세금

개인사업자가 성실신고확인서를 내지 않으면 어떤 불이익이 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

성실신고확인서를 내지 않으면 가산세가 붙고, 세무조사 대상으로 선정될 수 있는 사유가 생깁니다. 가산세는 산출세액 중 사업소득 비율의 5%와 사업 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액이며, 산출세액이 없어도 부과됩니다. 확인서를 냈다고 세무조사가 면제되는 것은 아니지만, 내지 않으면 조사 사유가 하나 더해집니다.

성실신고확인서를 내지 않으면 가산세가 붙고, 세무조사 대상으로 선정될 수 있는 사유가 생깁니다. 가산세는 산출세액 중 사업소득 비율의 5%와 사업 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액이며, 산출세액이 없어도 부과됩니다. 확인서를 냈다고 세무조사가 면제되는 것은 아니지만, 내지 않으면 조사 사유가 하나 더해집니다.

성실신고확인 대상 개인사업자는 누구인가요?

해당 과세기간의 수입금액이 업종별 기준 이상인 개인사업자가 대상입니다. 도소매업, 농업, 부동산매매업 등은 15억원이 기준입니다. 제조업, 음식·숙박업, 건설업 등은 7억 5천만원입니다. 부동산임대업, 전문·과학·기술서비스업, 교육, 보건업 등은 5억원입니다. 사업용 유형자산을 팔아 생긴 수입금액은 계산에서 뺍니다. 예를 들어 복식부기의무자가 쓰던 기계를 팔아 생긴 수입은 사업소득 총수입금액에는 들어가도 대상 판단 수입금액에서는 빠집니다.

여러 업종을 함께 하거나 사업장이 둘 이상이면 주업종 기준으로 환산한 수입금액으로 판단합니다. 업종마다 기준이 달라 단순 합계로 판단하면 결론이 틀릴 수 있습니다. 제조업과 임대업을 함께 하는 경우의 계산은 「제조업과 임대업을 같이 하면 성실신고확인 대상 매출은 어떻게 계산하나요?」에서 다뤘습니다.

확인서는 세무사, 등록한 공인회계사, 세무법인, 회계법인이 장부와 증빙을 확인해 작성합니다. 세무사 자신이 대상자라면 본인 확인서를 스스로 작성할 수 없습니다. 대상자는 일반 사업자보다 한 달 늦은 6월 30일까지 신고할 수 있습니다.

확인서를 내지 않으면 가산세는 얼마인가요?

가산세는 두 금액 중 큰 금액입니다. 하나는 종합소득산출세액에 종합소득금액 중 사업소득금액이 차지하는 비율을 곱하고 다시 5%를 곱한 금액입니다. 다른 하나는 사업소득 총수입금액에 1만분의 2를 곱한 금액입니다.

예를 들어 종합소득산출세액이 3천만원이라고 보겠습니다. 종합소득금액 2억 5천만원 중 사업소득금액이 2억원이고, 수입금액은 20억원입니다. 앞의 계산은 3천만원 × 80% × 5%로 120만원입니다. 뒤의 계산은 20억원 × 1만분의 2로 40만원입니다. 큰 금액인 120만원이 가산세입니다.

산출세액이 없어도 이 가산세는 붙습니다. 결손이 나서 낼 세금이 없는 해에도 수입금액 기준 금액은 남기 때문입니다. 이 부분은 2021년 12월 개정으로 명문화됐습니다. 나중에 경정으로 산출세액이 생기면 경정된 산출세액을 기준으로 다시 계산합니다.

확인서를 내지 않으면 받을 수 있던 세액공제도 놓칩니다. 확인서를 내면 확인에 직접 쓴 비용의 60%를 120만원 한도에서 사업소득 소득세에서 뺍니다. 2026년 귀속분까지는 의료비·교육비 지출액의 15%도 세액공제 대상입니다. 난임시술비는 30%까지 공제됩니다. 월세 세액공제도 같은 기한까지 받을 수 있습니다. 종합소득금액 7천만원 이하 요건이 확인서 제출자에게도 걸리는지 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 같은 항의 17% 요건이 두 대상을 함께 정하는 구조여서 똑같이 적용된다고 볼 수 있습니다. 반면 확인서 제출자를 「또는」 뒤에 따로 적어 소득 요건이 없다고 읽을 여지도 있습니다. 월세 1천만원까지 15%, 종합소득금액 4천500만원 이하이면 17%입니다. 다만 사업소득금액을 10% 이상 과소신고한 사실이 경정으로 드러나면 공제세액을 전액 추징합니다. 그 뒤 3개 과세연도 동안 같은 공제를 받지 못합니다.

세무조사 대상이 되나요?

성실신고확인서를 내지 않은 것은 세무조사를 할 수 있는 사유로 법에 적혀 있습니다. 국세기본법은 정기선정과 별도의 조사 사유를 정하고 있습니다. 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서 발급, 지급명세서 제출 같은 납세협력의무를 이행하지 않은 경우입니다.

그래서 확인서 미제출은 정기선정을 기다리지 않고 조사 대상이 될 수 있는 근거가 됩니다. 조사가 시작되면 확인서 미제출 연도만 보지 않습니다. 장부 전반, 가사 관련 경비, 차명계좌 사용 여부까지 검토 범위가 넓어질 수 있습니다.

반대로 확인서를 냈다고 조사가 면제되지는 않습니다. 확인 과정에서 드러난 문제를 신고 전에 바로잡을 기회가 있다는 데 의미가 있습니다. 법인의 경우는 「법인세 신고 때 성실신고확인서를 빠뜨렸다면 가산세와 세무조사는 어떻게 되나요?」에서 다뤘습니다.

6월 30일을 넘겨 늦게 내면 어떻게 되나요?

가산세는 6월 30일까지 확인서를 내지 않은 경우에 부과됩니다. 그래서 하루라도 늦으면 가산세 요건에 해당할 수 있습니다. 6월 30일은 확인서를 낸다는 전제에서 늘어난 신고기한입니다.

확인서 없이 6월에 종합소득세 신고만 했다면 5월 31일 기한을 넘긴 기한후신고로 볼 수 있습니다. 소득세법은 확인서를 제출하는 경우에만 6월 30일까지 신고하도록 정하기 때문입니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 대상사업자라는 지위만으로 6월 30일 기한이 적용된다는 반대 주장도 있으나 문언과는 거리가 있습니다. 이 경우 확인서 미제출 가산세에 무신고가산세가 더해질 수 있습니다. 대상 여부가 애매하다면 5월 중에 판단을 끝내는 편이 안전합니다. 대상이 아니라고 판단했다면 그 근거가 된 업종 분류와 수입금액 계산 자료를 보관해 두어야 합니다. 나중에 대상으로 판정되면 그 자료가 정당한 사유를 주장하는 출발점이 됩니다.

성실신고확인 미제출 대응 순서

• 대상 여부 판단 - 해당 연도 업종별 수입금액을 계산해 기준 금액 이상인지 확인합니다.
• 겸영 환산 - 여러 업종이나 사업장이 있으면 주업종 기준 환산 수입금액을 계산합니다.
• 확인자 선임 - 세무사나 회계법인 등 확인자를 일찍 정해 장부와 증빙을 점검합니다.
• 6월 30일 제출 - 확인서를 붙여 기한 안에 신고합니다.
• 미제출 시 대비 - 이미 놓쳤다면 가산세를 계산하고 세무조사에 대비해 장부를 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 업종 구분과 겸영 환산, 제출 시점에 따라 대상 여부와 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 성실신고확인 대상 판단과 그에 이어지는 종합소득세 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수입금액이 기준에 조금 못 미쳤는데 세무조사로 늘어나면 어떻게 되나요?
  성실신고확인 대상 여부는 해당 과세기간 수입금액으로 판단합니다. 결정이나 경정으로 수입금액이 기준 이상이 되면 대상으로 다시 판단될 수 있으므로 매출 누락 여부부터 점검해야 합니다.
• 적자가 난 해에도 확인서를 내지 않으면 가산세가 있나요?
  네, 가산세는 종합소득산출세액이 없는 경우에도 적용됩니다. 이때는 사업 수입금액의 1만분의 2가 가산세가 되므로 수입금액 20억원이면 40만원입니다.
• 변호사도 성실신고확인서를 작성할 수 있나요?
  현행 시행령은 확인자를 세무사, 등록한 공인회계사, 세무법인, 회계법인으로 정하고 있습니다. 변호사는 이 목록에 들어 있지 않으므로 확인자 선임 때 자격을 확인해야 합니다.
• 확인서를 냈는데 내용이 부실하면 어떻게 되나요?
  세무서장은 확인서에 미비한 사항이나 오류가 있으면 보정을 요구할 수 있습니다. 확인 내용과 장부가 다르면 세무조사에서 함께 검토될 수 있습니다.
• 부동산임대업만 하는 경우 기준은 얼마인가요?
  부동산임대업은 수입금액 5억원이 기준입니다. 월세뿐 아니라 간주임대료처럼 총수입금액에 들어가는 금액도 함께 계산해야 하므로 보증금이 큰 경우 주의해야 합니다.
• 확인서 미제출 가산세와 무신고가산세가 함께 붙나요?
  네, 함께 붙을 수 있습니다. 국세기본법은 무신고가산세와 장부 관련 가산세가 겹칠 때만 큰 것을 적용합니다. 확인서 미제출 가산세는 그 목록에 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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