감면·공제

내일채움공제 회사 부담금을 중도해지로 돌려받으면 인력개발비 공제를 토해내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

중소기업이 내일채움공제(중소기업 핵심인력 성과보상기금)에 낸 회사 부담금은 인력개발비 세액공제 대상이고, 직원 퇴사로 환급받아도 지난 공제를 추징하지 않고 환급받은 해 납입비용에서 뺍니다. 다만 최대주주 가족 몫과 정부 지원금으로 충당한 교육비는 공제 대상이 아니어서 세무조사에서 부인될 수 있습니다.

중소기업이 직원 몫으로 내일채움공제(중소기업 핵심인력 성과보상기금)에 넣는 회사 부담금은 인력개발비로 세액공제를 받을 수 있습니다. 직원이 중간에 퇴사해 회사 부담금을 돌려받으면 예전에 받은 공제를 모두 토해내야 하는지 걱정하는 경우가 많은데, 처리 방식은 그렇지 않습니다. 다만 정부 지원금으로 낸 교육비처럼 처음부터 공제 대상이 아닌 지출을 섞어 넣으면 세무조사에서 추징될 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

직원 40명인 제조 중소기업 F법인은 2024. 5. 핵심 직원 5명을 내일채움공제에 가입시키고 매년 회사 부담금을 넣어 인력개발비 세액공제를 받아 왔습니다. 2026. 6. 그중 2명이 개인 사정으로 퇴사하면서 회사는 부담금 500만원을 환급받았습니다. 같은 해 F법인은 직원 직무교육비 2천만원을 쓰면서 고용보험 사업주 훈련 지원금 800만원을 받았습니다. 대표는 2024·2025년에 받은 공제를 다시 내야 하는지, 교육비는 전액 공제되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

내일채움공제 회사 부담금은 인력개발비인가요?

중소기업이 「중소기업 인력지원 특별법」에 따라 성과보상기금에 납입하는 비용은 인력개발비에 해당합니다. 다만 최대주주(개인사업자는 대표자)와 그 배우자, 이들의 직계존비속과 그 배우자, 친족관계에 있는 사람 몫으로 낸 부담금은 공제 대상에서 빠집니다.

중소기업의 일반 인력개발비는 해당 과세연도 발생액의 25%를 공제하는 방식과 직전 과세연도보다 늘어난 금액의 50%를 공제하는 방식 중에서 계산합니다. 대표 가족을 직원으로 가입시킨 부담금을 함께 넣어 공제를 받았다면 세무조사에서 그 부분이 부인됩니다.

공제를 받으려면 과세표준을 신고할 때 세액공제신청서와 연구및인력개발비명세서, 증거서류를 함께 내야 합니다. 성과보상기금 납입 증명과 가입자 명단은 세무조사에서 가장 먼저 요구되는 자료이므로 연도별로 보관해 두십시오.

직원이 퇴사해 부담금을 돌려받으면 공제를 토해내나요?

국세청은 해지 환급금을 받았다고 납입했던 해의 세액공제를 추징하는 것이 아니라고 봅니다. 환급받은 날이 속하는 과세연도에 그해 성과보상기금 납입비용에서 환급액을 빼고 공제를 계산합니다. 그해 납입비용이 환급액보다 적어 다 빼지 못했다면 남은 금액은 다음 과세연도 납입비용에서 뺍니다.

현행 규정이 빼도록 정한 금액은 기금에 가입한 뒤 3년 이내에 중도해지를 이유로 환급받은 금액입니다. 과거 안내 자료에는 5년으로 적힌 것이 있으므로 가입일과 해지일을 기준으로 다시 확인하십시오.

F법인이 2026년에 성과보상기금에 1,200만원을 넣었다면 환급액 500만원을 뺀 700만원이 공제 대상이고, 25% 방식이면 175만원을 공제합니다. 환급액을 빼지 않고 1,200만원 전액으로 공제를 받으면 125만원을 과다 공제한 것이 되고, 세무조사에서 확인되면 그 금액에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 더해집니다.

정부 지원금으로 쓴 교육비도 공제되나요?

국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 받아 연구개발비나 인력개발비로 쓴 금액은 공제 대상에서 제외됩니다. 국세청은 법인이 교육비를 먼저 지출한 뒤 국가 지원금을 받은 경우에도 그 지원금으로 충당된 부분은 공제받을 수 없다고 봅니다.

교육비를 쓴 해와 지원금이 들어온 해가 달라도 지원금으로 충당된 부분은 공제 대상에서 빠진다는 점은 같습니다. 따라서 F법인의 교육비 2천만원 가운데 지원금 800만원을 뺀 1,200만원만 공제 대상으로 보는 것이 안전합니다.

연구개발비도 같습니다. 연구개발출연금 등을 받아 연구개발비로 쓴 금액이나 국가 등의 출연금으로 쓴 연구개발비는 공제 대상이 아닙니다. 정부 과제를 수행하면서 회사 부담분과 정부 출연분을 한 계정에 섞어 두면 공제 대상 금액을 나누어 설명하기 어려워지므로, 과제별로 구분해 관리하는 것이 좋습니다.

잘못 받은 공제는 어떻게 바로잡나요?

환급액이나 지원금을 빼지 않고 공제를 받았다면, 세무서가 알기 전에 수정신고로 바로잡으면 과소신고가산세가 기간에 따라 줄어듭니다. 해명 안내를 받은 뒤 낸 수정신고는 감면에서 빠집니다. 공제 대상인 지출인지 애매하면 신고 전에 국세청장에게 사전심사를 요청할 수도 있습니다.

반대로 공제 대상 부담금을 신고 때 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 그때까지 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

인력개발비 세액공제 대응 순서

• 가입자 명단 점검 - 성과보상기금 가입자 중 최대주주와 그 가족이 있는지 확인합니다.
• 환급 내역 정리 - 연도별 중도해지 환급액과 가입일을 정리하고, 가입 후 3년 이내 해지분을 그해 납입비용에서 뺍니다.
• 지원금 대조 - 교육비·훈련비에 대응하는 정부·공공기관 지원금 수령 내역을 맞춰 봅니다.
• 수정신고 또는 경정청구 - 과다 공제는 해명 안내 전에 수정신고하고, 누락 공제는 5년 안에 경정청구합니다.
• 조사 대응 - 세무조사에서 공제가 부인되면 결과 통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 가입자와 회사의 관계, 가입일과 해지일, 지원금의 성격과 지급 시점에 따라 공제받을 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 연구·인력개발비 세액공제의 세무조사 소명과 경정청구, 과세전적부심사를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 내일채움공제 회사 부담금도 세액공제가 되나요?
  네, 중소기업이 성과보상기금에 납입하는 비용은 인력개발비로 세액공제 대상입니다. 다만 최대주주와 그 배우자, 직계존비속과 친족 몫으로 낸 부담금은 공제 대상에서 빠지므로 가입자 명단을 확인하십시오.
• 직원이 퇴사해 부담금을 돌려받으면 예전 공제를 토해내나요?
  국세청은 납입했던 해의 공제를 추징하지 않는다고 봅니다. 환급받은 날이 속하는 과세연도의 성과보상기금 납입비용에서 환급액을 빼고 공제를 계산하며, 다 빼지 못한 금액은 다음 해에 뺍니다.
• 가입한 지 몇 년 안에 해지하면 빼야 하나요?
  현행 규정은 성과보상기금에 가입한 이후 3년 이내에 중도해지를 이유로 환급받은 금액을 납입비용에서 빼도록 정하고 있습니다. 가입일과 해지일을 기준으로 해당 여부를 확인하고, 다 빼지 못한 금액은 다음 해에 뺍니다.
• 정부 훈련 지원금으로 쓴 교육비도 공제되나요?
  국가·지자체·공공기관·지방공기업으로부터 출연금 등을 받아 인력개발비로 쓴 금액은 공제 대상이 아닙니다. 국세청은 먼저 지출한 뒤 지원금을 받은 경우에도 그 부분은 공제할 수 없다고 봅니다.
• 잘못 받은 공제는 어떻게 바로잡나요?
  세무서가 알기 전에 수정신고하면 과소신고가산세가 기간에 따라 줄어듭니다. 1개월 이내 90%, 6개월 이내 50%, 2년 이내 10%까지 감면되고, 해명 안내를 받은 뒤의 수정신고는 감면에서 빠집니다.
• 공제를 빠뜨렸으면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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