양도소득세

시 땅에 허가 없이 지은 집을 보상받고 넘기면 미등기 중과세율인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 시 소유 땅 위에 허가 없이 지은 주택이 건축법 등 관련 법률 때문에 양도 당시 등기가 불가능했다면 미등기양도자산에서 빠져 100분의 70 세율이 적용되지 않습니다. 소득세법 시행령은 법률의 규정으로 등기가 불가능한 자산을 미등기양도자산에서 제외합니다. 지금은 대지 소유자와 건축물대장이 없는 이유부터 확인해야 합니다.

보상 협의 전에 서둘러 등기를 해 두려고 애쓸 필요는 없습니다. 법률상 등기가 불가능했다는 사정은 건축물대장과 토지 소유 관계로 보여 줄 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C씨의 부모는 1970년대 시 소유 땅 위에 작은 집을 짓고 살았고, C씨는 그 집이 낡자 건축허가 없이 헐고 새로 지어 지금까지 살아왔습니다. C씨에게는 다른 지역에 등기된 아파트가 한 채 더 있습니다. 2025년 인근 공영주차장 사업이 인가되면서 시와 손실보상 협의를 했고, 2026년 집의 소유권을 시에 넘기고 보상금을 받았습니다. C씨는 등기가 없는 집이라 양도소득세가 100분의 70 세율로 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

허가 없이 지은 집을 팔면 왜 100분의 70 세율이 문제가 되나요?

등기하지 않은 채 양도한 토지·건물은 미등기양도자산으로 보아 양도소득 과세표준의 100분의 70 세율을 적용하므로 세금이 크게 늘어납니다. 미등기양도자산은 비과세 규정을 적용받지 못하고 장기보유 특별공제도 받지 못합니다. 이 제도는 등기 없이 전매해 거래 자료를 감추는 행위를 막으려고 만든 것이어서, 법이 정한 사유로 등기를 할 수 없었던 자산은 미등기양도자산에서 뺍니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」과 시행령도 이 구조를 그대로 두고 있습니다.

시 소유 땅 위 무허가 주택도 미등기로 보나요?

아니요, 지방자치단체 소유 대지 위에 지은 주택이 건축법 등 관련 법률 때문에 양도 당시 등기가 불가능했다면 미등기양도자산에서 제외됩니다. 건물 소유권보존등기는 건축물대장에 처음 소유자로 등록된 사람이 할 수 있는데, 건축허가와 사용승인을 받지 못한 건물은 대장이 만들어지지 않아 등기 자체를 할 수 없습니다. 허가 없이 지은 잘못은 있지만 등기를 일부러 피한 것으로 보기는 어렵다는 것이 국세청 검토 내용입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 기획재정부 해석을 참고하라고 하면서, 건축법에 따라 양도 당시 등기가 불가능한 자산인지는 사실판단 사항이라고 회신했습니다(사전-2016-법령해석재산-0176, 2017. 7. 26.). 인용한 기획재정부 재산세제과-457(2017. 7. 21.)은 1세대1주택이 아닌 주택이 지방자치단체 소유 대지 위에 지어져 건축법 등 관련 법률에 따라 등기가 불가능하면 미등기양도제외 자산에 해당한다고 보았습니다. 질의자는 국유지에 지은 집을 허가 없이 다시 지어 살면서 다른 주택을 보유하던 중 공영주차장 사업으로 집을 시에 넘기고 보상금을 받았습니다.

이 회신은 대지가 지방자치단체 소유이고 건축법상 등기가 불가능했다는 사실관계를 전제로 합니다. 대지가 개인 소유이거나 등기할 방법이 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

양성화 대상이 아니어서 등기를 못 했어도 제외되나요?

아니요, 특정건축물 정리에 관한 특별조치법의 사용승인 대상에서 빠졌다는 이유만으로는 미등기양도제외 자산이 되지 않습니다. 이 특별법은 등기를 막는 법이 아니라 등기할 수 없던 건물을 양성화해 등기를 가능하게 하려는 법이기 때문입니다. 그래서 판단은 특별법이 아니라 건축법 등 본래 법률상 등기가 불가능했는지로 돌아갑니다.

1세대1주택이면 무엇이 다른가요?

1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 주택이 건축허가를 받지 않아 등기가 불가능한 경우에는 시행령이 따로 미등기양도제외 자산으로 정하고 있습니다. C씨처럼 다른 주택이 있으면 이 규정은 쓸 수 없고, 앞에서 본 법률상 등기 불가 규정으로 따져야 합니다.

무허가 주택 보상금 양도세 대응 순서

• 등기 불가 사유 정리 - 대지 소유자, 건축허가 여부, 건축물대장 유무를 확인합니다. 법률상 등기가 불가능했다는 점이 세율을 가릅니다.
• 양성화 시도 기록 - 특별조치법 신청을 시도했다면 건축사 의견과 반려 사유를 보관합니다. 그 자체로 제외되지는 않지만 경위 설명에 쓰입니다.
• 양도일 확정 - 보상금 청산일, 수용 개시일, 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 찾습니다. 그 달 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
• 세율 검토 - 미등기양도제외 자산이면 일반 세율과 장기보유 특별공제를 적용해 계산합니다. 보유 주택 수에 따른 중과 여부도 함께 확인합니다.
• 조세불복 - 세무서가 100분의 70 세율로 고지하면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대지가 개인 소유이거나 건물 일부만 무허가인 경우처럼 사정이 다르면 건축물대장과 토지등기부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 미등기 양도 중과세 처분에 대한 조세불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 미등기양도자산이 되면 무엇이 불리한가요?
  미등기양도자산은 양도소득 과세표준의 100분의 70 세율이 적용되고, 1세대1주택 비과세 같은 비과세 규정을 받지 못합니다. 장기보유 특별공제도 적용되지 않아 같은 양도차익이라도 세금이 크게 늘어납니다.
• 건물이 없는 대장도 등기 불가 사유가 되나요?
  건물 소유권보존등기는 건축물대장에 처음 소유자로 등록된 사람이 신청할 수 있습니다. 건축허가와 사용승인을 받지 않은 건물은 대장이 만들어지지 않아 등기를 할 수 없으므로, 대장 미존재 확인 자료가 법률상 등기 불가를 보여 주는 기본 서류가 됩니다.
• 집이 1세대1주택이면 따로 규정이 있나요?
  1세대1주택 비과세 대상 주택이 건축허가를 받지 않아 등기가 불가능한 경우는 시행령이 별도 호로 미등기양도제외 자산에 넣고 있습니다. 다른 주택이 있으면 이 호는 쓸 수 없고, 법률의 규정으로 등기가 불가능한 자산인지로 따져야 합니다.
• 양성화 신청이 거절됐으면 제외되나요?
  특정건축물 정리에 관한 특별조치법의 사용승인 대상이 아니어서 승인을 받지 못했다는 사정만으로는 미등기양도제외 자산이 되지 않는다는 것이 기획재정부 해석입니다. 특별법은 등기를 가능하게 하려는 법이므로, 본래 건축법 등에 따라 등기가 불가능했는지를 따로 보여 주어야 합니다.
• 수용된 집의 양도일은 언제인가요?
  공익사업으로 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 양도시기입니다. 소유권 소송으로 보상금이 공탁됐다면 판결 확정일이 됩니다. 예정신고 기한은 이 양도일을 기준으로 계산합니다.
• 예정신고는 언제까지 해야 하나요?
  토지·건물을 양도한 경우 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 해야 합니다. 미등기양도제외 자산으로 보아 일반 세율로 신고할 계획이라면 등기 불가 사유를 보여 주는 서류를 신고 때 함께 정리해 두는 것이 좋습니다.
• 100분의 70 세율로 고지되면 어떻게 다투나요?
  세무서가 미등기양도자산으로 보아 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 대지 소유 관계와 건축물대장 미존재, 양성화 반려 경위를 증거로 내어 법률상 등기가 불가능했다는 점을 다툽니다.

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