세금

합병 전 대손충당금을 안 잡은 채권, 합병회사가 비용으로 넣을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

합병회사가 자체 결산에서 새로 대손충당금을 설정해 손금에 넣을 수 있습니다. 다만 합병 전 미설정만으로 같은 금액의 비용이 자동 인정되는 것은 아닙니다. 세무상 취득가액·결산 반영·설정 한도를 확인해야 하며, 기존 충당금의 승계와 합병 후 신규 설정은 구별해야 합니다.

합병회사가 자체 결산에서 새로 대손충당금을 설정해 손금에 넣을 수 있습니다. 다만 합병 전 미설정만으로 같은 금액의 비용이 자동 인정되는 것은 아닙니다. 세무상 취득가액·결산 반영·설정 한도를 확인해야 하며, 기존 충당금의 승계와 합병 후 신규 설정은 구별해야 합니다.

회수가 어려우면 합병 전에 손금이 생긴 것으로 보나요?

대손충당금은 실제 설정과 결산 반영을 전제로 하는 제도입니다. 현행 법인세법 제34조 제1항은 결산을 확정할 때 대손충당금을 손비로 계상한 경우 정해진 범위에서 손금에 산입하도록 합니다. 회수 위험이 있었다는 사실과 세법상 충당금 손금이 발생했다는 사실은 다릅니다.

대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두4111 판결도 이 구별을 중요하게 보았습니다. 당시 여신전문금융회사는 감독규정에 따라 충당금을 적립할 의무가 있었지만, 실제 결산에 설정하지 않았습니다. 대법원은 감독상 의무 위반만으로 피합병법인의 손금이 이미 발생했다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 실질과세 원칙을 들어도 마찬가지라고 보았습니다.

감독규정이나 회계기준의 위반 여부와 세법상 손금 귀속은 각각 판단해야 합니다. 이 판결을 회계처리를 임의로 생략해도 된다는 허용으로 읽어서는 안 됩니다. 실제 결산서와 분개, 결산 확정 전 환입 여부를 확인해야 어떤 법인에 어떤 비용이 반영됐는지 알 수 있습니다.

기존 충당금을 넘겨받는 것과 새로 설정하는 것은 다른가요?

다릅니다. 법인세법 제34조 제4항은 이미 손금에 산입된 충당금의 승계를 정합니다. 대응 채권과 함께 넘겨받은 금액만 합병회사가 합병등기일에 가진 충당금으로 봅니다. 존재하는 충당금의 승계를 정한 것이므로 미설정 금액까지 승계된 것으로 처리할 수는 없습니다.

반대로 승계한 채권에 합병회사가 새로 충당금을 설정하는 문제는 그 회사의 결산과 설정 한도에서 판단합니다. 승계 충당금과 당기 전입액의 관계를 구분하고, 전기 인정 충당금의 환입 및 대손 상계도 연결해야 합니다. 피합병법인에서 손금 처리한 금액을 합병회사에서 새로운 비용처럼 다시 넣으면 중복이 생깁니다.

설정 한도는 사업연도 말 채권잔액과 대손실적률 등을 기초로 계산합니다. 합병등기일의 잔액만으로 당기 말 한도까지 확정되는 것은 아니므로 이후 회수·소멸 내역도 연결해야 합니다.

장부상 충당금 전액이 세무상 인정액이라는 보장도 없습니다. 한도초과액이나 설정 제외 채권이 섞였는지 확인해야 합니다. 합병계약서의 승계 재산 총액만으로는 부족하며 채권별 장부가액과 세무조정 잔액, 대응 충당금을 맞출 자료가 필요합니다.

대법원은 이월결손금 승계를 피한 설정도 인정했나요?

해당 사건에서는 그렇습니다. 피합병 카드회사의 이월결손금을 승계할 수 없던 은행이 채권을 장부가액으로 승계한 뒤 충당금을 설정했습니다. 과세관청은 피합병법인이 설정해야 할 금액을 넘겨 손익 귀속을 바꾼 것이라며 실질과세와 신의칙 등을 문제 삼았습니다.

대법원은 당시 대손충당금이 결산조정사항이라는 점을 근거로 삼았습니다. 관련 취득가액 규정상 채권이 장부가액으로 승계되는 구조라는 점도 들어 과세관청 주장을 배척했습니다. 충당금 설정 여부에 관한 선택권을 행사한 결과를 바로 신고 오류·탈루 또는 신의칙 위반으로 평가할 수 없다는 취지입니다.

다만 이 사건은 2003년 합병과 당시 법률에 관한 판단입니다. 판결에서 적용한 이월결손금 승계 요건과 금융채권 취득가액 규정을 현재 거래의 요건처럼 사용해서는 안 됩니다. 현재 합병의 적격 여부와 자산 평가, 결손금·충당금의 승계는 따로 대조해야 합니다. 이 판결만으로 세무상 장부가액을 확정할 수는 없습니다.

부실채권을 비싸게 인수했다는 이유로 바로 부인되나요?

같은 판결은 특정 채권의 매입과 합병에 의한 포괄승계를 구별했습니다. 원심은 고가 매입과 불량채권 양수에 관한 당시 부당행위계산 부인 규정이 특정승계 등을 전제로 한다고 보았습니다. 그래서 합병에 의한 포괄승계에는 적용할 수 없다고 했고, 대법원도 이를 정당하다고 판단했습니다. 과세관청의 상고는 기각됐습니다.

이 결론이 특수관계인 채권 거래를 모두 보호하는 것은 아닙니다. 채권 매매인지 합병인지, 자산가액을 어떻게 정했는지와 어떤 과세 근거가 적용되는지부터 특정해야 합니다. 과세관청이 단순히 불량채권이라는 표현을 쓰더라도 실제 처분사유가 취득가액인지 손금 귀속인지에 따라 반박할 내용이 다릅니다.

또한 대손충당금은 장래 회수 위험에 대비한 것이고 확정된 대손금은 별도 제도입니다. 이미 회수불능 사유가 발생한 채권을 같은 방식의 충당금 문제로만 처리하면 실제 대손의 귀속과 승계 제한을 놓칠 수 있습니다. 위험채권과 확정 대손채권을 나눈 목록이 필요합니다.

합병 대손충당금 대응 순서

1. 합병등기일 전 마지막 결산서와 확정 전 수정 내역을 확보합니다. 단순 분개와 결산 반영을 구별합니다.
2. 채권별 세무상 취득가액, 설정 대상 여부, 기존 충당금의 인정액과 한도초과액을 구분합니다.
3. 대응 채권과 함께 넘겨받은 충당금과 합병 후 새 전입액을 나누고 상계·환입까지 연결합니다.
4. 과세관청의 부인 근거를 손금 귀속, 평가액, 승계 요건 중 어느 것인지 특정합니다.
5. 당시 합병에 적용되는 법령과 현행 규정을 구별해 판결과 다른 사실을 기록합니다.

세무조정 승계의 일반 문제는 「물적분할에서 양도차손이 나면 세무조정사항도 새 회사로 넘어가나요?」와도 구별해야 합니다. 합병의 충당금 문제와 비적격 분할의 조정사항 승계는 같은 결론을 기계적으로 옮길 수 있는 관계가 아닙니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 충당금 전입 분개만 있으면 결산에 반영된 것인가요?
  분개만으로 확정할 수 없습니다. 결산 확정 전에 환입했는지와 확정 재무제표에 남았는지를 함께 확인해야 합니다. 확정 재무제표와 결산 수정 전표를 같이 보아야 비용의 귀속 주체를 구분할 수 있습니다.
• 판결에 나온 결손금 승계 지분요건을 지금도 쓰나요?
  과거 합병의 법령 요건입니다. 현재 합병의 결손금 승계 요건은 별도로 확인해야 합니다. 판결의 합병연도와 현재 검토하는 거래연도가 다르다는 점부터 대조해야 합니다.
• 합병일 뒤 회수된 채권은 어떻게 보나요?
  실제 회수는 해당 채권의 잔액과 충당금 필요액에 영향을 줄 수 있습니다. 합병 당시 평가와 이후 회수의 시점을 나누어 대조해야 합니다. 회수 내역을 채권별 잔액표와 연결하고 충당금의 중복 반영을 피해야 합니다.
• 손금 한도초과액도 충당금과 함께 모두 비용이 되나요?
  장부 잔액과 세무상 인정액은 다릅니다. 한도초과액의 승계와 추인 여부를 별도 확인해야 합니다. 피합병법인 세무조정명세와 합병회사의 승계명세가 이어지는지 대조해야 합니다.
• 일반 기업도 금융회사 적립기준을 적용하나요?
  금융회사 등에 관한 법정 특례를 일반 기업에 그대로 적용할 수 없습니다. 해당 회사의 설정 대상과 한도를 확인해야 합니다. 회사 유형을 확인한 뒤 채권 종류별 설정 가능 여부를 나누어야 합니다.
• 회계상 미설정에 문제가 없다고 판결한 것인가요?
  아닙니다. 감독·회계상 의무와 세법상 손금 발생 여부를 구별한 판결입니다. 세법상 귀속 판단을 회계·감독 규정 준수에 대한 면책으로 사용해서는 안 됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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