법인세·소득세

법인세 신고 때 성실신고확인서를 빠뜨렸다면 가산세와 세무조사는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

성실신고확인 대상 법인이 4개월 안에 확인서를 내지 않으면 산출세액의 5%와 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액이 가산세로 붙습니다. 몰랐다는 사정은 정당한 사유로 인정받기 어렵고 수시 세무조사 사유에도 해당하므로, 대상 요건부터 다시 확인하고 과세예고통지 30일 안에 대응해야 합니다.

성실신고확인서를 빠뜨렸다고 법인세 신고 자체가 없던 일이 되지는 않습니다. 가산세는 확인서 제출 의무에 대한 것이고 금액도 산출세액의 5% 수준입니다. 다만 몰랐다는 사정은 면제 사유로 인정받기 어렵고, 수시 세무조사 선정 사유에 들어간다는 점을 함께 보셔야 합니다.

이런 상담이 많습니다

C씨 가족이 주식 전부를 가진 법인은 2024년 임대하던 건물을 판 뒤 매출 없이 예금과 대여금 이자로만 수익을 냈습니다. 직원은 없습니다. 2026. 3. 31. 2025 사업연도 법인세를 일반 법인 세율로 신고했고, 임대업을 그만두었으니 성실신고확인 대상이 아니라고 보고 확인서는 내지 않았습니다. 2026. 9. 세무서에서 소규모 법인 세율로 다시 계산한 산출세액 3,800만원과 이를 기준으로 한 성실신고확인서 가산세 190만원의 과세예고통지를 받은 C씨는 몰랐던 사정을 감안받을 수 있는지, 세무조사로 이어지는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대업을 그만둬도 성실신고확인 대상인가요?

대상 여부는 임대업을 하는지만으로 정해지지 않습니다. 임대수입·이자소득·배당소득 합계가 매출액의 50% 이상이면 임대업이 없어도 둘째 요건을 채우고, 지배주주등 지분 50% 초과와 상시근로자 5명 미만까지 갖추면 대상입니다.

조세심판원은 매출액 없이 이자만 있던 법인에 대해 비율 기준을 넘는다고 보아 대상으로 판단했고, 같은 해 생긴 자산수증이익은 비율 계산에 넣지 않았습니다. 직원 수를 세는 기준은 「가족 직원을 빼면 우리 임대법인은 상시근로자 5명 미만인가요?」에서 설명했습니다.

요건은 사업연도마다 따로 판정합니다. 임대 외 매출이 있던 해와 없던 해, 직원이 있던 해와 없던 해의 결과가 달라지므로, 확인서를 빠뜨린 해가 여러 해라면 해마다 나눠 검토해야 합니다.

4월 말까지 내면 가산세가 붙지 않나요?

성실신고확인 대상 법인은 법인세 신고기한이 4개월로 늘어나고, 가산세는 이 4개월 안에 확인서를 내지 않은 경우에 붙습니다. 3월 말에 신고서를 먼저 냈더라도 4월 말까지 확인서를 갖춰 내면 법문상 가산세 대상이 아닙니다.

확인서는 세무사, 등록한 공인회계사, 세무법인, 회계법인만 작성할 수 있습니다. 법인세 신고를 직접 했거나 확인 업무를 맡기지 않았다면 기한 전에 따로 의뢰해야 합니다.

4개월이 지난 뒤 확인서를 내거나 수정신고를 해도 이 가산세는 줄지 않습니다. 수정신고 감면은 과소신고가산세 등에만 적용되기 때문입니다.

가산세는 얼마이고 어떻게 계산하나요?

2026. 10. 12. 기준 현행 「법인세법」에 따르면 가산세는 법인세 산출세액의 5%와 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액입니다. 토지등 양도소득에 대한 법인세와 투자·배당 및 상생협력 촉진 과세특례 세액은 산출세액에서 뺍니다.

산출세액이 없어도 수입금액 기준 가산세는 붙습니다. 세무서가 경정해 산출세액이 늘어나면 늘어난 산출세액을 기준으로 다시 계산합니다. C씨 법인은 경정된 산출세액 3,800만원의 5%인 190만원이 수입금액 2억원의 1만분의 2인 4만원보다 커서 190만원입니다.

대상 법인이면 세율도 소규모 법인 세율표로 계산해야 합니다. 일반 법인 세율로 신고했다면 차액에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 따로 붙습니다.

확인서를 낸 법인이 받을 수 있었던 성실신고 확인비용 세액공제(비용의 60%, 법인 150만원 한도)도 받을 수 없습니다.

몰랐다는 사정은 정당한 사유가 되나요?

가산세는 의무를 지키지 않은 데 정당한 사유가 있으면 부과하지 않습니다. 그러나 조세심판원은 법령을 몰랐거나 세무서의 안내나 보정 요구가 없었던 점, 세무대리인에게 외부조정을 맡긴 점, 전년도까지 외부감사를 받은 점을 모두 정당한 사유로 보지 않았습니다.

특히 외부감사를 받다가 자산이나 매출이 줄어 감사 대상에서 빠진 첫해에 확인서 의무가 새로 생기는 것을 놓치기 쉽습니다. 감사 여부가 바뀐 해에는 신고 전에 대상 여부를 따로 확인하십시오.

그래서 다툼의 중심은 대개 대상 요건 자체입니다. 지배주주등 지분, 수입 구성, 상시근로자 수 가운데 하나라도 요건을 벗어난다는 자료가 있으면 가산세 전체가 없어집니다.

세무조사로 이어질 수 있나요?

국세기본법은 성실신고확인서 제출 같은 납세협력의무를 지키지 않은 경우를 정기선정과 별도로 세무조사를 할 수 있는 사유로 정하고 있습니다. 확인서 누락만으로 반드시 조사를 받는 것은 아니지만, 그해 신고 내용 전반을 다시 보는 계기가 될 수 있습니다.

이 경우 가지급금, 업무무관 경비, 세율 적용처럼 소규모 법인에서 자주 문제 되는 항목이 함께 검토될 수 있습니다. 가산세 고지를 받았다면 같은 사업연도의 다른 신고 내용도 미리 점검해 두는 편이 안전합니다.

성실신고확인서 누락 대응 순서

• 요건 다시 확인 - 사업연도 종료일 지분, 수입 구성, 월별 근로자 수로 대상인지부터 봅니다.
• 가산세 계산 대조 - 산출세액 5%와 수입금액 1만분의 2를 비교해 고지 금액이 맞는지 봅니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 요건 불충족 자료로 청구할 수 있습니다.
• 같은 연도 신고 점검 - 세율과 비용 한도 등 다른 오류가 있으면 해명 안내 전에 수정신고를 검토합니다.
• 심판청구 - 가산세가 고지되면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대상 요건의 사실관계와 사업연도별 수입 구성에 따라 가산세 다툼의 여지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 성실신고확인서 미제출 가산세에 대한 과세전적부심사와 조세심판 청구, 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 성실신고확인서를 안 내면 법인세 무신고가 되나요?
  확인서를 내지 않았다고 법인세 신고가 무신고로 바뀌지는 않습니다. 대신 산출세액의 5%와 수입금액의 1만분의 2 중 큰 금액이 성실신고확인서 제출 불성실 가산세로 붙습니다.
• 3월에 신고하고 4월에 확인서만 따로 내도 되나요?
  가산세는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 안에 확인서를 내지 않은 경우에 붙습니다. 12월 결산 법인이라면 4월 30일까지 확인서를 갖춰 내면 법문상 가산세 대상이 아닙니다.
• 산출세액이 0원이면 가산세도 없나요?
  아닙니다. 산출세액이 없어도 수입금액의 1만분의 2 기준 가산세가 붙습니다. 경정으로 산출세액이 생기면 그 금액을 기준으로 다시 계산합니다.
• 대상인 줄 몰랐다면 가산세를 면제받을 수 있나요?
  조세심판원은 법령을 몰랐거나 세무서 안내가 없었던 점, 외부조정을 맡긴 점을 정당한 사유로 보지 않았습니다. 요건을 벗어난다는 자료로 다투는 편이 현실적입니다.
• 확인서를 안 내면 세무조사를 받나요?
  성실신고확인서 제출 같은 납세협력의무 불이행은 정기선정 외 세무조사 사유입니다. 반드시 조사를 받는 것은 아니지만 그해 신고 내용을 다시 보는 계기가 될 수 있습니다.
• 가산세 과세예고통지를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지가 나온 뒤에는 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 부동산 임대 가족법인은 2026년부터 법인세가 처음부터 20%인가요?
• 가족 직원을 빼면 우리 임대법인은 상시근로자 5명 미만인가요?
• 세무서 직원 안내대로 신고했는데 가산세가 나왔다면 정당한 사유로 면제받을 수 있나요?
• 세무조사 대상자는 어떻게 선정되나요? 정기선정·비정기선정과 국세청 분석 과정

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기