부가가치세

농민에게 직접 산 쌀·채소, 계산서 없이 의제매입세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

농민에게서 면세농산물을 직접 사고 계산서 없이 의제매입세액 공제신고서만 내도 되는 것은 제조업뿐입니다. 음식점이나 조경 같은 건설업은 계산서·카드 영수증·현금영수증 등 증빙이 없으면 공제가 부인되고, 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 업종별 공제율과 한도도 함께 확인해야 합니다.

음식점이나 식품 제조업체는 부가가치세가 면제된 쌀·채소·고기 같은 원재료를 사도, 일정 비율을 매입세액이 있는 것으로 보아 공제받을 수 있습니다. 이를 의제매입세액공제라고 합니다. 다만 업종에 따라 필요한 증빙이 다르고, 특히 농민에게 직접 산 경우 음식점과 제조업의 결론이 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

한식당을 하는 개인사업자 F씨는 2025년 하반기에 인근 농민에게서 쌀과 채소 2,000만원어치를 현금으로 직접 사고, 계산서는 받지 않았습니다. 그런데도 의제매입세액 공제신고서에 이 금액을 넣어 109분의 9인 약 165만원을 공제받았습니다. 2026. 9. 세무서에서 의제매입세액 증빙을 내라는 해명자료 제출 안내를 받은 F씨는 농민에게 산 것도 공제되는 줄 알았는데 무엇이 문제인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

농민에게 직접 산 농산물도 공제되나요?

의제매입세액을 공제받으려면 신고할 때 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 내야 합니다. 원칙적인 서류는 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서, 매입자발행계산서합계표입니다.

공제 대상인 면세농산물등에는 가공하지 않은 농·축·수·임산물뿐 아니라 탈곡·정미·건조·냉동처럼 원래 성질이 변하지 않는 정도의 1차 가공을 거친 것과 소금도 들어갑니다. 반대로 부가가치세가 과세되는 가공식품은 처음부터 세금계산서를 받아 일반 매입세액으로 공제합니다.

예외는 제조업뿐입니다. 제조업을 경영하는 사업자가 농어민에게서 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 내면 됩니다. 음식점업이나 건설업은 이 예외가 없으므로, 농민에게 현금으로 사고 계산서나 카드 영수증이 없다면 공제받을 수 없습니다.

여기서 농어민은 작물 재배업·축산업·복합농업, 임업, 어업, 소금 채취업에 종사하는 개인을 말합니다.

국세청도 조경공사업자가 농민에게서 수목을 직접 사서 계산서나 영수증을 받지 못한 경우 의제매입세액공제를 받을 수 없다고 봅니다. F씨의 165만원은 증빙이 없는 부분으로 다시 내야 할 가능성이 큽니다. 같은 기간 도매상이나 농협에서 계산서를 받고 산 부분은 영향을 받지 않습니다.

공제율은 업종별로 어떻게 다른가요?

공제율은 면세농산물등 가액에 곱하는 비율이며, 업종과 사업자 형태에 따라 다릅니다. 음식점을 하는 개인사업자는 과세표준 2억원 이하이면 2026. 12. 31.까지 109분의 9가 적용되고, 그 뒤에는 108분의 8입니다. 법이 바뀌지 않는 한 2027년 1기분부터는 공제액이 그만큼 줄어드므로, 2026년분 신고 때 이 비율을 제대로 적용했는지 확인해 둘 필요가 있습니다.

국세청은 접객시설 없이 주문받은 도시락이나 음식을 조리·포장해 운송·공급하는 사업자는 음식점업이 아니라 제조업 공제율을 적용한다고 봅니다. 반대로 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 수출 사업자는 의제매입세액공제를 받을 수 없습니다.

공제 한도와 사후 추징은 어떻게 되나요?

공제받을 수 있는 면세농산물등 가액은 그 과세기간 관련 과세표준의 일정 비율로 제한됩니다. 2027. 12. 31.까지는 음식점 개인사업자가 과세표준 1억원 이하 75%, 1억원 초과 2억원 이하 70%, 2억원 초과 60%이고, 그 밖의 개인사업자는 2억원 이하 65%, 초과 55%, 법인은 50%입니다. 예를 들어 그 과세기간 과세표준이 1억 5천만원인 음식점 개인사업자는 그 70%인 1억 500만원까지의 농산물 가액에만 공제율을 곱할 수 있고, 이를 넘는 매입은 공제되지 않습니다.

공제받은 농산물을 그대로 팔거나 면세 사업 등 다른 목적에 쓰면 공제받은 금액을 납부세액에 다시 더해야 합니다. 증빙 없이 공제받은 금액과 함께 이 부분도 세무서가 확인합니다. 공제가 부인되면 그 세액에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세(1일 10만분의 22)가 붙습니다.

빠뜨린 의제매입세액은 나중에 돌려받을 수 있나요?

계산서나 카드 영수증을 갖추고도 의제매입세액을 신고에서 빠뜨렸다면, 매입처별 계산서합계표나 카드 수령명세서를 수정신고서나 경정청구서와 함께 내 공제받을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있고, 2개월 안에 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

제조업자는 1기에 산 원재료 비율이 한 해 매입의 75% 이상이거나 25% 미만이고 1년 내내 제조업을 했다면, 2기 확정신고 때 한 해 전체 매입액과 연간 한도로 다시 정산할 수 있습니다. 계절에 따라 원재료를 몰아서 사는 업체라면 이 정산을 빠뜨리지 않았는지 확인해 보십시오.

의제매입세액 소명 대응 순서

• 매입처 구분 - 농산물 매입을 도매상·농협 등 계산서 발급처, 카드 결제분, 농민 직접 매입분으로 나눕니다.
• 증빙 보완 - 계산서·카드 영수증·현금영수증이 있는 부분을 찾아 공제를 유지합니다.
• 업종 확인 - 사업 형태가 제조업에 해당하는지, 적용한 공제율과 한도가 맞는지 다시 계산합니다.
• 해명자료 또는 수정신고 - 증빙이 없는 부분은 수정신고하고, 공제 가능한 부분은 근거를 붙여 소명합니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 업종 판단과 공제율을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업 형태와 매입처, 증빙의 종류에 따라 공제 범위가 달라집니다. 2026. 10. 12. 기준 현행 「부가가치세법」으로 정리했습니다. 법무법인 윤성은 의제매입세액 부인에 대한 소명, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 식당인데 농민에게 직접 산 채소도 의제매입세액공제가 되나요?
  음식점업은 계산서, 카드 영수증, 현금영수증 같은 증빙이 있어야 공제됩니다. 농어민 직접 매입분을 공제신고서만으로 공제받을 수 있는 것은 제조업뿐이므로, 농민에게 살 때는 카드나 현금영수증으로 결제해 둡니다.
• 제조업은 농민에게 산 것도 증빙 없이 되나요?
  제조업을 경영하는 사업자가 농어민에게서 면세농산물등을 직접 공급받으면 매입처별 계산서합계표 없이 의제매입세액 공제신고서만 내면 됩니다. 농어민은 작물 재배업·축산업·임업·어업 등에 종사하는 개인입니다.
• 음식점 의제매입세액 공제율은 얼마인가요?
  음식점 개인사업자는 108분의 8이고, 과세표준 2억원 이하이면 2026. 12. 31.까지 109분의 9입니다. 과세유흥장소는 102분의 2, 그 밖의 음식점 사업자는 106분의 6입니다.
• 도시락 업체는 음식점 공제율을 적용하나요?
  국세청은 접객시설 없이 주문받은 도시락이나 음식을 조리·포장해 운송·공급하는 사업자에게 제조업 공제율을 적용한다고 봅니다. 간판이나 업종 등록보다 접객시설 유무 같은 실제 사업 형태가 판단 기준입니다.
• 공제 한도는 어떻게 되나요?
  2027. 12. 31.까지 음식점 개인사업자는 과세표준의 60~75%, 그 밖의 개인사업자는 55~65%, 법인은 50%까지의 면세농산물등 가액에 공제율을 곱한 금액이 한도입니다.
• 증빙 없이 공제받은 게 걸리면 가산세는요?
  부인된 의제매입세액에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 붙습니다. 해명 안내를 받기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세가 최대 90%까지 줄어듭니다. 안내 후에는 감면이 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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