감면·공제

농업회사법인으로 바꾼 뒤 배당하면 예전 잉여금 배당도 세금 면제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 일반 법인이 농업회사법인으로 전환한 뒤 배당하면 먼저 생긴 이익잉여금부터 배당한 것으로 보므로, 전환 전 잉여금이 남아 있는 동안의 배당은 소득세 감면을 받지 못합니다. 국세청은 이익잉여금 사용 순서를 선입선출로 보아 조세특례제한법 제68조 제4항을 적용한다고 회신했습니다. 지금은 전환일 기준으로 잉여금을 전환 전과 전환 후로 나눈 표부터 만들어 보십시오.

전환 전에 쌓인 잉여금과 전환 후 잉여금을 배당 결의서에 따로 적어야 하는 것은 아닙니다. 세법은 먼저 생긴 잉여금부터 배당한 것으로 보는 순서를 정해 두었으므로, 그 순서대로 감면 대상 금액을 계산하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

B법인은 2015년에 설립된 일반 법인이었다가 2022년 농업회사법인으로 전환했습니다. 2025년 3월 주주총회에서 배당 2억원을 결의했는데, 2024년 말 미처분이익잉여금에는 전환 전에 쌓인 금액과 전환 후 쌀 재배로 번 금액이 섞여 있었습니다. 대표인 A씨는 주주들이 받는 배당 전액에 소득세 면제를 적용할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

농업회사법인 배당소득은 어떤 감면을 받나요?

농업회사법인에 출자한 거주자가 2026. 12. 31.까지 받는 배당 중 식량작물재배업소득에서 나온 배당은 소득세가 전액 면제되고, 그 밖의 작물재배업과 축산·임업, 농산물 유통·가공 등 부대사업 소득에서 나온 배당은 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다. 대상은 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인입니다.

배당소득을 어느 소득에서 나온 것으로 볼지는 배당할 때마다 계산합니다. 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 소득을 기준으로, 배당액에 「식량작물재배업 소득금액 ÷ 총소득금액」을 곱한 금액이 면제 대상이고, 「(부대사업 등 소득금액 + 식량작물재배업 외 작물재배업 소득금액) ÷ 총소득금액」을 곱한 금액이 분리과세 대상입니다. 소득금액이 음수이면 영으로 봅니다.

일반 법인이 농업회사법인으로 전환하면 이전 잉여금 배당도 감면되나요?

아니요. 농업회사법인으로 전환하기 전 일반 법인 시절에 쌓인 이익잉여금을 재원으로 한 배당은 감면 대상이 아니고, 전환 후 농업활동 등으로 생긴 이익잉여금을 재원으로 한 배당에만 감면을 적용합니다. 그래서 어떤 잉여금이 먼저 배당되는지 순서가 감면 금액을 정합니다.

전환 전 소득은 농업회사법인의 법인세 감면을 받지 못한 일반 법인 소득입니다. 그 소득에서 나온 배당까지 출자자 단계에서 면제하면 감면 취지에 맞지 않습니다.

국세청은 이익잉여금 사용 순서를 어떻게 정했나요?

국세청은 사전-2017-법령해석소득-0313(2017. 6. 30.)에서, 법인이 농업회사법인으로 전환한 뒤 이익잉여금을 배당하면 먼저 발생한 이익잉여금을 먼저 배당한 것으로 보아 제68조 제4항을 적용한다고 회신했습니다. 이른바 선입선출 방식입니다.

질의한 법인은 2007년에 설립돼 2015년 농업회사법인으로 전환했고, 2017년 배당을 결의할 때 2014년 이전 잉여금과 2015년·2016년 추가 잉여금이 섞여 있었습니다. 국세청은 다른 해석례와 통일성을 유지하려면 선입선출을 따르는 것이 타당하다고 보았습니다. 이 방식이면 전환 전 잉여금을 모두 소진할 때까지의 배당은 감면을 받지 못합니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서 잉여금 구성이 다르면 계산 결과가 달라집니다.

위 사례에서 2024년 말 잉여금 중 전환 전 잉여금이 1억 5천만원이라면, 2억원 배당 가운데 1억 5천만원은 전환 전 잉여금에서 나간 것으로 봅니다. 나머지 5천만원만 전환 후 잉여금 배당이 되어, 시행령 계산식에 따라 면제·분리과세 대상 금액을 나눕니다. 단순 예시 계산입니다.

감면을 받으려면 무엇을 내야 하나요?

배당을 받는 주주가 배당을 받을 때 세액면제신청서(농업회사법인이 지급하는 배당소득)를 법인에 내야 하고, 법인은 배당금 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 그 신청서와 농어업경영체 등록확인서를 원천징수 관할 세무서에 제출합니다. 신청 없이 원천징수했다면 경정청구로 바로잡는 방법을 검토합니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」상 배당 감면 적용기한은 2026. 12. 31.까지입니다. 연말까지 배당 일정을 잡는 법인이라면 연장 입법 여부를 함께 확인해야 합니다. 법인세 면제·감면 역시 2026. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지로 정해져 있습니다.

농업회사법인 배당 감면 대응 순서

• 잉여금 구분표 만들기 - 전환일을 기준으로 전환 전 이익잉여금과 전환 후 연도별 잉여금을 나눈 표를 만듭니다.
• 선입선출 배정 - 이번 배당액을 오래된 잉여금부터 배정해 전환 후 잉여금에서 나간 금액을 확정합니다.
• 소득 구성 비율 계산 - 직전 사업연도의 식량작물재배업 소득과 부대사업 등 소득 비율로 면제·분리과세 금액을 나눕니다.
• 신청서 제출 - 주주는 배당을 받을 때 세액면제신청서를 내고, 법인은 다음 달 말일까지 세무서에 제출합니다.
• 경정청구·불복 - 원천징수가 과다했으면 5년 안에 경정청구를, 감면 부인으로 납부고지서를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 전환 시점의 결산 내역과 잉여금 처분 이력에 따라 계산이 달라지므로 재무제표와 주주총회 의사록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 배당소득 과세와 감면 부인에 관한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 농업회사법인 배당소득 감면은 언제까지인가요?
  현행 조문은 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026. 12. 31.까지 받는 배당소득에 감면을 적용합니다. 그 뒤 배당분은 연장 입법이 있어야 감면을 받을 수 있으므로, 배당 일정을 정할 때 개정 여부를 확인하십시오.
• 식량작물재배업 외 소득에서 나온 배당은 어떻게 되나요?
  식량작물재배업 외의 작물재배업, 축산업·임업, 농산물 유통·가공·판매 등 부대사업 소득에서 나온 배당은 소득세가 면제되지는 않지만 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다. 원천징수로 과세가 끝나는 구조입니다.
• 배당 재원 비율은 어느 해 소득으로 계산하나요?
  배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 소득금액을 기준으로, 배당액에 식량작물재배업 소득금액이나 부대사업 등 소득금액이 총소득금액에서 차지하는 비율을 곱합니다. 소득금액이 음수이면 영으로 봅니다.
• 전환 전 잉여금이 남아 있으면 배당을 미뤄야 하나요?
  배당 자체를 막는 규정은 없습니다. 다만 먼저 생긴 잉여금부터 배당한 것으로 보므로 전환 전 잉여금이 소진될 때까지의 배당은 일반 배당으로 과세됩니다. 배당 규모와 시기를 정할 때 이 순서를 계산에 넣으십시오.
• 세액면제신청서를 내지 않았으면 어떻게 하나요?
  감면은 신청을 전제로 하므로 신청서 없이 원천징수됐다면 그 세액을 돌려받으려면 경정청구를 검토해야 합니다. 법정신고기한부터 5년 안에 청구할 수 있고, 신청서와 등록확인서를 함께 냅니다.
• 농어업경영체 등록을 안 한 법인도 감면되나요?
  감면 대상은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인입니다. 등록하지 않았다면 등록부터 확인해야 하고, 법인은 신청서와 함께 등록확인서를 세무서에 내야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 돈만 대고 경영에 빠진 동업자가 받은 분배금에도 창업중소기업 감면이 되나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기