법인세·소득세

주택매매업 이익에서 다른 사업 적자와 이월결손금을 뺄 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.18 갱신

부동산매매업자가 소득세법 제64조로 비교산출세액을 계산할 때는 주택등매매차익에서 다른 사업의 결손금이나 이월결손금을 뺄 수 없다는 국세청 해석이 나왔습니다. 다만 모든 사업소득에서 결손금 공제가 막히는 것은 아니므로 계산 단계를 구별해야 합니다.

부동산매매업자의 비교산출세액을 소득세법 제64조 제1항 제2호에 따라 계산하는 경우에는 주택등매매차익에서 다른 사업의 결손금이나 이월결손금을 공제할 수 없다는 국세청 해석이 나왔습니다. 부동산매매업에 속하는 다른 소득에서 적자가 났어도 같은 제한이 문제 됩니다. 다만 모든 사업소득에서 결손금 공제가 금지된다는 뜻은 아닙니다. 어느 계산 단계와 어떤 소득을 비교하는지 구별해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 부동산매매업자로서 2025년에 분양권 2건을 팔아 매매차익 1억5천만원을 얻었습니다. 같은 해 상가 매매에서는 4천만원 손실이 났고, 2023년부터 쌓인 매매업 이월결손금도 6천만원이 장부에 남아 있었습니다. 장부상 매매업 전체 이익은 1억1천만원이어서, A씨는 여기서 이월결손금까지 빼면 세금이 크게 줄 것으로 보았습니다. 그런데 2026. 5. 20. 종합소득세 신고를 앞두고 비교산출세액을 계산해 보니 결과가 달라졌습니다. A씨는 상가 손실과 이월결손금을 분양권 매매차익에서 뺄 수 있는지, 뺄 수 없다면 이월결손금은 어디에 쓰는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부동산매매업이면 모두 제64조의 비교과세를 하나요?

대상 업종과 자산 요건을 확인해야 합니다. 소득세법 제64조는 법정 부동산매매업자의 종합소득금액에 일정한 주택등매매차익이 있는 경우 두 방식의 세액을 비교하게 합니다. 단순히 부동산을 팔았다는 이유로 모든 사람에게 적용되는 규정은 아닙니다.

일반적인 종합소득세 계산에 따른 세액과, 주택등매매차익에 법정 세율을 적용한 세액에 나머지 소득의 세액을 더한 금액을 비교합니다. 이때 큰 금액이 종합소득 산출세액이 되는 구조입니다.

주택등매매차익은 일상적으로 말하는 집을 판 이익 전체와 정확히 같은 범위가 아닐 수 있습니다. 분양권, 중과 대상 자산 등 해당 법 조항과 양도 시점의 규정을 확인해야 합니다. 사업자등록 업종만으로 실제 거래의 소득 구분과 비교과세 대상이 확정되는 것도 아닙니다.

같은 매매업의 적자도 주택 매매차익에서 못 빼나요?

국세청은 2026년 9월 30일 과세기준자문에서 주택등매매차익 외 소득과 그 밖의 사업소득에서 발생한 결손금을 주택등매매차익에 통산할 수 없다고 설명했습니다. 부동산매매업 내부에서 발생한 손실이라는 이유만으로 비교세액의 주택등매매차익 부분을 줄이지 않은 것입니다.

이는 주택 거래에 직접 관련된 법정 필요경비를 부인한다는 뜻이 아닙니다. 해당 자산의 매매차익 산정에서 공제되는 필요경비와, 다른 소득에서 발생한 결손금을 가져와 통산하는 문제는 구별해야 합니다.

예를 들어 이자비용을 주장한다면 어떤 자산이나 사업을 위해 부담한 것인지 먼저 특정해야 합니다. 실제 주택 취득과 직접 관련된 비용인지, 임대사업에 귀속되는 비용인지에 따라 출발점이 다릅니다. 사업자가 부담한 모든 이자를 주택등매매차익에 붙여 계산할 수는 없습니다.

예전에 쌓인 매매업 이월결손금은 어떤가요?

해당 비교세액의 주택등매매차익에서 이월결손금을 공제할 수 없다는 것이 자문의 내용입니다. 같은 명칭의 사업에서 이월됐다는 이유만으로 예외가 되지는 않습니다.

다만 이월결손금 자체가 모든 계산에서 사라진다는 뜻은 아닙니다. 다른 소득에서의 공제 가능 여부는 결손금 종류와 발생 연도, 소득세법 제45조의 공제 순서와 제한에 따라 검토해야 합니다. 부동산임대업 결손금에는 별도의 제한도 있습니다.

장부에 이월결손금이 남아 있다는 자료만으로 어느 소득에든 쓸 수 있는 공제권이 확보된 것은 아닙니다. 과거 신고서와 계산명세에서 발생 원인과 이미 사용한 금액을 확인해야 합니다. 일반 산출세액과 비교세액에 같은 결손금을 어떻게 반영했는지도 분리해 보아야 합니다.

양도소득으로 신고한 거래가 사업소득으로 바뀌면요?

소득 구분을 바꾸는 문제와 바뀐 소득의 세액 계산은 별개입니다. 자문의 사실관계에서는 납세자가 과거 주택·상가·분양권 거래를 실질적으로 부동산매매업 사업소득이라고 주장했고, 필요경비와 결손금 반영을 두고 과세관청과 이견이 있었습니다.

사업소득으로 인정되면 반드시 세금이 줄어든다고 볼 수는 없습니다. 제64조 비교과세를 포함해 산출세액을 다시 계산해야 하고, 다른 사업에 이미 반영한 비용의 중복도 확인해야 합니다. 소득세가 줄어들 것이라는 예상만으로 거래 성격을 선택할 수는 없습니다.

과거 거래의 소득 구분을 다투는 경우에는 매매의 계속성, 사업 활동과 자금 조달 등 관련 자료도 필요할 수 있습니다. 다만 이번 자문은 결손금 계산의 범위를 답한 것이므로 개별 거래가 사업인지 여부까지 일률적으로 인정한 근거로 사용해서는 안 됩니다.

신고한 뒤 분양권이나 상가 매매계약이 소송으로 해제·취소되는 경우도 있습니다. 최초 신고의 계산 근거가 된 거래가 판결(판결과 같은 효력의 화해 등 포함)로 다른 것으로 확정되면, 그 사실을 안 날부터 3개월 안에 후발적 경정청구를 할 여지가 있습니다. 해제 경위와 손익을 어느 해에 반영하는지에 따라 인정 여부는 사안마다 다릅니다.

종합소득세 대응 순서

자산별 매매가액과 법정 필요경비를 정리한 표, 주택등매매차익에 해당하는 부분과 나머지 소득을 나눈 표, 발생 연도별 결손금 잔액표를 따로 준비하십시오. 하나의 손익계산서에서 총이익만 확인하면 비교과세의 제한이 드러나지 않습니다.

과세관청이 결손금을 제외한 경우에는 모든 손실을 부인한 것인지, 주택등매매차익 부분에서만 통산을 제한한 것인지 처분 근거를 확인해야 합니다. 비용의 귀속과 결손금의 공제 범위를 구별해 다퉈야 필요한 자료를 정확히 준비할 수 있습니다.

결손금이 발생한 사업의 장부와 공제받으려는 소득의 장부를 구별해 보아야 합니다. 비용 증빙이 있다는 사정과 해당 소득에서 공제할 수 있다는 법적 근거는 서로 다른 확인 사항입니다.

계약 해제와 후발적 경정청구에 관한 대법원 판단은 「계약 해제나 대금 감액 뒤 후발적 경정청구, 대법원은 어떤 경우에 인정했나요?」에서 자세히 설명했습니다.

중과 대상 주택 수를 세는 기준은 「다주택 중과가 다시 적용되는데 다가구주택과 공동상속주택은 몇 채로 세나요?」에서 자세히 설명했습니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주택 매매에 직접 든 비용도 못 빼나요?
  법정 매매차익 산정의 필요경비와 다른 사업의 결손금 통산은 다릅니다. 직접 비용은 해당 규정에 따라 따로 확인해야 합니다.
• 사업자등록이 같으면 손익을 모두 합치지 않나요?
  합쳐지지 않습니다. 사업자등록번호가 같아도 비교과세에서는 주택등매매차익과 나머지 소득을 구분하고, 주택등매매차익에는 결손금 통산 제한이 적용됩니다. 자산별 매매차익과 다른 사업 손익을 따로 정리해야 합니다.
• 이월결손금은 이제 쓸 수 없다는 뜻인가요?
  전부 소멸한다는 뜻은 아닙니다. 제64조 비교세액의 주택등매매차익에서 뺄 수 없을 뿐이고, 다른 소득에서 공제할 수 있는지는 결손금 종류와 발생 연도, 소득세법 제45조의 공제 순서와 기간을 따로 검토해야 합니다.
• 모든 주택 판매 사업자에게 같은 계산인가요?
  법정 업종과 자산 요건, 해당 과세기간의 규정을 확인해야 합니다. 제64조 적용 전제가 없는 경우와 구별됩니다.
• 일반 종합소득세 계산만 맞으면 되나요?
  비교과세 대상이라면 다른 방식의 세액도 계산해야 합니다. 결손금이 있다는 이유로 비교를 생략할 수 없습니다.
• 회신이 나왔으니 과거 세금이 바로 바뀌나요?
  개별 연도 법령과 실제 소득·비용의 귀속을 확인해야 합니다. 과세기준자문은 특정 세액을 변경하는 판결이나 처분 자체가 아닙니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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