양도소득세

자동말소된 임대주택에 들어가 살면서 원래 살던 집을 팔아도 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 등록이 자동말소된 장기임대주택에 직접 들어가 살더라도 말소일부터 5년 안에 거주주택을 팔면 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있습니다. 소득세법 시행령은 말소 뒤 5년 안의 거주주택 양도에는 임대기간요건을 갖춘 것으로 보고, 양도일 현재 임대 중일 것을 요구하지 않습니다. 지금은 임대주택 등록이 말소된 날짜와 거주주택 양도 예정일 사이가 5년 안인지부터 확인해야 합니다.

말소 뒤에 세입자를 계속 두거나 임대료 5% 상한을 지키거나 세무서 사업자등록을 유지할 필요는 없습니다. 말소된 임대주택에 본인이 들어가 살아도 거주주택 특례는 그대로입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2014년 용인 아파트를 사서 2년 넘게 살았습니다. 2019년 3월 같은 시에 빌라 한 채를 더 사서 구청에 단기민간임대주택(4년)으로, 세무서에 주택임대사업자로 등록하고 세를 놓았습니다. 임대의무기간이 끝난 2023년 3월 빌라의 임대등록은 자동으로 말소됐고, 세입자가 나간 2024년 가을부터는 A씨 가족이 빌라로 옮겨 살고 있습니다. 2026년 겨울 원래 살던 아파트를 팔려는데, 임대주택에 직접 살고 있고 사업자등록도 폐업한 상태라 거주주택 비과세를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소된 임대주택에 직접 살아도 거주주택 비과세가 되나요?

네, 됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제23항은 임대의무기간이 끝나 자동말소되거나 임대의무기간의 2분의 1 이상을 채우고 자진말소한 장기임대주택을, 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 양도하는 경우에 한해 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 봅니다. 이때 제20항의 장기임대주택 요건 중 「양도일 현재 임대하고 있을 것」을 따로 요구하지 않으므로, 말소 뒤 본인이 전입해 살아도 특례 적용에 지장이 없습니다. 거주주택 자체는 보유기간 중 2년 이상 거주했어야 하고, 2020년 7월 10일 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택이어야 합니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간 2년 이상.
• 말소 사유 - 임대의무기간 종료로 자동말소되었거나, 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 자진말소한 경우여야 합니다.
• 양도 시한 - 말소일(두 채 이상이면 최초 말소일)부터 5년 안에 거주주택을 양도해야 합니다.
• 말소 뒤 상태 - 임대 여부, 임대료 인상, 사업자등록 유지는 묻지 않습니다.

국세청은 말소 뒤 임대요건을 안 지킨 경우를 어떻게 해석했나요?

기획재정부는 자진말소나 자동말소된 뒤에는 거주주택 양도일까지 임대요건을 지키지 않아도 5년 안에 거주주택을 양도하면 특례가 적용된다고 해석했습니다. 국세청은 서면-2021-부동산-3532(2022. 2. 8.) 회신에서 기획재정부 재산세제과-151(2022. 1. 24.)을 참고하라고 답했습니다. 기획재정부 회신의 질의는 세 가지였습니다. 임대주택에 전입해 임대하고 있지 않은 상태에서 거주주택을 팔아도 되는지, 양도일까지 임대료 증액상한 5%를 지키지 않아도 되는지, 세무서 사업자등록을 유지하지 않아도 되는지였고, 기획재정부는 세 가지 모두 특례 적용이 가능하다고 답했습니다. 시행령이 말소된 주택을 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 본다고 정한 이상, 말소 뒤의 임대 상태를 다시 요건으로 삼을 근거가 없다는 취지입니다.

이 회신은 임대주택이 말소 전까지 장기임대주택 요건을 모두 갖추었다는 사실을 전제로 합니다. 말소 전에 임대료를 5% 넘게 올렸거나 임대의무기간의 절반을 채우지 못하고 자진말소했다면 결론이 달라집니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026년 9월 30일 개정된 시행령은 제155조 제23항에 「제167조의3 제1항 제2호 가목 2)·라목 8)·마목 4)의 요건은 적용하지 않는다」는 문구를 넣었습니다. 같은 날 개정으로 아파트를 임대하던 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택에는 중과배제를 받기 위한 양도기한(2027년 12월 31일, 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나면 말소일부터 1년)이 생겼는데, 거주주택 특례를 판단할 때는 그 기한을 보지 않는다는 뜻입니다. 따라서 말소된 임대아파트를 2027년이 지나도록 팔지 않아도 거주주택 특례에는 영향이 없고, 5년 기한만 지키면 됩니다. 개정 시행령 부칙(대통령령 제36737호)에 이 부분의 별도 적용례가 없어 2026. 10. 1. 이후 거주주택을 양도하는 분부터 적용됩니다. 회신 당시에는 없던 구분이므로 임대주택이 아파트인 세대는 이 점을 알고 일정을 잡아야 합니다.

거주주택을 먼저 팔고 나중에 임대주택 요건을 못 채우면 어떻게 되나요?

임대기간요건을 채우기 전에 거주주택을 팔아 특례를 받았다가 나중에 요건을 못 채우게 되면, 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 특례로 줄었던 세액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다. 다만 임대의무기간 종료로 자동말소되거나 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하고 자진말소한 경우에는 말소된 날에 임대기간요건을 갖춘 것으로 보므로 추징 대상이 아닙니다. 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘는 경우는 요건을 못 채운 것으로 보지만, 이 역시 말소 전 기간에 관한 이야기입니다.

자동말소 임대주택 거주주택 비과세 대응 순서

• 말소일 확인 - 구청 임대사업자 등록 말소 통지서나 렌트홈 등록사항으로 말소일과 말소 사유(자동·자진)를 확인합니다. 5년 기한은 이 날부터 셉니다.
• 말소 전 요건 점검 - 2020년 7월 10일 이전 등록 신청인지, 임대개시일 당시 기준시가가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하였는지, 임대의무기간 중 임대료 인상률이 5% 이하였는지 계약서로 확인합니다.
• 거주주택 요건 점검 - 주민등록표 등본으로 거주주택의 거주기간 2년 이상을 확인하고, 전에 거주주택 특례를 받은 적이 있는지 봅니다.
• 양도 일정 결정 - 말소일부터 5년이 되는 날 전에 잔금일을 잡습니다. 임대주택에 본인이 살고 있어도 일정에 영향은 없습니다.
• 신고와 불복 - 예정신고 때 거주주택 특례 신고서와 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록표 등본을 냅니다. 특례가 부인되어 고지되면 90일 안에 심판청구로, 신고 뒤 요건을 입증하게 되면 5년 안에 경정청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 두 채 이상이거나 자진말소 시점이 임대의무기간의 절반 언저리이거나 거주주택을 임대로 돌린 적이 있다면 등록증·임대차계약서·주민등록 초본을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 특례 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자진말소한 임대주택도 5년 특례가 되나요?
  임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 임차인 동의를 받아 자진말소한 경우에만 됩니다. 임대의무기간의 절반을 못 채우고 말소했다면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보지 않으므로 거주주택 특례를 받기 어렵습니다. 말소 신청일과 임대개시일을 비교해 절반을 넘겼는지 먼저 확인해야 합니다.
• 임대주택이 두 채면 5년은 언제부터 세나요?
  장기임대주택을 두 채 이상 임대하는 경우에는 가장 먼저 등록이 말소된 주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 나중에 말소된 주택을 기준으로 삼으면 기한을 넘길 수 있으므로, 각 주택의 말소일을 모두 적어 두고 가장 빠른 날을 기준으로 거주주택 양도 일정을 잡아야 합니다.
• 말소 뒤 임대료를 5% 넘게 올리면 특례가 깨지나요?
  말소 뒤의 임대료 인상은 거주주택 특례에 영향이 없습니다. 기획재정부는 말소 뒤 양도일까지 임대료 증액상한 5%를 지키지 않아도 5년 안에 거주주택을 양도하면 특례가 적용된다고 해석했습니다. 다만 말소 전 임대의무기간 중의 인상률은 요건이므로 그 기간의 계약서는 따로 확인해야 합니다.
• 세무서 사업자등록을 폐업해도 되나요?
  말소 뒤라면 세무서 사업자등록을 폐업해도 거주주택 특례에 지장이 없습니다. 기획재정부 회신은 거주주택 양도일까지 사업자등록을 유지하지 않은 경우에도 특례 적용이 가능하다고 보았습니다. 다만 말소 전 기간에는 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자 등록이 모두 되어 있어야 장기임대주택으로 인정됩니다.
• 2020년 7월 이후 등록한 임대주택도 되나요?
  거주주택 특례의 장기임대주택은 2020년 7월 10일 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택으로 한정됩니다. 그 뒤에 등록 신청한 주택은 거주주택 특례의 장기임대주택에 들어가지 않으므로, 등록 신청일을 임대사업자 등록증이나 렌트홈 내역으로 확인해야 합니다.
• 전에 거주주택 특례를 받았으면 다시 못 받나요?
  현행 시행령 제155조 제20항에는 「생애 한 차례」 제한 문구가 없습니다. 2025. 2. 28. 개정으로 삭제되었습니다. 다만 지금 파는 집을 임대주택으로 등록한 적이 있고 그 집을 보유하는 동안 다른 거주주택을 판 적이 있다면 직전거주주택보유주택에 해당해, 직전거주주택 양도일 뒤 기간분에만 비과세가 적용됩니다. 과거 신고 내역과 등록 이력을 함께 확인해야 합니다.
• 특례가 부인되어 세금이 나오면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 특례를 부인해 양도소득세를 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 특례 없이 신고했다가 요건을 갖춘 사실을 뒤늦게 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지서 수령일과 신고일을 기록해 두어야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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