세금

해외 모회사끼리 합병해 국내 자회사 주식이 넘어가도 한국에 세금을 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

외국법인끼리 합병해도 국내 주식이 넘어가면 한국에 법인세와 증권거래세가 생길 수 있습니다. 대법원은 외국법인 간 합병으로 내국법인 주식이 이전되는 것도 주식 양도로 보았습니다. 합병대가 없이 지분 전부를 가진 자회사를 흡수한 경우도 같습니다. 외국법인 간 합병에는 내국법인과 같은 과세이연 특례가 없다는 이유였습니다.

외국법인끼리 합병해도 국내 주식이 넘어가면 한국에 법인세와 증권거래세가 생길 수 있습니다. 대법원은 외국법인 간 합병으로 내국법인 주식이 이전되는 것도 주식 양도로 보았습니다. 합병대가 없이 지분 전부를 가진 자회사를 흡수한 경우도 같습니다. 외국법인 간 합병에는 내국법인과 같은 과세이연 특례가 없다는 이유였습니다.

합병은 포괄승계인데 왜 주식 양도로 보나요?

대법원은 합병을 계기로 주식에 쌓인 가치증가분이 실현됐다고 볼 수 있는지로 판단했습니다. 대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결은 스페인 법인이 모회사에 흡수합병된 사안입니다. 그 과정에서 국내 회사 주식 32%가 넘어갔습니다. 원심은 합병의 포괄승계는 매매와 성질이 달라 양도가 아니라고 보았습니다.

대법원은 원심을 파기했습니다. 내국법인의 합병도 법인세법상 자산의 양도로 보고, 요건을 갖춘 경우에만 과세를 미루는 특례를 둡니다. 그런데 외국법인 간 합병에는 그런 특례가 없습니다. 외국법인 간 합병만 양도가 아니라고 볼 합리적 이유도 없다고 했습니다.

증권거래세도 같습니다. 조세특례제한법은 일정 요건의 합병을 위한 주식 양도를 증권거래세 면제 대상으로 따로 정합니다. 대법원은 이 규정 등에 비추어 합병에 따른 이전도 주권 양도라고 보았습니다. 현행 법인세법의 적격합병 규정도 내국법인이 당사자인 합병을 전제로 합니다.

지분 전부를 가진 자회사를 합병해 대가를 주지 않았어도 과세되나요?

과세됩니다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두1984 판결에서 독일 법인은 지분 전부를 가진 자회사를 흡수합병했습니다. 그 결과 자회사가 보유한 국내 상장주식 580만 주가 넘어왔지만 신주나 현금은 주지 않았습니다. 대법원은 이 경우도 주식 양도이자 주권 양도라고 했습니다.

이 독일 법인은 한·독 조세조약의 무차별원칙 위반도 주장했습니다. 대법원은 외국법인이 내국법인과 원칙적으로 같은 상황에 있다고 할 수 없다고 보았습니다. 설립 준거법이 다르다는 이유만의 차별도 아니라며 주장을 받아들이지 않았습니다.

양도가액은 합병일의 거래소 최종시세가액을 정상가격으로 본 원심이 유지됐습니다. 현행법도 특수관계 외국법인 사이 거래가 정상가격보다 낮으면 정상가격을 수입금액으로 봅니다. 다만 이 사건에서 가산세 부분은 납세고지서에 가산세 종류나 산출근거가 빠진 절차 하자로 취소된 원심이 그대로 유지됐습니다.

그룹 안에서 증여받은 국내 주식을 팔면 취득가액은 어떻게 정하나요?

원칙적으로 당초 증여자의 취득가액을 씁니다. 대법원 2016. 9. 8. 선고 2016두39290 판결에서 룩셈부르크 법인은 미국 법인에게서 국내 주식을 증여받았습니다. 그 주식을 양도한 사안입니다. 양도차익을 계산할 때 증여자의 취득가액을 기준으로 한 처분이 적법하다고 보았습니다.

이 법인은 증여 당시 시가를 취득가액으로 해야 한다고 주장했습니다. 시가를 쓰는 단서는 증여받은 소득이 국내에서 실제로 과세된 경우에만 적용됩니다. 조약에 따라 비과세됐더라도 실제 과세가 없었다면 단서를 쓸 수 없다고 했습니다. 이렇게 계산해도 조세조약 위반이 아니라고 보았습니다.

이 사건에서 처분을 다툰 원고는 외국법인이 아니라 국내 회사였습니다. 판결은 원천징수의무를 정한 법인세법 제98조 제1항을 함께 들었습니다. 취득가액과 양도비용을 확인할 서류는 원천징수하는 날까지 지급자에게 내야 양도차익 기준 세율을 쓸 수 있습니다. 서류가 없으면 지급액의 10%를 원천징수합니다.

원천징수와 지급명세서는 누가 챙겨야 하나요?

양도대가를 지급하는 자가 원천징수하고 지급명세서도 냅니다. 대법원 2016. 12. 1. 선고 2014두8650 판결은 지급명세서 제출의무자가 원천징수의무자와 같다고 했습니다. 상장 때 구주를 파는 경우처럼 발행법인이 원천징수하면 지급명세서도 발행법인이 냅니다.

합병 사건들에서는 주식을 넘겨받은 합병법인이 법인세 고지와 증권거래세 부과를 받았습니다. 국내사업장 없는 외국법인이 금융투자업자를 거치지 않고 주식을 넘기면 증권거래세 납세의무자도 양수인입니다. 해외 그룹 재편이라도 국내 세무 절차는 받는 쪽이 챙겨야 하는 구조입니다.

조세조약상 양도소득이 비과세여도 외국법인이 비과세 신청을 하지 않았다면 지급명세서 의무는 남습니다. 이 쟁점은 「조세조약상 비과세인 외국법인 소득도 지급명세서를 꼭 내야 하나요?」에서 다룹니다. 펀드의 납세의무자는 「외국 사모펀드가 국내 주식을 팔았다면 대법원은 누구를 납세의무자로 보나요?」에서 설명했습니다. 부동산주식 원천세 환급은 「국내사업장 없는 외국법인이 부동산주식을 팔 때 떼인 원천세, 법인세 신고로 돌려받나요?」에서 이어집니다.

해외 그룹 재편 국내 주식 대응 순서

• 이전 주식 목록화 - 합병·분할·증여로 소유자가 바뀌는 국내 법인 주식과 상장 여부를 정리합니다.
• 조약 조항 확인 - 양도법인 거주지국 조세조약의 주식 양도소득 조항이 원천지국 과세를 허용하는지 봅니다.
• 가액 산정 - 양도가액은 정상가격, 취득가액은 증여자 기준 여부까지 따져 증빙을 미리 갖춥니다.
• 신고 주체 확정 - 원천징수의무자와 증권거래세 납세의무자를 정하고 다음 달 10일, 반기 말 2개월 기한을 관리합니다.
• 지급명세서 제출 - 비과세 신청 여부와 관계없이 지급명세서 제출 필요성을 검토해 다음 연도 2월 말까지 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재편 방식과 양도법인의 거주지국 조약에 따라 과세 여부와 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 해외 그룹 재편에 따른 국내 주식 이전 과세 검토와 관련 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국법인이 국내 주식을 팔 때 원천징수 세율은 얼마인가요?
  지급액의 10%입니다. 취득가액과 양도비용이 확인되면 지급액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액을 원천징수합니다. 조세조약이 거주지국 과세만 허용하면 비과세 신청을 검토합니다.
• 취득가액 증빙은 언제까지 내야 양도차익 기준을 쓸 수 있나요?
  양도자나 그 대리인이 원천징수하는 날까지 원천징수의무자에게 내야 합니다. 주금납입영수증, 양도증서, 대금지급영수증처럼 취득과 양도에 든 금액을 증명하는 자료가 해당합니다.
• 국내사업장이 없는 외국법인도 국내 주식 양도에 늘 과세되나요?
  아닙니다. 상장주식을 증권시장에서 팔고, 양도 연도와 직전 5년 동안 계속 25% 미만을 보유했다면 국내원천소득에서 빠집니다. 장외 이전인 합병에는 이 예외가 적용되지 않습니다.
• 외국법인 간 합병에도 증권거래세 면제 특례가 있나요?
  조문상 적용되기 어렵다고 보는 것이 자연스럽습니다. 면제 대상은 법인세법 제44조 제2항·제3항에 따른 합병입니다. 이 규정들은 내국법인 사이 또는 내국법인이 지분 전부를 가진 법인과의 합병을 전제로 합니다. 이를 직접 판단한 판례는 아직 확인되지 않습니다.
• 증권거래세는 외국 양도법인이 직접 신고하나요?
  국내사업장 없는 외국법인이 금융투자업자를 통하지 않고 넘긴 경우에는 양수인이 납세의무자입니다. 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 신고·납부해야 합니다.
• 지급명세서는 언제까지 내나요?
  지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 냅니다. 조약상 비과세나 면제 신청으로 비과세임이 확인된 소득 등은 제출 의무가 면제될 수 있습니다.
• 합병 뒤 몇 년이 지나 고지가 나왔다면 시효를 다툴 수 있나요?
  원천징수분은 징수권 소멸시효가 완성됐는지 따져 볼 수 있습니다. 대법원은 과세전적부심사 진행 중에도 징수권 소멸시효가 정지되지 않는다고 보았습니다. 고지일과 법정납부기한을 대조해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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