양도소득세

잔금 다 치르고 등기 안 한 주택을 팔면 세율이 70%인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 잔금을 치르고도 등기를 하지 않은 채 주택을 팔면 미등기양도자산으로 보아 양도소득세 70% 세율이 적용되고 장기보유특별공제와 기본공제도 받을 수 없습니다. 소득세법은 취득 등기를 하지 않고 양도한 자산에 비과세·감면까지 배제합니다. 지금은 팔기 전에 내 이름으로 등기할 수 있는지부터 확인해야 합니다.

이미 잔금을 다 치렀다면 지금이라도 내 이름으로 등기를 마친 뒤 파는 것으로 미등기 불이익을 피할 수 있습니다. 팔기 전에 등기를 했느냐가 기준입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 6월 조정대상지역이 아닌 군 지역의 단독주택을 3억원에 사면서 잔금까지 모두 치렀지만, 취득세와 등기 비용이 부담돼 소유권이전등기를 미뤘습니다. A씨 세대는 사는 아파트가 따로 있어 이 집은 비과세 대상이 아닙니다. 2026년 11월 6억원에 사겠다는 사람이 나타났고, 전 주인에게서 매수인에게 바로 등기를 넘기는 방식으로 팔면 어떻게 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

미등기 주택을 팔면 세금이 어떻게 달라지나요?

미등기 상태로 주택을 팔면 양도소득 과세표준의 70% 세율이 적용되고, 장기보유특별공제와 양도소득 기본공제 250만원을 받을 수 없습니다. 비과세와 감면 규정도 모두 배제됩니다. 미등기양도자산은 주택이나 토지를 취득한 사람이 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것을 말합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」도 같은 불이익을 두고 있습니다.

• 세율 - 양도소득 과세표준의 70%(보유기간과 관계없음)
• 장기보유특별공제 - 적용 배제
• 양도소득 기본공제 - 250만원 공제 배제
• 비과세·감면 - 1세대 1주택 비과세, 조세특례제한법 감면 모두 배제
• 필요경비 개산공제 - 취득가액을 환산할 때 공제율이 3%가 아닌 0.3%

등기 없이 매수인에게 바로 넘기면 어떻게 되나요?

잔금을 다 치르고 등기를 하지 않은 채 전 주인과 새 매수인 사이에 계약서를 따로 쓰는 형식을 취해도 미등기양도에 해당합니다. 국세청은 매매대금을 청산해 부동산을 취득한 사람이 등기를 하지 않고 이런 방식으로 넘긴 경우를 미등기양도자산으로 본다고 회신했습니다(서면인터넷방문상담4팀-652, 2005. 4. 27.). 대법원도 잔금 일부만 내면 등기가 가능한데도 중과를 피하려고 대금을 남겨 둔 채 권리를 넘긴 사안에 미등기 중과세율을 적용했습니다.

국세청은 미등기 주택의 세금을 어떻게 계산하라고 했나요?

국세청은 미등기양도자산의 양도소득은 실지거래가액으로 계산하고, 장기보유특별공제와 양도소득 기본공제를 적용하지 않으며, 세율은 과세표준의 100분의 70이라고 회신했습니다(서면인터넷방문상담4팀-1183, 2006. 4. 28.). 이 회신은 당시 법령에 따른 것이지만 현행 「소득세법」 제95조 제2항, 제103조 제1항 제1호, 제104조 제1항 제10호도 같은 내용입니다. 회신은 질의자의 사실관계를 전제로 한 해석이어서, 등기를 할 수 없었던 사정이 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

등기를 못 한 사정이 있으면 예외가 되나요?

네, 법률 규정이나 법원 결정으로 양도 당시 등기가 불가능했던 자산, 건축허가를 받지 않아 등기가 불가능한 1세대 1주택 등은 미등기양도자산에서 빠집니다. 장기할부조건으로 사서 계약상 등기가 불가능한 자산, 도시개발사업이 끝나지 않아 등기를 못 한 토지도 같습니다. 법원은 이 밖에도 투기 목적이 없고 등기를 하지 않은 책임을 양도자에게 묻는 것이 가혹한 경우에는 미등기 중과를 적용하지 않는다고 봅니다. 단순히 비용이 아까워 등기를 미룬 경우는 이 예외에 들기 어렵습니다.

등기 후 팔면 세금이 얼마나 줄어드나요?

A씨 사례로 단순 예시 계산을 해 보면 양도차익 3억원(필요경비 생략)에 미등기 세율 70%를 적용하면 세액은 2억1,000만원입니다. 등기를 마치고 팔면 5년 이상 보유로 장기보유특별공제 10%인 3,000만원과 기본공제 250만원을 빼 과세표준이 2억6,750만원이 됩니다. 여기에 기본세율을 적용하면 3,706만원에 1억1,750만원의 38%인 4,465만원을 더한 8,171만원입니다. 지방소득세는 따로 붙습니다.

미등기 주택 양도소득세 대응 순서

• 등기 가능 여부 확인 - 매매계약서와 잔금 영수증으로 잔금을 다 치렀는지 확인합니다. 다 치렀다면 팔기 전에 소유권이전등기를 먼저 신청합니다.
• 예외 사유 점검 - 건축허가가 없어 등기가 불가능한 주택인지, 법원 결정이나 소송으로 등기가 막혔는지 확인합니다. 해당하면 시행령의 제외 자산으로 주장할 수 있습니다.
• 세액 비교 - 미등기 세율 70%와 등기 후 기본세율을 각각 계산해 취득세·등기 비용과 비교합니다. 대부분 등기 비용보다 세액 차이가 훨씬 큽니다.
• 예정신고 - 잔금일이 속한 달의 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 신고하지 않으면 무신고 가산세가 더해집니다.
• 고지 후 다툼 - 미등기 중과로 고지됐는데 등기를 못 한 부득이한 사정이 있었다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 등기를 못 한 경위에 소송·경계 다툼·인허가 문제가 섞여 있으면 판결문과 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 미등기양도자산이란 정확히 무엇인가요?
  토지·건물이나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득한 사람이 그 취득에 관한 등기를 하지 않고 양도하는 것을 말합니다. 잔금을 다 치렀는데 등기를 미룬 채 파는 경우가 대표적입니다. 다만 시행령이 정한 예외 자산은 미등기양도자산에서 빠집니다.
• 미등기 주택도 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있나요?
  미등기양도자산에는 소득세법과 다른 법률의 양도소득세 비과세 규정이 적용되지 않습니다. 다만 비과세 요건을 갖춘 1세대 1주택으로서 건축허가를 받지 않아 등기가 불가능한 주택은 미등기양도자산에서 제외되므로 비과세 판단을 받을 수 있습니다.
• 자경농지 감면도 받을 수 없나요?
  미등기양도자산에는 조세특례제한법상 양도소득세 감면도 적용되지 않습니다. 다만 8년 자경농지 감면 대상 토지는 시행령에서 미등기양도자산의 예외로 정하고 있으므로, 자경 요건을 갖춘 농지라면 등기 여부와 별개로 감면 요건을 따져 볼 수 있습니다.
• 보유기간이 길어도 70%가 적용되나요?
  미등기양도자산은 보유기간과 관계없이 양도소득 과세표준의 70% 세율이 적용됩니다. 장기보유특별공제도 배제되므로 오래 보유했다는 사정이 세액을 줄여 주지 않습니다. 하나의 자산이 여러 세율에 해당하면 그중 큰 세액으로 계산합니다.
• 잔금 일부를 일부러 남겨 두면 미등기가 아닌가요?
  잔금의 대부분을 치러 조금만 더 내면 등기가 가능한데도 중과를 피하려고 대금을 남긴 채 권리를 넘기면 미등기양도자산으로 보아 70% 세율을 적용한 대법원 판결이 있습니다. 형식이 권리 양도라도 실질이 부동산 양도면 같은 불이익을 받습니다.
• 미등기라도 실제 취득가액으로 계산하나요?
  미등기양도자산의 양도차익은 실지거래가액으로 계산합니다. 취득가액 증빙이 없어 환산취득가액을 쓰는 경우 필요경비 개산공제율이 일반 자산의 3%가 아닌 0.3%로 낮아지므로, 매매계약서와 송금 내역을 모아 실제 취득가액을 입증하는 편이 유리합니다.
• 70%로 고지됐는데 등기를 못 한 사정이 있었다면요?
  법원은 투기 목적이 없고 등기를 하지 않은 책임을 양도자에게 묻는 것이 가혹한 경우 미등기 중과에서 제외합니다. 소송이나 인허가 문제로 등기가 막혔다면 그 경위를 담은 판결문, 조정조서를 갖춰 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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