세금

세무조사 때 내지 못한 해외 자료를 불복 단계에서 내도 받아들여지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

조사 때 내지 못한 해외 법인 장부나 계약서도 과세전적부심사, 심판청구, 소송에서 낼 수 있습니다. 대법원은 소송물이 세액의 객관적 존부이고 당사자가 사실심 변론종결 때까지 자료를 낼 수 있다고 봅니다(2001두1994, 99두8930). 다만 이전가격 자료는 늦게 내면 과세 자료로 쓰지 않을 수 있고, 조사 때 서명한 확인서가 걸림돌이 됩니다.

원칙적으로는 낼 수 있습니다. 조세 불복은 처분 당시의 자료가 아니라 정당한 세액이 얼마인지를 따지기 때문입니다. 다만 국외특수관계인과의 거래가격 자료처럼 법률이 늦게 낸 자료를 쓰지 않을 수 있다고 정한 경우가 있고, 조사 때 서명한 확인서나 진술이 늦게 낸 자료의 신빙성을 떨어뜨리기도 합니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 국내 무역회사를 운영하면서 홍콩 법인 지분 60%를 갖고 있습니다. 2025년 세무조사에서 조사팀은 2020년부터 2023년까지 홍콩 법인 계좌에서 B씨 개인 계좌로 들어온 18억원을 배당소득으로 보았습니다. B씨는 홍콩 법인에 빌려준 돈을 돌려받은 것이라고 했지만 대여 계약서와 홍콩 법인 장부를 조사기간 안에 내지 못했고, 조사 막바지에 송금액을 배당으로 받았다는 확인서에 서명했습니다. 2026. 4. 종합소득세 납부고지서를 받은 B씨는 2026. 6. 심판청구를 했고, 그 뒤 홍콩 회계법인에서 대여금 원장과 감사보고서를 받았습니다. B씨는 조사 때 내지 못한 자료를 지금 내도 되는지, 서명한 확인서가 문제가 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

불복 단계에서 새 자료를 내도 되나요?

낼 수 있습니다. 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결은 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단해야 하는 것은 아니라고 했습니다. 대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결은 판결요지에서 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있다고 하면서, 그 자료로 정당한 세액이 산출되면 그 세액을 넘는 부분만 취소해야 한다고 했습니다.

「당사자」에는 납세자도 들어갑니다. 조사 때 내지 못한 해외 법인 장부나 계약서도 심판청구와 소송에서 낼 수 있고, 사실심 변론종결 때까지가 시한입니다. 세무서가 소송 중에 과세 이유를 바꾸는 범위는 「조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?」에서 다뤘습니다.

늦게 낸 자료를 쓰지 않을 수 있다는 규정도 있나요?

있습니다. 국제조세조정에 관한 법률은 과세당국이 정상가격 산정에 필요한 거래가격 산정방법 등의 자료를 요구하면 요구받은 날부터 60일 안에 내게 하고, 부득이한 사유로 연장을 신청하면 60일 범위에서 한 번 연장할 수 있게 합니다. 부득이한 사유 없이 기한까지 내지 않다가 불복신청이나 상호합의절차에서 내면 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 않을 수 있습니다. 이때 과세당국은 비슷한 사업을 하는 사업자의 자료 등으로 정상가격을 추정할 수도 있고, 요구를 받고도 기한까지 내지 않거나 거짓 자료를 내면 1억원 이하의 과태료가 부과됩니다.

이 조항은 국외특수관계인과의 거래가격 자료에 관한 것입니다. 개인이 해외 법인에서 받은 송금이나 해외 계좌 자료에 같은 제한을 둔 조문은 없습니다. 그래도 조사에 이전가격 쟁점이 섞여 있다면 요구받은 자료를 60일 안에 내는 것이 우선입니다.

조사 때 서명한 확인서가 있으면 어떻게 되나요?

새 자료가 확인서를 넘어서야 합니다. 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결은 세무조사 과정에서 받은 확인서는 의사에 반해 강제로 작성됐거나 내용이 미비해 입증자료로 삼기 어렵다는 등 특별한 사정이 없는 한 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다고 했습니다. 서울고등법원 2021. 1. 15. 선고 2020누31448 판결의 납세자는 해외법인에서 받은 송금이 배당이 아니라 원자재 구입대금이라고 주장했지만, 조사 때 근거를 내지 못하고 국외발생 배당수입을 받았다는 확인서에 서명했습니다. 법원은 확인서와 다른 증거를 근거로 배당수입이라고 인정했습니다.

늦게 낸 자료는 왜 조사 때 낼 수 없었는지, 확인서 문구와 무엇이 다른지를 함께 설명해야 힘을 얻습니다. 현지 회계법인의 발급 경위, 장부가 작성된 시점, 송금 당시의 계약서는 사후에 만든 자료가 아니라는 점을 보여 주는 데 쓰입니다.

과세전적부심사와 심판청구 중 어디서 내는 것이 낫나요?

자료가 일찍 갖춰졌다면 과세전적부심사가 첫 기회입니다. 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 청구하고, 청구를 받은 세무관서는 30일 안에 결과를 알려야 하므로 고지 전에 세액을 바로잡을 수 있습니다. 결정 통지가 그 기간을 넘겨 늦어지면 지연된 기간에 붙는 납부지연가산세의 50%가 감면됩니다.

다만 통지하는 날부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하만 남았다면 과세전적부심사를 청구할 수 없습니다. 오래된 연도가 섞인 역외 사건에서 자주 생기는 일이어서, 이런 연도는 고지 뒤 심판청구에서 자료를 내야 합니다.

늦게 낸 자료로 이기면 세금 전부가 취소되나요?

자료로 증명한 만큼만 줄어드는 것이 보통입니다. 앞의 99두8930 판결처럼 정당한 세액이 산출되면 그 세액을 넘는 부분만 취소되므로, B씨 사례에서 대여금 상환으로 인정되는 금액만큼 배당소득이 줄고 나머지는 남습니다. 그래서 새 자료는 송금 건마다, 귀속연도마다 나누어 금액을 맞춰 내야 합니다.

심판청구에서 일부 인용 결정이 나면 세무서는 결정이 확정된 날부터 1년 안에 그 결정에 따라 경정할 수 있습니다. 결정 이유에 맞춰 정당세액을 다시 계산한 자료를 미리 준비해 두면 후속 처분을 점검하기 쉽습니다.

해외 자료 불복 제출 대응 순서

• 불복 기한 확보 - 결과 통지 30일, 고지 90일 기한 안에 청구서부터 냅니다.
• 발급 경위 정리 - 현지 회계법인·은행이 자료를 발급한 날짜와 경위를 적어 조사 때 못 낸 사정을 설명합니다.
• 확인서 대조 - 조사 때 서명한 확인서·문답서 문구와 새 자료가 어디서 다른지 표로 만듭니다.
• 이전가격 자료 구분 - 정상가격 관련 자료 요구가 있었다면 60일 기한과 연장 여부를 따로 확인합니다.
• 연도별 세액 재계산 - 새 자료로 인정받을 금액을 귀속연도별로 다시 계산해 정당세액을 제시합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 때 어떤 진술과 확인서를 남겼는지, 새 자료가 언제 어떻게 만들어졌는지에 따라 받아들여지는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 역외 과세처분에 대한 과세전적부심사, 심판청구, 조세소송 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사 때 못 낸 자료를 심판청구에서 내도 되나요?
  낼 수 있습니다. 대법원은 과세처분취소소송의 소송물이 세액의 객관적 존부이므로 처분 당시 자료만으로 판단할 것은 아니라고 했고, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 낼 수 있다고 했습니다.
• 늦게 낸 자료를 아예 안 받아 주는 경우도 있나요?
  정상가격 산정에 필요한 자료를 요구받고 부득이한 사유 없이 60일 기한까지 내지 않다가 불복이나 상호합의절차에서 내면, 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 않을 수 있습니다. 이전가격 자료에 관한 규정입니다.
• 조사 때 서명한 확인서를 뒤집을 수 있나요?
  어렵지만 불가능하지는 않습니다. 대법원은 강제로 작성됐거나 내용이 미비해 입증자료로 삼기 어렵다는 등 특별한 사정이 없으면 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다고 했습니다. 확인서를 쓴 경위와 새 자료의 작성 시점을 함께 보여야 합니다.
• 과세전적부심사에서도 새 자료를 낼 수 있나요?
  낼 수 있습니다. 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 청구하면 30일 안에 결과를 알려야 해 고지 전에 바로잡을 기회가 됩니다. 다만 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하만 남은 경우에는 청구할 수 없습니다.
• 새 자료로 이기면 세금이 전부 취소되나요?
  자료로 정당한 세액이 산출되면 그 세액을 넘는 부분만 취소됩니다. 송금 건마다, 귀속연도마다 인정받을 금액을 나눠 증명해야 합니다.
• 이전가격 자료 제출 요구를 받으면 언제까지 내야 하나요?
  요구받은 날부터 60일 안에 내야 하고, 부득이한 사유가 있으면 연장을 신청해 60일 범위에서 한 번 연장할 수 있습니다. 기한까지 내지 않거나 거짓 자료를 내면 1억원 이하의 과태료가 부과됩니다.
• 과세전적부심사 결과가 늦게 오면 가산세는 어떻게 되나요?
  결정·통지 기간에 결과를 통지하지 않은 경우, 그 지연으로 해당 기간에 부과되는 납부지연가산세의 50%를 감면합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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