불복·환급

대표 상여처분 뒤 소득세 제척기간이 끝나면 회사 원천세도 없어지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 소득금액변동통지서가 대표의 종합소득세 부과제척기간 안에 회사에 도달했다면 그 뒤 제척기간이 끝나도 회사의 원천징수의무는 남습니다. 국세청은 2015년 회신에서 원천징수의무는 통지서 도달로 성립·확정되고 이후에는 징수권 소멸시효만 적용된다고 보았습니다. 통지서가 언제 도달했는지와 대표의 제척기간 만료일부터 확인해 보아야 합니다.

대표의 종합소득세 부과제척기간이 지났다는 이유만으로 회사가 원천세 고지를 그냥 둘 수 있는 것은 아닙니다. 소득금액변동통지서가 언제 회사에 도달했는지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2025년 세무조사에서 2019 사업연도에 회사 밖으로 나간 돈의 귀속자가 분명하지 않다는 이유로 대표이사 상여 처분을 받고, 그해 봄 소득금액변동통지서를 받았습니다. 회사가 원천징수세액을 내지 않자 세무서는 몇 달 뒤 근로소득세를 고지했습니다. 그 사이 대표이사의 2019년 귀속 종합소득세 부과제척기간이 끝나자, 회사는 귀속자의 세금이 소멸했으니 회사의 원천징수의무도 없어진 것 아닌지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대표의 소득세 제척기간이 끝나면 회사 원천징수의무도 없어지나요?

아니요, 소득금액변동통지서가 대표의 종합소득세 부과제척기간 안에 회사에 도달했다면 그 뒤 제척기간이 끝나도 회사의 원천징수의무는 없어지지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「국세기본법」은 원천징수하는 소득세의 납세의무가 소득금액을 지급하는 때 성립한다고 정하고, 소득처분된 상여는 소득금액변동통지서를 받은 날 지급한 것으로 봅니다. 원천징수세액은 성립과 함께 확정된 세액을 과세관청이 징수하는 것이므로 부과제척기간 대신 징수권 소멸시효의 적용을 받습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사외유출된 금액을 대표에게 상여로 처분하고 대표의 종합소득세 부과제척기간 안에 소득금액변동통지서가 도달했다면, 회사가 원천징수의무를 이행하지 않는 동안 그 제척기간이 끝나더라도 원천징수의무는 소멸하지 않는다고 회신했습니다(서면-2014-법령해석기본-21482, 2015. 2. 17.). 질의 사안은 2007 사업연도 세무조사 결과 2013년 3월 대표 상여 처분과 소득금액변동통지가 있었고, 회사가 원천세를 내지 않자 2013년 4월 고지가 나간 경우였습니다.

국세청은 원천징수의무가 통지서 도달로 성립하면서 특별한 절차 없이 확정되고, 그 뒤 귀속자의 제척기간이 끝난 것은 귀속자 본인의 소득세 납세의무가 소멸한 것일 뿐이라고 보았습니다. 국세청은 2016년 징세과 회신(서면-2016-징세-4791, 2016. 8. 19.)에서도 같은 결론을 유지했습니다. 이 회신은 통지서가 제척기간 안에 도달한 사실관계를 전제로 한 것이므로 도달 시점이 다르면 결론이 달라집니다.

통지서가 제척기간이 지난 뒤 도달했다면요?

통지서가 도달했을 때 이미 대표의 종합소득세 부과제척기간이 끝났다면 회사의 원천징수의무는 성립하지 않습니다. 대법원은 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 부과제척기간 경과 등으로 이미 소멸했다면 소득금액변동통지에 따른 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없다고 판결했습니다. 그래서 다툼은 통지서가 언제 도달했는지와 귀속자의 제척기간이 언제 끝나는지에 집중됩니다.

• 일반 제척기간 - 종합소득세를 신고했다면 부과할 수 있는 날부터 5년입니다.
• 무신고 - 법정신고기한까지 신고하지 않았다면 7년입니다.
• 부정행위 - 부정행위로 포탈했다면 10년입니다.

공시송달된 통지서는 언제 도달한 것으로 보나요?

회사 주소가 분명하지 않거나 송달이 어려워 공시송달을 했다면, 서류의 주요 내용을 공고한 날부터 14일이 지나야 송달된 것으로 봅니다. 공고일이 제척기간 안이라도 14일이 지난 날이 제척기간 뒤라면 원천징수의무 성립 여부가 달라질 수 있습니다. 공시송달 요건을 갖추지 못했다면 송달 자체를 다툴 수 있습니다.

원천징수 제척기간 소멸시효 대응 순서

• 도달일 확인 - 소득금액변동통지서를 받은 날이나 공시송달 공고일을 확인합니다. 통지서 도달일이 성립 여부를 가릅니다.
• 귀속자 제척기간 계산 - 대표의 해당 연도 종합소득세 신고 여부와 법정신고기한을 확인해 제척기간 만료일을 계산합니다. 5년·7년·10년 중 무엇이 적용되는지가 쟁점입니다.
• 소멸시효 점검 - 원천세 고지의 납부기한 다음 날부터 5년(5억원 이상 10년)이 지났는지, 그 사이 시효가 중단됐는지 확인합니다.
• 소득처분 자체 검토 - 사외유출과 귀속자 판단이 맞는지 세무조사 결과통지서를 다시 봅니다. 상여 처분이 잘못됐다면 원천세 고지도 함께 다툽니다.
• 조세불복 - 원천세 고지를 받으면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대표가 해당 연도에 종합소득세를 신고했는지, 사외유출이 부정행위로 평가되는지는 신고서와 세무조사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 소득처분에 따른 원천징수 근로소득세와 법인세 부과처분의 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원천징수의무는 언제 성립하나요?
  원천징수하는 소득세의 납세의무는 소득금액을 지급하는 때 성립합니다. 법인세법에 따라 상여로 소득처분된 금액은 실제로 지급하지 않았더라도 소득금액변동통지서를 받은 날 지급한 것으로 보아 그날 원천징수의무가 성립합니다.
• 원천세에는 왜 제척기간이 적용되지 않나요?
  원천징수세액은 성립과 동시에 특별한 절차 없이 확정되고, 과세관청은 이를 납부하라고 징수합니다. 그래서 회사에는 부과제척기간 대신 국세징수권 소멸시효가 적용된다는 것이 국세청 회신의 이유입니다.
• 통지서가 늦게 도달하면 어떻게 되나요?
  통지서가 도달할 때 이미 대표의 종합소득세 부과제척기간이 끝났다면 대표의 납세의무가 소멸한 상태이므로 회사의 원천징수의무도 성립하지 않습니다. 이때는 원천세 고지 전체를 다툴 수 있습니다.
• 대표의 제척기간은 몇 년인가요?
  종합소득세를 신고했다면 부과할 수 있는 날부터 5년, 법정신고기한까지 신고하지 않았다면 7년, 부정행위로 포탈했다면 10년입니다. 상여 처분의 원인이 된 사외유출이 부정행위로 평가되는지에 따라 기간이 달라집니다.
• 원천세 징수권 소멸시효는 언제부터인가요?
  원천징수의무자에게서 징수하는 국세는 납부고지한 원천징수세액에 대해 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날부터 징수권을 행사할 수 있습니다. 그날부터 5년, 5억원 이상이면 10년이 지나면 소멸시효가 완성됩니다.
• 공시송달이면 도달일은 언제인가요?
  공시송달은 서류의 주요 내용을 공고한 날부터 14일이 지나야 송달된 것으로 봅니다. 14일이 지난 날을 기준으로 대표의 제척기간 안에 도달했는지를 따져야 합니다. 공시송달 요건을 갖추지 못했다면 송달의 효력 자체를 다툴 수 있습니다.
• 원천세 고지는 언제까지 다투나요?
  원천세 납부고지를 받으면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 통지서 도달일과 제척기간 계산표, 소득처분이 잘못됐다는 자료를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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