취득세·보유세

종부세에서 빼 주는 재산세, 왜 낸 재산세 전부가 아니라 일부만 빼 주나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

종부세에서 빼 주는 재산세는 종부세와 실제로 겹쳐 매겨진 부분만이고, 대법원은 이를 안분 산식으로 계산한 시행령이 유효하다고 보았습니다. 대법원 2019두39796 판결과 현행 시행령 제4조의3 산식, 공제액을 점검하는 방법과 불복 기한을 정리했습니다.

종부세에서 빼 주는 재산세는 종부세가 실제로 겹쳐 매겨진 부분에 해당하는 재산세만입니다. 대법원은 공제액을 안분 산식으로 계산하도록 한 시행령이 유효하다고 보았고, 현행 시행령도 같은 구조입니다. 낸 재산세와 공제액이 다르다는 이유만으로 불복할 필요는 없고, 산식에 넣은 숫자가 맞는지를 보면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 서울에 아파트 두 채를 갖고 있어 2025. 12. 종합부동산세 고지서를 받았습니다. 두 집에 낸 재산세가 합쳐 900만 원인데, 고지서의 공제할 재산세액은 300만 원 남짓이었고, 나머지 600만 원은 어디로 갔는지 고지서만으로는 알 수 없었습니다. 같은 집에 재산세와 종부세를 함께 매기면서 재산세를 일부만 빼 주는 것은 이중과세라는 이야기를 듣고, A씨는 2026. 1. 심판청구를 할지 고민했습니다. A씨는 이 공제액이 맞게 계산된 것인지, 다툴 여지가 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 재산세 공제 산식을 어떻게 판단했나요?

공제 산식을 정한 시행령 조항이 위임 범위 안에 있어 유효하다고 보고 원심을 파기했습니다. 원고 회사는 2016년 귀속 종합부동산세 약 23억 8천만 원을 고지받았고, 세무서는 2015. 11. 30. 개정 시행령의 산식에 따라 공제할 재산세를 약 8억 8천만 원으로 계산했습니다. 원고는 종부세와 겹쳐 매겨진 재산세는 전부 빼야 한다며 처분 취소를 구했고, 원심은 이 산식이 겹쳐 매겨진 재산세 중 일부만 빼게 해 위임 범위를 벗어난 무효 조항이라고 보았습니다. 원심대로라면 공제액이 늘어 종부세가 줄어드는 구조였습니다.

대법원은 종부세가 재산세 과세 부분부터 먼저 매겨지는지, 재산세 과세 부분과 그 외 부분에 나누어 매겨지는지는 입법자에게 넓은 재량이 있는 영역이라고 했습니다. 그리고 개정 산식은 “종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써” 공제 범위를 구체적으로 명확하게 한 것이라고 판단했습니다. 사건은 서울고등법원으로 돌아가 다시 심리합니다.

왜 낸 재산세 전부를 빼 주지 않나요?

재산세와 종부세의 공정시장가액비율이 서로 달라, 종부세가 매겨지는 금액 중 재산세와 겹치는 부분이 일부뿐이기 때문입니다. 공시가격에서 공제금액을 뺀 부분 전체가 종부세 대상이 되는 것이 아니라, 거기에 종부세 공정시장가액비율을 곱한 금액이 과세표준이 됩니다. 이 과세표준 안에서 재산세와 겹치는 비율만큼만 재산세를 빼 줍니다.

현행 산식도 같습니다. 공제액은 주택분 재산세 부과세액 합계에 비율을 곱해 구합니다. 그 비율은 종부세 과세표준에 재산세 공정시장가액비율과 표준세율을 곱한 금액을, 주택 전체의 재산세 표준세율 상당액으로 나눈 값입니다. 공제금액 이하 부분에 낸 재산세는 처음부터 공제 대상이 아닙니다. 이 산식은 2021. 2. 17. 개정으로 지금 모습이 되었지만 안분 구조는 판결 사안과 같아, 이 판결은 현행 공제 계산에도 그대로 의미가 있습니다.

판결이 인용한 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결도 같은 방향입니다. 종전 산식 아래에서도 종부세 공정시장가액비율 때문에 과세표준에서 빠진 부분의 재산세까지 공제해 달라는 주장은 받아들여지지 않았습니다. 결국 어느 산식이든 종부세 과세표준 밖의 재산세는 빼 주지 않는다는 점이 출발점입니다.

공제액이 이상하다면 무엇을 확인해야 하나요?

산식 자체보다 산식에 들어간 숫자를 확인해야 합니다. 판결로 산식의 효력은 정리되었으므로, 다툴 실익은 대부분 입력값에 있습니다. 공제 대상은 실제 부과된 재산세이고, 세율 특례나 세부담 상한이 적용됐다면 그 적용 뒤 세액을 기준으로 합니다. 재산세 과세표준이나 주택 수, 합산배제 주택 반영이 잘못되면 종부세 과세표준과 공제액이 함께 틀어집니다. 토지분 종부세도 종합합산토지와 별도합산토지별로 같은 구조의 산식이 있습니다. 1세대 1주택자의 연령·보유기간 공제는 재산세를 뺀 뒤의 산출세액에 적용하므로, 공제 순서가 바뀌어 계산되지 않았는지도 함께 봅니다.

재산세 쪽 과세표준이 바뀌면 종부세 공제액도 다시 계산해야 합니다. 이 연결 문제는 「재산세 불복에서 이겼는데 제척기간 지난 종부세도 바로잡을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

종부세 재산세 공제 대응 순서

• 재산세 고지서 모으기 - 과세기준일 현재 보유한 주택별 재산세 고지서를 모두 준비합니다.
• 종부세 과세표준 대조 - 공시가격 합계, 공제금액, 공정시장가액비율 적용이 맞는지 봅니다.
• 공제 산식 재계산 - 현행 시행령 산식에 숫자를 넣어 고지서의 공제액과 비교합니다.
• 주택 수와 합산배제 확인 - 주택 수 계산과 합산배제 신고가 반영됐는지 확인합니다.
• 불복 또는 경정청구 - 숫자 오류가 있으면 90일 안에 불복하거나 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재산세 과세표준과 세부담 상한 적용, 주택 수와 합산배제 반영 여부에 따라 공제액과 납부할 종부세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 종합부동산세 과세표준과 공제 계산 검토, 경정청구와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재산세와 종부세를 함께 내면 이중과세 아닌가요?
  겹치는 부분은 공제 산식으로 조정됩니다. 대법원은 종부세가 재산세와 겹치는 부분과 그 외 부분에 나누어 매겨지도록 한 산식이 위임 범위 안에 있다고 보아, 일부만 공제해도 무효가 아니라고 했습니다.
• 세부담 상한이 적용된 재산세는 어느 금액을 빼 주나요?
  세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 기준으로 공제합니다. 세율 특례로 가감조정된 세율이 적용됐다면 그 세율이 적용된 세액이 기준입니다.
• 공제금액 이하 부분에 낸 재산세도 빼 주나요?
  아닙니다. 공제 대상은 종부세 과세표준 금액에 대한 재산세이므로, 공제금액 이하 부분에 해당하는 재산세는 처음부터 공제 계산에 들어가지 않습니다.
• 토지분 종부세도 재산세를 일부만 빼 주나요?
  네, 종합합산토지와 별도합산토지 모두 같은 구조의 안분 산식으로 공제할 재산세를 계산합니다. 판결 사안에도 주택과 두 종류의 토지가 함께 들어 있었습니다.
• 공제액 계산이 틀렸다면 언제까지 바로잡을 수 있나요?
  고지에 대해서는 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 합니다. 신고납부한 경우에는 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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