세금

일본 거주자가 한국 상장주식을 팔면 한국에 양도소득세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

증권시장에서 소액으로 팔았다면 한국 세금은 원칙적으로 없습니다. 한국 세법은 비거주자가 장내에서 판 주식으로서 최근 5년 넘게 계속 25% 미만을 가진 경우 과세하지 않습니다. 이 범위를 넘더라도 조약상 대주주 요건에 해당하지 않으면 일본에서만 과세됩니다. 팔 때마다 한국에 신고할 필요는 없습니다.

증권시장에서 소액으로 팔았다면 한국 세금은 원칙적으로 없습니다. 한국 세법은 비거주자가 장내에서 판 주식으로서 최근 5년 넘게 계속 25% 미만을 가진 경우 과세하지 않습니다. 이 범위를 넘더라도 조약상 대주주 요건에 해당하지 않으면 일본에서만 과세됩니다. 팔 때마다 한국에 신고할 필요는 없습니다.

한국 세법은 비거주자의 상장주식 양도를 어떻게 보나요?

장내 양도이고 지분이 적으면 국내원천소득에서 빠집니다. 양도자와 특수관계인이 양도한 해와 직전 5년 동안 계속 그 법인 주식의 25% 미만을 가졌다면 해당합니다. 증권시장을 통한 양도와 투자중개업자의 중개에 따른 양도가 대상입니다.

반대로 장외에서 팔거나, 특수관계인과 합쳐 25% 이상을 가진 적이 있으면 국내원천소득이 됩니다. 이때 국내 세법만 보면 양도대금을 주는 쪽이 원천징수합니다. 지급금액의 10%가 원칙이고, 취득가액이 확인되면 양도차익의 20%와 비교해 적은 금액입니다.

25% 판단은 양도한 해 하나만 보지 않습니다. 직전 5년 중 한 번이라도 25% 이상이었다면 장내 양도라도 과세 대상이 됩니다. 증자나 감자로 지분율이 바뀐 이력이 있으면 연도별로 확인해야 합니다. 상속이나 증여로 가족 간 지분이 옮겨 간 경우도 특수관계인 합산으로 같이 봅니다.

합산하는 특수관계인 범위는 넓습니다. 친족 외에 임원·사용인처럼 경제적 연관관계가 있는 사람도 들어갑니다. 본인이 친족 등과 함께 30% 이상 출자해 지배하는 법인도 특수관계인이 될 수 있습니다. 친척이 한국과 일본에 나뉘어 살아도 모두 합산 대상입니다.

조세조약은 어떤 경우에 한국 과세를 허용하나요?

한·일 조세조약은 주식 양도이득을 원칙적으로 양도인의 거주지국에서만 과세합니다. 일본 거주자라면 일본만 과세할 수 있다는 뜻입니다. 한국이 과세할 수 있는 경우는 조약에 따로 정한 때로 한정됩니다.

첫째는 대주주 요건입니다. 양도자가 특수관계인과 합산해 그해 어느 때라도 25% 이상을 가졌어야 합니다. 그리고 그해 함께 판 주식이 5% 이상이어야 합니다. 둘째는 그 법인 재산이 주로 한국 부동산으로 이뤄진 경우입니다.

따라서 국내 세법상 과세 대상이라도 조약 요건에 해당하지 않으면 한국 세금은 나오지 않습니다. 예를 들어 장외에서 지분 3%를 판 일본 거주자는 국내 세법상으로는 과세 대상입니다. 그러나 조약상 25% 요건에 못 미치므로 한국 과세가 면제됩니다.

조약 면제를 받으려면 무엇을 해야 하나요?

비과세·면제신청서와 실질귀속자 증명서류를 대금 지급자에게 내야 합니다. 지급자는 그 서류를 관할 세무서장에게 제출합니다. 서류를 내지 않거나 실질귀속자를 알 수 없으면 지급자는 국내 세율로 원천징수해야 합니다.

증권회사를 통해 팔면 그 증권회사가 원천징수의무자입니다. 그래서 신청서도 증권회사에 냅니다. 장외에서 개인에게 팔면 매수인이 원천징수의무자가 되어 매수인에게 서류를 줘야 합니다.

세무서장은 서류만으로 면제 요건을 판단하기 어렵다면 보완을 요구할 수 있습니다. 요건이 맞지 않으면 원천징수할 세액을 지급자에게서 징수합니다. 매수인이 이 위험을 이유로 대금 일부를 떼어 두려는 경우가 많습니다. 계약 단계에서 서류 제출 시점과 원천징수 여부를 미리 합의해 두는 것이 좋습니다.

이미 원천징수를 당했다면 경정청구로 돌려받습니다. 청구서에는 비과세·면제신청서와 일본 당국이 발급한 거주자증명서를 붙입니다. 증명서류는 한글번역본과 함께 내야 하고, 국세청장이 인정하면 영문 서류만 낼 수 있습니다.

일본 거주자인지 다퉈지면 어떻게 되나요?

한국 거주자로 판정되면 조약 면제는 적용되지 않습니다. 이때는 상장주식 대주주나 장외 거래에 대해 거주자로서 양도소득세를 신고해야 합니다. 국외 거주 기간이 길어도 국내 생활관계가 깊으면 다툼이 생깁니다.

대법원은 양국에 집을 두고 오간 사람의 주식 양도소득을 한국 거주자로 보아 과세한 처분을 유지했습니다. 국내 법인 대표 활동과 거액 투자가 근거였습니다. 이 사건은 「한국과 외국 모두 거주자라면 어느 나라 거주자로 보고 과세하나요?」와 같은 판단 틀을 씁니다.

결국 상장주식 매도 전에 거주지국과 지분 이력을 함께 점검해야 합니다. 둘 중 하나라도 불리하면 조약 면제를 전제로 한 거래 구조가 흔들립니다.

일본 거주자 상장주식 매도 대응 순서

• 지분 이력 확인 - 특수관계인과 합산한 지분율을 양도한 해와 직전 5년에 걸쳐 확인합니다.
• 거래 방식 정리 - 장내 매도인지, 장외 매도인지 정합니다.
• 조약 요건 점검 - 25% 보유와 연간 5% 양도, 부동산 과다 법인 여부를 확인합니다.
• 신청서 제출 - 과세 대상이면 대금을 받기 전에 비과세·면제신청서를 지급자에게 냅니다.
• 환급 청구 - 원천징수되었다면 5년 안에 지급자 관할 세무서에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지분 이력과 거래 방식, 거주지국 판정에 따라 한국 과세 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비거주자 주식 양도에 대한 조세조약 적용과 원천징수 다툼을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특수관계인 지분은 어디까지 합산하나요?
  친족은 4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 사실혼을 포함한 배우자까지입니다. 일본 국적 친척도 국적과 관계없이 합산 대상이 될 수 있습니다. 범위는 국세기본법 시행령의 특수관계인 규정을 따릅니다.
• 한국 증권계좌로 판 경우 일본에서도 신고하나요?
  일본 거주자라면 일본 세법에 따라 신고 대상이 될 수 있습니다. 조약상 일본이 과세권을 가지므로 일본 신고 요건을 따로 확인해야 합니다. 한국 증권회사 거래 내역을 보관해 두십시오.
• ETF나 상장 리츠도 같은 기준인가요?
  상장 부동산주식등은 국내 세법상 유가증권양도소득에 포함되지만 조약상 부동산 과다 법인 요건을 따로 봐야 합니다. 상품 구조에 따라 소득 구분이 달라질 수 있습니다.
• 증권거래세는 비거주자도 내나요?
  증권거래세는 양도소득세와 별개로 주식을 양도할 때 부과되는 세금입니다. 조약은 소득세와 법인세 등을 대상으로 하므로 증권거래세 면제 근거가 되지 않는다고 볼 수 있습니다.
• 원천징수를 당한 뒤 경정청구는 누가 하나요?
  실질귀속자 본인이나 원천징수의무자가 청구할 수 있습니다. 원천징수된 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 지급자 관할 세무서장에게 냅니다. 세무서장은 6개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 같은 상장주식에서 받는 배당은 어떻게 과세되나요?
  배당은 양도소득과 달리 한국에서 원천징수됩니다. 일본 거주 개인 주주는 신청서를 내면 배당총액의 15%가 한도이고, 내지 않으면 20%로 원천징수됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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