감면·공제

종교단체가 성직자·수녀 숙소로 산 아파트도 취득세가 면제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

숙소에 머무는 사람이 종교활동에 필요불가결하고 숙소 체류가 직무 수행의 성격도 띠면 취득세 면제 대상이 될 수 있습니다. 대법원 2014두557 판결의 파견 수녀 숙소 사안과 목사·부목사 사택의 차이, 현행 추징 사유와 불복 기한을 정리했습니다.

면제될 수 있습니다. 숙소에 머무는 사람이 종교활동에 필요불가결하고 그곳에서 지내는 것이 직무 수행의 성격도 띠면, 그 숙소는 종교 목적사업에 직접 쓰는 부동산으로 볼 수 있습니다. 숙소라는 이유만으로 면제를 포기하고 추징세액을 그대로 낼 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

C교구 유지재단은 2025. 5. 관할 성당에 파견된 수녀 세 명이 지낼 아파트를 사서 취득세를 면제받았습니다. 수녀들은 성당에서 교리교육과 봉사활동을 맡고, 아파트 거실에서는 주중에 신자들의 기도모임이 열렸습니다. 그런데 2026. 9. 구청은 아파트가 주거용일 뿐 종교 용도로 직접 쓰는 부동산이 아니라며 취득세 약 2,400만원을 추징하겠다고 통지했습니다. 재단 사무국장은 수녀들이 성당 일을 하려고 그 집에 사는 것인데도 이 추징을 다툴 수 있는지, 무엇을 입증해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

파견 수녀들의 숙소로 쓴 아파트는 목적사업에 직접 사용하는 부동산이어서 추징 대상이 아니라고 보았습니다. 사안의 원고는 성직자 양성과 교구 소속 교회 운영을 목적으로 하는 천주교 재단법인으로, 2011. 4. 아파트를 취득해 성당에 파견된 수녀들의 숙소로 제공했습니다. 구청장은 직접 사용이 아니라며 면제된 취득세 등을 추징했습니다.

대법원은 숙소 제공이 단순한 편의 제공이면 직접 사용이 아니라고 하면서도, “그 구성원이 비영리사업자의 사업 활동에 필요불가결한 존재이고 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무 수행의 성격도 겸비한다면 해당 사택이나 숙소는 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다.”고 판시했습니다. 수녀들이 주임사제의 사목활동을 보좌하며 종교활동을 직접 담당했고, 아파트에서 기도모임과 교리교육, 미사가 이루어진 점이 근거가 되었습니다.

목사·부목사 사택은 어떻게 보나요?

사는 사람의 지위와 그곳에서 실제로 하는 일에 따라 결론이 갈립니다. 판례는 종교활동에 반드시 있어야 하는 필요불가결한 중추적 지위에 있는 사람의 주거용이면 종교 목적으로 직접 쓰는 것으로 보아 왔습니다. 담임목사나 주임사제의 사택이 대표적입니다.

반면 부목사들의 사택으로 쓴 건물에 대한 과세가 정당하다고 본 원심을 대법원이 심리불속행으로 유지한 사례도 있습니다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2006두2930 판결). 2014두557 판결은 이 기준에 더해, 숙소에 머무는 것 자체가 직무 수행의 성격을 갖는지를 함께 보았습니다. 그래서 같은 보좌 역할이라도 숙소에서 예배나 교육이 실제로 이루어졌다는 자료가 결론을 바꿀 수 있습니다.

추징을 다툴 때 무엇을 입증해야 하나요?

거주자의 역할과 숙소 안 활동을 함께 입증해야 합니다. 추징 사유는 과세관청이 내세우지만, 실제 사용관계를 보여 주는 자료를 종교단체가 내놓지 못하면 단순 주거용으로 평가되기 쉽습니다.

대법원은 직접 사용의 범위를 단체의 사업목적과 취득목적을 고려해 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단해야 한다고 했습니다. 그래서 파견 명령서나 임명장으로 거주자가 종교활동을 직접 맡는다는 점을, 주보와 공지, 사진으로 숙소에서 모임과 교육이 열렸다는 점을 보여야 합니다. 여러 사람이 함께 산다면 각자의 역할을 나누어 정리합니다.

현행 법령에서도 같은 기준이 적용되나요?

같은 기준이 적용된다고 볼 수 있습니다. 현행 지방세특례제한법 제50조 제1항은 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 취득세를 면제합니다. 판결 당시보다 직접 사용이라는 요건이 문언에 더 분명히 들어가 있습니다.

추징 사유는 취득일부터 5년 안에 수익사업에 쓰는 경우, 정당한 사유 없이 3년이 지나도록 해당 용도로 직접 쓰지 않는 경우, 직접 사용 기간 2년 미만에서 매각·증여하거나 다른 용도로 쓰는 경우입니다. 숙소를 신자에게 세를 놓으면 수익사업이 되어 추징될 수 있습니다. 감면 추징 때 가산세 문제는 「취득세 감면을 잘못 받아 추징되면 과소신고가산세도 내야 하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

종교단체 숙소 취득세 추징 대응 순서

• 사용 실태 기록 - 숙소에서 열린 예배, 기도모임, 교육의 일정과 사진을 모읍니다.
• 거주자 역할 정리 - 파견 명령서와 직무 분장표로 종교활동에 필요불가결한 지위인지 보여 줍니다.
• 추징 사유 대조 - 통지서가 든 사유가 3년 미사용, 2년 미만 사용, 수익사업 중 무엇인지 확인합니다.
• 불복 청구 - 통지받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 냅니다.
• 행정소송 준비 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소를 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 숙소에 머무는 사람의 역할과 숙소에서 실제로 이루어진 종교활동에 따라 면제 유지 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 종교단체·비영리법인의 지방세 감면 추징 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 교회가 산 땅을 3년 넘게 비워 두면 어떻게 되나요?
  정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 지나도록 종교 용도로 직접 쓰지 않으면 면제된 취득세가 추징됩니다. 건축 허가 지연 등 정당한 사유가 있었는지가 다툼의 핵심이 됩니다.
• 종교단체 숙소에도 재산세가 면제되나요?
  과세기준일 현재 종교 사업에 직접 사용하는 부동산이면 재산세도 면제됩니다. 다만 수익사업에 쓰거나 유료로 사용되는 부분은 면제되지 않습니다.
• 숙소를 2년도 안 쓰고 팔면 추징되나요?
  네, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 쓰면 그 부분의 면제 취득세가 추징됩니다.
• 신도에게 세를 놓은 숙소도 면제되나요?
  임대는 수익사업에 해당할 수 있어, 취득일부터 5년 안에 그렇게 쓰면 면제된 취득세가 추징될 수 있습니다. 일부만 임대했다면 그 부분이 추징 대상입니다.
• 추징 통지에 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  지방세 처분에 대한 행정소송은 원칙적으로 조세심판원 심판청구와 결정을 거쳐야 합니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소를 냅니다.
• 교회 관리 직원 숙소도 직접 사용으로 볼 수 있나요?
  어렵다고 볼 수 있습니다. 판례 기준은 종교활동에 필요불가결한 지위와 숙소 체류의 직무 수행 성격입니다. 관리·행정 인력의 숙소는 편의 제공으로 평가될 가능성이 큽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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