불복·환급

과세전적부심사를 청구했는데 결정 전에 고지서가 나왔다면 무효인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

네, 법이 정한 예외가 없다면 과세전적부심사 결정 전에 한 과세처분은 무효입니다. 대법원 2018두57490 판결로 제척기간 임박 예외의 3개월 기준일, 불복기간이 지난 뒤 무효확인으로 다투는 방법과 지체상금 귀속연도를 정리했습니다.

네, 법이 정한 예외 사유가 없다면 과세전적부심사 결정 전에 한 과세처분은 무효입니다. 대법원은 제척기간이 임박했다는 세무서의 설명도 3개월 기준을 통지일로 따져 받아들이지 않았습니다. 고지서가 나왔다고 해서 과세전적부심사를 취하할 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2026. 3. 세무조사를 마치고 2021 사업연도 법인세 과세예고통지를 받아, 2026. 4. 과세전적부심사를 청구했습니다. 결정이 나지 않은 2026. 6. 세무서는 제척기간이 곧 끝난다며 법인세 3억 원을 먼저 고지했습니다. B사 담당자는 결정이 나오면 그때 다투면 된다고 생각해 별다른 대응을 하지 않았습니다. 그런데 고지서를 받은 날부터 90일이 다가오자 B사 대표는 지금이라도 이 고지가 절차상 잘못되었다고 다툴 수 있는지, 과세전적부심사 결정은 그대로 기다리면 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 결정 전 과세처분을 어떻게 판단했나요?

예외 사유가 없는 한 무효라고 보고 세무서의 상고를 기각했습니다. 세무서는 2010. 11. 30. 법인세 과세예고통지를 했고, 회사는 2010. 12. 29. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구했습니다. 세무서는 심리 중이던 2011. 3. 22. 2005 사업연도분 제척기간이 임박했다며 가산세를 포함해 약 208억 원을 고지했고, 국세청장의 결정은 2012. 2. 6.에야 나왔습니다. 대법원은 결정 전 과세처분이 과세전적부심사 제도를 형해화하고 불복절차를 불분명하게 한다고 보아 “그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.”라고 판시했습니다. 현행 시행령도 결정이 있을 때까지 결정·경정을 유보하도록 같은 취지로 정하고 있습니다.

제척기간이 임박했다는 이유는 언제 통하나요?

통지하는 날부터 제척기간 만료일까지 3개월 이하일 때만 통합니다. 이 사건에서 세무서는 고지일을 기준으로 3개월 미만이 남았다고 주장했습니다. 대법원은 원심과 같이 기준일을 세무조사 결과 통지와 과세예고통지를 하는 날로 보았습니다. 통지일인 2010. 11. 30.부터 만료일 2011. 3. 31.까지는 3개월을 넘었으므로 예외가 아니었습니다. 현행 법률은 「세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우」로 조문에 기준일을 적어 두었습니다. 이 밖에 납부기한 전 징수 사유, 조세범 고발·통고처분, 상호합의 개시 요청, 재조사 결정에 따른 조사, 납세자의 조기결정 신청이 있으면 결정 전에도 고지할 수 있습니다. 통지 없이 바로 나온 고지는 「과세예고통지와 같은 날 세금 고지서가 나왔는데 무효인가요?」에서 자세히 설명했습니다.

같은 판결에서 지체상금 면제는 어느 해 익금으로 보았나요?

공사별로 약정준공일 다음 날 지체상금이 생긴 해에 귀속된다고 보았습니다. 회사는 2006년 시공사들의 준공 지연에 대한 지체상금 약 97억 원을 면제했고, 세무서는 이를 모두 2006 사업연도 익금과 접대비 등으로 보았습니다. 그런데 약정준공일은 2006. 9. 30.부터 2007. 12. 30.까지 걸쳐 있었습니다. 대법원은 지체상금이 약정준공일 다음 날부터 생긴다는 법리에 따라, 2007. 1. 1. 이후 생긴 지체상금의 면제는 2007 사업연도에 귀속된다고 판단했습니다. 과세관청이 소득의 귀속연도까지 증명해야 하고, 조사한 연도에 일괄 귀속시킬 수 없다는 취지입니다. 이 부분은 원심으로 돌아가 다시 심리하게 되었습니다.

불복기간이 지났어도 결정 전 고지를 다툴 수 있나요?

무효인 처분이므로 기간이 지나도 무효확인을 구할 수 있습니다. 이 사건에서 조세심판원은 2005 사업연도분 심판청구를 청구기간이 지났다며 각하했습니다. 그래도 회사는 소송에서 무효확인을 주위적으로 청구했고, 법원은 이를 받아들였습니다. 무효확인소송에는 취소소송의 제소기간 규정이 준용되지 않습니다. 다만 과세전적부심사 결정에 따라 세무서가 직권으로 취소한 약 58억 원 부분은 이미 사라진 처분이어서 소의 이익이 없다고 보았습니다. 고지 후 90일 안에 심판청구를 함께 해 두면 무효 주장이 받아들여지지 않더라도 세액을 다툴 길이 남습니다.

과세전적부심사 중 고지 대응 순서

• 통지일과 만료일 확인 - 과세예고통지를 받은 날과 해당 세목의 제척기간 만료일을 나란히 적습니다.
• 예외 사유 점검 - 3개월 이하, 고발·통고처분, 조기결정 신청 등 결정 전 고지가 허용되는 사유가 있는지 봅니다.
• 고지서 불복 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고 절차상 무효와 세액 다툼을 함께 적습니다.
• 과세전적부심사 유지 - 청구를 취하하지 말고 결정 내용을 받아 직권취소 여부를 확인합니다.
• 소송 단계 정리 - 직권취소된 부분은 제외하고, 남은 부분은 무효확인과 취소를 주위적·예비적으로 구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통지일과 제척기간 만료일, 결정 전 고지를 허용하는 예외 사유가 있는지에 따라 고지의 효력이 달라집니다. 법무법인 윤성은 과세전적부심사와 부과처분 무효확인·취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세전적부심사 결정은 원래 언제까지 나와야 하나요?
  청구를 받은 날부터 30일 안에 결정해 통지해야 합니다. 실무에서는 늦어지는 경우가 많지만, 결정이 늦어진다는 이유만으로 세무서가 먼저 고지할 수 있는 것은 아닙니다.
• 조기결정을 신청하면 과세전적부심사를 못 하나요?
  조기결정 신청은 과세전적부심사를 청구하지 않고 통지 내용대로 바로 결정해 달라는 것입니다. 신청하면 세무서는 즉시 결정하므로, 다툴 내용이 있다면 신청 전에 신중히 판단해야 합니다.
• 과세전적부심사에서 일부 채택되면 이미 낸 세금은 어떻게 되나요?
  세무서가 채택된 부분을 직권으로 취소하고 환급합니다. 이 사건에서도 결정 취지에 따라 약 58억 원이 취소·환급됐고, 대법원은 취소된 부분은 소송으로 다툴 이익이 없다고 보았습니다.
• 결정 전 고지가 무효면 세금을 아예 안 내도 되나요?
  무효인 처분에 따른 납부의무는 없지만, 세무서가 예외 사유를 주장하며 체납처분을 진행할 수 있습니다. 불복이나 소송으로 무효를 확인받는 절차를 밟고, 그 사이 집행 대응도 함께 준비해야 합니다.
• 제척기간 3개월 이하로 과세전적부심사를 못 했다면 다툴 수 없나요?
  고지서를 받은 뒤 90일 안에 심사청구나 심판청구로 세액을 다툴 수 있습니다. 3개월 이하인지는 통지일부터 계산하므로, 세무서의 계산이 맞는지부터 확인합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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