법인세·소득세

외국 사모펀드가 국내 주식을 팔았다면 대법원은 누구를 납세의무자로 보나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

외국 펀드가 우리 법상 외국법인이면 펀드에 법인세를, 아니면 구성원에게 과세합니다. 중간 법인이 도관이면 상위 투자자가 납세의무자가 되고, 조약 혜택은 투자자가 거주지국에서 납세의무를 지는 범위에서만 받습니다. 론스타펀드·CVC 사건 등 대법원 판례와 2025년 전원합의체 판결로 판단 순서를 정리했습니다.

외국 펀드 사건에서는 과세관청이 납세의무자를 잘못 지목해 처분 전체가 취소된 대법원 판결이 있습니다. 납세의무자는 펀드가 우리 법상 외국법인인지, 중간 법인이 도관인지, 조약상 거주자는 누구인지를 차례로 따져 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 케이맨 제도 유한 파트너십 형태 펀드의 국내 자문사 대표입니다. 펀드는 룩셈부르크와 벨기에 법인을 거쳐 국내 비상장회사 주식을 보유하다가 2023. 6. 매각해 양도차익 300억원을 얻었고, 매수인은 한·벨기에 조세조약을 이유로 원천징수하지 않았습니다. 2026. 8. 과세관청은 벨기에 법인을 도관으로 보고 펀드와 일부 투자자를 납세의무자로 삼아 과세했습니다. B씨는 누가 납세의무자인지부터 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

외국 펀드는 법인인가요, 투자자들의 모임인가요?

설립된 나라의 법과 단체의 실질로 판단합니다. 대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두5950 판결에서 미국 델라웨어주 유한 파트너십인 론스타펀드Ⅲ(U.S.)는 벨기에 법인을 세워 국내 회사 주식을 전부 인수하고, 그 회사를 통해 서울 역삼동 토지와 건물을 산 뒤 주식을 팔아 약 2,450억원의 양도소득을 얻었습니다. 과세관청은 이 파트너십을 소득세 납세의무자로 보아 약 613억원의 양도소득세를 부과했습니다.

대법원은 외국 단체가 우리 사법상 구성원과 독립된 권리·의무의 주체로 볼 수 있으면 외국법인으로 보아 법인세를 과세해야 하고, 외국법인이 아니더라도 이익을 분배하는 영리단체라면 단체 자체를 하나의 거주자나 비거주자로 보아 소득세를 물릴 수 없다며 처분이 위법하다고 본 원심을 유지했습니다. 이후 2013. 2. 15. 개정 시행령에 외국법인 기준이 신설됐습니다.

중간 법인이 도관이면 누가 세금을 내나요?

중간 법인을 지배·관리한 상위 투자자가 납세의무자가 됩니다. 대법원 2017. 10. 12. 선고 2014두3044, 3051 판결에서 론스타펀드Ⅳ 계열 파트너십 등은 버뮤다·룩셈부르크 법인을 거쳐 벨기에 지주회사로 외환은행 주식 등을 보유했고, 과세관청은 벨기에 법인을 도관으로 보아 상위 투자자들에게 과세했습니다. 대법원은 납부고지서 없이 결정결의서만 받은 투자자도 과세처분 취소소송을 낼 수 있다고 보면서, 국내에 고정사업장이 있다는 과세관청 주장은 받아들이지 않았습니다.

같은 펀드의 외환은행 배당을 다룬 대법원 2017. 12. 28. 선고 2017두59253 판결에서는 벨기에 법인의 주식을 보관하던 국내 은행이 원천징수의무자로서 조약상 15% 세율로 원천징수했습니다. 대법원은 벨기에 법인을 도관으로 보아 국내 세율로 다시 고지한 처분과 가산세를 정당하다고 보면서, 상위 파트너십 중 미국 거주자인 최종투자자 몫에는 한·미 조세조약이 적용된다고 보았습니다.

펀드 투자자 구성에 따라 조세조약 적용이 달라지나요?

달라집니다. 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결에서 케이만군도 파트너십과 미국 유한책임회사가 공동 출자한 룩셈부르크·벨기에 법인이 국내 회사 주식을 2005. 7. 20. 170억원에 팔았습니다. 대법원은 케이만군도 파트너십 몫 과세는 유지하면서, 미국 유한책임회사가 미국 세법상 구성원과세를 선택했다면 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 범위에서만 한·미 조세협약상 미국 거주자가 된다고 보아, 홍콩 구성원 몫을 다시 심리하라고 파기했습니다.

대법원 2019. 7. 11. 선고 2016두865 판결도 독일 합자회사 구성원 중 독일 거주자 비율에는 15% 제한세율을, 오스트리아·룩셈부르크 거주자 비율에는 당시 법인세법상 원천징수세율 25%를 적용한 원심을 유지했습니다.

국내에서 돈을 지급한 회사는 무엇을 확인해야 하나요?

실질귀속자를 조사해 원천징수해야 하지만, 성실하게 조사해도 알 수 없었던 경우까지 책임지지는 않습니다(대법원 2017두59253 판결). 현행법은 국외투자기구를 통해 받는 소득은 원칙적으로 투자자를 실질귀속자로 보되, 국외투자기구가 조약상 요건을 갖춘 경우 등에는 기구를 실질귀속자로 보고, 투자자를 입증하지 못한 부분은 조약 혜택을 주지 않습니다. 지급자는 제한세율 적용신청서와 국외투자기구 신고서를 받아야 합니다.

대법원 2022. 10. 27. 선고 2020두47397 판결은 미국 공모펀드가 배당에서 20%를 원천징수당한 뒤 제한세율 적용을 구한 경정청구를 거부당한 사안에서, 국외투자기구도 실질귀속자에 해당하면 경정청구를 할 수 있다며 원심을 파기했습니다.

사용료라면 최근 전원합의체 판결이 무엇을 바꿨나요?

대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결은 미국 특허권자와 라이선스 계약을 맺은 국내 회사가 2014 사업연도에 160만 달러를 지급한 사안에서, 국내에 등록되지 않은 특허라도 그 특허기술이 국내에서 사용됐다면 사용료가 국내원천소득이라며 종전 판례를 변경했습니다. 대법관 3명은 반대의견을 냈습니다. 현행 법인세법 제93조 제8호 다목도 국내에 등록되지 않은 특허권의 기술이 국내에서 사실상 실시·사용되는 경우를 명시합니다. 경정청구 실무는 「국내에 등록 안 된 미국 특허 사용료로 낸 원천징수 법인세, 돌려받을 수 있나요?」에서 다뤘고, 중간 법인 판단은 「해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?」에서 이어집니다.

외국 펀드 과세 다툼 대응 순서

• 지목된 납세의무자 확인 - 처분서가 펀드, 중간 법인, 투자자, 국내 지급자 중 누구를 상대로 했는지와 세목을 확인합니다.
• 펀드의 법적 성격 자료 - 설립 문서와 파트너십 계약, 설립국 법상 지위로 외국법인 해당 여부를 정리합니다.
• 중간 법인의 실체 자료 - 인력, 의사결정, 자금 흐름으로 도관이 아니라는 사정을 보입니다.
• 투자자 거주지와 납세의무 - 거주자증명서와 구성원 과세 여부로 조약 적용 범위를 계산합니다.
• 기한 관리 - 심판청구·소송 각 90일과 경정청구 5년을 따로 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 펀드의 설립 형태와 중간 법인의 실체, 투자자들의 거주지에 따라 납세의무자와 세율이 달라집니다. 법무법인 윤성은 외국 펀드·외국법인의 국내원천소득 과세처분 불복과 원천징수 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국 유한 파트너십은 우리 세법상 법인인가요?
  설립국 법령과 단체의 실질로 판단합니다. 2010두5950 판결은 고유한 투자목적과 별개 재산, 고유 사업활동을 가진 미국 유한 파트너십을 외국법인으로 본 원심을 수긍했습니다. 현행 시행령은 설립국 법인격, 유한책임사원만으로 구성된 단체 등을 기준으로 정합니다.
• 펀드를 개인처럼 보고 양도소득세를 매겼다면 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 2010두5950 판결은 펀드가 외국법인이면 법인세를 과세해야 하고, 외국법인이 아니더라도 이익을 분배하는 영리단체라면 단체 자체를 하나의 거주자나 비거주자로 보아 소득세를 과세할 수 없다며 처분을 위법하다고 본 원심을 유지했습니다.
• 고지서를 받지 않고 결정결의서만 받았는데 소송을 낼 수 있나요?
  낼 수 있습니다. 2014두3044 판결은 원천징수세액 환급금을 결정세액에 충당하면서 과세연도, 세액, 산출근거가 적힌 결정결의서를 교부해 결정 내용을 자세히 알렸다면 상위 투자자인 외국법인이 취소소송을 제기할 수 있다고 보았습니다.
• 미국 유한책임회사가 투자했으면 한·미 조세협약이 전부 적용되나요?
  그렇지 않을 수 있습니다. 2012두11836 판결은 미국 세법상 구성원과세를 선택한 단체는 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 범위에서만 미국 거주자로 취급된다고 보았습니다. 구성원 중 다른 나라 거주자 몫은 조약 혜택을 받지 못할 수 있습니다.
• 주식을 보관하던 국내 은행도 원천징수 책임을 지나요?
  질 수 있습니다. 2017두59253 판결에서 벨기에 법인의 외환은행 주식을 보관하던 국내 은행이 조약상 15% 세율로 원천징수했는데, 대법원은 벨기에 법인을 도관으로 보아 국내 세율로 다시 고지한 처분과 가산세를 정당하다고 보았습니다.
• 외국 공모펀드도 원천세 경정청구를 할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 2020두47397 판결은 국외투자기구도 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인에 해당하면 조세조약상 제한세율을 적용받기 위한 경정청구를 할 수 있다고 보았습니다. 기한은 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년입니다.
• 국내에 등록되지 않은 미국 특허 사용료도 과세되나요?
  특허기술이 국내에서 사용됐다면 국내원천소득입니다. 2021두59908 전원합의체 판결은 종전 판례를 변경해 이렇게 보았고, 현행 법인세법 제93조 제8호 다목도 국내에서 사실상 실시·사용되는 경우를 사용료에 포함합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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