법인세·소득세

물적분할로 받은 자회사 주식 가액에 영업권도 넣어야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 물적분할로 분할법인이 받은 주식의 취득가액은 물적분할한 순자산의 시가이고 그 순자산에는 분할 사업부의 영업권이 들어가지 않습니다. 법인세법 시행령은 물적분할 주식 취득가액을 순자산 시가로 정하고, 합병·분할로 계상한 영업권은 감가상각자산에서 빼고 있습니다. 지금은 넘긴 자산·부채의 개별 시가 평가표와 사업부 가치평가서의 영업가치 부분을 나눠 두었는지부터 확인하십시오.

사업부의 수익가치로 산정한 기업가치를 그대로 주식 취득가액으로 잡을 필요는 없습니다. 장부에 없는 영업권은 물적분할로 넘긴 순자산에 들어가지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

제조업체 C사는 2026년 3월 이사회에서 온라인 판매 사업부를 물적분할해 100% 자회사 D사를 세우기로 결의했습니다. 기존 사업부와 함께 쓰던 사옥과 물류창고는 C사에 남기기로 해 포괄승계 요건을 갖추지 못했고, 이 분할은 과세특례를 받지 않는 물적분할이 되었습니다. 회계법인은 온라인 판매 사업부의 수익가치를 기준으로 상당한 영업가치를 평가해 두었습니다. 재무팀은 C사가 받은 D사 주식의 세법상 취득가액에 이 영업가치까지 넣어 양도차익을 계산해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

물적분할로 받은 주식의 취득가액은 어떻게 정하나요?

물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식의 취득가액은 물적분할한 순자산의 시가입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 이 기준을 과세특례 적용 여부와 관계없이 물적분할로 취득한 주식 전체에 적용합니다.

순자산의 시가는 넘긴 자산의 시가 합계에서 넘긴 부채의 시가 합계를 뺀 금액입니다. 과세특례를 받지 않는 물적분할에서는 이 금액과 넘긴 순자산의 세무상 장부가액의 차이가 분할법인의 양도차익 또는 양도차손이 됩니다.

• 양도가액에 해당하는 금액 - 물적분할한 순자산의 시가
• 차감할 금액 - 넘긴 순자산의 세무상 장부가액
• 분할신설법인의 자산 취득가액 - 과세특례가 없으면 승계한 각 자산의 시가

국세청은 영업권을 어떻게 해석했나요?

국세청은 물적분할에 따라 분할법인이 취득한 주식은 물적분할한 순자산의 시가를 취득가액으로 하고, 그 순자산에는 물적분할한 사업부문에 대한 영업권이 포함되지 않는다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석법인-0323, 2018. 6. 20.).

회신은 세 가지 이유를 들었습니다. 첫째, 물적분할은 분할법인이 분할신설법인 지분 전부를 가지므로 경제적 실체가 그대로 유지되는 분리에 불과합니다. 둘째, 사업부의 내재 가치인 영업권은 분할법인 장부에 계상되어 있지 않아 승계한 자산이 아니고 분할신설법인도 자산으로 인식할 수 없습니다. 셋째, 주식가액에 영업권을 더하면 분할법인은 그만큼 양도차익 과세를 받는데 분할신설법인은 손금으로 회수할 길이 없어 중복과세가 됩니다. 이 회신은 과세특례를 받지 않는 물적분할을 전제로 한 해석입니다.

분할신설법인은 영업권을 상각할 수 없나요?

합병이나 분할로 합병법인등이 계상한 영업권은 감가상각자산에서 빠집니다. 그래서 분할신설법인이 사업부의 영업가치를 영업권으로 계상하더라도 세법상 감가상각비로 손금에 산입할 수 없습니다.

국세청이 영업권을 주식가액에서 뺀 것도 이 구조 때문입니다. 분할법인 쪽에서만 영업가치를 양도가액으로 잡으면 같은 가치에 대해 과세는 되고 비용 회수는 막히는 결과가 생깁니다.

과세특례를 받는 물적분할과는 무엇이 다른가요?

적격분할 요건을 갖추고 분할대가 전액이 주식인 물적분할이라면 분할법인은 주식가액 중 양도차익 상당액을 손금에 산입해 과세를 미룰 수 있습니다. 과세특례를 받지 않는 물적분할에서는 분할등기일이 속하는 사업연도에 양도차익이 그대로 과세됩니다.

과세특례를 받더라도 주식 취득가액 자체는 순자산 시가로 정해지고, 손금에 산입한 금액은 압축기장충당금으로 계상해 두었다가 주식이나 승계자산을 처분할 때 익금에 산입합니다.

취득가액을 잘못 잡았다면 어떻게 하나요?

영업가치를 포함해 양도차익을 크게 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 반대로 과세관청이 영업가치를 더해 양도차익을 늘려 과세하려 한다면 과세전적부심사나 심판청구로 다툴 수 있습니다.

과세 예정 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사, 고지된 뒤에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

물적분할 주식 취득가액 대응 순서

• 개별 자산 시가 평가 - 넘긴 자산과 부채마다 시가 평가표를 만듭니다. 사업부 전체 가치평가서의 영업가치 부분은 따로 표시합니다.
• 순자산 시가 확정 - 자산 시가 합계에서 부채 시가 합계를 빼 주식 취득가액을 정합니다. 장부에 없는 영업권은 넣지 않습니다.
• 양도손익 계산 - 순자산 시가와 세무상 장부가액을 비교해 양도차익 또는 양도차손을 계산합니다. 유보를 반영한 세무상 장부가액을 씁니다.
• 과세특례 여부 확인 - 포괄승계·사업 계속·근로자 승계 요건을 모두 갖췄다면 물적분할과세특례 신청서 제출을 검토합니다. 요건을 갖추지 못했다면 그 해에 양도차익을 신고합니다.
• 신고 오류 바로잡기 - 영업가치를 넣어 과다 신고했다면 경정청구를, 과세 예정 통지를 받았다면 30일 안 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 순자산 시가와 영업가치의 경계는 평가서와 분할계획서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분할 과세 쟁점 검토와 법인세 경정청구·부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 물적분할 주식 취득가액은 장부가액인가요?
  분할법인이 물적분할로 취득하는 주식은 물적분할한 순자산의 시가를 취득가액으로 합니다. 과세특례를 받는 경우에도 주식 취득가액은 순자산 시가로 정하고, 양도차익 상당액만 따로 손금에 산입합니다.
• 사업부 가치평가액을 양도가액으로 써도 되나요?
  세법상 기준은 넘긴 자산·부채의 시가로 계산한 순자산입니다. 수익가치로 산정한 사업부 가치에 장부에 없는 영업가치가 들어 있다면 그 부분은 빼고 계산해야 합니다. 평가서를 받을 때 개별 자산 시가와 영업가치를 나눠 달라고 요청해 두면 신고와 소명이 쉬워집니다.
• 자회사가 영업권을 계상하면 상각할 수 있나요?
  합병이나 분할로 합병법인등이 계상한 영업권은 감가상각자산에서 제외되므로 세법상 감가상각비로 손금에 산입할 수 없습니다. 회계상 영업권을 인식하고 상각하더라도 그 상각비는 세무조정으로 손금불산입해야 하고, 분할법인 쪽 양도가액에도 넣지 않는 것이 같은 논리입니다.
• 과세특례를 못 받으면 자회사 자산은 얼마로 잡나요?
  과세특례를 받지 않는 분할에서 분할신설법인이 승계한 자산의 취득가액은 해당 자산의 시가입니다. 분할법인이 계산한 순자산 시가와 같은 평가 자료를 쓰는 것이 일관되고, 두 회사의 평가가 어긋나면 세무조사에서 설명할 부담이 커집니다.
• 공동 사옥을 남기면 과세특례가 안 되나요?
  공동으로 쓰던 사무실·창고 등은 포괄승계 대상에서 뺄 수 있는 자산으로 시행령이 정하고 있습니다. 다만 사안마다 그 자산이 이 범위에 드는지와 나머지 요건을 함께 따져야 합니다. 시행령 범위 밖의 부동산을 남겼다면 포괄승계 요건을 갖추지 못해 과세특례를 받을 수 없습니다.
• 영업가치를 넣어 신고했다면 고칠 수 있나요?
  영업가치를 포함해 양도차익을 크게 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 개별 자산 시가 평가표와 가치평가서를 함께 내야 설득력이 있고, 분할신설법인의 자산 취득가액도 같은 기준으로 맞춰 두어야 합니다.
• 세무서가 영업가치를 더해 과세하면요?
  과세 예정 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 고지 후에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차이며, 개별 자산 시가 평가표가 주된 증거가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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