양도소득세

시골 농가주택을 헐고 서울 집을 팔면 1주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 농가주택과 서울 집을 함께 가진 1세대가 농가주택을 헐어 나대지로 둔 뒤 서울 집을 팔면 1주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 판단합니다. 소득세법 시행령 제154조 제1항은 양도일 현재 국내에 1주택을 2년 이상 보유한 경우를 비과세 요건으로 정합니다. 지금은 서울 집 잔금일 전에 철거와 건축물대장 말소가 끝나는지부터 확인해야 합니다.

시골집을 헌 뒤 서울 집을 1주택으로 2년 더 보유해야 하는 것은 아닙니다. 보유기간은 서울 집을 취득한 날부터 셉니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1998년 산 시골 농가주택과 2018년 산 서울 아파트를 함께 갖고 있었습니다. 농가주택은 아무도 살지 않아 지붕이 내려앉을 정도로 낡았고, A씨는 2025년 4월 이 집을 철거하고 건축물대장 말소까지 마쳤습니다. 2026년 3월 서울 아파트를 10억원에 팔기로 했는데, 시골집을 헐었으니 1세대 1주택 비과세가 되는지, 보유기간을 철거한 날부터 다시 세는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

시골집을 헐면 집이 한 채로 계산되나요?

네, 양도일 현재 농가주택이 멸실되어 나대지로 남아 있다면 그 땅은 주택이 아니므로 1주택을 보유한 것으로 판단합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 그 주택을 2년 이상 보유한 경우를 비과세 요건으로 정합니다. 주택 수는 계약일이 아니라 양도일, 곧 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날을 기준으로 셉니다. 그래서 철거는 서울 집 잔금을 받기 전에 끝나 있어야 합니다.

• 멸실 확인 - 철거 공사를 마치고 건축물대장 말소 신청까지 끝냈는지 봅니다. 대장에 남아 있으면 주택으로 다툴 여지가 생깁니다.
• 보유기간 - 서울 집 취득일부터 양도일까지 2년 이상이어야 합니다.
• 거주기간 - 서울 집이 취득 당시 조정대상지역에 있었다면 그 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다.
• 고가주택 - 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분의 양도차익은 과세됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2주택을 가진 사람이 그중 1주택을 멸실해 나대지로 갖고 있으면 1주택을 소유한 것으로 보므로, 농가주택을 헐고 서울 주택을 팔면 1세대 1주택 비과세가 된다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과가 2022년 펴낸 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」의 열여섯 번째 사례로, 1990년 농가주택을 사고 2015년 서울 주택을 산 사람이 2022년 농가주택을 헐고 2023년 서울 주택을 팔려는 사안이었습니다.

국세청은 이때 주택을 멸실한 것은 보유기간을 다시 세는 사유가 아니라고 덧붙였습니다. 1세대 2주택자가 신규주택을 멸실한 후 종전주택을 양도한 사안에서도 보유기간은 종전주택 취득일부터 센다고 해석했습니다(서면-2020-법령해석재산-2354, 2021. 2. 8.). 오래 비워 둔 집이라도 공부상 주거용이면 주택으로 보지만, 건축물로 볼 수 없을 정도로 폐가가 되었다면 주택으로 보지 않는다는 해석도 있습니다(재산세과-1598, 2009. 7. 31.). 이 안내는 철거를 마친 뒤 양도한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 양도일에 시골집이 아직 서 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

2022년 이후 보유기간 계산은 무엇이 바뀌었나요?

지금은 멸실이든 양도든 다른 집을 정리했다는 이유로 남은 집의 보유기간을 다시 세지 않습니다. 2022. 5. 31. 개정 전 시행령은 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분하면 처분 후 1주택이 된 날부터 보유기간을 세도록 했습니다. 이때도 처분은 양도·증여·용도변경을 말했고 멸실은 들어가지 않았습니다. 2022. 5. 31. 개정으로 이 단서가 삭제되어, 현행 제154조 제5항은 보유기간 계산을 소득세법 제95조 제4항에 따르도록만 정합니다. 개정 시행령 부칙 제2조는 이 개정을 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하고, 그 전에 양도한 경우에는 종전 규정을 따르도록 했습니다. 그래서 사례의 A씨도 서울 아파트를 산 2018년부터 보유기간을 셉니다.

시골집을 헐지 않고도 비과세받을 수는 없나요?

농가주택이 시행령이 정한 농어촌주택에 해당하면 헐지 않아도 일반주택을 팔 때 1주택으로 봅니다. 수도권 밖의 읍지역(도시지역 안은 제외)이나 면지역에 있는 상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주), 이농주택, 귀농주택이 대상입니다. 사례처럼 직접 사 두었다가 비워 둔 농가주택은 이 세 가지에 들지 않는 경우가 많아 멸실이 현실적인 방법이 됩니다. 다만 귀농주택 특례는 대지면적 660제곱미터 이내 등 요건과 사후관리가 따로 있어, 조건을 맞추기 전에 확인해야 합니다.

농가주택 멸실 후 1주택 비과세 대응 순서

• 철거와 말소 - 서울 집 잔금일 전에 철거를 끝내고 건축물대장 말소까지 마칩니다. 양도일 현재 주택 수로 비과세를 판단하기 때문입니다.
• 멸실 기록 보관 - 철거 전후 사진, 철거 신고 서류, 말소된 건축물대장을 모아 둡니다. 나중에 주택이 남아 있었다는 의심을 받을 때 쓰는 자료입니다.
• 서울 집 요건 점검 - 등기부등본으로 취득일을, 주민등록표 등본으로 거주기간을 확인합니다. 취득 당시 조정대상지역이었는지도 국토교통부 공고로 확인합니다.
• 다른 주택 확인 - 세대원 명의의 다른 주택·분양권·입주권이 없는지 봅니다. 하나라도 있으면 다른 특례 요건으로 따로 따져야 합니다.
• 신고와 불복 - 비과세가 부인되어 고지를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토하고, 과세로 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 농가주택이 상속받은 집이거나 철거가 서울 집 매매계약 이후에 이루어진 경우, 남은 땅을 나중에 팔 계획이 있는 경우에는 등기부등본과 건축물대장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 조세불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 철거만 하고 건축물대장 말소를 안 했다면요?
  철거로 주택이 사실상 없어졌다면 멸실로 보는 것이 원칙이지만, 건축물대장에 주거용으로 남아 있으면 세무서가 주택이 있다고 볼 여지가 생깁니다. 철거 사진과 철거 신고 서류를 남기고, 서울 집 양도 전에 대장 말소까지 마쳐 두는 편이 다툼을 줄입니다.
• 오래 비워 둔 폐가도 주택 수에 들어가나요?
  공부상 주거용으로 등재되어 있으면 오래 비워 두었더라도 주택으로 봅니다. 국세청은 건축물로 볼 수 없을 정도로 폐가가 된 경우에는 주택으로 보지 않는다고 해석했지만, 폐가인지는 사실판단이므로 사진과 현황 자료가 필요합니다. 헐어 두는 쪽이 판단이 분명합니다.
• 시골집을 헌 날부터 2년을 다시 채워야 하나요?
  아니요, 현행 시행령에는 다른 주택을 처분한 날부터 보유기간을 다시 세는 규정이 없습니다. 2022. 5. 31. 개정으로 그 단서가 삭제되어 2022년 5월 10일 이후 양도분부터 적용되고, 그 전에도 멸실은 처분에 들지 않았습니다. 서울 집 보유기간은 취득일부터 양도일까지 셉니다.
• 서울 집 매매계약 뒤에 시골집을 헐어도 되나요?
  주택 수는 양도일 현재로 판단하므로, 계약 뒤라도 잔금일 전에 멸실을 마치면 1주택으로 봅니다. 양도일은 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날입니다. 다만 철거가 잔금일보다 늦어지면 2주택 상태에서 양도한 것이 되므로 일정을 넉넉히 잡아야 합니다.
• 상속받은 시골집이면 헐지 않아도 되나요?
  수도권 밖 읍지역(도시지역 안 제외)이나 면지역에 있는 상속주택으로서 피상속인이 취득 후 5년 이상 거주했다면 농어촌주택 특례로 일반주택 양도 때 1주택으로 볼 수 있습니다. 피상속인의 거주 사실과 주택 소재지 요건을 먼저 확인해야 합니다.
• 서울 집이 12억원을 넘으면 세금이 나오나요?
  양도가액이 12억원을 넘는 고가주택은 1세대 1주택이라도 12억원을 넘는 비율만큼의 양도차익에 양도소득세가 과세됩니다. 이 경우 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 해야 합니다.
• 비과세가 부인되어 고지를 받으면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거칠 수도 있지만 선택 절차입니다. 멸실 시점과 양도일을 보여 주는 말소 대장, 철거 자료, 잔금 영수증이 다툼의 중심 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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