법인세·소득세

외부조정 대상인데 직접 만든 조정계산서로 신고했다면 무신고가산세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

외부세무조정 대상인 복식부기의무자가 직접 작성한 조정계산서로 종합소득세를 신고하면 세금을 다 냈어도 신고하지 않은 것으로 봅니다. 무신고가산세 20%와 수입금액 1만분의 7 중 큰 금액이 붙고 중소기업 특별세액감면도 배제되므로, 직전 연도 매출로 대상 여부부터 다시 계산하고 소명이나 과세전적부심사를 검토해야 합니다.

모든 개인사업자가 세무사가 작성한 조정계산서를 내야 하는 것은 아닙니다. 복식부기의무자 가운데 직전 연도 매출이 업종별 기준 이상이거나 조세특례 공제·감면을 받은 사업자 등으로 한정됩니다. 문제는 대상인 줄 모르고 직접 만든 조정계산서로 신고한 경우입니다. 세금을 제때 다 냈어도 신고 자체를 하지 않은 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 음식점을 운영하며 2024년 매출이 3억 1,000만원이었습니다. 회계 프로그램으로 장부를 써 온 B씨는 2026. 5. 27. 직접 작성한 조정계산서를 붙여 2025년 귀속 종합소득세를 신고하고, 중소기업 특별세액감면 230만원을 뺀 1,150만원을 냈습니다. 2026. 9. 세무서에서 외부세무조정 대상자가 자기조정계산서를 냈다는 해명 안내를 받은 B씨는, 세금을 다 냈는데도 무신고가산세를 내야 하는지, 감면도 없어지는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

외부조정 대상인지 어떻게 판단하나요?

먼저 복식부기의무자여야 합니다. 그중 직전 연도 수입금액이 업종별 기준 이상이면 외부조정 대상입니다. 음식점·제조업·건설업은 3억원, 도소매업은 6억원, 부동산임대업·전문서비스업·학원·병의원은 1억 5천만원입니다.

이 수입금액에는 세무조사 같은 결정·경정으로 늘어난 금액이 들어가고, 사업용 유형자산을 팔아 생긴 수입은 빠집니다. 지난해 조사로 매출이 늘었다면 올해부터 대상이 될 수 있습니다.

매출 기준에 못 미쳐도 복식부기의무자가 직전 연도에 추계결정을 받았거나, 직전 연도 중 개업했거나, 조세특례제한법상 세액공제·감면을 받았다면 대상입니다. 다만 중소기업 특별세액감면, 노란우산공제 소득공제, 전자신고 세액공제만 받은 경우는 빠집니다.

직접 만든 조정계산서로 신고하면 왜 무신고가 되나요?

복식부기의무자는 재무상태표, 손익계산서, 합계잔액시산표, 조정계산서를 신고서에 붙여야 하고, 이를 내지 않으면 확정신고를 하지 않은 것으로 봅니다. 외부조정 대상자의 조정계산서는 조정반에 소속된 세무사, 등록한 공인회계사·변호사가 작성해야 합니다. 그래서 대상자가 직접 만든 조정계산서는 법이 요구하는 서류로 인정되지 않습니다.

반대로 국세청은 기장을 대리하는 세무사가 그 장부를 토대로 세무조정을 하고 조정계산서를 붙여 신고했다면 외부조정으로 신고한 것으로 봅니다. 결국 기준은 장부를 누가 썼느냐가 아니라 조정계산서를 조정반 소속 자격자가 작성했느냐입니다. 기장 대행 업체에 맡겼다면 그 업체에 조정반 소속 세무사가 있는지 확인해 두십시오.

조세심판원은 외부조정 대상자가 자기조정계산서를 붙여 신고하자 무신고가산세를 매기고 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분을 그대로 유지했습니다. 법원도 이 작성자 제한 규정이 헌법에 어긋난다는 주장을 받아들이지 않고 무신고가산세 처분을 유지했습니다.

무신고로 보면 세금이 얼마나 늘어나나요?

복식부기의무자의 무신고가산세는 그 신고로 내야 할 세액의 20%와 수입금액의 1만분의 7 중 큰 금액입니다. 매출을 숨기는 등 부정행위가 있으면 40%와 1만분의 14 중 큰 금액입니다. 신고하면서 이미 낸 세금이 있어도 이 계산에서 빠지지 않습니다.

장부를 제대로 쓰지 않은 것으로 보아 무기장가산세(산출세액의 20%)가 함께 문제 되더라도 두 가산세를 모두 물리지는 않습니다. 둘 중 큰 금액 하나만 붙고, 금액이 같으면 무신고가산세만 붙습니다.

더 큰 부담은 감면 배제입니다. 무신고로 보아 세무서가 결정하면 중소기업 특별세액감면이 적용되지 않고, 늦게라도 기한 후 신고를 할 때도 마찬가지입니다. B씨는 산출세액 1,380만원의 20%인 276만원과 감면 배제분 230만원을 더 내야 하고, 230만원에는 납부지연가산세가 붙습니다.

이미 신고했다면 바로잡거나 다툴 방법이 있나요?

대상이 맞다면 외부조정계산서를 갖춰 서둘러 기한 후 신고를 하는 것이 낫습니다. 법정신고기한이 지난 후 1개월 안이면 무신고가산세의 50%, 3개월 안이면 30%, 6개월 안이면 20%가 줄어듭니다. 법령상 감면이 빠지는 것은 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 낸 기한 후 신고이고, 해명 안내를 받은 뒤의 기한 후 신고는 그 제외 사유에 적혀 있지 않습니다. 다만 세무서가 감면을 다르게 볼 수 있으므로 신고 날짜와 안내문 수령일을 남겨 두십시오.

이와 함께 다툴 지점은 두 가지입니다. 첫째는 정말 대상인지입니다. 직전 연도 수입금액의 업종 구분, 겸업 시 환산, 사업용 유형자산 양도분 제외를 다시 계산하면 대상이 아닌 경우가 있습니다. 둘째는 정당한 사유입니다. 다만 법령을 몰랐다는 사정만으로는 인정되기 어렵습니다. 세무대리인의 잘못으로 가산세를 물었다면 그 손해는 대리인과의 계약 관계에서 따로 따져 볼 문제입니다.

외부조정 무신고 대응 순서

• 대상 여부 재계산 - 직전 연도 수입금액(결정·경정 증가분 포함, 유형자산 양도분 제외)과 업종, 공제·감면 이력을 확인합니다.
• 작성자 확인 - 조정계산서를 조정반 소속 세무사·공인회계사·변호사가 작성했는지 확인합니다.
• 서둘러 기한 후 신고 - 외부조정계산서를 갖춰 6개월 안에 내면 무신고가산세가 줄어듭니다.
• 해명 안내 소명 - 대상이 아니라는 계산이나 정당한 사유를 자료로 냅니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 변호사와 쟁점을 정리해 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직전 연도 수입금액의 계산과 업종 구분, 조정계산서 작성 경위에 따라 무신고 여부와 감면 배제 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 해명 안내 소명, 과세전적부심사, 무신고가산세 부과에 대한 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외부조정 대상은 매출이 얼마부터인가요?
  복식부기의무자로서 직전 연도 수입금액이 도소매업 6억원, 음식점·제조·건설업 3억원, 부동산임대·전문서비스·교육·보건업 1억 5천만원 이상이면 대상입니다. 직전 연도 추계결정, 개업, 조세특례 공제·감면을 받은 경우도 대상입니다.
• 세금을 다 냈는데도 무신고가산세가 붙나요?
  붙습니다. 외부조정 대상자가 적법한 조정계산서를 내지 않으면 확정신고를 하지 않은 것으로 보고, 무신고가산세는 그 신고로 내야 할 세액을 기준으로 계산하므로 이미 낸 세금이 있어도 줄지 않습니다.
• 중소기업 특별세액감면도 받을 수 없나요?
  무신고로 보아 세무서가 결정하는 경우와 기한 후 신고를 하는 경우 모두 중소기업 특별세액감면이 적용되지 않습니다. 감면받았던 세액은 다시 내야 하고 그 부분에 납부지연가산세가 붙습니다.
• 작년 세무조사로 매출이 늘었는데 영향이 있나요?
  외부조정 대상 여부를 정하는 직전 연도 수입금액에는 결정·경정으로 늘어난 금액이 들어갑니다. 조사로 매출이 기준을 넘었다면 다음 연도 신고부터 외부조정 대상이 될 수 있으니 미리 확인하십시오.
• 지금 다시 신고하면 가산세가 줄어드나요?
  외부조정계산서를 갖춰 기한 후 신고를 하면 법정신고기한 후 1개월 안 50%, 3개월 안 30%, 6개월 안 20%가 줄어듭니다. 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 낸 기한 후 신고는 줄지 않습니다.
• 기장 대행 직원이 조정계산서를 만들어 줬어요.
  외부조정 대상자의 조정계산서는 조정반에 소속된 세무사나 등록한 공인회계사·변호사가 작성해야 합니다. 그 밖의 사람이 작성했다면 적법한 조정계산서로 인정받기 어려우므로 작성자부터 확인하십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

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