양도소득세

세대구분형 아파트 일부를 세놓았는데 전체를 1세대 1주택 비과세 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 세대구분형 아파트의 한 부분을 임대하고 나머지 부분에 1세대가 2년 이상 실제 거주했다면 임대한 부분까지 포함한 아파트 전체에 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있습니다. 세대구분형 공동주택은 구분된 공간을 따로 소유할 수 없는 하나의 주택이고, 국세청도 2022년 서면 회신에서 전체 비과세가 가능하다고 답했습니다. 지금은 거주한 부분의 전입 기록으로 2년 거주를 증명할 수 있는지와 양도가액이 12억원을 넘는지를 확인해야 합니다.

임대한 부분을 팔기 전에 비워 두거나 세입자를 내보낼 필요는 없습니다. 비과세 판단은 1세대가 거주한 부분의 거주기간으로 하고, 임대 중인 상태로 팔아도 전체에 적용됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년 12월 조정대상지역에 있는 세대구분형 아파트를 사서 큰 쪽 공간에 가족과 함께 전입해 살고, 2024년 2월부터 현관이 따로 난 작은 쪽 공간을 월세로 임대했습니다. 2026년 3월 아파트를 팔 계획인데, 임대한 부분은 거주하지 않았으니 그 부분만 과세되는 것 아닌지 물어 왔습니다. 세대구분형 아파트는 하나의 주택이고 거주한 부분에서 2년 넘게 살았으므로, 임대 부분을 포함한 전체에 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세대구분형 아파트는 주택 수를 어떻게 세나요?

세대구분형 아파트는 한 채의 주택으로 봅니다. 주택법 제2조 제19호는 세대구분형 공동주택을 주택 내부 공간의 일부를 세대별로 구분해 생활할 수 있는 구조로 하되 그 구분된 공간의 일부를 구분소유할 수 없는 주택으로 정의합니다. 현관·주방·욕실이 따로 있어 두 가구가 살 수 있어도 등기는 하나이고 분리해서 팔 수 없으므로, 양도소득세에서도 1주택입니다.

1세대 1주택 비과세 요건은 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제154조 제1항에 따라 양도일 현재 1세대가 국내에 1주택을 보유하고 보유기간이 2년 이상이어야 하며, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 셉니다.

• 주택 수 - 세대구분형 아파트 한 채는 1주택입니다. 임대한 부분이 별도 주택으로 세어지지 않습니다.
• 보유기간 - 취득일부터 양도일까지 2년 이상이어야 합니다.
• 거주기간 - 취득 당시 조정대상지역이면 거주한 부분에서 2년 이상 살아야 합니다.
• 고가주택 - 양도가액 12억원 초과분은 과세됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2017. 8. 3. 이후 취득한 조정대상지역 세대구분형 아파트 1주택을 보유한 거주자가 주택의 일부를 임대하고 다른 일부에 1세대가 2년 이상 실제 거주한 경우, 그 주택의 양도소득은 소득세법 제89조 제1항 제3호와 시행령 제154조 제1항에 따라 비과세를 적용받을 수 있다고 회신했습니다. 서면-2021-법규재산-0531(2022. 4. 28.) 회신으로, 국세청 부동산납세과가 2022년에 펴낸 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」의 스물네 번째 사례에서 함께 소개됐습니다. 사례집은 2021년 12월 세대구분형 아파트를 취득해 일부를 임대하고 2024년 1월에 팔려는 사안에서, 임대한 부분에 거주하지 않았더라도 아파트 전체에 비과세를 적용할 수 있다고 답했습니다.

판단 이유는 세대구분형 아파트가 구분소유할 수 없는 하나의 주택이라는 점에 있습니다. 거주 요건은 주택 단위로 보므로 그 주택의 일부에서 1세대가 2년 이상 거주했으면 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 이 회신은 한 채를 보유하면서 일부를 임대한 사실관계를 전제로 하므로, 다른 주택을 함께 가지고 있거나 임대한 부분이 별도 등기된 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

임대한 부분의 월세는 세금이 따로 나오나요?

임대한 부분에서 받는 월세는 양도소득세 비과세와 별개로 주택임대소득 과세 대상이 될 수 있습니다. 1세대 1주택 비과세는 양도차익에 대한 것이고, 임대 기간 중 받은 임대료는 종합소득세의 주택임대소득으로 따로 봅니다. 양도 전 임대 사실을 숨기기보다 임대차계약서와 임대료 수입을 정리해 두어야 양도소득세 신고에서 거주 부분과 임대 부분을 설명하기 쉽습니다.

임대한 부분이 있다고 해서 양도소득세 거주기간 계산이 달라지지는 않습니다. 거주기간은 1세대가 전입한 부분의 전입일부터 전출일까지로 세고, 세입자가 주민등록을 같은 주소에 두었더라도 집주인 세대의 거주기간에는 영향이 없습니다.

새집을 사서 일시적 2주택이 되면 어떻게 되나요?

세대구분형 아파트가 종전주택이 되는 일시적 2주택도 같은 특례를 받을 수 있습니다. 종전주택 취득일부터 1년 이상 지난 뒤 신규주택을 취득하고 처분기한 안에 종전주택을 양도하면 1세대 1주택으로 봅니다. 2026. 10. 1. 시행된 개정 시행령에 따라 신규주택 취득일 현재 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있으면 처분기한이 2년, 그 밖의 경우는 3년이며, 2년 기한은 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 양도·취득 당시 조정대상지역인지는 국토교통부 공고로 확인해야 합니다.

세대구분형 아파트 일부 임대 비과세 대응 순서

• 주택 구조 확인 - 건축물대장과 등기사항증명서로 세대구분형 공동주택 한 채로 등록돼 있는지, 임대한 부분이 별도 호수로 등기되지 않았는지 확인합니다.
• 거주 기록 정리 - 세대원 전원의 주민등록 초본으로 거주한 부분의 전입일과 양도일까지 2년 이상 거주했는지 계산합니다.
• 임대 내역 정리 - 임대한 부분의 임대차계약서와 임대료 수입을 정리합니다. 주택임대소득 신고 여부도 함께 점검합니다.
• 고가주택 계산 - 양도가액이 12억원을 넘으면 초과분 양도차익과 장기보유특별공제를 계산해 예정신고합니다.
• 부인 시 대응 - 세무서가 임대 부분을 과세 대상으로 보아 고지하면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 임대 부분을 과세로 잘못 신고했다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대한 부분이 별도 등기돼 있거나 다른 주택을 함께 보유한 경우, 세입자와 집주인이 같은 세대로 묶일 사정이 있는 경우에는 등기와 등본을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대한 부분만 따로 과세되지 않나요?
  아니요, 세대구분형 아파트는 구분소유할 수 없는 하나의 주택이므로 비과세 여부를 주택 전체 단위로 판단합니다. 1세대가 일부에 2년 이상 실제 거주했으면 임대한 부분을 포함한 전체 양도소득에 비과세가 적용된다는 것이 국세청 서면-2021-법규재산-0531(2022. 4. 28.) 회신입니다. 다만 양도가액 12억원 초과분은 과세됩니다.
• 세대구분형 아파트인지 어떻게 확인하나요?
  주택법 제2조 제19호는 주택 내부 공간의 일부를 세대별로 구분해 생활할 수 있는 구조로 하되 구분된 공간의 일부를 구분소유할 수 없는 주택으로서 대통령령이 정한 건설·설치·면적 기준에 맞는 주택을 세대구분형 공동주택으로 정의합니다. 건축물대장과 등기사항증명서에 한 호수로 등록돼 있는지, 임대한 부분이 별도 등기되지 않았는지를 보면 됩니다.
• 거주 2년은 어느 부분 기준으로 세나요?
  1세대가 실제 거주한 부분의 거주기간으로 세며, 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 계산합니다. 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 보유기간 중 거주기간 2년이 필요하고, 임대한 부분에 거주하지 않은 기간은 문제되지 않습니다. 세입자가 같은 주소에 전입해 있어도 집주인 세대의 거주기간 계산에는 영향이 없습니다.
• 조정대상지역이 아니면 거주 요건이 없나요?
  취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 거주 요건 없이 보유기간 2년만 갖추면 됩니다. 조정대상지역 거주 요건은 취득 당시를 기준으로 붙으므로 취득 뒤 지정되거나 해제돼도 요건은 바뀌지 않습니다. 지정 여부는 국토교통부 공고로 확인해야 하며, 2017. 9. 19. 개정 시행령 부칙에 따라 2017. 8. 2. 이전에 취득한 주택에는 거주 요건이 붙지 않습니다.
• 세놓은 월세는 어떻게 되나요?
  임대한 부분에서 받은 월세는 양도소득세와 별개로 주택임대소득 과세 대상이 될 수 있습니다. 1세대 1주택 비과세는 양도차익에 대한 것이고 임대료 수입은 종합소득세에서 따로 봅니다. 임대차계약서와 임대료 입금 내역을 정리해 두면 양도소득세 신고에서 거주 부분과 임대 부분을 설명하는 자료로도 쓸 수 있습니다.
• 새집을 먼저 사도 비과세가 되나요?
  종전주택인 세대구분형 아파트를 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 신규주택을 취득하고 처분기한 안에 종전주택을 팔면 일시적 2주택으로 1세대 1주택 비과세를 적용합니다. 2026. 10. 1.부터 두 집이 모두 조정대상지역이면 처분기한이 2년(2026. 8. 4. 이후 신규주택 취득분부터), 그 밖은 3년입니다.
• 세무서가 임대 부분을 과세하면 어떻게 하나요?
  세무서가 임대한 부분을 비과세 대상에서 빼고 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해 다툴 수 있습니다. 임대 부분을 과세 대상으로 보아 잘못 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 국세청 회신과 등기·등본·임대차계약서가 소명 자료가 됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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