세무조사

법인 주식변동조사 뒤 주주 증여세를 다시 조사하면 중복조사인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

법인 주식변동조사 때 명의상 주주에게 주식 취득 경위를 묻고 자료를 모았다면 그 주주에 대한 세무조사로 볼 수 있고, 같은 일로 다시 한 증여세 조사는 금지되는 재조사가 될 수 있습니다. 대법원 2015두3805 판결과 대응 기한을 정리했습니다.

그럴 수 있습니다. 법인 주식변동조사 때 세무공무원이 명의상 주주에게 주식 취득 경위를 묻고 자금 자료를 모았다면, 그 주주의 증여세에 대한 세무조사가 이미 있었던 것으로 볼 수 있고, 몇 년 뒤 같은 명의신탁을 다시 조사하는 것은 금지되는 재조사가 될 수 있습니다. 대법원은 조사 대상이 법인이었는지 개인이었는지라는 형식보다 실제로 무엇을 묻고 무엇을 모았는지를 보았습니다. 다만 법이 정한 재조사 예외 사유가 있으면 결론이 달라지므로 과거 조사 기록부터 확인해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 지인 회사의 주식을 자기 이름으로 받아 두었는데, 2018년 그 회사 주식변동조사에서 조사관에게 주식 취득 경위와 대금 출처에 관한 문답서를 써 주었습니다. 그때 A씨에게는 과세가 없었고, A씨에게서 주식을 넘겨받은 다른 사람에게만 증여세가 나왔습니다. 2026. 5. 세무서가 같은 주식을 두고 A씨에게 명의신탁 증여세 조사를 하겠다고 통지했고, 2026. 8. 과세예고를 받았습니다. A씨는 이미 조사받은 일을 다시 조사하는 것이 허용되는지, 과세예고에 어떻게 대응해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

같은 세금을 다시 조사하는 것이 왜 금지되나요?

세무공무원은 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 원칙적으로 재조사를 할 수 없습니다. 조사권 남용을 막고 납세자가 같은 사안으로 거듭 조사받지 않도록 한 것입니다. 예외는 법에 열거되어 있습니다. 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 재조사 결정에 따른 조사, 금품 제공, 부분조사 뒤 남은 부분 조사 등입니다.

위법한 재조사에 기초한 과세처분은 그 자체로 위법합니다. 그래서 재조사인지 여부는 세액을 다투기 전에 먼저 따져 볼 절차 쟁점입니다.

대법원은 주식변동조사를 주주에 대한 세무조사로 보았나요?

지방국세청은 2001. 7.부터 9.까지 회사의 주식변동조사를 하며 명의상 주주인 원고와 거래 당사자들에게 문답서를 받고 매매계약서와 대금 출처 자료를 모았습니다. 조사종결보고서에는 실제 주주는 다른 사람이라고 적었지만 원고에게는 과세하지 않았습니다. 9년 뒤 세무서가 그 보고서를 근거로 2010. 10. 원고에게 증여세 조사를 하고 2011. 2. 증여세를 부과했습니다. 원심은 앞의 조사는 법인 대상, 뒤의 조사는 개인 대상이라 대상이 다르다고 보았습니다.

대법원은 세무조사인지는 조사의 목적, 질문 대상과 내용, 수집 자료, 규모와 기간을 종합해 판단한다고 하면서 “납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 ‘세무조사’로 보아야 한다.”라고 했습니다. 앞의 조사가 원고의 증여세 탈루 여부를 확인하는 조사로 나아갔다고 보고, 뒤의 조사가 재조사인지 더 심리하라며 파기환송했습니다.

조사 대상이 법인이면 주주는 조사받지 않은 것인가요?

그렇게 단정할 수 없습니다. 이 사건 원심은 앞의 조사는 법인의 주식이동 전반, 뒤의 조사는 원고 개인의 증여세라서 대상이 다르고, 뒤의 조사는 앞의 조사에서 파생된 것에 불과하다고 보았습니다. 대법원은 주식매매와 유상증자의 자금출처까지 조사했고, 원고에게서 주식을 넘겨받은 사람들에게 증여세가 과세된 점을 들어 법인 조사에 그치지 않았다고 판단했습니다.

통지서에 적힌 조사 대상의 이름보다, 조사 과정에서 주주 본인의 과세요건을 확인했는지가 기준입니다. 조사 당시 주주에게 과세하지 않았다는 사정도 세무조사가 없었다는 근거가 되지 못합니다.

현행 법령에서도 같은 기준인가요?

같습니다. 판결이 적용한 구 국세기본법 제81조의4 제2항의 재조사 금지 원칙은 지금도 그대로이고, 예외 사유는 그 뒤 재조사 결정에 따른 조사의 범위 제한, 부분조사 뒤 나머지 부분 조사 등으로 정비되었습니다. 세무조사인지를 실질로 판단하는 대법원의 기준도 바뀌지 않았습니다.

그래서 과거에 확인 문답이나 자료 제출 요구를 받았다면, 그것이 단순한 자료 확인이었는지 과세요건을 조사한 세무조사였는지를 기록으로 따져야 합니다. 조사 중에 쓸 수 있는 권리 구제 수단은 「세무조사가 위법하다고 생각되는데 조사 중에 문제 삼을 방법이 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

재조사가 의심될 때 대응 순서

• 과거 조사 기록 확보 - 예전 조사 통지서, 문답서 사본, 자료 제출 목록, 결과 통지서를 찾습니다.
• 같은 세목·기간인지 대조 - 이번 조사 통지의 세목과 과세기간을 과거 조사 범위와 나란히 적습니다.
• 예외 사유 확인 - 세무서가 내세우는 재조사 사유가 법에 열거된 예외에 맞는지 근거 자료를 요구합니다.
• 과세전적부심사 청구 - 과세예고를 받으면 30일 안에 재조사 위법과 세액 쟁점을 함께 주장합니다.
• 불복 기한 관리 - 고지 뒤 90일 안에 심사청구나 심판청구를 하고 같은 주장을 이어 갑니다.

여기까지는 일반 기준이고, 과거 조사에서 실제로 누구에게 무엇을 묻고 어떤 자료를 모았는지, 재조사 예외 사유가 있는지에 따라 과세처분의 위법 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 대응과 위법한 재조사 다툼, 명의신탁 증여세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서 직원이 전화로 몇 가지 물어본 것도 세무조사인가요?
  대부분은 아닙니다. 대법원은 납세자를 접촉해 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하고 과세 자료를 수집하는 일련의 행위를 세무조사로 봅니다. 단순한 사실 확인은 이에 이르지 않는 경우가 많습니다.
• 재조사 금지를 위반한 조사로 나온 세금은 어떻게 되나요?
  위법한 재조사에 기초한 과세처분은 위법하다는 것이 대법원 판례입니다. 불복이나 소송에서 재조사라는 점이 인정되면 세액이 맞는지와 별개로 처분이 취소될 수 있습니다.
• 세무서가 탈루 혐의 자료가 있다며 다시 조사하면 막을 수 없나요?
  조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있으면 재조사가 허용됩니다. 다만 그 자료가 명백한지는 다툴 수 있으므로 세무서가 내세운 근거를 구체적으로 요구해야 합니다.
• 다시 조사하겠다는 결정 자체를 소송으로 다툴 수 있나요?
  재조사 결정은 납세자의 권리의무에 직접 영향을 주는 처분으로 보아 항고소송으로 다툴 수 있다는 판례가 있습니다. 실제로는 과세처분 단계에서 함께 다투는 경우가 많아 사안에 맞게 고릅니다.
• 법인이 조사받을 때 주주로 문답서를 썼다면 그 문답서를 받을 수 있나요?
  본인이 작성한 문답서와 조사 자료는 정보공개청구 등으로 사본을 요청해 볼 수 있습니다. 공개 범위는 사안마다 다르므로 거부되면 그 사유를 받아 두어야 합니다.

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