법인세·소득세

계열사에 상장사 경영권 지분을 넘길 때 협상 가격도 시가로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

계열사끼리 양해각서로 정한 주식 가격은 그 자체로 시가로 인정받기 어렵습니다. 대법원 2019두38472 판결의 판단과, 상장주식 장외거래 시가를 거래일 종가와 경영권 할증 20%로 정한 현행 법인세법 시행령 기준, 비상장주식 처리와 대응 순서를 정리했습니다.

아니요, 계열사끼리 협상해 정한 가격은 그 자체로 시가로 인정받기 어렵습니다. 대법원은 특수관계 회사 사이에 양해각서로 정한 주식 가격을 객관적 교환가치를 반영한 시가로 보지 않았습니다. 다만 지금은 상장주식을 장외에서 넘기면 시가 산정 방식이 법령에 정해져 있어, 판결 당시 방식을 그대로 따를 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 코스닥 상장사 C사의 최대주주로 지분 18%를 갖고 있습니다. 그룹 재편 과정에서 2025. 9. 계열사 D사와 양해각서를 맺고, 회계법인 평가를 거쳐 1주당 2만 원에 지분 전부를 장외로 넘겼습니다. 2026. 6. 세무조사에서 조사팀은 거래일 종가에 20%를 더한 금액이 시가라며 차액 40억 원을 익금에 넣겠다고 했습니다. B사 대표는 회계법인 평가액이 있는데도 이 금액을 시가로 보는 것이 맞는지, 양해각서 날짜와 계약 날짜 중 어느 날을 기준으로 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 계열사 간 지분 양도를 어떻게 판단했나요?

세무서의 법인세 처분이 적법하다고 본 원심을 그대로 유지했습니다. 원고는 2010. 10. 26. 특수관계 회사와 자신이 최대주주인 코스닥 상장사 주식 150만 주를 1주당 33,531원에 넘기기로 양해각서를 맺고, 장외에서 그 가격에 양도했습니다. 이 거래로 상대 회사가 최대주주가 되었습니다. 세무서는 2개월 평균 종가에 최대주주 할증 30%를 더한 57,064원을 시가로 보았고, 조세심판원 결정에 따라 양해각서 체결일 기준 37,285원으로 낮춰 다시 계산했습니다.

원심은 “이 사건 거래가격을 이 사건 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가로 볼 수 없고”, 경영권 프리미엄을 산정하기 어려워 시가가 불분명하다고 보았습니다. 대법원은 이 판단과 함께, 시가보다 낮게 넘긴 것이 경제적 합리성이 없는 거래라는 판단도 정당하다고 했습니다. 원고는 시가를 증명할 책임이 세무서에 있다고 다투었지만 받아들여지지 않았습니다. 경영권이 함께 넘어가는 거래에서 할증 없는 협상 가격을 정상 가격이라고 주장하려면, 같은 조건의 제3자 거래처럼 그 가격을 뒷받침할 객관적 자료가 있어야 한다는 뜻으로 읽힙니다.

지금은 상장주식을 장외로 넘기면 시가를 어떻게 정하나요?

거래일의 거래소 종가가 시가이고, 사실상 경영권이 넘어가면 그 가액에 20%를 더합니다. 2021. 2. 17. 개정된 법인세법 시행령 제89조 제1항 단서가 장외거래와 대량매매에 이 기준을 정했습니다. 판결이 적용한 2개월 평균 종가와 최대주주 할증 30% 방식은 현행 법령에서는 장외 상장주식 거래에 그대로 쓰이지 않습니다. 중소기업 주식처럼 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 제8항에 해당하는 주식은 20% 가산에서 빠집니다.

상장주식 거래에는 시가와의 차이가 3억 원 또는 5% 미만이면 부인하지 않는 기준이 적용되지 않습니다. 차액이 작아도 부인 대상이 될 수 있고, 차액은 익금에 산입되어 법인세가 늘어납니다. 같은 조문을 매수 쪽에서 본 글은 「최대주주 법인이 특수관계인의 상장주식을 장외에서 할부로 사면 시가는 얼마인가요?」에서 자세히 설명했습니다.

비상장주식이나 협상 가격은 어떻게 다루나요?

특수관계 없는 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 없으면 시가가 불분명한 경우로 봅니다. 주식은 감정가액을 시가로 쓰지 않으므로 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 준용합니다. 최대주주 주식은 평가액에 20%를 더하되 중소기업·중견기업 등 정해진 주식은 제외합니다. 시가와의 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 부인 대상이 됩니다.

판결이 보여 주듯 회계법인 평가나 양해각서 가격이 있다는 것만으로 시가가 되지는 않습니다. 같은 시기에 특수관계 없는 사람들 사이의 거래 사례가 있었는지를 먼저 찾아야 합니다. 그런 사례가 있어도 거래 수량, 경영권 이전 여부, 거래 조건이 비슷해야 비교 대상으로 쓸 수 있습니다. 세금을 줄일 의도가 없었다는 주장의 한계는 「회사가 대표와 거래했을 뿐 세금 줄일 생각은 없었는데 부당행위계산 부인 대상인가요?」에서 자세히 설명했습니다.

계열사 지분 거래 세무 대응 순서

• 거래일 확정 - 양해각서, 이사회 결의, 계약, 대금 지급 날짜를 정리해 시가 기준일을 정합니다.
• 시가 산정 방식 확인 - 상장주식 장외거래인지, 경영권 이전이 있는지, 할증 제외 주식인지 확인합니다.
• 제3자 거래 사례 수집 - 같은 시기 특수관계 없는 매매 사례가 있으면 시가 자료로 모읍니다.
• 경제적 합리성 자료 정리 - 그룹 재편 목적, 의사결정 과정, 대안 검토 자료를 갖춥니다.
• 조사 의견 제출과 불복 - 결과 통지 단계에서 의견을 내고, 고지 뒤 90일 안에 불복합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래일을 언제로 보는지, 경영권 이전이 수반되는지, 할증 제외 주식인지에 따라 시가와 익금 산입액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열사 간 주식 거래의 부당행위계산 부인 사건에서 세무조사 대응과 조세 불복, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회계법인 평가액대로 거래했으면 부당행위가 아닌가요?
  그것만으로는 아닙니다. 시가는 특수관계 없는 사람들 사이에 일반적으로 거래된 가격이고, 그런 가격이 없으면 법령이 정한 평가 방법을 차례로 적용합니다. 평가서는 거래 목적을 보여 주는 참고 자료가 됩니다.
• 경영권 할증 20%는 언제 붙지 않나요?
  사실상 경영권 이전이 수반되지 않는 장외거래이거나, 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 제8항에 해당하는 중소기업 주식 등이면 붙지 않습니다. 이전 여부는 거래 뒤 지배 관계로 판단합니다.
• 상장주식도 시가와 차이가 5% 미만이면 괜찮나요?
  아닙니다. 시가와의 차이가 3억 원 또는 5% 미만이면 부인하지 않는 기준은 주권상장법인 주식 거래에는 적용하지 않습니다. 차액이 작아도 부인 대상이 될 수 있습니다.
• 주식을 싸게 산 계열사도 세금을 내나요?
  매수한 법인은 저가 매입 자체로 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 되지는 않는 것이 보통입니다. 다만 거래 구조에 따라 다른 세목 문제가 생길 수 있어 양쪽을 함께 검토하는 편이 좋습니다.
• 주식은 감정평가를 받아 두면 시가로 쓸 수 있나요?
  어렵습니다. 시가가 불분명할 때 쓰는 감정가액에서 주식등은 제외되어 있어, 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 준용합니다. 감정평가서는 시가를 대신하지 못합니다.

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