세금

대표·주주에게서 자기주식을 싸게 사들이면 회사에 법인세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

소각 목적이 인정되면 원칙적으로 나오지 않습니다. 특수관계인인 개인에게서 주식을 싸게 사면 차액을 익금으로 봅니다. 그러나 감자 절차의 일부로 산 자기주식은 자본거래로 봅니다. 다만 소각 없이 오래 보유하면 손익거래로 보아 과세한 심판례가 있어 매입 단계의 기록이 결론을 가릅니다.

소각 목적이 인정되면 원칙적으로 나오지 않습니다. 특수관계인인 개인에게서 주식을 싸게 사면 차액을 익금으로 봅니다. 그러나 감자 절차의 일부로 산 자기주식은 자본거래로 봅니다. 다만 소각 없이 오래 보유하면 손익거래로 보아 과세한 심판례가 있어 매입 단계의 기록이 결론을 가릅니다.

특수관계인에게서 주식을 싸게 사면 왜 법인세가 나오나요?

법인이 특수관계인인 개인에게서 유가증권을 시가보다 낮게 사면 그 차액을 익금으로 보기 때문입니다. 다른 자산은 싸게 사도 매입가가 취득가액이 되고, 이익은 나중에 팔 때 과세됩니다. 주식 같은 유가증권만 예외로 사는 시점에 과세합니다.

여기서 특수관계인에는 발행주식의 1% 이상을 가진 주주와 그 친족이 들어갑니다. 대표이사 등 경영에 사실상 영향력을 행사하는 사람과 그 친족도 마찬가지입니다. 이 규정은 부당행위계산 부인과 별개여서, 시가와의 차이가 3억원 또는 시가의 5%에 못 미쳐도 적용됩니다.

시가는 같은 주식의 정상적인 거래가격이 우선입니다. 그런 가격이 없으면 비상장주식은 감정가액이 아니라 상속세 및 증여세법의 평가방법을 준용합니다. 예를 들어 시가 3만원인 주식 1만주를 1만원에 샀다면 2억원이 익금입니다. 이 2억원은 주식 취득가액에 더해 나중에 팔 때 이중으로 과세되지 않게 합니다.

회사가 자기주식으로 사들여도 저가 매입 차액이 익금인가요?

소각해 자본을 줄이려고 산 자기주식이면 적용되지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 익금은 자본거래가 아닌, 순자산을 늘리는 손익거래에서 생기기 때문입니다. 대법원은 주식 매수가 자산거래인지 감자 절차인지를 계약서 형식만 보지 않고 판단합니다. 당사자의 의사, 계약 경위, 대금 결정 방법, 거래 경과를 함께 봅니다.

결론이 갈리는 지점은 소각 시기입니다. 대법원은 분할 매입을 마친 뒤 소각하기로 미리 결의해 둔 사안을 다루었습니다. 뒤늦게 소각했다는 사정만으로 소각 목적을 부정할 수 없다며 원심을 파기했습니다. 반면 조세심판원은 취득 뒤 4년 6개월이 지나 세무조사가 끝난 다음에야 소각한 사안을 손익거래로 보았습니다. 계약서와 감사보고서에 소각 목적이 없고 매도인이 증권거래세를 낸 점도 근거로 삼았습니다. 대법원은 매수 뒤 1년 3개월 만에 소각을 결의한 거래는 감자 절차의 일환으로 본 원심을 유지했습니다.

따라서 같은 「자기주식 저가 매입」이라도 결론은 사실관계에 따라 갈립니다. 이사회·주주총회 결의서에 소각 목적을 적고, 매매계약서에도 같은 내용을 넣는 것이 출발점입니다. 소각을 미룬다면 그 이유를 기록해 두어야 합니다.

소각 목적으로 인정받으면 다른 세금 문제는 없나요?

법인세 익금은 피할 수 있어도 주주 쪽 과세는 따로 생깁니다. 주식을 넘긴 주주는 양도소득이 아니라 감자에 따른 의제배당으로 과세됩니다. 대법원은 이때 수입시기를 주식 소각을 결정한 날로 보았습니다. 소각 결의 전에 대금을 먼저 주면 그 돈을 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자를 익금에 넣은 처분도 적법하다고 했습니다.

일부 주주의 주식만 시가보다 낮은 대가로 소각하면 남은 주주가 이익을 얻습니다. 이 이익을 얻은 대주주가 소각한 주주의 특수관계인이면 증여세 문제가 생깁니다. 증여일은 감자를 위한 주주총회 결의일입니다. 법인 주주라면 불균등 감자에 따른 부당행위계산 부인도 따져야 합니다.

결국 매입가를 정할 때부터 주주별 세금을 함께 계산해야 합니다. 이 문제는 「가족 주식만 싸게 감자했는데 남은 주주의 증여세 기준금액은 어떻게 계산하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

매입가는 어떻게 정해야 다툼을 줄일 수 있나요?

매입하는 날의 시가를 기준으로 정해야 합니다. 시가는 같은 주식이 특수관계 없는 사람들 사이에서 정상적으로 거래된 가격이 우선입니다. 소수 직원 사이의 드문 거래나 분쟁을 끝내려고 양보해 정한 가격은 시가로 인정받기 어렵습니다.

정상적인 거래가격이 없으면 상속세 및 증여세법의 비상장주식 평가방법을 준용합니다. 1주당 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하는 방식이 기본입니다. 회사가 상장주식을 보유하고 있으면 그 주식은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 반영합니다.

투자 원금을 돌려준다는 생각으로 액면가에 사들이는 경우가 흔합니다. 그동안 이익이 쌓인 회사라면 평가액과의 차이가 커지고, 그 차액 전부가 익금 대상이 됩니다. 매입 결의 전에 평가서를 받아 두면 소각 여부와 관계없이 가격의 근거가 됩니다.

자기주식 매입가 결정과 소각 대응 순서

• 매입 목적 확정 - 소각 목적인지, 보유 후 처분 목적인지 이사회·주주총회 결의서에 먼저 적습니다.
• 시가 산정 - 비상장주식이면 상속세 및 증여세법 평가방법으로 1주당 가액을 계산해 매입가와 비교합니다.
• 계약서 정비 - 매매계약서에 소각 목적과 예정 시기를 넣고, 대금 지급 시점을 소각 결의와 맞춥니다.
• 소각 실행 - 취득 뒤 소각을 미루지 않고, 미룬다면 그 사유와 결의를 기록으로 남깁니다.
• 주주 세금 점검 - 매도 주주의 의제배당과 남은 주주의 감자 이익 증여 여부를 함께 신고 검토합니다.

여기까지는 일반 기준입니다. 결의서와 계약서에 소각 목적이 드러났는지, 소각까지 걸린 기간에 따라 익금 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 자기주식 거래에 대한 법인세 세무조사 대응과 조세심판·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1% 미만 소액주주에게서 싸게 사들이면 익금 문제가 없나요?
  다른 특수관계가 없는 소액주주라면 이 규정이 적용되지 않습니다. 매입가가 취득가액이 되고 차익은 나중에 처분할 때 과세됩니다. 다만 소액주주라도 임원이거나 대주주의 친족이면 특수관계인입니다.
• 특수관계 법인에게서 주식을 싸게 사도 익금인가요?
  아니요, 이 규정은 매도인이 개인인 경우에만 적용됩니다. 법인에게서 산 경우는 매입 시점에 익금으로 보지 않고, 매도한 법인 쪽에서 저가 양도에 따른 부당행위계산 부인이 문제 됩니다.
• 상장회사 주식을 장외에서 대주주에게 싸게 사도 익금인가요?
  네, 유가증권이면 상장 여부와 관계없이 적용됩니다. 장외에서 산 상장주식의 시가는 거래일의 거래소 최종시세가액이 기준이고, 경영권 이전이 따르면 20%를 더하는 규정이 있습니다.
• 익금에 들어간 금액은 나중에 어떻게 되나요?
  주식 취득가액에 더해집니다. 그래서 그 주식을 처분할 때 양도차익이 그만큼 줄어 같은 이익에 두 번 과세되지는 않습니다. 장부와 세무상 취득가액의 차이는 유보로 관리해야 합니다.
• 주주총회 소각 결의 전에 매매대금을 먼저 지급해도 되나요?
  소각 목적이 인정되더라도 결의 전에 준 대금은 업무무관 가지급금으로 볼 수 있습니다. 대법원은 소각 결정일 전에 지급한 대금에 대한 인정이자를 익금에 넣은 처분을 적법하다고 보았습니다.
• 조세심판원에서 소각 목적을 부정당하면 소송으로 다툴 수 있나요?
  조세심판원 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 제기할 수 있습니다. 대법원은 소각 시기를 미리 정해 둔 사안에서 늦은 소각만으로 목적을 부정하지 않았습니다. 결의와 경위 자료로 다시 다툴 여지가 있습니다.
• 액면가로 산 것도 저가 매입인가요?
  액면가가 시가보다 낮으면 저가 매입에 해당할 수 있습니다. 투자 원금을 돌려준다는 취지였더라도 비상장주식 시가는 평가방법에 따라 따로 계산합니다. 차이가 크면 그 차액이 익금으로 잡힙니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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