필요한 장부는 서면으로 반환을 요청하고 14일 기한을 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이번 조사에 일시 보관 사유가 있는지와 가져가려는 장부가 조사 범위 안에 있는지에 따라 동의 여부와 대응이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 현장의 장부 제출·일시 보관 대응과 반환 요청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사관이 장부를 세무서로 가져가겠다는데 거부해도 되나요?
  일시 보관은 납세자의 동의가 있어야 할 수 있으므로 동의하지 않을 수 있습니다. 다만 사업장에서 장부를 보여 주고 제출하는 것까지 거부하면 직무집행 거부로 과태료 대상이 될 수 있으니 둘을 구별해야 합니다.
• 정기 세무조사에서도 장부를 가져갈 수 있나요?
  일시 보관은 납세협력의무 불이행, 위장·가공거래 혐의, 구체적 탈세 제보, 명백한 탈루 자료, 금품 제공 같은 수시조사 사유가 있을 때만 허용됩니다. 정기선정 조사라면 보관 사유가 무엇인지 먼저 확인하십시오.
• 일부 장부만 빼 달라고 할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 동의하지 않는 장부는 제외를 요청할 수 있고, 세무공무원은 정당한 사유 없이 그 장부를 보관할 수 없습니다. 조사 대상이 아닌 연도 자료가 대표적입니다.
• 맡긴 장부는 언제 돌려받나요?
  반환을 요청한 날부터 14일 안에 돌려받을 수 있습니다. 연장은 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례 14일 이내에서만 가능하고, 조사에 지장이 없으면 즉시 돌려줘야 합니다. 조사를 종결할 때까지는 모두 반환해야 합니다.
• 일시 보관증은 꼭 받아야 하나요?
  세무공무원은 일시 보관하려면 동의서를 받고 일시 보관증을 교부해야 합니다. 보관증의 목록과 실제 가져간 자료를 대조해 두어야 반환 요청이나 사본 확인 때 다툼이 생기지 않습니다. 사진으로도 남겨 두십시오.
• 돌려받을 때 사본 확인 서명을 요구하면 해야 하나요?
  세무공무원은 반환할 때 사본을 보관하고 원본과 다름없다는 서명이나 날인을 요구할 수 있습니다. 2026. 6. 2. 개정으로 전자화문서도 포함됐으니, 서명 전에 사본 목록과 원본을 대조하십시오.
• 범칙조사로 바뀌면 동의 없이 가져갈 수 있나요?
  범칙조사에서도 동의 없는 반출은 영장에 의한 압수로만 가능합니다. 세무공무원의 압수·수색은 원칙적으로 판사가 발부한 영장이 있어야 하고, 일시 보관 금지 조문도 범칙조사를 포함합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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