세금

수출하려고 면세포기한 어선, 국내에 팔 때도 부가세가 없나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

아니요, 면세포기 후 과세사업에 사용하던 어선을 국내에 매각하면 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 수산물 수출에 적용하던 영세율이 선박의 국내 매각에도 자동으로 적용되지는 않습니다. 면세포기 내역과 선박의 실제 사용 용도, 매각 거래 자체의 요건을 나누어 확인해야 합니다.

아니요, 면세포기 후 과세사업에 사용하던 어선을 국내에 매각하면 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 수산물 수출에 적용하던 영세율이 선박의 국내 매각에도 자동으로 적용되지는 않습니다. 면세포기 내역과 선박의 실제 사용 용도, 매각 거래 자체의 요건을 나누어 확인해야 합니다.

수산업에 쓰던 배라면 매각할 때도 면세 아닌가요?

선박이 사용된 주된 사업의 과세관계에 따라 결론이 달라집니다. 부가가치세법 제14조 제2항 제1호는 주된 사업과 관련해 우연히 또는 일시적으로 공급하는 재화를 정합니다. 이를 별도 공급으로 보되, 과세·면세 여부 등은 주된 사업을 따르도록 합니다. 사업용 자산을 한 번 파는 경우에도 이 규정을 함께 살펴야 합니다.

국세청 부가22601-1758(1992. 11. 27.)은 면세 수산업에 사용한 선박 매각과 면세포기를 한 과세사업에 사용한 선박 매각을 구분했습니다. 회신은 전자에는 부가가치세가 과세되지 않는다고 보았습니다. 반면 수산물을 채취해 수출하면서 면세포기한 과세사업에 쓰던 선박의 매각은 과세된다고 했습니다.

중요한 것은 선박이라는 자산의 이름만이 아닙니다. 어떤 사업에 사용한 배인지, 그 사업에 관하여 면세포기가 유효한지부터 확인해야 합니다. 면세 수산업자에 대한 회신의 앞부분만 떼어 면세포기 사업자에게도 적용하면 결론이 뒤바뀝니다. 과세사업과 면세사업에 함께 쓴 선박이라면 직전 과세기간의 과세 공급가액 비율로 과세표준을 나눕니다. 선박 공급가액이 5천만원 이상이면 면세 비율이 5% 미만이어도 이 안분을 적용합니다.

수산물을 수출할 때 영세율이었다면 배도 영세율인가요?

수산물 수출과 선박 매각은 별개의 공급이므로 선박 거래 자체의 영세율 요건을 확인해야 합니다. 부가가치세법 제28조 제1항 제1호에 따른 면세포기는 영세율 적용 대상인 면세 재화·용역에 관한 제도입니다. 사업자의 모든 거래에 영세율을 부여하는 등록은 아닙니다.

예를 들어 국내에서 선박을 인도하는 매매라면 매수인이 누구인지, 어떤 거래 요건을 갖추었는지 살펴야 합니다. 과거 수산물을 외국에 수출했다는 이유만으로 국내 선박 매각까지 수출로 볼 수는 없습니다. 매매계약서에 수출용이라고 적었다는 사정도 실제 공급과 증빙을 대신하지 못합니다. 이 글은 별도의 영세율·감면 요건이 없는 통상적인 국내 매각을 전제로 합니다.

반대로 선박 자체를 수출하거나 별도 특례의 요건을 갖춘 경우라면 그 규정을 따로 검토할 여지는 있습니다. 현재의 배 매각을 과거 수산물 수출과 섞지 않는 것이 먼저입니다. 「수출실적명세서를 안 냈다고 영세율을 부인당하면 다툴 수 있나요?」는 수출의 실체와 증빙 문제를 다루는 관련 글입니다.

면세포기한 지 3년이 지나면 자동으로 면세로 돌아오나요?

자동으로 돌아오지는 않습니다. 부가가치세법 제28조 제2항은 면세포기를 신고한 날부터 3년간 면제를 받지 못하도록 합니다. 부가가치세법 제28조 제3항은 그 뒤 면세적용신고서를 내지 않으면 계속 면세를 포기한 것으로 봅니다. 3년 경과 사실만으로 매각일의 과세관계를 정하면 안 됩니다.

다만 면세포기는 신고 대상 재화·용역의 범위를 함께 보아야 합니다. 부가가치세법 시행령 제57조에 따른 신고서에는 면세를 포기하려는 재화 또는 용역 등을 적습니다. 선박이 과세 수출사업에 쓰였는지, 면세되는 국내 공급에 쓰였는지 확인해야 합니다. 면세적용신고 후 실제 사업 내용이 달라졌는지도 살펴야 합니다. 신고서의 명칭만으로 선박 사용내역까지 확정되지는 않습니다.

면세포기 후 수출이 줄었다고 하여 사업 전체의 세금 관계가 당연히 바뀌었다고 보기도 어렵습니다. 현재는 수출하지 않는다는 설명과 과거 신고의 법적 효과를 나누어 보아야 합니다. 매각을 앞두고 면세적용신고를 하더라도 신고 전후 자산 사용과 관련 조정 문제를 검토해야 합니다. 매각일에 맞춰 서류를 내면 곧바로 세금이 없어진다고 전제해서는 안 됩니다.

선박을 살 때 매입세액을 공제하지 않았다면 매각도 비과세인가요?

매입세액을 공제하지 않았다는 사실만으로 매각이 비과세되는 것은 아닙니다. 매각은 그때 공급한 재화와 사용한 사업에 따라 판단합니다. 구입 당시 공제 누락이 있었는지, 면세사업 사용으로 적법하게 공제하지 않은 것인지도 서로 다른 사정입니다.

따라서 선박 취득 세금계산서, 구입 당시 사업자등록·신고자료와 실제 조업·수출 기록을 함께 확인해야 합니다. 취득 당시 환급을 받았다는 사실이 현재 매각의 영세율을 보장하는 것도 아닙니다. 자산 매입 단계의 공제와 처분 단계의 세율을 각각 설명할 수 있어야 합니다. 선박 일부를 개인적으로 이용했다거나 사업이 중단되었다면 그 경위도 사용관계를 판단하는 자료가 됩니다.

매매대금에 부가세가 포함되어 있는지에 관한 계약 문구도 확인할 필요가 있습니다. 세법상 과세된다는 결론과 매수인에게 계약금액 외의 세액을 추가로 받을 수 있다는 결론은 일치하지 않을 수 있습니다. 중개 단계의 설명자료, 매매계약과 최종 정산서를 함께 보관해 대금 합의의 내용을 분명히 해 두십시오.

면세포기 사업자의 선박 매각 대응 순서

• 신고 이력 확인 - 면세포기신고서와 면세적용신고 여부를 확인합니다. 신고일만 적지 말고 신고 대상 재화·용역도 함께 확인합니다.
• 자산 사용 대조 - 선박별 조업·수출·국내 공급 기록을 취득자료와 연결합니다. 과세와 면세사업에 함께 사용했다면 그 비중과 사용 경위를 구분합니다.
• 매각 거래 확인 - 매수인, 인도 장소, 매매 조건과 별도 영세율·감면 근거를 확인합니다. 수산물 수출 이력을 선박 거래의 근거로 대신하지 않습니다.
• 계약금액 정리 - 세액의 포함 여부와 청구·정산 방식을 계약서에 명확히 합니다. 이미 계약했다면 당시 합의자료와 세금계산서 처리내용을 함께 검토합니다.

면세포기 후 사용하던 사업용 자산은 과거 업종만으로 판단하기 어렵습니다. 면세포기의 범위, 자산의 실제 사용과 매각 자체의 조건을 이어서 확인해야 합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 어선을 한 번만 팔아도 사업 거래로 보나요?
  한 번만 판다는 이유로 사업과 무관한 처분이 되지는 않습니다. 주된 사업에 사용하던 선박의 일시적 공급인지 확인하고, 그 사업의 과세·면세 관계를 따릅니다. 개인이 보유한 비사업용 재산의 처분과는 구별됩니다.
• 면세포기를 한 사업자는 국내 수산물 매출도 전부 과세인가요?
  모든 국내 매출이 일괄 과세된다고 단정해서는 안 됩니다. 면세포기의 대상과 각 공급에 적용되는 규정을 확인해야 합니다. 선박이 과세 수출사업에 사용되었는지와 국내 수산물 공급 자체의 면세는 나누어 판단합니다.
• 선박 매수인도 수산업자면 매각대금이 면세인가요?
  매수인의 업종만으로 매각대금이 면세로 바뀌지는 않습니다. 공급자인 매도인의 선박 사용 사업과 실제 매각 조건을 확인해야 합니다. 별도 특례를 주장한다면 그 요건에 맞는 거래인지 추가로 확인합니다.
• 1992년 회신의 조문 번호를 지금 계약에 써도 되나요?
  그 번호를 그대로 현행 조문으로 쓰면 안 됩니다. 회신의 판단은 현행 부가가치세법 제28조와 부가가치세법 제9조 등 관련 규정과 대조해야 합니다. 과거 거래라면 당시 법령을 확인해야 합니다.
• 배를 수출하면 언제나 이 글의 국내 매각과 같은가요?
  선박 자체를 수출하는 거래는 따로 판단합니다. 이 글은 별도 영세율·감면 요건이 없는 국내 매각을 다룹니다. 실제 수출 여부와 적용 법령을 확인하지 않고 국내 매각의 결론을 그대로 적용해서는 안 됩니다.
• 사업 양도계약으로 선박까지 넘기면 같은 결론인가요?
  선박 단독 매매와 사업의 포괄양도는 구별해야 합니다. 선박을 포함한 사업의 권리·의무를 넘긴 거래라면 사업양도 요건을 먼저 검토해야 합니다. 사업양도는 재화의 공급에서 제외되며, 계약 제목만으로 정해지지 않습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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