법인세·소득세

외국법인이 보통주와 우선주를 한꺼번에 팔면 손실과 이익을 합칠 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 국내사업장이 없는 외국법인이 같은 회사의 보통주와 우선주를 한꺼번에 팔아도 보통주 양도차손과 우선주 양도차익은 서로 통산하지 않습니다. 국세청은 유가증권 양도소득을 종목별로 계산한다는 기본통칙에 따라 통산을 부정했고 조세심판원도 같은 결론을 냈습니다. 지금 확인할 것은 종목별 취득가액 증빙을 원천징수일까지 매수인에게 낼 수 있는지입니다.

계약서를 보통주와 우선주로 나눠 다시 쓸 필요는 없습니다. 한 계약으로 일괄 양도해도 종목별로 나눠 계산하는 것이 원칙입니다.

이런 상담이 많습니다

국내사업장이 없는 일본 B사는 한국 자회사의 보통주와 우선주를 서로 다른 시기에 사들여 보유해 왔습니다. 2025년 B사는 이 주식 전부를 국내 투자회사에 한 계약으로 넘기면서 보통주와 우선주를 같은 주당 가격으로 정했습니다. 전체로는 손실이었지만 보통주에서는 양도차손이, 싸게 산 우선주에서는 양도차익이 났습니다. 매수인은 우선주 차익에 대해 원천징수를 하겠다고 했고, B사는 보통주 손실과 합치면 차익이 없지 않느냐고 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

외국법인 주식 양도 원천징수는 어떻게 계산하나요?

국내사업장이 없는 외국법인이 내국법인 주식을 팔면, 매수인이 대금을 지급할 때 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수합니다. 양도차익 기준은 취득가액과 양도비용이 증빙으로 확인될 때만 쓸 수 있습니다. 원천징수한 세액은 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부합니다. 이 원천징수로 외국법인의 납세의무가 끝나는 분리과세 구조여서, 국내사업장이 있는 법인처럼 여러 소득을 모아 한 번에 정산하는 방식과 다릅니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」도 같은 구조입니다.

국세청은 보통주·우선주 일괄 양도를 어떻게 해석했나요?

국세청은 국내사업장이 없는 일본법인이 같은 내국법인의 보통주와 우선주를 일괄 양도해 보통주 양도차손과 우선주 양도차익이 생긴 경우, 양도차익 방식으로 국내원천소득을 계산할 때 둘을 서로 통산하지 않는다고 답했습니다(사전-2016-법령해석국조-0309, 2016. 8. 26., 법령해석과-2722). 근거는 유가증권 양도소득을 종목별·매매거래 건별로 계산하고 종목 간 차익과 차손을 통산하지 않도록 한 법인세법 기본통칙 92-0…2입니다.

질의 법인은 우선주에 배당이 한 번도 없어 의결권이 살아났으니 보통주와 같게 봐 달라고도 했습니다. 사례집 검토내용은 배당과 의결권에서 차이가 나는 보통주와 우선주는 발행회사가 같아도 다른 주식이고 증권시장에서도 별도 종목으로 거래된다고 보아, 의결권 부활이라는 개별 사정으로 보통주로 볼 근거는 없다고 했습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로 국내사업장에 귀속되는 양도소득처럼 신고·정산하는 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

조세심판원도 같은 결론을 냈나요?

네, 조세심판원도 일괄 양도한 보통주 양도차손과 우선주 양도차익을 통산해 달라는 외국법인의 경정청구를 거부한 처분이 잘못 없다고 보아 심판청구를 기각했습니다(조심2017서1399, 2017. 12. 28.). 외국법인의 다른 국내원천소득은 필요경비 없이 수입금액에 일정 비율로 원천징수하고, 유가증권 양도소득만 필요경비를 반영한 소득금액을 선택할 수 있게 한 것인데 여기에 법령에 없는 결손 통산까지 인정하기는 어렵다는 이유였습니다. 회신과 심판 결정이 같은 방향이어서, 통산을 주장하려면 이와 다른 사실관계를 보여 주어야 합니다.

한일 조세조약상 한국이 과세할 수 있나요?

일본 거주자인 법인이 한국 법인 주식을 팔면, 조세조약상 일정한 지분 요건을 갖춘 경우에만 한국이 과세할 수 있습니다. 한일 조세조약 제13조 제2항은 특수관계인 지분을 합쳐 양도한 과세연도 중 어느 때라도 발행주식 총수의 25퍼센트 이상을 보유하고, 그 과세연도에 양도한 주식이 발행주식 총수의 5퍼센트 이상인 경우를 정합니다. 이 요건에 맞지 않으면 양도인의 거주지국에서만 과세하므로 통산 여부를 따지기 전에 먼저 확인해야 합니다.

외국법인 주식 일괄 양도 대응 순서

• 조세조약 확인 - 양도인 거주지국 조세조약의 주식 양도 조항을 봅니다. 한국에 과세권이 없으면 원천징수 대상인지부터 달라집니다.
• 종목별 증빙 정리 - 보통주와 우선주의 취득일과 취득가액을 종목별로 나눠 정리합니다. 원천징수를 하는 날까지 매수인에게 제출해야 양도차익 기준을 쓸 수 있습니다.
• 종목별 세액 비교 - 종목마다 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20을 비교합니다. 차손 종목은 차익 종목에서 빼지 않고 계산합니다.
• 원천징수 경정청구 - 원천징수가 과다했다면 경정청구를 검토합니다. 국세기본법은 외국법인 원천징수대상자의 직접 청구를 원칙적으로 제외하므로 원천징수의무자가 청구하는지부터 확인합니다.
• 거부 시 불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 양도인이 국내사업장을 두고 있거나 매수인이 국외특수관계인이어서 정상가격이 문제되는 사안은 계산 방식이 달라지므로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 외국법인 원천징수 관련 경정거부처분 불복과 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 같은 회사 주식인데 왜 따로 계산하나요?
  보통주와 우선주는 배당과 의결권에서 차이가 있어 발행회사가 같아도 다른 주식으로 봅니다. 국내사업장이 없는 외국법인의 유가증권 양도소득은 종목별·매매거래 건별로 계산하고 종목 간 차익과 차손을 통산하지 않는다는 기본통칙이 있어, 국세청은 두 주식의 손익을 합치지 않았습니다.
• 의결권이 생긴 우선주도 다른 주식인가요?
  네, 국세청 사례집 검토내용은 배당이 없어 의결권이 부활한 우선주라도 보통주와 다른 주식이라고 보았습니다. 의결권 부활은 개별 사정일 뿐이어서 그 우선주의 양도차익을 보통주 양도차익으로 볼 근거가 없다는 것입니다.
• 원천징수 세율은 얼마인가요?
  지급금액의 100분의 10입니다. 다만 취득가액과 양도비용이 확인되면 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수합니다. 매수인은 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부해야 합니다.
• 취득가액 증빙은 언제까지 내야 하나요?
  양도자나 그 대리인이 원천징수를 하는 날까지 주금납입영수증, 양도증서, 대금지급영수증 등 취득과 양도에 든 금액을 증명하는 자료를 원천징수의무자에게 내야 합니다. 이 자료로 확인된 금액만 양도차익 계산에 씁니다.
• 일본 법인 주식 양도도 한국에서 과세되나요?
  한일 조세조약상 특수관계인 지분을 합쳐 과세연도 중 어느 때라도 발행주식의 25퍼센트 이상을 보유하고, 그 과세연도에 5퍼센트 이상을 양도한 경우 한국에서 과세할 수 있습니다. 이 요건에 맞지 않으면 일본에서만 과세합니다.
• 외국법인이 직접 경정청구할 수 있나요?
  국세기본법의 원천징수대상자 경정청구 규정은 외국법인을 원칙적으로 제외하고, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정한 사유가 있을 때만 예외를 둡니다. 원천징수의무자는 원천징수세액 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있습니다.
• 심판청구는 언제까지 해야 하나요?
  처분이 있음을 안 날, 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 해야 합니다. 경정청구 거부 통지를 받았다면 그날부터 계산합니다. 다만 같은 쟁점에서 조세심판원이 이미 통산을 부정한 결정이 있어 다른 쟁점을 함께 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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