법인세·소득세

미환류소득 과세방식을 잘못 골랐다면 경정청구로 바꿀 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 미환류소득을 투자포함방식으로 신고했더라도 처음 신고한 사업연도부터 계속 적용 기간 전체를 투자제외방식으로 바꾸는 수정신고와 경정청구를 할 수 있습니다. 국세청은 계속 적용 규정이 처음 고른 방식을 고치지 못하게 하는 규정은 아니라고 회신했습니다. 지금은 가장 앞선 사업연도의 경정청구 기간 5년이 남아 있는지부터 확인해야 합니다.

계속 적용 기간이 남아 있다는 이유로 불리한 방식을 끝까지 유지할 필요는 없습니다. 처음 신고한 사업연도부터 방식을 바꿔 계속 적용 기간 전체를 다시 계산하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

상호출자제한기업집단에 속한 B회사는 2023 사업연도 법인세를 신고하면서 미환류소득을 투자포함방식으로 계산했습니다. 설비투자가 이어질 것으로 보고 고른 방식이었고, 2023·2024 사업연도에는 미환류소득에 대한 법인세가 거의 나오지 않았습니다. 그런데 2025 사업연도에 보유 주식을 처분하면서 일시적인 처분이익이 크게 생겨 미환류소득에 대한 법인세가 많이 나왔습니다. 3개 사업연도를 합쳐 보니 처음부터 투자제외방식을 골랐다면 세금이 더 적었고, B회사는 지금이라도 방식을 바꿀 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

미환류소득 과세방식은 어떻게 고르나요?

투자·상생협력 촉진세제를 적용받는 법인은 미환류소득을 투자포함방식과 투자제외방식 중 하나를 골라 계산해 신고합니다. 투자포함방식은 기업소득에 100분의 65부터 100분의 85까지의 범위에서 정한 비율을 곱한 금액에서 투자·배당·임금증가·상생협력 지출을 뺍니다. 투자제외방식은 기업소득에 100분의 20부터 100분의 40까지의 범위에서 정한 비율을 곱한 금액에서 투자를 뺀 나머지 항목만 공제합니다. 미환류소득에 100분의 20을 곱한 금액이 미환류소득에 대한 법인세가 되고, 신고는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제100조의32가 이 제도를 두고 있습니다.

한 번 고른 방식은 몇 년 동안 유지해야 하나요?

투자포함방식을 골랐다면 3년이 되는 날이 속하는 사업연도까지, 투자제외방식을 골랐다면 1년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 같은 방식을 계속 적용해야 합니다. 법은 방식을 고른 사업연도의 개시일부터 시행령이 정하는 기간까지 그 방식을 유지하도록 하고, 시행령이 방식별로 기간을 나눠 두었습니다. 신고를 하지 않은 법인도 시행령에 따라 둘 중 하나를 고른 것으로 보고 같은 계속 적용 규정을 적용합니다. 합병이나 사업 양수처럼 시행령이 정한 경우에는 계속 적용 기간 안이라도 방식을 바꿀 수 있습니다.

국세청은 방식 변경을 어떻게 해석했나요?

국세청은 처음 신고한 사업연도부터 계속 적용 기간 전부를 다른 방식으로 바꾸기 위해 수정신고와 경정청구를 할 수 있다고 회신했습니다(서면-2018-법령해석기본-2874, 2018. 10. 8.). 질의한 법인은 기업소득 환류세제가 법인세법에 있던 2015 사업연도에 투자포함방식을 골랐다가, 2017 사업연도에 주식 교환에 따른 처분이익이 생겨 세금을 더 내게 된 사안이었습니다. 국세청은 신고방법을 고르게 한 것은 납세자가 유리한 방법을 고른다는 전제이고, 계속 적용 규정은 3년 동안 한 가지 방식을 일관되게 쓰라는 뜻일 뿐 처음 고른 방식을 고치지 못하게 하는 규정은 아니라고 보았습니다. 그래서 2015·2016 사업연도는 수정신고, 2017 사업연도는 경정청구로 방식을 바꿀 수 있다고 했습니다.

기획재정부도 투자제외방식으로 신고한 법인이 투자포함방식으로 바꾸려고 경정청구를 할 수 있다고 해석했습니다(조세법령운용과-765, 2017. 7. 13.). 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이어서, 계속 적용 기간 일부만 바꾸려 하거나 경정청구 기간이 지난 사업연도가 섞여 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시 근거였던 법인세법의 기업소득 환류세제는 2017. 12. 19. 신설된 조세특례제한법 제100조의32로 옮겨졌고, 지금은 투자·배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례라는 제목으로 운영됩니다. 적용 대상은 사업연도 종료일 현재 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인입니다. 계속 적용 기간도 법률이 직접 3년으로 정하던 구조에서 시행령에 맡겨져 투자포함방식 3년, 투자제외방식 1년으로 나뉘었습니다. 투자제외방식을 고른 법인은 1년 단위로 방식을 다시 고를 수 있으므로, 방식 변경 경정청구가 문제 되는 것은 주로 투자포함방식의 3년 기간입니다. 회신의 논리인 계속 적용 기간 전체를 처음부터 바꾸는 방식의 수정신고·경정청구는 현행 조문 구조에서도 그대로 쓸 수 있습니다.

미환류소득 과세방식 변경 대응 순서

• 3년치 비교 계산 - 계속 적용 기간 전체를 두 방식으로 각각 다시 계산합니다. 기간 합계로 세 부담이 줄어드는지가 변경의 출발점입니다.
• 사업연도별 구분 - 방식을 바꾸면 세액이 늘어나는 해와 줄어드는 해가 나뉩니다. 늘어나는 해는 수정신고, 줄어드는 해는 경정청구 대상입니다.
• 기간 확인 - 가장 먼저 시작한 사업연도의 경정청구 기간 5년이 남아 있는지 봅니다. 그 해가 지나면 기간 전체를 처음부터 바꾸기 어렵습니다.
• 수정신고와 경정청구 함께 제출 - 같은 시기에 사업연도별 서류를 맞춰 제출합니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 거부 시 불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 그 결정에도 다툼이 남으면 행정소송으로 갑니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 연결납세를 하거나 차기환류적립금·초과환류액 이월이 걸려 있는 법인은 사업연도별 계산을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부에 대한 심판청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 투자포함방식과 투자제외방식은 무엇이 다른가요?
  투자포함방식은 기업소득에 100분의 65부터 100분의 85까지 범위의 비율을 곱한 금액에서 투자·배당·임금증가·상생협력 지출을 뺍니다. 투자제외방식은 100분의 20부터 100분의 40까지 범위의 비율을 곱하고 투자는 빼지 않습니다. 투자가 많은 해에는 투자포함방식이, 일시적 이익이 큰 해에는 투자제외방식이 유리해질 수 있습니다.
• 한 번 고른 방식은 언제까지 유지하나요?
  투자포함방식은 3년이 되는 날이 속하는 사업연도까지, 투자제외방식은 1년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 계속 적용합니다. 합병이나 사업 양수처럼 시행령이 정한 경우에는 그 전이라도 방식을 바꿀 수 있습니다.
• 미환류소득 신고를 하지 않으면 어떻게 되나요?
  신고하지 않은 법인도 시행령에 따라 두 방식 중 하나를 고른 것으로 보고, 그 방식의 계속 적용 기간도 그대로 적용합니다. 신고를 빠뜨렸다고 방식 선택의 효과가 없어지는 것은 아니므로, 간주된 방식이 무엇인지부터 확인해야 합니다.
• 방식을 바꿔 세금이 늘어나는 해는 어떻게 하나요?
  세액이 늘어나는 사업연도는 수정신고를 합니다. 수정신고는 세무서가 결정·경정해 통지하기 전으로서 부과제척기간이 끝나기 전까지 할 수 있습니다. 회신 사안에서도 앞선 두 사업연도는 수정신고, 마지막 사업연도는 경정청구로 방식을 바꿀 수 있다고 보았습니다.
• 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  경정청구는 그 사업연도 법인세의 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 방식 변경은 계속 적용 기간 전체를 처음부터 바꾸는 것이므로 가장 앞선 사업연도의 기간이 남아 있어야 계산이 맞습니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 거부 통지를 받으면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있고, 2개월 안에 통지가 없으면 그 다음 날부터 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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