취득세·보유세

산업단지 공장용지를 분양받고 착공 전이면 재산세 분리과세가 끝나나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

소유권을 취득한 날 시행자 몫의 분리과세는 끝나고, 그 뒤에는 건축허가나 신고를 하고 공사에 착수해야 공장용지 분리과세를 받습니다. 대법원 2026. 7. 9. 선고 2026두30417 판결은 허가 지연에 정당한 사유가 있어도 원칙적으로 고려하지 않았습니다. 종합합산과의 세액 차이와 종합부동산세, 불복 기한까지 정리했습니다.

분양받은 공장용지라도 6월 1일 전에 허가나 신고를 하고 착공했다면 분리과세 대상이 될 수 있습니다. 문제는 착공 전에 6월 1일을 맞은 땅입니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2022. 4. 광역시 안 산업단지의 시행자와 공장용지 9,000㎡ 분양계약을 맺고, 2025. 4. 30. 잔금을 내고 소유권이전등기를 마쳤습니다. 2025. 5. 공장 건축허가를 신청했지만 관계 기관 협의가 길어져 허가는 2026. 7. 15.에야 나왔고, 착공은 아직 하지 못했습니다. 2026. 9. 받은 토지분 재산세 고지서에는 이 땅이 종합합산과세대상으로 적혀 있었습니다. A사 대표는 허가 지연이 관청 사정인데도 세금을 더 내야 하는지, 종합부동산세까지 나오는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원 2026두30417 사건에서는 무엇이 문제였나요?

원고는 2018. 5. 10. 한국토지주택공사로부터 인천의 도시첨단산업단지 공장용지 13,710.5㎡를 매수하고, 2021. 5. 10. 대금을 완납하면서 소유권이전등기를 마쳤습니다. 관할 구청장은 그중 8,911.83㎡가 공장 착공 전 나대지라며 분리과세대상이 아니라고 보고, 2023. 7. 6. 2021년 재산세 21,215,930원과 2022년 재산세 22,263,960원을 지방교육세와 함께 부과했습니다.

쟁점은 2021년분에서 시행자 몫의 분리과세가 언제 끝나는지, 2022년분에서 과세기준일 뒤인 2022. 11. 2.에야 건축허가를 받은 땅을 공장용지로 볼 수 있는지와 허가 지연의 정당한 사유를 고려할지였습니다. 대법원은 두 쟁점 모두 원심 판단을 수긍하고 상고를 기각했습니다.

분양받은 땅의 분리과세는 언제 끝나나요?

매수자가 소유권을 취득한 날 끝납니다. 시행령은 시행자가 산업단지조성공사에 제공하는 토지를 분리과세하되, 준공인가 전 분양계약이 있으면 조성공사 착공일부터 준공인가일과 토지 공급 완료일 중 빠른 날까지로 한정합니다. 공급 완료일 괄호의 「매수자의 취득일, 임대차 개시일 또는 건축공사 착공일 등 해당 용지를 사실상 사용하는 날」 가운데 앞의 날짜들이 예시에 불과한지가 문제였습니다.

대법원은 이 규정이 공급 방식에 따라 「분양의 경우에는 ‘매수자의 취득일’로, 임대의 경우에는 ‘임대차 개시일’로, 시행자가 직접 사용하는 경우에는 ‘건축공사 착공일 등 해당 용지를 사실상 사용하는 날’로 각기 특정한 것으로 봄이 타당하다」고 판단했습니다. 소유권을 취득한 2021. 5. 10. 분리과세 기간이 끝나 2021. 6. 1. 현재 분리과세대상이 아니라는 원심 판단을 수긍했습니다. 판결은 구 지방세법 시행령(2021. 6. 8. 대통령령 제31740호로 개정되기 전의 것)을 다루었지만 현행 제102조 제7항 제5호 가목도 문언이 같아, 지금 분양받는 법인에도 같은 기준이 적용된다고 볼 수 있습니다.

건축허가를 신청만 해 둔 공장용지도 분리과세되나요?

되지 않습니다. 소유권 취득 뒤에는 공장용지 분리과세만 남는데, 산업단지 안 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위의 토지가 대상이고 짓고 있는 건물은 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 뒤 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물만 포함됩니다. 대법원은 허가나 신고를 하고 공사에 착수된 상태여야 하고, 허가를 신청했거나 착공을 준비하는 단계로는 분리과세를 적용할 수 없다고 보았습니다.

허가 지연에 대해서는 재산세가 과세기준일마다 독립적으로 성립하는 보유세라는 점을 들어 「과세기준일 당시 건축허가를 받지 못하거나 건축신고를 하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지는 특별한 사정이 없는 한 고려할 사항이 아니라고 보아야 한다」고 판시했습니다. 이 규정들에서 정당한 사유를 묻는 것은 착공 뒤 6개월 이상 공사가 중단된 경우(제103조 제1항 제3호 단서)입니다. 다만 허가를 받았으나 「건축법」 제18조에 따라 착공이 제한된 건축물은 공장용 건축물 범위에 따로 들어갑니다.

종전 판례와 비교하면 무엇이 새로워졌나요?

정당한 사유를 따지지 않는 원칙은 오래되었습니다. 대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결은 매립지 종합토지세 사건에서 분리과세 규정을 한정적 규정으로 보고, 과세기준일 현재 요건을 못 갖춘 데 정당한 사유가 있는지는 분리과세 여부를 좌우하지 못한다고 했습니다. 대법원 2013. 7. 26. 선고 2011두19963 판결도 규정에 없는 종전 도시계획법상 시가지조성사업 토지를 분리과세대상에서 뺐고, 대법원 2010. 2. 11. 선고 2009두15760 판결은 규정에 든 도시개발사업이라면 기부채납 예정 공공시설용 토지도 주택건설용 토지로 보았습니다.

이번 판결의 새로운 점은 산업단지 토지의 공급 완료일을 공급 방식별로 특정한 데 있습니다. 2021년분에 적용된 시행령 제102조 제1항 제1호는 「건축 중인 경우」를 포함했으나, 2021. 12. 31. 개정 뒤(2022년분과 현행)는 제103조 제1항 제2호·제3호의 건축물을 포함하는 방식입니다. 건축물 부속토지를 실제 이용현황으로 판단한 대법원 2026. 6. 25. 선고 2026두30351 등 판결(「도로 건너 별개 필지 주차장도 건물 부속토지로 별도합산되나요?」에서 다룸)과 달리, 건축물이 없는 땅은 착공 요건을 문언대로 본다고 이해할 수 있습니다.

종합합산으로 바뀌면 세금은 얼마나 늘고 종부세도 나오나요?

토지 재산세 과세표준은 시가표준액의 70%이고, 분리과세는 1천분의 2 단일세율이지만 종합합산은 1억원 초과분에 1천분의 5까지 누진됩니다. 시가표준액 20억원 땅이라면 과세표준 14억원에 분리과세 재산세는 280만원, 다른 종합합산 토지가 없다고 가정한 종합합산 재산세는 675만원입니다. 지방교육세는 재산세액의 20%가 더해집니다.

토지분 종합부동산세는 종합합산과 별도합산 토지에만 과세하므로 분리과세 토지는 대상이 아닙니다. 종합합산으로 분류되면 전국 종합합산 토지의 공시가격 합계가 5억원을 넘을 때 종합부동산세가 나오는데, 예시의 20억원 땅은 그것만으로 이 기준을 넘습니다. 이때 그 과세표준분 재산세액은 공제됩니다.

산업단지 공장용지 재산세 대응 순서

• 공급 완료일 확인 - 잔금일과 소유권이전등기일을 6월 1일과 비교합니다.
• 인허가 일정 역산 - 6월 1일 전에 허가나 신고, 착공신고와 실제 착공을 마치도록 일정을 짭니다.
• 착공 증빙 정리 - 착공신고서, 공사계약서, 현장 사진으로 과세기준일 현재 착수 사실을 남깁니다.
• 분리과세 적용 신청 - 현황이 바뀌었다면 6월 1일부터 15일 안에 관할 시·군·구에 신청합니다.
• 고지서 검토와 불복 - 공장입지기준면적과 과세 면적을 확인하고, 다툴 사유가 있으면 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다. 소송은 심판청구를 거쳐야 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소유권 취득일과 과세기준일 현재의 착공 여부, 공장입지기준면적 범위에 따라 분리과세 여부와 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 산업단지 공장용지의 재산세 과세 구분 검토와 이의신청, 심판청구, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 산업단지 땅을 분양받으면 공장 짓기 전까지 분리과세가 계속되나요?
  아닙니다. 대법원 2026두30417 판결은 분양된 토지의 분리과세 기간이 매수자의 소유권 취득일에 끝난다고 보았습니다. 착공일 등 실제 사용하는 날 기준은 시행자가 직접 사용하는 경우에만 적용됩니다.
• 건축허가를 신청해 두었는데도 종합합산으로 나왔습니다. 맞나요?
  과세기준일 현재 허가나 신고를 하고 공사에 착수한 상태가 아니라면 공장용지 분리과세를 받기 어렵습니다. 대법원은 허가신청 상태나 착공 준비 단계로는 분리과세를 적용할 수 없다고 판단했습니다.
• 허가가 늦어진 게 관청 사정이면 정당한 사유로 인정되나요?
  특별한 사정이 없는 한 고려하지 않습니다. 재산세는 과세기준일마다 독립적으로 성립하므로 그날 요건을 갖추지 못한 데 정당한 사유가 있는지는 분리과세 여부를 좌우하지 않는다는 것이 대법원 판단입니다(99두7265, 2026두30417).
• 착공한 뒤 공사가 멈추면 다시 종합합산이 되나요?
  과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단되었다면 공장용 건축물 범위에서 빠집니다. 허가 지연과 달리 착공 후 공사가 중단된 경우에는 시행령 문언상 정당한 사유가 판단 요소가 됩니다.
• 분리과세와 종합합산의 재산세 차이는 어느 정도인가요?
  분리과세는 과세표준의 1천분의 2이고 종합합산은 1억원 초과분에 1천분의 5까지 누진됩니다. 시가표준액 20억원이면 과세표준 14억원 기준 280만원과 675만원으로, 다른 종합합산 토지가 없을 때 한 해 395만원 차이입니다.
• 종합합산으로 분류되면 종합부동산세도 내야 하나요?
  전국 종합합산 토지의 공시가격 합계가 5억원을 넘으면 토지분 종합부동산세 납세의무가 생기고, 그 과세표준분 토지분 재산세액은 공제됩니다. 분리과세 토지는 종합부동산세 과세대상이 아니므로 분류 자체가 두 세목을 함께 좌우합니다.
• 재산세 고지서를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 시장·군수·구청장에게 이의신청을 하거나 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 이의신청을 거쳤다면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 행정소송은 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 제기합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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