부가가치세

사업부를 팔면서 물류센터 부동산만 빼고 임대하면 사업양도가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

부동산을 뺀 사업장은 사업양도가 되지 않지만, 부동산을 빼지 않고 인력·설비·거래관계를 모두 넘긴 나머지 사업장은 사업양도가 됩니다. 사업양도는 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄 승계했는지로 판단하고, 물류센터처럼 사업에 직접 쓰는 부동산은 빼면 안 되기 때문입니다. 지금은 빼려는 부동산이 어느 사업장 소속인지부터 표로 정리하십시오.

사업부 전체를 넘기는데 부동산 몇 개를 뺐다고 해서 거래 전체가 과세되는 것은 아닙니다. 사업양도는 사업장별로 판단하므로, 부동산을 뺀 사업장과 그렇지 않은 사업장의 결론이 다릅니다.

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식품·생활용품 사업부를 함께 운영하는 A법인은 2025년 생활용품 사업부를 B법인에 넘기기로 하고, 생활용품 본사, 직영매장, 임대매장의 인력과 설비, 거래관계를 모두 이전하기로 했습니다. 다만 생활용품 본사 소속 물류센터의 토지·건물과 지방 사업장 안의 공장·상설매장 부지·건물은 양도 대상에서 빼고 B법인에 임대하면서, 물류센터는 나중에 팔 때 B법인이 우선 살 수 있게 했습니다. A법인은 이 거래가 부가가치세가 과세되지 않는 사업양도인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업부를 팔면서 부동산을 빼면 사업양도가 안 되나요?

부동산을 뺀 사업장은 사업양도가 되지 않고, 부동산을 빼지 않은 나머지 사업장은 사업양도가 됩니다. 사업양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켰는지로 판단하기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 재화의 공급으로 보지 않고, 시행령은 이를 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 정합니다. 사업에 직접 쓰던 토지·건물을 빼고 넘기면 그 사업장은 포괄 승계 요건을 채우지 못합니다.

반대로 자가나 임차로 운영하는 매장처럼 판매시설과 종업원, 거래관계를 그대로 넘겨 사업의 동일성을 유지하면서 경영 주체만 바뀌는 사업장은 사업양도로 봅니다. 한 거래 안에서도 사업장마다 결론이 나뉠 수 있습니다.

어떤 부동산은 빼도 사업양도로 인정되나요?

해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물은 빼고 넘겨도 포괄 승계로 봅니다. 양도자가 법인이면 법인세법상 업무에 직접 사용하지 않는 부동산 같은 업무무관자산이 여기에 해당하고, 미수금과 미지급금도 빼고 넘길 수 있습니다.

물류센터처럼 상품을 보관하고 내보내는 시설은 그 사업에 직접 쓰는 자산입니다. 양도 대상에서 빼고 양수자에게 임대해 계속 쓰게 하더라도, 직접 관련 자산을 넘기지 않은 것이므로 그 물류센터가 속한 사업장은 사업양도로 보지 않습니다.

하치장은 따로 사업장으로 보나요?

재화를 보관하고 관리하는 시설만 갖추고 하치장으로 신고된 장소는 사업장이 아닙니다. 그래서 물류센터가 하치장이라면 독립된 사업장으로 따로 판단하지 않고, 그 물류센터를 거느린 본사 사업장의 자산으로 함께 봅니다.

따라서 하치장 부동산을 빼면 본사 사업장의 포괄 승계가 깨집니다. 하치장을 두려면 둔 날부터 10일 이내에 하치장 설치 신고서를 내야 하므로, 신고 내역을 보면 그 장소가 어느 사업장 소속인지 확인할 수 있습니다.

국세청은 일부 부동산을 뺀 사업부 양도를 어떻게 해석했나요?

국세청은 법규부가2013-443(2013. 11. 8.)에서, 여러 사업을 하는 사업자가 한 사업부를 양도하면서 그 사업부 본사와 지방 사업장의 부동산 등을 빼고 나머지 권리와 의무를 포괄 승계시킨 경우, 부동산을 뺀 사업장은 사업양도에 해당하지 않지만 그 사업만 하는 나머지 직영·임대매장은 사업양도에 해당한다고 회신했습니다.

판단 이유는 사업양도를 각 사업장별로 판단하고, 하치장인 물류센터는 사업장이 아니어서 본사에 속하며, 그 부지·건물은 상품을 보관·공급하는 시설로서 사업과 직접 관련된 자산이라는 것입니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로, 뺀 부동산이 업무무관자산이라면 결론이 달라질 수 있습니다.

사업양도인지 분명하지 않을 때는 어떻게 하나요?

사업양도인지 분명하지 않으면 양수자가 대가를 지급할 때 양도자로부터 부가가치세를 징수해 지급일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 대신 납부할 수 있습니다. 이렇게 하면 나중에 사업양도가 부인되더라도 양도자의 미납 부가가치세 문제가 생기지 않습니다.

사업부 양도 부가가치세 대응 순서

• 사업장별 표 작성 - 양도 대상 사업장마다 넘기는 설비·인력·거래관계와 빼는 자산을 표로 만듭니다. 사업양도 판단의 출발점입니다.
• 제외 자산 성격 확인 - 빼는 부동산이 사업에 직접 쓰는 자산인지, 업무무관자산인지 따집니다. 직접 쓰는 자산이면 그 사업장은 과세 거래가 됩니다.
• 구조 조정 검토 - 부동산을 함께 넘기거나 상법상 분할 방식을 쓰는지 검토합니다. 분할은 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분해도 사업양도로 봅니다.
• 신고 정리 - 사업양도 사업장은 사업양도신고서로 양도 사실을 신고하고, 분명하지 않으면 양수자가 부가가치세 대리납부신고서(사업양수자용)로 대리납부를 검토합니다.
• 과세 통지 대응 - 사업양도 부인으로 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 뒤 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업장 등록 상태와 빼는 자산의 실제 사용 내역에 따라 결론이 달라지므로 사업양수도계약서와 사업장별 자산 목록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 사업양수도와 관련한 부가가치세·법인세 부과처분의 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업양도는 회사 전체로 판단하나요?
  아니요, 사업양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켰는지로 판단합니다. 같은 거래 안에서도 부동산을 뺀 사업장은 과세 거래가 되고, 모든 것을 넘긴 사업장은 사업양도로 과세되지 않을 수 있습니다.
• 업무에 쓰지 않는 부동산을 빼면 괜찮나요?
  해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물은 빼고 넘겨도 포괄 승계로 봅니다. 양도자가 법인이면 법인세법 시행령의 업무무관자산, 법인이 아니면 그에 준하는 자산이 여기에 해당합니다.
• 미수금이나 미지급금을 빼도 되나요?
  네, 미수금과 미지급금에 관한 권리·의무는 넘기지 않아도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 봅니다. 다만 사업에 직접 쓰는 설비나 부동산을 빼면 포괄 승계로 보기 어려워집니다.
• 물류센터가 하치장이면 별도 사업장인가요?
  재화를 보관·관리하는 시설만 갖추고 하치장으로 신고된 장소는 사업장으로 보지 않습니다. 따라서 하치장 부동산은 그 하치장을 둔 사업장의 자산으로 보고, 이를 빼면 그 사업장의 포괄 승계 여부가 문제 됩니다.
• 상법상 분할로 하면 달라지나요?
  상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분해 승계시켜도 사업양도에 포함됩니다. 사업부 매각 구조를 짤 때 분할 방식이 가능한지도 함께 검토할 수 있습니다.
• 사업양도인지 애매하면 어떻게 하나요?
  사업양도에 해당하는지 분명하지 않은 경우에도 양수자가 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 다음 달 25일까지 대리납부할 수 있습니다. 나중에 사업양도가 부인되더라도 양도자의 미납 세액 문제를 줄일 수 있습니다.
• 사업양도가 부인되면 어떻게 다투나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있습니다. 제외 자산이 업무무관자산이었다는 사용 내역과 사업장별 승계 자료가 주요 증거입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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