부가가치세

면세인 줄 모르고 받은 부가세, 발주처에 전부 돌려줘야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

양쪽 모두 과세 거래로 알고 부가가치세를 주고받았다면 공급자가 받은 부가세 전액을 당연히 돌려줘야 하는 것은 아닙니다. 대법원 2019다200126 판결의 보충적 해석 기준, 공제받지 못하는 매입세액의 처리, 관공서 계약의 대금 산정과 대응 순서를 정리했습니다.

아니요, 받은 부가가치세 전액을 당연히 돌려줘야 하는 것은 아닙니다. 대법원은 양쪽이 함께 과세 거래로 착각한 경우, 면세였다면 정했을 대금을 객관적으로 다시 따져야 한다고 보았습니다. 공제받지 못하는 매입세액만큼은 대금에 반영되었을 수 있으므로, 요구받은 금액을 그대로 송금할 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2021. 3. 구청 입찰에서 생활폐기물 처리 용역을 따내 매달 용역대금에 부가가치세 10%를 더해 받아 왔습니다. 2026. 2. 구청은 내부 감사에서 이 용역이 면세라는 것을 알고, 그동안 지급한 부가가치세 1억 2천만 원 전액을 돌려 달라고 통보했습니다. A사는 경정청구로 8천만 원을 환급받았지만, 나머지는 처리 장비와 약품을 사며 낸 매입세액이 공제된 금액이라 돌려받을 길이 없습니다. A사 대표는 환급받은 8천만 원만 돌려주면 되는지, 1억 2천만 원 전액을 물어내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 폐기물 처리 용역 사건을 어떻게 판단했나요?

부가가치세 전액을 부당이득으로 돌려주라는 원심을 파기했습니다. 영등포구는 입찰을 거쳐 폐기물 처리 업체들과 생활폐기물 위탁처리 용역계약을 맺고 용역대금과 부가가치세를 지급했습니다. 그 뒤 국세청 회신으로 이 용역이 면세라는 것을 알고 부가가치세 반환을 요구했습니다. 업체들은 경정청구로 환급받은 돈을 돌려주었는데, 그 금액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 만큼이었습니다. 원심은 착오가 없었다면 부가가치세 약정을 하지 않았을 것이라며 나머지도 반환하라고 했습니다.

대법원은 보충되는 의사가 “당사자의 실제 의사 또는 주관적 의사가 아니라 계약의 목적, 거래관행, 적용법규, 신의칙 등에 비추어 객관적으로 추인되는 정당한 이익조정 의사를 말한다”고 했습니다. 그리고 면세임을 알았다면 기존 용역대금만 지급하기로 약정했을 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 반환 범위는 서울남부지방법원이 다시 심리해 정합니다. 결국 법원은 ‘부가세를 낼 약정이 있었는가’보다 ‘면세였다면 대금을 얼마로 정했을까’를 묻습니다. 공급자는 그 답을 뒷받침할 계산 자료를 내야 합니다.

받은 부가세를 전부 돌려주면 공급자는 무엇을 손해 보나요?

공제받지 못하는 매입세액만큼 원가를 떠안게 됩니다. 과세 사업자는 받은 매출세액에서 자신이 낸 매입세액을 빼고 차액만 납부하므로 매입세액을 실질적으로 부담하지 않습니다. 면세 사업이 되면 매출세액을 받지 못하는데도 면세사업에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 그래서 환급액은 받은 부가가치세보다 적고, 그 차이가 공급자 손실로 남습니다. 대법원도 이 구조를 근거로 들었습니다.

부가가치세법은 공급자가 부가가치세를 거래 상대방에게서 징수하도록 정하지만, 이 조항만으로 직접 청구할 사법상 권리가 생기지는 않습니다. 당사자 사이에 부가가치세를 부담하기로 한 약정이 있어야 청구할 수 있습니다. 판결이 적용한 구 부가가치세법 제15조는 현행 제31조로 옮겨졌고 내용은 같습니다. 계약서 문구와 청구 문제는 「계약서에 부가세 별도라고 안 썼는데 거래처에 부가세를 따로 받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

관공서 계약이면 대금은 어떤 기준으로 다시 정하나요?

지방계약법령의 예정가격 산정 기준이 중요한 판단 자료가 됩니다. 지방자치단체 계약의 예정가격에는 부가가치세를 포함해야 하고, 면세 재화·용역을 공급하는 자와 계약할 때에는 그가 부담할 원재료의 매입세액 해당액을 예정가격에 더합니다. 대법원은 이 규정과 입찰공고에 부가가치세가 따로 적혀 업체들이 매입세액 공제를 전제로 입찰한 사정을 함께 보았습니다. 현행 시행규칙 제11조 제3항도 같은 내용입니다.

따라서 면세였다면 정해졌을 대금은 기존 공급가액에 매입세액 해당액을 더한 금액이 될 수 있습니다. 민간 거래라면 견적 산정 방식, 업계 관행, 협상 경과가 같은 역할을 합니다. 견적서에 원가와 부가가치세를 나눠 적었는지, 매입세액을 원가에서 뺀 금액으로 산정했는지가 구체적 자료가 됩니다. 이런 자료가 없으면 공급자가 매입세액 부담을 입증하기 어려워집니다. 면세 범위 자체는 「생활폐기물 수집·운반 용역도 부가가치세가 면제되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

부가세 반환 요구 대응 순서

• 면세 여부 확인 - 용역이 실제로 면세 대상인지 허가 종류와 용역 내용으로 따져 봅니다.
• 경정청구 기한 점검 - 과세기간별 법정신고기한부터 5년이 남은 부분을 추립니다.
• 매입세액 산정 - 용역에 들어간 매입세액 중 불공제로 바뀌는 금액을 과세기간별로 계산합니다.
• 입찰·계약 자료 정리 - 입찰공고, 예정가격 산정 내역, 견적서로 매입세액 공제를 전제로 가격을 정했는지 보여 줍니다.
• 반환 범위 협의 또는 응소 - 환급액과 매입세액 부담분을 나눈 계산표로 협의하고, 소송이 오면 같은 자료로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 입찰공고와 예정가격이 어떻게 산정되었는지, 공제받지 못하게 된 매입세액이 얼마인지에 따라 돌려줄 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 면세 착오로 생긴 거래처 반환 분쟁과 경정청구, 관련 민사소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 경정청구로 환급받은 금액만 돌려주면 끝나나요?
  사안마다 다릅니다. 대법원은 면세였다면 정했을 대금을 객관적으로 따져 반환 범위를 정해야 한다고 보았습니다. 환급액만 반환하면 된다는 결론이 늘 나오는 것은 아니고, 계약 산정 자료로 매입세액 부담을 입증해야 합니다.
• 착오를 이유로 계약 자체를 취소할 수 있나요?
  법률행위 내용의 중요부분에 착오가 있으면 취소할 수 있지만, 중대한 과실이 있으면 취소하지 못합니다. 양쪽이 같은 착오를 한 경우 법원은 취소보다 착오가 없었다면 정했을 내용으로 계약을 보충해 해석하기도 합니다.
• 부가세 별도 약정이 없으면 부가세를 청구할 수 없나요?
  부가가치세법상 거래징수 조항만으로는 공급자에게 직접 청구할 사법상 권리가 생기지 않습니다. 당사자 사이에 부가가치세를 부담하기로 한 약정이 있어야 그 약정에 따라 청구할 수 있습니다.
• 면세로 바뀌면 이미 공제받은 매입세액은 어떻게 되나요?
  면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않습니다. 경정청구를 하면 매출세액에서 그 매입세액을 뺀 금액만 환급되는 것이 보통이어서, 받은 부가가치세와 환급액 사이에 차이가 생깁니다.
• 경정청구 기한이 지난 과세기간은 어떻게 하나요?
  법정신고기한부터 5년이 지나면 통상의 경정청구로는 환급받기 어렵습니다. 그 기간분은 환급을 받지 못한 상태이므로, 발주처와 반환 범위를 정할 때 그 사정을 함께 계산에 넣어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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