양도소득세

세무서에만 임대등록한 오피스텔, 8년 임대하면 장기보유공제 50%인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 세무서에 주택임대사업자로 사업자등록만 하고 시·군·구에 장기일반민간임대주택으로 등록하지 않았다면 8년 넘게 임대했어도 장기보유특별공제 50%·70% 특례를 받을 수 없습니다. 조세특례제한법 제97조의3은 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택 등록을 전제로 하고, 임대기간도 두 등록을 모두 한 날부터 셉니다. 지금은 구청 임대사업자 등록 내역부터 떼어 확인해 보십시오.

세무서에 주택임대사업자로 등록하고 8년을 세를 놓았더라도 구청 등록이 없으면 높은 공제율 요건을 갖추지 못합니다. 반대로 구청 등록이 있었는데 신청서를 빠뜨렸다면 경정청구를 검토할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2016년 여름 오피스텔 한 채를 7억원에 사서 세무서에 주택임대사업자로 사업자등록만 하고 세를 놓았습니다. 8년이 지난 2024년 가을 10억원에 팔면서 8년 넘게 임대했으니 장기보유특별공제 50%가 된다고 생각해 1억 5천만원을 공제해 신고했습니다. 얼마 뒤 세무서는 구청에 장기일반민간임대주택으로 등록한 적이 없다며 공제액을 4,800만원으로 줄여 양도소득세를 더 내라고 안내했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무서 등록만으로 장기보유공제 50%를 받을 수 있나요?

아니요, 장기일반민간임대주택 과세특례의 높은 공제율은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 시·군·구에 장기일반민간임대주택으로 등록한 주택에만 적용됩니다. 세무서 사업자등록은 소득세법상 사업자 신고일 뿐이어서, 이것만으로는 특례의 「등록」 요건을 갖추지 못합니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」 제97조의3 제1항은 「민간임대주택에 관한 특별법」상 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 등록한 뒤 요건을 갖춰 양도할 때 장기보유특별공제율을 높여 줍니다. 임대기간도 세무서 사업자등록과 임대사업자 등록을 모두 하고 장기일반민간임대주택으로 등록해 임대한 날부터 셉니다.

그래서 D씨처럼 구청 등록 없이 임대했다면 8년 넘게 세를 놓았어도 특례 임대기간은 0으로 계산됩니다. 이 경우 일반 장기보유특별공제율이 적용되어 8년 이상 9년 미만 보유는 양도차익의 16%를 공제합니다.

특례 요건은 지금 어떻게 되어 있나요?

현행 조문은 민간건설임대주택을 2027. 12. 31.까지 장기일반민간임대주택 등으로 등록하고 10년 이상 계속 임대한 경우에 70%를 적용합니다. 매입한 오피스텔·아파트를 새로 등록하는 경우는 현행 조문의 대상이 아닙니다.

• 등록 - 「민간임대주택에 관한 특별법」상 장기일반민간임대주택 등 등록과 세무서 사업자등록 모두
• 임대기간 - 10년 이상 계속 등록되어 있고, 등록 기간 중 통산 10년 이상 임대
• 임대료 - 보증금·월세 증가율 5% 이하, 증액 뒤 1년 안에는 다시 증액 청구 불가
• 규모·가액 - 국민주택규모 이하, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하
• 공제 범위 - 70%는 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용, 나머지 기간은 일반 공제율

2022. 12. 31. 개정 전 조문은 2020. 12. 31.까지 장기일반민간임대주택으로 등록한 매입임대주택에도 8년 이상 임대하면 50%, 10년 이상이면 70%를 적용하도록 정하고 있었습니다. 개정 전에 등록한 주택에 어느 조문이 적용되는지는 등록 시기와 개정 법률 부칙을 함께 보고 판단합니다. 어느 쪽이든 구청 등록이 없었다면 특례 대상이 되지 않는다는 결론은 같습니다.

공제율에 따라 세금은 얼마나 달라지나요?

양도차익 3억원을 기준으로 보면 50%를 적용할 때 공제액은 1억 5천만원, 일반 공제율 16%를 적용할 때 4,800만원이어서 공제액 차이만 1억 200만원입니다. 실제 특례 공제율은 임대기간 중 양도차익에만 적용되므로, 등록 전후 기간이 섞여 있으면 기준시가 비율로 나눠 계산합니다.

이 차이 때문에 세무서는 양도소득세 신고서의 공제율과 시·군·구 임대사업자 등록 자료를 대조합니다. 구청 등록 기록이 없으면 공제액이 일반 공제율로 바뀌고 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 붙습니다.

추가 납부 안내를 받았다면 어떻게 하나요?

구청 등록이 실제로 없었다면 과세표준수정신고서로 일반 공제율에 맞춰 수정신고하는 것이 가산세를 줄이는 방법입니다. 법정신고기한이 지난 뒤 1개월 안에 수정신고하면 과소신고가산세의 90%를 감면받고, 기간이 길어질수록 감면 비율이 줄어듭니다.

구청 등록이 있었는데 신청서나 등록증을 내지 않아 일반 공제율로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 특례 공제율 적용을 구할 수 있습니다. 세무서가 이미 과세예고를 했다면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

장기일반민간임대주택 장기보유공제 대응 순서

• 등록 내역 확인 - 시·군·구에서 임대사업자 등록증과 등록사항을 떼어 장기일반민간임대주택 등록 여부와 등록일을 확인합니다.
• 임대기간 계산 - 세무서 사업자등록일과 구청 등록일 중 늦은 날 이후 실제 임대한 기간을 임대차계약서와 전입 자료로 셉니다.
• 요건 대조 - 국민주택규모, 임대개시일 기준시가, 5% 증액 제한을 차례로 대조합니다.
• 신고 - 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서에 장기일반민간임대주택등에 대한 과세특례적용신청서와 임대사업자 등록증을 붙여 냅니다.
• 사후 대응 - 구청 등록이 없었다면 수정신고로 가산세를 줄이고, 등록이 있었는데 일반 공제율로 신고했다면 경정청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 등록 시기와 주택 유형, 임대기간이 조문 개정 전후에 걸쳐 있으면 적용 조문을 등록증과 계약서로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 장기보유특별공제와 과세특례를 둘러싼 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 구청 등록을 나중에 했다면 임대기간은 언제부터인가요?
  특례 임대기간은 세무서 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록을 모두 하고 장기일반민간임대주택으로 등록해 임대한 날부터 셉니다. 구청 등록이 늦었다면 그 등록일 이후 실제 임대한 기간만 들어갑니다.
• 오피스텔도 같은 요건으로 판단하나요?
  주거용 오피스텔을 임대한 경우에도 특례를 받으려면 시·군·구에 장기일반민간임대주택으로 등록되어 있어야 하고, 세무서 등록만으로는 부족합니다. 다만 현행 조세특례제한법 과세특례는 민간건설임대주택 등록분에 적용되므로, 매입한 오피스텔은 등록 시기와 개정 전 조문 적용 여부를 따로 봐야 합니다.
• 50%를 받으면 양도차익 전체에 적용되나요?
  아니요, 특례 공제율은 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용합니다. 취득 후 등록 전 기간이나 임대를 끝낸 뒤 기간의 양도차익은 기준시가 비율로 나누어 일반 장기보유특별공제율을 적용합니다.
• 임대료를 5%보다 많이 올린 적이 있으면요?
  임대기간 중 보증금이나 월세 증가율이 5%를 넘으면 증액 제한 요건을 지키지 못한 것이어서 특례를 받을 수 없습니다. 증액 뒤 1년 안에 다시 올린 경우도 같으므로 계약서마다 금액과 날짜를 대조합니다.
• 구청 등록이 있었는데 신청서를 안 냈다면요?
  등록과 임대 요건을 모두 갖췄는데 과세특례적용신청서를 내지 않아 일반 공제율로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 등록증과 임대차계약서, 임대료 변동 내역을 함께 냅니다.
• 일반 장기보유특별공제율은 몇 %인가요?
  1세대1주택이 아닌 주택·건물·토지는 3년 이상 보유하면 6%에서 시작해 1년마다 2%씩 늘어 15년 이상이면 30%를 공제합니다. 8년 이상 9년 미만 보유라면 양도차익의 16%를 공제합니다.
• 이미 추가 납부 안내를 받았다면 어떻게 하나요?
  구청 등록이 없었다면 수정신고로 일반 공제율을 반영해 가산세를 줄이는 것이 현실적입니다. 등록이 있었는데도 과세예고를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤라면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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