법인세·소득세

물적분할에서 양도차손이 나면 세무조정사항도 새 회사로 넘어가나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 양도차손이 난 물적분할은 과세이연할 양도차익이 없어 세무조정사항 일괄 승계 대상이 아니고, 현행 시행령 구조상 승계한 대손충당금·퇴직급여충당금과 관련된 세무조정사항만 넘어가는 것으로 봅니다. 법인세법은 양도차익 상당액을 손금에 산입한 물적분할에만 세무조정사항 승계를 정하고, 시행령은 그 밖의 물적분할에서 충당금 관련 사항만 승계하게 합니다. 지금은 분할 전 유보 잔액을 충당금 관련과 그 밖의 것으로 나눠 분할법인이 정리할 몫부터 확인하십시오.

물적분할 요건을 다 갖췄다고 해서 세무조정사항이 자동으로 모두 넘어가지는 않습니다. 양도차손이 난 물적분할은 과세이연할 양도차익이 없으므로 승계 범위가 따로 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

코스닥 상장사 B사는 2026년 1월 1일을 분할기일로 콘텐츠 사업부문을 물적분할해 100% 자회사를 세웠습니다. 연결실체에 변동이 없어 회계상으로는 장부가액 그대로 자산과 부채를 넘겼지만, 세법상으로는 분할 사업부문 자산의 시가가 세무상 장부가액보다 낮아 양도차손이 생겼습니다. 분할 직전 B사의 유보 잔액에는 대손충당금 한도초과액, 퇴직급여충당금 한도초과액, 그 밖의 자산 관련 유보가 섞여 있었고, 분할계획서에 따라 대손충당금과 퇴직급여충당금은 자회사로 넘겼습니다. 재무팀은 이 유보들을 자회사가 이어받는지, B사가 정리해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

양도차손이 난 물적분할은 왜 과세특례 대상이 아닌가요?

물적분할 과세특례는 분할법인이 받은 주식의 가액 중 물적분할로 발생한 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입해 과세를 미루는 제도입니다. 양도차손이 났다면 미룰 양도차익이 없으므로 이 특례가 적용될 여지가 없고, 특례를 전제로 한 세무조정사항 일괄 승계 규정도 적용되지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」 제47조 제4항은 분할법인이 양도차익 상당액을 손금에 산입한 경우에 세무조정사항과 그 밖의 자산·부채, 감면·세액공제를 분할신설법인에 승계하도록 정합니다. 손금에 산입한 금액이 없다면 이 조항을 근거로 세무조정사항을 넘길 수 없습니다.

양도차손은 받은 주식의 시가에서 넘긴 순자산의 세무상 장부가액을 빼서 계산합니다. 세무상 장부가액은 회계상 장부가액에 유보를 더하고 빼서 구하므로, 분할 전 유보 잔액을 빠짐없이 반영해야 손익의 방향이 정확히 나옵니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 적격분할 요건을 갖춘 물적분할이라도 분할법인이 취득한 주식의 가액보다 승계하는 순자산의 세무상 장부가액이 많아 양도차손이 생겼다면 비적격 물적분할로 보아 세무조정사항은 분할신설법인에 승계되지 않는다고 회신했습니다(법규법인2012-0458, 2013. 1. 28.).

회신은 승계되지 않는 세무조정사항을 분할법인이 반대의 세무조정으로 익금 또는 손금에 산입해 소멸시킨다고 보았습니다. 분할신설법인이 승계한 대손충당금은 분할등기일 현재 분할신설법인이 가진 충당금으로 보아, 이후 대손금과 상계하고 남은 금액을 익금에 산입한다고 했습니다. 이 회신은 질의 법인의 사실관계와 당시 시행령을 전제로 한 해석입니다.

회신 뒤 충당금 관련 세무조정사항은 어떻게 바뀌었나요?

2014. 2. 21. 개정된 시행령은 세무조정사항 승계 규정의 적용 대상에 물적분할을 넣었습니다. 그래서 지금은 과세특례를 받지 않는 물적분할이라도 분할신설법인이 퇴직급여충당금이나 대손충당금을 승계했다면 그와 관련된 세무조정사항은 승계하고, 그 밖의 세무조정사항은 승계하지 않는 구조입니다.

회신 당시 시행령은 세무조정사항 승계의 근거를 법 제47조 제4항으로 한정하고 있어, 과세특례가 없는 물적분할에는 승계 규정 자체가 적용되지 않았습니다. 지금 같은 사안을 처리한다면 대손충당금·퇴직급여충당금 한도초과 유보는 자회사로 넘기고, 나머지 유보만 분할법인이 반대 조정으로 정리하는 방향으로 검토합니다. 2014년 개정 뒤 양도차손이 난 물적분할을 다룬 국세청 해석은 아직 찾지 못했으므로, 신고 전에 최근 해석을 다시 대조하는 것이 좋습니다.

승계한 대손충당금은 분할신설법인이 분할등기일에 가지고 있는 대손충당금으로 봅니다. 대응하는 채권이 함께 승계된 경우에만 그렇습니다.

반대 조정을 빠뜨리면 어떻게 되나요?

승계되지 않는 유보를 분할법인이 정리하지 않으면 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액이 틀어지고, 과소신고라면 수정신고, 과다신고라면 경정청구로 바로잡아야 합니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 할 수 있습니다.

세무조사에서 유보 처리가 문제 되어 추가 과세 예정 통지를 받았다면 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지된 뒤에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

물적분할 세무조정사항 정리 순서

• 세무상 순자산 확정 - 분할 사업부문의 회계상 장부가액에 유보를 더하고 빼서 세무상 장부가액을 구합니다. 받은 주식 시가와 비교해 양도차익인지 양도차손인지 정합니다.
• 유보 분류 - 유보를 대손충당금 관련, 퇴직급여충당금 관련, 그 밖의 유보로 나눕니다. 승계 여부가 이 분류에 따라 갈립니다.
• 분할법인 반대 조정 - 승계되지 않는 유보는 분할법인의 분할등기일이 속하는 사업연도에 반대 조정으로 정리합니다. 자본금과 적립금조정명세서(을)에 소멸 내역을 남깁니다.
• 분할신설법인 기초 유보 반영 - 승계한 충당금 관련 유보를 분할신설법인의 기초 잔액에 반영합니다. 대손충당금은 이후 대손금과 상계 순서를 따릅니다.
• 오류 발견 시 바로잡기 - 정리 누락을 발견하면 수정신고 또는 경정청구를 검토합니다. 조사 통지를 받았다면 30일 안 과세전적부심사를 먼저 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 양도차손 여부와 승계 범위는 분할계획서와 분할 전 유보 명세를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분할 과세 쟁점 검토와 법인세 경정청구·부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 물적분할 양도차손은 어떻게 계산하나요?
  분할법인이 받은 분할신설법인 주식의 가액에서 넘긴 순자산의 세무상 장부가액을 빼서 계산합니다. 세무상 장부가액은 회계상 장부가액에 유보를 더하고 빼서 구하므로 분할 전 유보를 모두 반영해야 합니다.
• 양도차익이 나면 세무조정사항은 모두 넘어가나요?
  적격분할 요건을 갖춰 양도차익 상당액을 손금에 산입했다면 분할법인의 세무조정사항과 그 밖의 자산·부채, 감면·세액공제 등을 분할신설법인에 승계합니다. 분할하는 사업부문의 것에 한정됩니다.
• 대손충당금 한도초과 유보도 남겨야 하나요?
  현행 시행령에서는 분할신설법인이 대손충당금을 승계했다면 그와 관련된 세무조정사항도 승계합니다. 대응하는 채권이 함께 넘어간 경우라야 승계한 충당금을 분할신설법인의 대손충당금으로 봅니다.
• 승계되지 않는 유보는 언제 정리하나요?
  분할등기일이 속하는 사업연도에 분할법인이 반대의 세무조정으로 익금 또는 손금에 산입해 정리합니다. 자본금과 적립금조정명세서(을)에 소멸 내역을 남겨야 다음 연도 신고와 맞물립니다.
• 회계상 장부가액으로 넘겼으면 손익이 없나요?
  회계처리와 세무상 양도손익은 따로 계산합니다. 회계상 장부가액으로 분할했더라도 세법은 받은 주식의 시가와 세무상 순자산을 비교하므로 양도차익이나 양도차손이 생길 수 있고 그 결과에 따라 유보 승계 범위도 달라집니다.
• 유보 정리를 빠뜨렸다면 어떻게 고치나요?
  세금을 적게 신고했다면 수정신고를 하고, 많이 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 분할법인과 분할신설법인의 신고가 서로 연결되어 있으므로 두 회사 신고를 함께 맞춰 고쳐야 합니다.
• 조사에서 승계 처리를 문제 삼으면요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지 후에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 이의신청은 선택 절차입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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